2. OOO세무서장이 2011.3.11. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 예정분 OOO원의 환급신청과 관련된 경정청구에 대한 거부처분은 OOO 산업단지조성 관련 문화재발굴조사비용OOO원(2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원)과 관련된 매입세액과 2008년부터 2010년까지 동 산업단지 조성하는데 지출한 공통매입세액인 구조물공사 관련 매입세액 OOO원[조성공사CM(감리)용역비OOO원, 조성공사용역비(구축물) OOO원, 전기공사용역비OOO원, 조성통신공사용역비OOO원]을 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제2호의 규정에 따라 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분하되, 각 과세기간별 과세사업과 면세사업 관련 예정공급가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

가. 청구법인은 OOO 산업단지 개발사업을 원활히 수행하기 위하여 2006.4.20. 대구광역시와 OOO 컨소시엄간에 체결한 OOO 로 총 198,290평이며, 용지분양분인 산업용지 49,478평와 상업시설, 주차장, OOO, 외국인학교, 초등학교가 들어서는 용지분양 73,604평 및 시설분양대상인 아파트, 근생시설, 패션스트리트인 시설용지 75,208평, 이하 “OOO”라 한다) 조성사업협약에 따라 2006.5.15. 양자간에 공동출자에 의하여 설립된 특수목적법인(2006.6.1. 사업개시일)으로, 2006.5.30.「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지개발법”이라 한다) 제16조에 의거 사업협약내용에 따른 사업을 시행할 수 있는 OOO 개발사업의 시행자로 지정받아 과세사업(국민주택규모초과 공동주택공급, 상업시설물 공급)과 면세사업(국민주택규모 이하 공동주택 공급, 용지공급)을 겸영하고 있다.

나. 청구법인이 OOO 개발사업의 시행자로 변경 지정되기 전의 사업시행자인 대구광역시장이 2000년 12월경 「문화재보호법」제74조의2에 의거 동 사업지에 대한 문화재지표조사 결과 사업지 주변 소재 OOO고분군의 분포 및 사업부지 내에서 확인되는 유물 산포지 등으로 보아 매장문화재의 출토 가능성이 높은 지역으로 판단되어 시굴조사 필요성이 제기됨에 따라 OOO의 사업승계자인 청구법인은 2006.5.30. 대구광역시장이 발행한 ‘산업단지개발사업시행자 지정서’ 제5호 및 사업협약 제29조에 따라 ‘OOO이 제출한 개발계획서’상 개발계획(상업시설물 및 공동주택 분양 포함)을 반영하여 실시설계용역을 착수하기 위하여 사업협약 제31조에 따라 실시설계과정에서 문화재, 각종 지상 및 지하 시설물 등을 조사·확인하기 위하여 「문화재보호법」제44조에 따른 문화재발굴조사용역(2007.4.9. 공급가액 OOO원, 2007.8.28. 공급가액 OOO원으로 총 공급가액OOO원, 매입세액 OOO원) 및 문화재조사 관련 토사운반용역(2007.5.9. 공급가액 OOO원, 2007.8.10. 공급가액OOO원으로 총 공급가액 OOO원, 매입세액 OOO원)(이하 “쟁점①문화재발굴용역비”라 한다)을 제공받은 후, 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 쟁점①문화재발굴용역비 관련 매입세액 전액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제분으로 신고하였으나 2010.7.23. 쟁점①문화재발굴용역비 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 경정청구를 제기한 바, 2010.9.20. 처분청이 청구법인의 경정청구사항의 일부 인용하여 2007년 제1기 부가가치세OOO원 및 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정하여 환급결정하였다.

