1. 청구법인이 2003.1.23.부터 2005.5.27.까지 OOO 법인 OOO연구소에 지급한 금액 US$5,189,493.36(원화기준 5,906,189,353원)을 회원사로서 납부한 회비 내지는 연구개발비 분담금으로 보고,

2. 2001.11.20부터 2003.7.14.까지 OOO국 법인 주식회사 OOO에 지급한 금액 US$118,500(원화기준 148,070,240원)을 연구개발비 분담금으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

가. 청구법인은 전력생산 및 공급을 주목적으로 하는 공기업인 OOO주식회사의 소속 연구기관으로(사업자등록은 OOO주식회사와 별도로 하였으나 대표자는 OOO주식회사의 사장으로 등록하였음), 2002.12.1. OOO 법인 OOO연구소OOO와 체결한 공동연구협약에 따라 OOO에게 2003.1.23.부터 2005.5.27.까지 8회에 걸쳐 총 US$5,189,493.36(1회 지급액은 US$648,686.67이고, 원화 환산액은 5,906,189,353원이며, 이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 지급하면서, 동 금액을 청구법인의 OOO에 대한 회비로 보아 처분청에 「소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제신청서」를 제출하고, 확인서를 발급받아 관련 법인세를 원천징수하지 아니하였고,

2003.5.25. OOO국 법인 OOO와 수화학계통에 대한 유기적인 감시 및 진단프로그램인 OOO를 한국 중수로 실정에 맞게 개발하는 내용의 기술개발협약을 체결하고, OOO에게 2003.8.19.부터 2005.2.24.까지 3회에 걸쳐 총 CA$330,000(원화 환산액은 279,501,360원이며, 이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 지급하면서 동 금액을 한․캐나다조세협약 제7조의 규정에 의하여 국내에서 조세가 면제되는 OOO의 국내원천 사업소득으로 보아 처분청에 「소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제신청서」를 제출하고, 확인서를 발급받아 관련 법인세를 원천징수하지 아니하였으며,

2001.5.28. OOO국 법인 주식회사 OOO와 표준제염공정 기술을 개발하여 특허출원하고, 지적재산권을 공동으로 소유할 것을 내용으로 하는 공동연구계약을 체결하고, OOO에게 2001.11.20부터 2003.7.14.까지 4회에 걸쳐 총 US$118,500(원화 환산액은 148,070,240원이며, 이하 “쟁점③금액”이라 하며, 쟁점①,②,③금액을 합하여 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하면서, 동 금액을 한․일조세협약 제7조의 규정에 의하여 국내에서 조세가 면제되는 OOO의 국내원천 사업이윤으로 보아 처분청에 「소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제신청서」를 제출하고, 확인서를 발급받아 관련 법인세를 원천징수하지 아니하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장이 청구법인에 대한 법인세 서면분석을 실시하고 과세자료를 통보함에 따라, 쟁점금액이 각각 한․미조세협약 제14조, 한․캐나다조세협약 제12조, 한․일조세협약 제12조 및 법인세법 제93조 제9호의 규정에 의한 외국법인의 국내원천 사용료소득에 해당되는데도 청구법인이 이에 대하여 법인세를 원천징수하지 아니한 것으로 보아 2005.8.10. 청구법인에게 원천징수분 법인세 2001년도분 6,478,000원, 2002년도분 9,511,610원, 2003년도분 481,371,170원, 2004년도분 459,428,800원, 2005년도분 269,654,700원 합계 1,226,444,280원(원천징수불이행가산세 100,285,777원 포함)을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①금액은 청구법인이 비영리법인인 OOO의 회원사로서 연구개발에 참여하게 됨에 따라 공동연구개발에 소요되는 경비성 연구개발비용인 회비를 분담한 것일 뿐, 청구법인이 OOO의 연구성과물을 사용하기 위한 대가로 납부한 것이 아니며, 쟁점②금액과 쟁점③금액은 청구법인이 OOO 및 OOO와 체결한 공동기술개발협약에 따라 OOO로부터 인적용역 등을 제공받고 그 대가를 지급한 금액 및 OOO와의 공동연구개발비 중 일부를 분담한 금액으로 각각 외국법인의 국내원천 사업소득에 해당되는 것으로 보아야 함에도 처분청이 이를 각각 한․미 조세협약 제14조, 한․캐나다 조세협약 제12조 및 한․일조세협약 제12조 소정의 사용료소득에 해당되는 것으로 본 것이므로 부당하다.

