처분청은 청구인이 1994.12.12. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 5필지 토지 1,135.80㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 741.56㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 취득함에 따라 취득세 및 등록세를 비과세 하였으나, 1997.12.27. 이건 부동산을 정당한 사유 없이 매각하였으므로, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 그 취득가액(1,650,000,000원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 297,000,000원, 농어촌특별세 27,225,000원, 합계 324,225,000원(가산세 포함)과 비과세된 등록세 59,400,000원, 교육세 10,890,000원, 합계 70,290,000원(가산세 포함)을 1999.1.10. 부과 고지하였다.

그러나 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 ㅇㅇ시장은 이건 토지의 취득가액을 이건 부동산의 총 취득가액에서 토지와 건물의 시가표준액 비율로 안분산정하여야 하나 처분청이 이건 토지의 취득가액을 잘못 적용하였다고 보아 당초 부과처분을 취득세 277,407,930원, 농어촌즉별세 25,429,060원, 합계 302,836,990원(가산세 포함)으로 경정하고, 나머지 등록세 부분은 기각 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로,

첫째, 청구인은 비영리 종교법인으로서 교회건물을 신축하기 위하여 1994.12.12. 이건 부동산을법원으로부터 경락 취득하였으나, 1994. 9.12.부터 이건 토지지역이 도시계획상세계획구역으로 결정공고 됨에 따라 건축행위가 제한되었다. 그러나 청구인은 그 사실을 알 지 못하고 이건 부동산을 취득하였으므로 유예기간내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고

둘째, 건축제한이 해제되지 않은 상태에서 은행부채로 인한 재정적 어려움을 겪고 있던 중1997. 8. 1.처분청이 사회복지회관 건립부지로 이건 부동산을 선정하고 매도요구 함에 따라 청구인은 이에 협조하는 차원에서 이건 부동산을 처분청에 매각하였다. 더욱이 현행 지방세법시행령(1998.7.16.개정)에서 국가기관에 의하여 매수 또는 수용된 경우는 법인의 비업무용토지에서 제외하도록 규정하고 있는 점을 감안할 때, 이건 부동산을 매각한 데 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 비영리종교법인이 부동산을 취득한 후 3년내에 직접 사용하지 아니하고 5년 이내에 매각한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다.

구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 비과세 하되, 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우는 취득(등록)세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제112조제2항, 구지방세법 시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것)제84조의4 제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 후 목적사업에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 토지로서 취득일부터 5년이내에 정당한 사유없이 매각한 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있다.

청구인의 경우 비영리 종교법인으로서 교회를 신축할 목적으로 이건 부동산을 법원으로부터 경락(94타경10697) 받아 취득한 사실을 제출된 경락대금 완납증명원 등에서 알 수 있다. 그러나 이건 부동산 지역은 1994.9.12.ㅇㅇ시 도시계획에 의거 이미 상세계획구역으로 결정하고자 공람공고(ㅇㅇ시 공고 제299호)가 실시되고 1995.3.2. 상세계획구역으로 결정고시(ㅇㅇ시 고시 제95-53호)되어 건축행위가 제한(제1차 제한 : 1994.9.12.～1996.9.12, 제2차 제한 :1997.9.1.까지 연장)된 지역으로서 상세계획이 완료되기 전까지는 건축행위를 할 수 없는 토지임이 제출된 도시계획공람공고문 등에서 입증되고 있다.

그러므로 청구인이 이건 부동산을 취득(1994.12.12.) 당시에 상세계획구역임을 충분히 인지하였다고 보아야 할 것이고, 설령 그 사실을 모르고 취득하였다 하더라도

그런데 청구인은 기존의 토지와 연접된 이건 부동산을 추가로 취득(1997.8.7)한 후 부목사사택 또는 청구인의 고유업무에 직접 사용하지도 아니한 채 처분청으로부터 사회복지관 건립부지로 매도할 것을 요청(ㅇㅇ구 사복 65155-1198호, 1997.8.1) 받고 4개월만인 1997.12.27. 이건 토지(기존의 토지 포함)를 매각하였다. 이는 청구인이 이건 토지를 공공용지의 사용용도로 처분청의 요청을 수락하여 매각하였다 하더라도 이건 토지(기존의 토지 포함)는 취득당시부터 사용이 제한된 토지였고, 취득 후 전혀 사용해 본 사실조차 없이 취득당시 그대로 매각한 이상, 이건 토지를 매각한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 2. 27.

행 정 자 치 부 장 관