이후 처분청은 국세청에 질의하여 문화재발굴조사용역과 관련한 매입세액은 토지관련 매입세액으로 보아야 한다는 회신을 받고 이를 근거로 2011.3.9. 청구법인이 당초 신고한 바와 같이 쟁점①문화재발굴용역비 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 불공제대상으로 보고 이에 초과환급신고가산세 OOO원(2007년 제1기 OOO원 및 2007년 제2기 OOO원, 이하 “쟁점초과환급신고가산세”라 한다)를 가산하여 2011.3.9. 청구법인에게 2007년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 또한, 2008년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 예정신고기간까지 OOO의 사업시행자인 청구법인은 2006.4.20. 대구광역시와 OOO간에 체결된 사업협약에 의거 OOO 조성과정에서 문화재발굴조사용역비(공급가액 OOO원)과 문화재발굴토사운반용역비(공급가액 OOO원)인 총 OOO원(이하 “쟁점②문화재발굴용역비”라 하며, 쟁점①문화재발굴용역비와 쟁점②문화재발굴용역비를 “쟁점문화재발굴용역비”라 한다)을 지출하였고, OOO 조성공사와 관련하여 조성구축물공사 등OOO원[이하 “전체조성공사비”라 하고, 이 중 조성공사CM용역비 OOO원, 조성공사용역비(구축물) OOO원, 조성전기공사용역비 OOO원, 조성통신공사용역비 OOO원인 OOO원을 “쟁점조성공사비”라 한다]을 지출 및 공사를 수행하고 각 과세기간별 부가가치세 신고시 쟁점②문화재발굴조사용역비 관련 매입세액(OOO원) 및 전체조성공사비 관련 매입세액(2008년 1기～2010년 2기 예정 과세기간동안 OOO원)을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 신고하였으나,

2010.7.23. 처분청에 쟁점②문화재발굴조사용역비와 전체조성공사비는 OOO를 조성하는 전체사업(과세사업과 면세사업)과 관련된 공통매입세액에 해당한다 하여 각 과세기간별 총 OOO원(쟁점②문화재발굴용역비 관련 매입세액 OOO원, 전체조성공사비 중 쟁점조성공사비 관련 매입세액 OOO원, 전체조성공사비 중 쟁점조성공사비를 제외한 나머지 실시계획변경용역 등 조성공사비 관련 매입세액 OOO원, 기타분 공통매입세액 안분비율 수정에 따른 추가납부 세액 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 바,

처분청은 쟁점②문화재발굴조사용역과 관련된 매입세액(OOO원)에 대한 경정청구는 토지관련 매입세액으로 보아 거부처분하였고, 전체조성공사비 중 쟁점조성공사비를 제외한 나머지 실시계획변경용역 등 조성공사비 관련 매입세액 OOO원은 청구법인의 주장과 같이 전체사업의 공통매입세액으로 보아 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 제2호의 규정에 의거 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분하여 환급경정하였으나, 쟁점조성공사비 관련 매입세액(OOO원)에 대하여는 청구법인이 OOO를 조성하여 용지상태로 분양하는 순수 면세사업과 시설물 등을 신축하여 임대·분양하는 과세·면세 겸용사업을 하고 있으므로 1차적으로 조성토지의 용도별 면적비율을 기준으로 안분하여 용지분양사업 해당 매입세액은 전액 토지관련 매입세액으로 보아 곧바로 매입세액불공제하고, 2차적으로 시설물 등 산업용지 관련 매입세액에 대하여는 OOO 사업전체에 대한 공통매입세액으로 보아 총면세공급가액비율이 총예정공급가액비율에서 차지하는 비율로 안분하여 2011.3.11. 청구법인이 청구한 2008년 제1기부터 2010년 제2기 예정기간의 총 경정청구 환급신청세액OOO원 중 OOO원(2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 예정 OOO원)의 환급을 결정하고, 나머지 경정청구세액에 대하여 거부처분하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점문화재발굴용역비는 대구광역시와의 사업협약에 따라 OOO이 제출한 개발계획서 및 사업계획서상 개발계획(상업시설물 및 공동주택 분양 포함)을 수행하기 위하여 사전에 수행된 「문화재보호법」제44조에 따른 문화재발굴조사용역으로, 청구법인의 일반산업단지개발이라는 1개의 사업 전체[과세사업(상업시설물 및 공동주택 공급)과 면세사업(용지공급)을 모두 포함]를 위해 수행된 용역이므로, 쟁점문화재발굴용역비 관련 매입세액을 1개의 산업단지조성을 위해 투입된 전체사업과 관련된 공통매입세액으로 보아 「부가가치세법 시행령」제61조에 따라 안분계산함이 타당하다.