(2) 설사, 쟁점금액을 사용료소득에 해당되는 것으로 본다 하더라도, 청구법인은 쟁점금액 송금시마다 처분청으로부터 쟁점금액이 비과세․면제에 해당된다는 사실을 확인받았으므로 청구법인이 원천징수의무를 이행하지 아니한데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없어 신의성실의 원칙상 이 건 가산세는 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액은 청구법인이 외국법인으로부터 산업상․상업상 또는 과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우를 제공받거나, 비공개 소프트웨어 또는 기술을 제공받는 대가로 지급한 것으로 보여지므로 쟁점금액을 각각 한․미조세협약 제14조, 한․캐나다조세협약 제12조, 한․일조세협약 제12조 및 법인세법 제93조 제9호의 규정에 의한 외국법인의 국내원천 사용료소득에 해당되는 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 이 건 「소득에 대한 법인세 면제신청서」의 제출과 관련하여 처분청은 신청양식에 따라 형식상 확인서를 발급한 것일 뿐, 그 신고내용의 적법여부를 판단한 것은 아니며, 동 신고서식 하단에 ‘신고내용이 사실과 다를 경우 과세될 수 있다’고 기재된 점과 세법에 따른 비과세․면제 요건 해당여부에 대한 확인의 책임이 해당 법인에게 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인에게 가산세를 면제할만한 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점금액을 외국법인의 국내원천 사용료소득으로 보아야 하는지 아니면, 회비나 공동연구개발비 분담금 내지는 인적용역 등의 대가인 외국법인의 국내원천 사업소득 등으로 보아야 하는지 여부

② 사용료소득으로 볼 경우, 청구법인에게 원천징수불이행가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2000.12.29. 법률 제6293호로 개정된 것) 제2조 【납세의무】 ① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

2. 국내원천소득이 있는 외국법인

제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1.～5. (생략)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

③ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다.

제93조 【국내원천소득】 외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

1.～8. (생략)

9. 다음 각목의 1에 해당하는 자산․정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산․정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산․정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권․특허권․상표권․의장․모형․도면이나 비밀의 공식 또는 공정․라디오․텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상․상업상 또는 과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우

제76조 【가산세】 ② 제73조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한이 경과된 후 납부하는 경우에는 그 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

(2) 법인세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정된 것) 제2조 【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

(3) 한․미조세협약(1976.6.4. 서울에서 서명, 1979.10.20. 발효) 제14조 【사용료】 ① 타방체약국의 거주자에 의하여 일방체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동일방체약국이 부과하는 조세는, 하기 ②항 및 ③항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

④ 본조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

1. 문학․예술․과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비젼방송용필름 또는 테이프의 저작권․특허․의장․신안․도면․비밀공정 또는 비밀공식․상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리․지식․경험․기능․선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (이하 생략)

(4) 한․캐나다조세협약(1978.2.10. 서울에서 서명, 1980.12.19. 발효) 제7조 【사업소득】 ⓛ 일방체약국의 기업의 이윤은, 그 기업이 타방체약국내에 소재하는 고정사업장을 통하여 동 타방체약국내에서 사업을 영위하지 아니하는 한, 그 일방체약국에서만 과세한다. 만약 그 기업이 전술한 바와같이 사업을 영위하는 경우에는 그 기업의 이윤중 동 고정사업장에 귀속시킬 수 있는 부분에 대하여서만 동 타방체약국에서 과세될 수 있다.

제12조 【사용료】 ⓛ 일방체약국에서 발생하여 타방체약국의 거주자에게 지급된 사용료는 그 타방체약국에서 과세될 수 있다.

② 그러나, 그러한 사용료는 그 사용료가 발생하는 체약국에서 자국의 법에 따라 과세될 수 있다. 그러나, 수취인이 사용료총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

③ 본조에서 사용되는 “사용료”라 함은 문학, 예술 또는 학술상의 작품의 저작권, 특허권, 상표권, 의장 또는 신안, 도면，비밀공식 또는 비밀공정의 사용 또는 사용권 또는 산업상, 상업상 또는 학술상의 설비(나용선계약에 의하여 임차한 선박과 항공기를 포함함)의 사용 또는 사용권 또는 산업상, 상업상 또는 학술상의 경험에 관한 정보에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금을 의미하며 영화필름 및 텔레비전과 관련하여 사용되는 필름 또는 비디오테이프의 작품에 대한 모든 종류의 지급금을 포함한다.

