가. 청구인은 2001.10.31. 서울특별시 OOO동 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2003.10.1.(사용승인일) 취득하여 보유하다가 2010.12.31. 양도하고, 2011.2.10. 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로 보아 감면대상 소득을 재계산하여 2012.8.13. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」에 의하면 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모 및 분자의 기준시가는 ‘신축주택 취득일의 기준시가’를 말하는 것으로 해석하여, 재건축 및 재개발아파트의 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면하여 왔음에도 처분청이 분모와 분자의 취득당시의 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 ‘건물 취득당시 기준시가’로, 분모의 취득당시 기준시가는 ‘토지 취득당시 기준시가’로 법령을 자의적으로 해석하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의 3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우, 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동규정의 과세특례대상에 포함되지 않으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액 상당액은 감면대상 양도소득금액에 해당한다고 보기 어렵고, ‘신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액을 감면’한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때에도 처분청의 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면대상 양도소득금액 산정이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만,해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2.자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.10.31.종전주택을 취득하였고, 재개발로 인해 종전주택 멸실 후 2003.10.1.(사용승인일) 신축주택을 취득하였으며, 2010.12.31. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 나타난다.

(2) 2011.2.10. 청구인은 신축주택 양도에 따른 양도소득세를 자진신고하면서 양도소득세 OOO원을 감면신청한 것으로 나타난다.

(3) 이에 대하여 처분청은 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하여, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산출하여 감면세액을 계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 경정·고지하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 처분청이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 자의적으로 해석하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액과 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득 및 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니한 바, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.