(2)설령,쟁점문화재발굴용역비를 토지 관련 매입세액으로 보더라도, 2007년 제1기 및 2007년 제2기분에 대한 쟁점초과환급신고가산세(OOO원)의 부과처분은처분청이 청구법인이 제기한 경정청구를 받아들여 환급을 결정한 이후 처분청이 질의하여 회신받은 예규를 근거로 처분청이 당초의 환급결정을 취소함에 따라 초과환급이 발생한 것이라는 점에서 청구법인에게 과세표준 신고 및 세액의 납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것이므로 쟁점초과환급가산세의 부과처분은 취소함이 타당하다.

(3)「OOO 기본계획고보서」에 의하면, 쟁점조성공사의 위치 및 규모는 산업단지 실시계획 및 개발기본계획상 토지이용계획, 인구계획, 업종배치계획, 교통계획을 수립한 후 실시설계 및 상세설계를 통하여 주민편의시설과 사회기반시설 등이 확정된 1개의 산업단지조성을 위해 투입된 사회기반시설의 설치비용이라는 점에서 쟁점조성공사비 관련 매입세액은 「부가가치세법 시행령」제61조에 따른 사업전체에 대한 공통매입세액에 해당하므로 동조 제4항에서 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 1호에서 3호[1호 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 2호 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 3호 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율]의 순으로 적용하도록 한 규정에 따라 제3호(총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율)보다는 제2호(총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율)를 우선적으로 적용하여 안분함이 타당하며,

설령, 쟁점조성공사비 관련 매입세액에 대하여 같은법 시행령 제61조 제4항 제3호(총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율)를 기준으로 그 실질 귀속을 구분하는 것이 타당하다고 하더라도, 쟁점조성공사비 관련 매입세액 중 용지분양사업 해당분을 제외한 잔여 매입세액은 OOO 사업전체와 관련된 공통매입세액이 아니라 용지분양사업 등을 제외한 시설물 분양(상업시설물, 공동주택 분양)사업에 대한 공통매입세액이므로 동 시설물분양사업과 관련된 같은법 시행령 제61조 제4항 제2호(총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율)를 적용하여 안분하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점문화재발굴조사용역비(토사운반용역 포함)가 토지조성과 관련된 매입세액인지 여부에 대하여 국세청 과세기준자문신청(2010.11.18.)한 바, 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항 제1호 및 제3호 규정에 따라 토지의 형질변경, 조성 등 토지의 자본적 지출에 해당하는 용역과 관련된 매입세액은 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업을 영위하고 있었는지, 면세사업을 영위하고 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 회신받은 사실이 있고, 산업단지 개발사업의 시행자인 청구법인이 「문화재보호법」제55조에 따라 문화재 시굴·발굴 용역을 제공받고 부담한 쟁점문화재발굴용역비 관련 매입세액은 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항에 따른 토지 관련 매입세액에 해당하는 것이므로 매입세액불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 주장이 합리적이므로 쟁점초과환급가산세를 직권경정함이 타당하다.