④ 상기1항 및 2항의 규정은 그러한 사용료를 발생시키는 권리, 재산 또는 정보의 처분으로부터 발생하는 이득에 대하여도, 만약 그러한 권리, 재산 또는 정보가 일방체약국의 거주자에 의하여 타방체약국에서의 배타적인 사용을 위하여 처분되고, 또 그러한 권리，재산 또는 정보에 대한 지급금이 그 타방체약국의 기업 또는 그 타방체약국에 있는 고정사업장에 의하여 부담되는 경우에 또한 적용한다.

제14조 【인적용역】 ⓛ 제15조, 제17조 및 제18조의 규정에 따를 것을 조건으로 일방체약국의 거주자에 의하여 인적용역(자유직업적 용역을 포함함)과 관련하여 취득되는 보수에 대하여는 그 용역이 타방체약국에서 제공되지 않는 한 그 일방체약국에서만이 과세한다.그 용역이 타방체약국내에서 제공되는 경우에는 그 용역으로부터 취득되는 보수는 그 타방체약국에서 과세될 수 있다.

② 상기①항의 규정에 불구하고, 일방체약국의 거주자에 의하여 타방체약국내에서 제공된 용역에 관련하여 취득되는 보수에 대하여는 다음의 경우에 그 일방체약국에서만 과세한다.

1. 그 수취인이 당해역년중 합계 183일을 초과하지 아니하는 단일 기간 또는 제 기간동안 동 타방체약국내에 체재하며,

2. 그 보수가 타방체약국의 거주자가 아닌 인에 의해서 또는 대신하여 지급되고, 또한

3. 그 보수가 그 보수를 지급하는 인이 타방체약국내에 두고 있는 고정사업장에 의해서 부담되지 않은 경우

(5) 한․일조세협약(1999.11.16. 조약 제1496호로 발효) 제7조 【기업이윤】 ① 일방체약국 기업의 이윤에 대하여는, 그 기업이 타방체약국안에 소재하는 고정사업장을 통하여 동 타방체약국에서 사업을 수행하지 아니하는 한, 동 일방체약국에서만 과세한다. 기업이 앞에 언급한 것과 같이 사업을 수행하는 경우 그 기업의 이윤 중 동 고정사업장에 귀속시킬 수 있는 부분에 대하여만 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

제12조 【사용료】 ①일방체약국에서 발생하여 타방체약국의 거주자에게 지급되는 사용료에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

② 그러나, 그러한 사용료는 사용료가 발생하는 체약국에서도 동 체약국의 법에 의하여 과세될 수 있다. 다만, 사용료의 수익적 소유자가 타방체약국의 거주자인 경우 그렇게 부과되는 조세는 사용료 총액의 10퍼센트를 초과할 수 없다.

③ 이 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 소프트웨어영화필름 및 라디오와 텔레비전 방송용 필름이나 테이프를 포함하는 문학적예술적 또는 학술적 작품에 관한 저작권특허권상표권의장신안도면비밀공식이나 공정의 사용 또는 사용권, 산업적상업적 또는 학술적 장비의 사용 또는 사용권, 산업적상업적 또는 학술적 경험에 관한 정보의 대가로써 받는 모든 종류의 지급금 및 선박 또는 항공기의 나용선의 대가를 말한다.

⑤ 제1항제2항 및 제4항의 규정은 소프트웨어영화필름 또는 라디오와 텔레비전 방송용 필름이나 테이프를 포함하는 문학적예술적 또는 학술적 작품에 대한 저작권특허권상표권의장신안도면비밀공식이나 공정의 양도로부터 발생하는 수입에 적용한다. 다만, 제13조 제3항의 규정이 그러한 수입으로부터 취득되는 이득에 적용되는 경우는 제외한다.

제14조 【인적용역 등】 ① 일방체약국의 거주자가 전문직업적 용역 또는 독립적 성격의 기타 활동과 관련하여 취득하는 소득은 다음의 경우가 아니면 동 일방체약국에서만 과세한다.

