가. 청구법인은 2013.11.18. OOO를 신축·취득하고 「조세특례제한법」제120조 제3항의 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 쟁점건축물 등에 대하여 비과세·감면재산 사후검증을 위한 세무조사 등을 실시한 결과, 청구법인이 설립 당시 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 상호출자제한 기업집단에 속하는 기업이므로 「조세특례제한법」상 창업중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 2016.3.10. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.22. 이의신청을 거쳐 2016.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 비록 설립 당시에는OOO에는 취득세 감면이 적용되는 중소기업에 해당하므로 이 건 취득세를 추징하여 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점건축물이 완공되기 몇 개월 전부터 처분청을 수시로 방문하여 취득세 감면여부에 대하여 자문을 구하였고, 쟁점건축물을 신축한 후 지방세감면신청서를 제출하여 처분청으로부터 감면신청 검토내용 등이 첨부된 감면 승인을 받았음에도 불구하고 납세에 대한 책임을 물어 가산세를 가산하여 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제120조 제3항에서 창업중소기업에 대한 조세가면 혜택을 부여하는 것은 새로운 사업을 최초로 개시하는 제조업 등의 중소기업에 대하여 사업초기에 조세부담을 완화하여 창업을 지원하기 위한 것인바, 청구법인이 법인설립 당시 중소기업에 해당하지 아니하는 이상 위 규정에 의한 취득세 과세대상으로 보기 어려우므로 청구법인에게 취득세 등을 추징하여 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 설립 당시 중소기업에 해당하지 아니함에도 창업중소기업이 쟁점건축물을 취득한 것으로 하여 취득세 등을 감면신청하였고 처분청은 납세자가 제출한 서류 등이 진실한 것으로 신뢰하여 감면결정을 하였는바, 이러한 처분청의 감면결정이 창업중소기업 여부에 대한 진정한 사실관계를 바탕으로 한 것으로 보기 어려운 점, 「지방세법」제18조에서 취득세의 징수는 신고납부의 방법으로 한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 이 건 취득세를 부과하면서 가산세를 적용한 처분이 부당하다는 청구주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 「조세특례제한법」상 취득세 등이 감면되는 창업중소기업에 해당하는지 여부

② 가산세를 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

제120조(취득세의 면제 등) ③2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 중소기업창업 지원법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1."창업"이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

3."중소기업"이란 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 말한다.

(3) 중소기업창원 지원법 시행령 제3조(사업의 개시일) 법 제2조 제2호에 따른 사업을 개시한 날은 다음 각 호와 같다.

1. 창업자가 법인이면 법인설립등기일

(4) 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

(5) 중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위) ① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

(6) 지방세법 제18조(징수방법) 취득세의 징수는 신고납부의 방법으로 한다.

제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 2011.12.20. OOO 기업집단에 편입되었다.

(나)청구법인은 2013.3.1. 실시된 유상증자 등에 의하여 OOO 기업집단에서 제외되었다.

(다) 청구법인은2013.11.18. 쟁점건축물을 취득(사용승인)하였고, 같은 날 지방세 감면신청서를 제출하였다.

(라)처분청은 청구법인의 60% 지분을 소유한 OOO은 해상운송업 등의 사업을 하고 있으나 청구법인과는 별개의 독립 법인으로 현재 그 사업을 폐업하지 않고 영위하고 있다는 검토내용을 근거로 2013.11.19.지방세 감면결정을 하였다.

(마) 처분청은 2015.11.9. 창업중소기업 감면 재산 세무조사 등을 실시한 결과, 청구법인이 설립 당시(2011.12.20.) 상호출자제한 기업집단에 편입된 사실을 확인하고 창업중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 2016.3.10. 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」제120조 제3항에서 2014.12.31.까지 창업하는 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 「중소기업창업 지원법」제2조 및 「중소기업기본법」제2조 제1항 제1호, 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 가목에서 창업이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 의미하되, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한 기업집단에 속하는 회사는 중소기업에서 제외하는 것으로 규정하고 있는데, 창업중소기업에 대하여 취득세 등의 감면혜택을 부여하는 이유는 새로운 사업을 최초로 개시하는 중소기업에 대하여 사업초기에 조세부담을 완화하여 창업을 지원하기 위한 때문인바, 청구법인은 설립 당시부터 상호출자제한 기업집단에 속하는 회사라 중소기업을 창업한 경우로 볼 수 없으므로「조세특례제한법」상의 창업중소기업이 아닌 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 감면신청 당시 처분청으로부터 청구법인이 설립될 당시부터 중소기업에 해당하지 아니함에도 취득세 등의 감면대상인지 여부에 대하여 어떠한 공적인 견해표명을 받았거나 신고·납부를 하지 아니한 사실에 대하여 정당한 사유를 인정할 만한 정황이 보이지 아니하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 적용한 처분이 부당하다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기 본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.