(3) 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액을 들 수 있으며, 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항 제1호 및 제3호는 “법 제17조 제2항 제4호에서 규정한 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 “토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장 부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액과 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용과 관련된 매입세액에 해당하는 것을 말한다”라고 규정하고 있고, 또한 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 「부가가치세법 시행령」제61조에 의거 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 “면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액”의 산식으로 안분계산하도록 규정되어 있으므로, 청구법인이 지출한 쟁점조성공사비(건설사업관리(CM)용역, 구축물조성공사용역, 조성전기공사용역, 조성통신공사용역) 관련 매입세액(OOO원)을 1차적으로 쟁점조성공사비 관련 매입세액을 면세사업인 용지분양면적과 과세사업과 면세사업이 혼재된 시설물 등이 위치할 산업용지 등 조성토지면적을 기준으로 안분하여 용지분양사업 관련 매입세액과 시설물 등 산업용지 관련 매입세액으로 구분한 후, 용지분양사업 해당분은 전액 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하고, 2차적으로 나머지 매입세액에 대하여는 OOO 사업전체에 대한 공통매입세액에 해당한다고 보아 총면세공급가액비율이 총예정공급가액비율에서 차지하는 비율로 안분하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점문화재발굴용역비 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 과세한 처분의 당부

② 쟁점초과환급신고가산세를 과세한 처분의 당부

③ 공통매입세액인 쟁점조성공사비관련 매입세액을 조성토지의 용도별 면적을 기준으로 안분할 것이 아니라 사업전체의 총예정공급가액비율로 안분하여야 한다는 청구주장 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①, ②에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 OOO 일반산업단지 개발사업의 시행자로 변경 지정되기 전의 사업시행자인 대구광역시장이 2000년 12월경 「문화재보호법」제74조의2에 근거하여 동 사업지에 대한 문화재지표조사 결과 사업지 주변 소재 OOO 고분군의 분포상과 함께 사업부지 내에서 확인되는 유물 산포지 등으로 매장문화재의 출토 가능성이 높은 지역으로 판단되어 시굴조사 필요성이 제기되었고, OOO 일반산업단지의 사업승계시행자인 청구법인은 2006.5.30. 대구광역시장이 발행한 ‘산업단지개발사업시행자 지정서’ 제5호 시행자의 지정 조항(2006.4.20. 체결한 OOO지방산업단지 조성사업 협약 내용에 의거 사업을 시행하여야 함) 및 사업협약 제29조에 따라 ‘OOO이 제출한 개발계획서’상 개발계획(상업시설물 및 공동주택 분양 포함)을 반영하여 실시설계용역을 착수하는 과정에서 사업협약 제31조에 따라 문화재, 각종 지상 및 지하 시설물 등을 조사, 확인한 후 설계에 반영하기 위하여 2007년 제1기부터 2010년 1기 예정과세기간 동안〈표1-1〉및〈표1-2〉와 같이 쟁점문화재발굴용역을 수행한 것으로 확인된다.

OOO

(나)청구법인은 위와 같이 쟁점문화재발굴용역비를 제공한 후, 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 쟁점①문화재발굴조사비용 관련 매입세액 전액을 불공제분으로 신고하였으나 2010.7.23. 처분청에 쟁점①문화재발굴조사비용 관련 매입세액을 사업전체와 관련된 공통매입세액으로 하여 과세·면세분 예정공급가액비율로 안분계산한 후 경정청구를 제기하였는 바, 처분청은 2010.9.20. 일부 인용하여 2007년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정하여 환급결정하였으나, 이후 2011.3.9. 국세청에 질의하여 “문화재발굴조사 등 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하는 것”이라는 회신(국세청 법규과-68, 2011.1.21.)을 받아 이를 근거로 2011.3.9. 청구법인이 당초 신고한 바와 같이 전체문화재발굴용역비 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 하면서 쟁점초과환급신고가산세를 가산하여 2011.3.9. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제1기분 OOO원(초과환급신고가산세 OOO원 포함) 및 2007년 제2기분 OOO원(초과환급신고가산세 OOO원 포함)을 경정고지한 것으로 나타나고,