1. 그가 자신의 활동을 수행할 목적으로 타방체약국안에 정기적으로 이용가능한 고정시설을 가지는 경우, 또는

2. 당해 역년 중 총 183일 또는 이를 초과하는 단일기간 또는 통산한 기간 동안 동 타방체약국에 체류하는 경우 만일 그가 고정시설을 가지고 있거나 앞서 언급한 단일기간 또는 통산한 기간 동안 타방체약국안에서 체류한다면, 타방체약국에서 그 소득에 대하여 과세할 수 있으나, 동 과세는 그 고정시설에 귀속되거나 앞서 언급한 단일기간 또는 통산한 기간 동안 타방체약국에서 취득하는 소득에 한한다.

(6) 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 것) 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점① 중 쟁점①금액에 대하여 살펴본다.

(가) OOO는 OOO내 주요 전력회사가 공동연구의 목적으로 설립한 연구기관으로 참가 회원사들의 회비로 운영되고 있는 비영리법인인데, 여기에는 미국 및 전세계의 전력회사, 에너지산업체 등 1,000여개 회원사가 참여하고 있으며, 각 회원사들은 OOO 산하에 구성된 각 연구분야별 위원회에서 수행하는 연구과제 중 관심있는 분야의 연구과제에 참여하여 회비를 분담하고 공동연구를 수행한 후, 그 결과물에 대하여 일정한 혜택을 보도록 하는 형태로 공동연구를 수행하고 있다.

(나) 회비는 각 회원사의 연간발전량 및 판매수익에 따라 정해지고, OOO는 각 회원사가 납부한 회비의 금액에 따라 각각 다른 등급의 회원자격을 부여하는 것으로 조사되고 있다.

(다) 청구법인이 2002.12.1. OOO와 체결한 「전력 개발분야에서의 공동연구계약서OOO의 주요내용은 다음과 같다.

1) 제1조(회원자격, Membership) 본회원(청구법인)은 이로서 클래스Ⅲ의 회원이 되기로 합의하고, OOO는 본회원을 가입시킨다.

2) 제2조(기간, Term) 이 계약은 2002.12.1. 발효하고, 2005.11.30.까지 유효한 것으로 하되, 당사자 합의로 수정하여 최소 1년의 연장기간을 위해 매년 갱신 및 연장될 수 있다.

3) 제3조(회비, Membership Fee) 증서B에 연결된 프로그램 및 부수적인 조건에 본회원이 참여하기 위한 연회비는 US$1,946,060이며, 부수적인 액수는 변경할 수 있다. 이후 OOO는 첨부된 지불계획에서 설명하고 있는 바와 같이 매회 납입을 위해 30일의 기간을 기한으로 본회원에게 송장(invoice)을 보낸다.

4) 제4조(회원혜택, Member Benefits)

가) 참여권 : 클래스Ⅲ 회원으로서 OOO의 이사 선출 및 OOO의 타 클래스 회원에게 제안된 안건에 대해 투표할 권리를 가진다.

나) 세미나 : 본회원은 이 계약에 의해 참여하는 사업그룹, 사업부 및 타켓(Target ; OOO의 연구분야)이 후원하는 세미나 및 워크샵에 타 OOO 회원과 동일하게 참여할 수 있다.

다) 추가 연구 : 본회원은 공동기금(Cofunding) 및 지원연구(Sponsored Research)에 적용되는 OOO의 방침에 따라 연구프로젝트의 공동기금 또는 지원연구를 제안하거나 OOO가 허용하는 경우 참여할 수 있다.

5) 제6조(지적재산권)

가) 소유권 : OOO가 이 계약에 의해 본회원에게 제공한 모든 정보, 데이터, 컴퓨터 프로그램, 영업비밀, 프로젝트의 결과나 다른 자료 또는 지적재산권에 대한 전세계의 법적 지위 또는 소유권은 OOO가 갖는다.

나) 결과물에 대한 접근 : 클래스Ⅲ 회원으로서 본회원은 계약에 의해 본회원이 참여하는 증서B의 OOO 프로그램과 관련하여 OOO가 소유하는 재산적 정보 및 생산품에 접근하거나 이용할 수 있는 권리를 갖는다.

(라) 위 계약을 기초로 작성된 증서B :「회비의 상세내역 및 부수조건(Membership Fee Details and Additional terms)」에는 청구법인이 3개 분야(전력경제, 배전, 송변전)의 6개 과제에 참여하는 조건으로 US$1,946,060의 연회비(Annual Membership Fee)를 납부할 것을 약정한 내역 및 그 납부방법이 상세하게 기재되어 있는 바, 참여과제 및 연회비의 상세내역은 다음과 같다.