한편, 쟁점②문화재발굴조사비용(2008년 제1기부터 2010년 제2기 예정분)에 대하여 청구법인은 각 과세기간별 부가가치세 신고시 문화재발굴조사 및 산업단지 조성공사비 등에 관련된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 전액 불공제로 신고하였으나, 2011.1.11. 동 매입세액을 일반산업단지 조성사업 전체에 대한 공통매입세액으로 보아 총예정공급가액비율로 안분하여 매입세액을 추가공제할 것을 요구하는 경정청구를 하였는 바, 처분청은 “산업단지 개발사업의 시행자인 자문대상법인이 「문화재보호법」제55조에 따라 문화재 시·발굴용역을 제공받고 부담한 매입세액은 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항에 따른 토지관련 매입세액에 해당하는 것”이라는 2011.1.21.자 예규(국세청 법규과-68)를 근거로 문화재발굴조사·토사운반용역 관련 매입세액 OOO원에 대한 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 2006.12.28. 문화재청장에게 대구광역시OOO 일대에 소재하는 OOO지방산업단지내 “OOO 문화유적지 740,866㎡”에 대하여 삼국시대 및 원삼국시대 생활유적과 경작유적 발굴을 목적으로 착수일로부터 172일간 재단법인 OOO연구원에 발굴을 의뢰하는 내용을 「문화재보호법」제44조 제1항, 같은법 시행령 제30조에 따라 발굴허가 신청서(OOO2006-63, 2006.12.28.)를 제출한 것으로 나타나며, 대구광역시 동구청장은 2006.12.28. 문화재청장(발굴조사과장)과 대구광역시장(문화예술과장)에게 동 신청내용을 기재하여 매장문화재 발굴허가 신청서를 공문(문화공보실-12869, 2006.12.28.)으로 제출한 것으로 나타나고, 문화재청장은 2007.1.29. 청구법인에게 매장문화재발굴허가를 통보한 것(허가 제2007-57호)으로 확인된다.

(라) 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항의 토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의조성 등에 관련된 매입세액이나, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다.

(마) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점매입세액은 토지의 가치를 증가시키는 목적을 지닌 용역비용에 관련된 매입세액이라기 보다는 산업단지내 용지의 조성 및 단지내 건물 등 시설물의 건축·분양을 하는 사업의 과정에서 지출된 매입세액이라고 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 「부가가치세법 시행령」제61조의 규정에 의하여 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 등에 의하여 매입세액을 과·면세 안분계산 하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다 할 것(조심 2009서2307, 2010.2.25. 참조)이므로 처분청이 쟁점문화재발굴비용 관련 매입세액을 「부가가치세법 시행령」제60조 제6항에 따른 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 전액 불공제하여 과세 및 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되며,

또한, 「국세기본법」제47조의5 제2항은 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 그 초과하여 환급받은 세액에 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간을 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있는데, 이때 자진납부일의 의미는 사실상 납부사실 그 자체로 보는 것이 타당하다고 할 것이고(국심 2005서2974, 2006.4.18. 심판관합동회의 같은 뜻임), 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 과세할 수 없는 것으로 청구법인의 경우는 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 쟁점①문화재발굴용역비 관련 매입세액 전액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제분으로 신고하여 납부한 점, 2007년 제1기 및 2007년 제2기분에 대한 쟁점초과환급신고가산세의 부과처분은 2010.7.23. 청구법인이 쟁점①문화재발굴용역비를 전체사업의 공통매입세액으로 보아 안분하여야 한다고 하여 경정청구한 것을 처분청이 받아들여 환급을 결정한 이후, 처분청이 새로운 예규를 받아 이를 근거로 당초의 환급결정을 취소함에 따라 초과환급이 발생한 것이라는 점에서 청구법인에게 과세표준 신고 및 세액의 납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 쟁점초과환급가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 2006.4.20. 체결한 OOO 조성사업 협약내용 및 대구광역시와 OOO간에 체결된 사업협약 제3조 제4호에 의한 주요 지원시설물 개발사업의 규모를 보면 단지의 용지별 계획은 총 1,175,473㎡ 중 산업용지(163,562㎡), 주거용지(227,056㎡), 상업용지(191,089㎡), 학교용지(66,556㎡로 초등학교 14,226㎡, 고등학교 14,331㎡, 대학교 37,998㎡), 공공용지(527,210㎡로 공원, 녹지, 광장, 공공시설, 변전소, 유수지, 하천, 주차장, 보행자도로, 도로)로 개발하여 용지분양·공동주택분양·상가분양을 하는 것으로 되어 있으나 청구법인이 제시한 공사계약서 및 OOO 공구의 조감도에 의하면 1개의 산업단지로, 2006.4.20. 대구광역시(갑)와 OOO(을)간 체결된 OOO 조성사업과 관련된 사업협약서(대구광역시 공고 제2005-529호, 2005.10.28. 모집공고에 근거)에 의하면, “을”이 특수목적법인을 설립하여 “갑”에게 사업시행자 변경지정 신청서를 제출하면 사업시행자로 15일이내에 지정하도록 하고 있고, 지분율은 “갑” 20%, 나머지 민간사업자 전체 지분율은 아래와 같이 80%로 나타나고 있으며, 사업의 내용은 대구광역시 OOO 일대 1,176,728㎡(355,960평)를 “을”이 자금(단지조성사업비 약OOO원과 주요지원시설 등 기타 사업비 약OOO원 정도로 자본금OOO원과 금융기관 차입금 및 분양수입금 OOO원)을 조달하여 산업입지개발법에 의한 산업단지개발사업 및 주요지원시설물 개발사업을 하는 것으로 약정하고 있다.