OOO

(마) 위 계약을 기초로 작성된 증서C : 「실시권 계약(Master International Utility License Agreement)」에는 OOO가 청구법인에게 클래스Ⅲ 회원사로서 OOO가 개발한 프로그램들(컴퓨터 프로그램, 데이터베이스 및 데이터 셋트등)과 실시허락된 리포트로 구성되는 전기에너지의 생산, 전송, 분배 및 이용에 관한 많은 생산물(이하 “실시허락생산품”이라 한다)을 비독점적(nonexclusive)으로, 이전불가(nontransferable)의 조건으로, 또한 제3자에 대한 비밀준수의 조건으로 사용할 수 있는 실시권을 부여하는 내용이 기재되어 있다.

(바) 또한, 위 계약을 기초로 체결된 「파견계약-」에 의하면, 청구법인은 OOO 및 파견 피용자(OOO에 파견된 회원사의 연구원들을 말함)와의 별도계약에 의하여 OOO에 연구원을 파견하며, 파견기간동안 피용자의 연구활동에 관련된 합리적인 비용은 청구법인과 OOO가 공동으로 조성한 저축기금에서 부담하는 것으로 약정하였고, 동 파견계약의 부록A 「파견 피용자 공개 및 비밀준수계약」에는 파견 피용자는 공동연구와 관련된 본인의 지적재산을 모두 OOO에 공개하고, 파견기간동안 본인의 업무범위내에서 본인이 작성한 저작권있는 저작물에 대한 권리를 영구히 OOO에 양도하며, 파견기간 동안과 그 후 1년간 OOO의 고객과 거래하는 행위를 하지 아니하고, 비밀준수의 의무가 있는 비밀정보 및 영업비밀을 이용하거나 공개하지 않을 것을 약정한 내용이 기재되어 있다.

(사) 위 계약에 따라 청구법인은 안OOO 등 9인의 연구원을 OOO에 파견하여 공동연구를 수행하였으며, 2003.1.23.부터 2005.5.27.까지의 기간 중 8회에 걸쳐 쟁점①금액을 지급하였다(각사업연도별 연회비를 1회 US$648,686.67씩 나누어 8회에 걸쳐 지급한 것임).

(아) 위 사실에 기초하여 처분청은 1) 청구법인과의 공동연구협약에 따라 OOO가 청구법인에게 제공하는 대가물은 생산, 전송, 분배 및 이용에 관한 생산물로서, 외부에 대한 비밀보호규정이 있는 것으로 보아 노하우에 해당되고, 2) 청구법인이 계약기간동안 이를 독점적으로 사용할 수 있으며, 3) 1998년말에 개정된 법인세법시행령 제2조 제1항 제2호에서 종전에 비영리법인의 수익사업에서 제외되던 상업적 연구개발업을 비영리법인의 수익사업에 포함하도록 개정되었는데 이 건 연구개발이 상업적 연구개발에 해당되므로 청구법인이 회비 명목으로 OOO에 지급한 쟁점①금액은 본질적으로 OOO가 수행한 연구성과물에 대한 이용대가로서 법인세법 제93조 제9호 및 한․미조세협약 제14조 소정의 사용료소득으로 볼 수 밖에 없다고 판단하였다.

(자) 살피건대, 사용료소득에 대한 관계법령의 정의, 노하우의 개념, 사실관계 등을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 점에 비추어 보면, 이 건 공동연구개발협약과 관련하여 청구법인이 OOO에게 회비(Membership Fee) 명목으로 지급한 쟁점①금액은 법인세법 제93조 제9호 소정의 산업상․상업상 또는 과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우에 대한 사용료에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이고, 오히려 회원사로서의 회비 내지는 전력분야의 기술을 공동으로 개발하기 위한 연구개발비 분담금을 지급한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다OOO

1) OOO는 OOO내 주요 전력회사와 일부 외국 회사가 회원사로 참여하여 회비를 납부하고, 그 자금을 가지고 공동으로 화력․원자력․송배전․환경 등에 관한 연구개발업무를 수행하며, 그 연구 결과물을 공동 사용하기 위하여 설립된 비영리법인인데, 회원사들로부터 회비를 받아 상업적 목적으로 연구개발업을 수행하였다고 볼만한 증거가 없는 점