(나) 청구법인은 OOO 일반산업단지 개발사업을 원활히 수행하기 위하여 2006.4.20. 대구광역시와 OOO 사업협약에 따라 2006.5.15. 설립된 특수목적법인으로, 청구법인의 정관 및 등기부등본상 목적사업에 OOO를 조성하여 첨단사업체 내지 기업체에게 동 단지내에 최적의 입지를 제공함으로써 그들의 연구, 개발, 생산, 판매활동 등을 통하여 지역경제 활성화하기 위하여 단지의 조성·개발 및 분양사업, 공동주택 및 상업시설물의 개발 및 분양사업을 목적으로 하고 있고, 동 산업단지의 사업성격은〈표2-1〉와 같이 과세사업(국민주택규모 초과 공동주택공급, 상업시설물공급)과 면세사업(국민주택규모이하 공동주택공급, 용지공급)이 혼재되어 있으며, 청구법인은 2006.5.30. 산업입지개발법제16조에 의거 산업단지개발사업 시행자로 지정받은 것으로 나타난다.

OOO

(다) 청구법인이 시행한 쟁점조성공사는 OOO 일반산업단지를 개발하기 위한 조성공사(우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 부대공사, 조경공사, 조성CM용역, 조성전기공사, 조성통신공사) 중 2008년부터 2010년까지 지출한 조성공사CM(감리)용역비(매입세액 OOO원), 조성공사용역비(구축물)(매입세액 OOO원), 전기공사용역비(매입세액 OOO원), 조성통신공사용역비(매입세액 OOO원)로 사실상 단지조성의 기간시설인 도로, 공원, 광장, 상수도, 하수도시설, 전기·통신시설 등 일반산업단지를 조성하기 위한 산업단지 기반시설의 구축을 위한 단지조성공사이며,「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조(공공시설 및 토지등의 귀속) 및 동 협약 제11조에 의하면 사업지구내 공공시설은 준공과 동시에 대구광역시에 기부채납하도록 규정하고 있으며,「OOO 기본계획보고서」에 의하면, 쟁점조성공사의 위치 및 규모는 산업단지 실시계획 및 개발기본계획상 토지이용계획, 인구계획, 업종배치계획, 교통계획을 수립한 후 실시설계 및 상세설계를 통하여 주민편의시설과 사회기반시설 등이 확정된 후 1개의 산업단지조성을 위해 투입된 그 사용대상 또한 특정되지 아니하여 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 비용으로 2011년 3월 청구법인이 작성한 OOO 공구조성사업(OOO 공구) 시설물 이관조서에 의하면 대구광역시 동구청장에게 도로, 보도육교, 보도육교 난간, 승강기(보도육교엘리베이터), 도로 부대 전기공사시설물을 이관하는 것으로 기재되어 있으며, 쟁점공사비의 주요내용은 다음과 같다.