2) 일반적으로 타인이 독점권을 가지고 있는 산업상․상업상 또는 과학상의 지식․경험 또는 정보에 관한 노하우를 사용하고자 한다면, 이미 그 정보 또는 노하우가 개발되어 이를 필요로 하는 자에게 제공되고, 사용자의 입장에서 보더라도 그 정보 또는 노하우를 사용하기 전보다 더 많은 수익을 가져다 준다거나 비용절감의 효과를 가져올 것이 상당정도 확실시되는 것을 전제로 하여야 할 것인데, 이 건의 경우에는 청구법인이 회비 내지는 분담금을 납부하고 그 회비가 회원사들의 공동관심 연구과제 또는 청구법인이 요청하는 연구과제 수행을 위하여 필요한 경비로 배분되어 사용되었고, 그 연구가 성공적으로 수행되리라는 보장도 없으므로 연구실패에 대한 위험부담의 상당부분을 청구법인이 질 수 밖에 없는 점

3) 협약 내용상 청구법인 또한 자신이 협약기간동안 개발하거나 이미 소유한 연구개발 기술의 일부를 OOO에게 무상으로 제공하도록 되어 있었고, 연구원에 대한 인건비도 청구법인과 OOO가 공동으로 조성한 저축기금에서 지급하도록 한 점

4) 이 건 공동연구와 관련하여 청구법인이 회원사로서 받는 혜택은 공동연구계약서 제4조에서 살펴볼 수 있는 바와 같이 투표 참여권, 세미나 및 추가연구 참여권 및 연구성과물에 대한 이용권 등인데, 동 연구계약의 부속계약인 실시권 계약에 의하면, 연구의 성과물에 대한 지적재산권은 원칙적으로 OOO가 보유하고 있는 점

5) 연구의 성과물에 대하여 청구법인이나 파견 연구원에게 제3자에 대한 비밀준수의무가 부과되고 있으나, 이러한 사실만으로 청구법인이 일방적으로 OOO에게 사용료를 지급하고 비밀보호규정이 있는 연구성과물을 사용한 것이라고 보기 어려운 점

(2) 쟁점① 중 쟁점②금액에 대하여 살펴본다.

(가) OOO은 원자력의 평화적인 이용기술 개발을 목적으로 1952년에 설립된 OOO국영기업체로서 대표적인 가압 중수형 원전인 OOO의 개발사이며, 청구법인이 제출한 확인서에 의하면, OOO 조세당국은 OOO에 대하여 Crown Corporation으로서 자국내에서 소득세를 면제하고 있다.

(나) 청구법인과 OOO이 2003.5.25. 체결한 「월성 원전에서의 OOO 프로그램의 실증운영에 관한 해외기술협력에 관한 협약서(Agreement for the Technical Services for Customization, Configuration, and Field Trial of ChemAND at Wolsong Nuclear Power Plant)」에 의하면,

1) 청구법인과 OOO은 OOO이 이미 개발하여 그 성능 및 유용성을 이미 입증받은 중수로 수화학계통에 대한 감시 및 진단프로그램인 OOO를 월성 원전에서의 1년에 가까운 실증운영을 통해 한국 실정에 맞는 OOO프로그램(버젼 1.8)으로 개발할 것을 목표로 동 계약을 체결하였고,

2) 이를 위하여 OOO은 a)OOO프로그램의 제공, b) OOO 운영 및 개발에 필요한 기술․지식․정보 및 자문의 제공 c) 청구법인측 OOO 운용 및 개발 전문가 교육 담당 등의 업무를 분담하고, 청구법인은 a) OOO과 현장과의 인터페이스 역할, b) 한국형 OOO 버전 1.8개발 (한글화 포함) c) 개발된 프로그램의 현장 설치 및 운용 등의 업무를 분담하기로 하였으며,

3) 총 18개월의 기술협력기간 동안의 시험운영 과정을 거쳐 개발된 프로그램OOO은 청구법인이 독점적 사용권한을 갖는 것으로 하되, 청구법인은 이에 대한 기술협력비로 OOO에게 CA$330,000을 지급하기로 약정하였다.

4) 이 과정에서 청구법인은 OOO이 보유 중인 OOO프로그램에 대하여 임시적인 사용권(Temporary Use of ChemAND)을 가지나, OOO 프로그램의 개발이 완료되면 OOO이 제공한 모든 자료를 반환하여야 하며, 어떤 사유로든 복제판을 비롯한 모든 소프트웨어의 시스템 및 기록을 삭제하고 복제판도 보관해서는 안된다고 약정하였다.

(다) 위 기술개발협약에 따라 OOO프로그램이 도입되었고, 동 프로그램의 현장설치를 위하여 OOO측의 직원 2명이 국내에 입국하여 8일간 작업을 하였으며, 청구법인은 OOO에게 2003.8.19.부터 2005.2.24.까지의 기간 중 3회에 걸쳐 쟁점②금액을 지급하였다.

(라) 위 사실에 기초하여 처분청은 1) OOO이 청구법인에게 제공하기로 한 OOO프로그램이 자신들이 이미 개발하여 사용 중인 프로그램으로, OOO의 소유이나 한국내에서 청구법인에게 독점적인 사용권한을 부여한 것이며, 2) OOO이 동 프로그램의 설치 및 사용방법을 지도하기 위하여 교육훈련 요원을 파견한 것으로 보아 쟁점②금액은 법인세법 제93조 제9호 및 한․캐나다 조세협약 제12조 소정의 사용료로 볼 수 밖에 없다고 판단하였다.

(마) 살피건대, 이 건 공동연구개발 협약과 관련하여 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점②금액은 다음과 같은 이유로 법인세법 제79조 제9호 소정의 사용료에 해당된다고 판단된다.

청구법인은 OOO로부터 OOO프로그램을 제공받아 그대로 사용한 것이 아니라 OOO프로그램이 월성 원전에는 그대로 적용될 수 없으므로 한국실정에 맞는 프로그램OOO으로 개발하였으며, 쟁점②금액 중 OOO프로그램의 도입대가와 기술용역비의 비중이 34.5 : 65.5로서 기술용역비의 비중이 높으므로 이를 사용료로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있으나,

1) 청구법인이 OOO로부터 제공받기로 한 OOO프로그램은 OOO측이 이미 개발하여 그 성능 및 유용성을 이미 입증받은 범용 프로그램으로 월성 3호기에 한정되어 임시적인 사용권이 허가된 프로그램인 점

2) 위 기술개발협약에 따라 OOO측에서 청구법인에게 인력을 파견한 목적이 비공개 소프트웨어인 OOO프로그램의 현장설치 및 사용방법의 지도에 있다고 보여지는 점

3) OOO이 청구법인에게 제공한 OOO프로그램에 대하여 OOO측에서 계속적으로 소유권을 가지고, 청구법인이 OOO의 원시코드 변경시에도 OOO측의 승인을 얻어야 하는 점 등을 감안할 때 청구법인이 주장하는 65.5%의 기술용역비는 위OOO프로그램의 사용권에 부수된 지급액으로 보이는 점

(3) 쟁점① 중 쟁점③금액에 대하여 살펴본다.

(가) OOO는 1920년에 설립된 에너지 및 환경관련제품 제조업체로서, 청구법인이 2001.5.28.OOO와 체결한 「화학제염 공동개발에 관한 공동연구 협약서(Agreement for the Joint Project of Chemical Decontamination)」에 의하면,

1) 청구법인과 OOO는 공동연구를 통하여 한국실정에 맞는 표준제염공정기술(decontamination ; 원전에서 작업자의 방사선 피폭량을 줄이기 위해 방사능을 효과적으로 제거하기 위한 기술)을 개발하여 원자력 규제기관인 OOO로부터 개발기술에 대한 인증을 득하고, 특허출원 등을 통하여 개발기술을 공유하며, 공동의 목적으로 개발한 기술을 상용화하기 위하여 공동연구를 추진하기로 하였으며,

2) 공동연구과정에서 OOO는 a) 제염제의 개발 b) 모의 크러드의 제조 c) 「Semi-pilot 제염장치」의 설계 및 제작 등 제염공정 기술개발의 업무를, 청구법인은 a) 광산화 또는 플라즈마를 이용한 액체방사선폐기물 처리기술의 개발 b) 액체방사선폐기물 처리기술 개발 c) 폐수지 이용기술의 개발 등 제염폐액 처리기술의 개발과 d) OOO에서 제작한 제염장치와 폐기물 처리장치를 통합하여 통합시스템에 대한 종합보고서(Topical Report)를 작성하여 원자력 규제기관인 OOO에 제출하는 업무를 분담하기로 하였고, 개발기술은 각 개발자가 소유권을 갖기로 약정하였다.

3) 전체 연구기간은 2001년 3월부터 2003년 8월까지의 30개월간이나,OOO의 참여기간은 2001년 7월부터 2003년 6월까지 24개월로 하였으며, 연구개발과제를 수행함에 있어 각자가 분담하기로 한 개발과제에 소요되는 비용은 각자의 부담이나, OOO가 OOO프로그램의 개발에 필수적으로 소요되는 「Semi-pilot 제염장치」를 제작하여 청구법인에게 제공하는데 필요한 연구개발비 중 US$118,500는 청구법인이 부담하기로 하였다(아래 계약조건 제5.1조 참조).

OOO

(나) 위 공동연구협약에 따라 OOO는 약 1년에 걸친 연구개발의 결과물로 「Semi-pilot 제염장치」를 설계 및 제작하여 2002.6.4. 청구법인에게 보냈으며(통관서류 참조), 청구법인은 OOO에게 2001.11.30.부터 2003.6.30.까지 4회에 걸쳐 쟁점③금액을 지급하였다.

(다) 위 사실에 기초하여 처분청은 OOO가 청구법인에게 제공한 「Semi-pilot 제염장치」가 연구프로그램 수행만을 목적으로 청구법인에게 공개된 OOO의 고유기술이며, 청구법인이 동 제염장치의 사용대가로 쟁점③금액을 OOO에게 지급한 것으로 보았다.

(라) 살피건대, 쟁점③금액은 다음과 같은 이유로 법인세법 제93조 제9호 소정의 산업상․상업상 또는 과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우에 대한 사용료라기 보다는 연구개발비 분담금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

청구법인과OOO가 공동연구를 추진하는 과정에서 각자가 분담하여 개발하기로 한 기술의 개발에 소요되는 비용은 각자가 부담하고, 개발된 기술도 각자가 소유권을 갖기로 하였으나, 쟁점③금액은 OOO가 책임지고 개발하여 청구법인에게 제공하기로 한 「Semi-pilot 제염장치」에 대한 연구개발비 중 일부를 청구법인이 부담하기로 한 약정에 따라 지급된 것으로,

1) OOO가 「Semi-pilot 제염장치」를 개발하여 청구법인에게 보내기 위하여 약 1년의 연구기간을 소모한 점, 청구법인과 OOO가 공동개발한 성과물에 대하여 특허출원을 한 점 등으로 보아, 이 건 공동연구와 관련하여 OOO가 청구법인에게 보낸 「Semi-pilot 제염장치」는 공동연구 이전에 이미 개발되어 보유중인 OOO의 정보 또는 노하우가 아니라 공동연구 과정에서 설계 및 제작된 중간결과물로 보이는 점

2) OOO가 위 「Semi-pilot 제염장치」를 제작하여 청구법인에게 원시코드를 제공하고 일정기간 사용권만 부여한 것이 아니라, 공동연구의 목적 달성을 위한 범위내에서 공동사용할 것을 목적으로 위 「Semi-pilot 제염장치」를 제공한 것으로 보이는 점

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인에게 이 건 원천징수분 법인세를 과세하면서, 원천징수불이행가산세 100,285,777원(2001년 588,909원, 2002년 864,692원, 2003년 43,761,016원, 2004년 41,766,255원, 2005년 13,304,905원)을 본세에 가산하여 부과하였다.

(나) 이에 대하여 청구법인은 쟁점금액 지급시마다 처분청에 「소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제신청서」를 제출하고, 처분청으로부터 쟁점금액이 법인세 비과세 내지는 면제에 해당된다는 사실을 확인받았으므로 쟁점금액을 사용료소득으로 본 다 하더라도 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 가산세는 면제하여야 한다고 주장하고 있다.

(다) 살피건대, 쟁점금액이 외국법인의 국내원천 사용료소득인지, 회비 내지는 외국법인의 국내원천 사업소득인지 여부 등에 대한 확인의 의무가 원칙적으로 청구법인에게 있다고 보이고, 처분청이 발급한 확인서는 외화송금에 필요한 구비서류로서 그 구체적인 내용의 진정성까지 확인하여 발급하는 것은 아니므로 이를 과세관청의 비과세에 대한 견해표명으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점금액을 사용료소득으로 볼 경우, 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 보아 이 건 가산세만 면제하기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 이 건 사용료소득으로 보기 어려운 쟁점①금액 및 쟁점③금액과 관련된 가산세는 과세할 수 없다고 보여지나, 사용료소득으로 보이는 쟁점②금액과 관련된 가산세는 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.