1) 조성CM(건설사업관리)용역 도급계약내용을 보면, 청구법인은 2007.10.16. OOO산업단지 조성사업 건설사업관리(CM)용역과 관련하여 주식회사OOO사무소 및 주식회사 OOO사무소 컨소시엄에게 건설사업관리(CM)용역 업무를 공급가액 OOO원으로 변경)으로 도급준 것으로 나타나고 있고, 기술제안서에 의하면 청구법인의 일원으로 청구법인을 대리하여 기술적인 업무(주어진 공기와 예산의 범위내에서 최적의 설계 및 공사 품질을 창출)를 총괄적으로 관리하는 것으로 그 구체적인 업무는 ① 각종 계획의 수립, 운영 및 조정 등 사업관리 일반 업무, ② 설계변경, 클레임 및 분쟁에 관한 업무지원 등 계약관리, ③ 설계도서 검토 및 개발계획 변경 업무지원, ④ 사업예산 및 운영의 적정성 검토, ⑤ 설계 및 시공단계의 VE 검토, 적용 등 원가관리, ⑥ 안전관리 및 재해예방, 민원관리 등의 비용이다.

2) 2007년 9월 청구법인이 발주하여 체결된 조성구축물공사 도급계약서 내용을 보면, 청구법인이 주식회사 OOO에게 OOO 조성사업 부지조성공사 도급계약내용에 의하면, 2007년 9월OOO 산업단지내 부지조성공사 도급계약을 공급가액OOO원(부가가치세 별도)으로 하여 체결한 후 2008.7.2. OOO원으로 변경한 것으로 나타나고, 공사기간은 착공계 수리일로부터 862일이며, 공사개요는 ① 토공 920,000㎥, ② 포장공 188,000㎡(차도/보도/자전거도 포함) 외, ③ 우수공[파형강관(D300～1200) 4,000본, 암거공(2m*2련 3m*2m) 1,580m, 기타 우수받이, U-측구 외], ④ 오수공[삼중벽관(D400) 2,200본, 맨홀 290개소, 가설토류벽 1식], ⑤ 상수공[닥타일주철관(D100～D500) 13,930m, 제수변 등 맨홀 89개소], ⑥ 구조물공, ⑦ 공통공사로 나타난다.

3) 조정전기공사 도급계약내용을 보면, 청구법인은 2008.3.31. 주식회사 OOO과 OOO 산업단지내 전기공사계약을 OOO원(부가가치세 포함)에 체결한 후, 2010.11.25. 공급대가를 OOO원으로 변경한 것으로 공사내역은 ① 가로등(CDM 150W, 70W0 외 이설분 포함 524주, ② 공원등(CDM 70W, 35W) 외 190주, ③ 교통신호등(교차로 구간) 17개소의 공사비로 확인된다.

4) 조성통신공사 도급계약내용을 보면, 청구법인은 2008.12.30. 주식회사 OOO과 OOO 산업단지내 통신공사 도급계약을 공급대가 OOO원에 체결한 것으로 그 공사내역은 ① 통신관로 19,325m, ② 통신선로 9,288m, ③ CCTV 26기, ④ 무선AP 15기의 설치비용으로 나타난다.

(라) 청구법인은 OOO의 전체조성공사[토지조성공사, CM(감리)용역, 토지조성용역비, 조성전기공사용역비, 조성통신공사용역비 총액]에 대한 매입세액 OOO원 중 쟁점조성공사비(우수공, 오수공, 상하수공, 포장공, 구조물공사 등 구축물)에 대한 매입세액 상당액(OOO원으로 토지 조성공사비에 해당하는 OOO원을 제외한 금액)을 「부가가치세법 시행령」제61조에 따른 사업전체에 대한 공통매입세액에 해당하므로〈표2-2〉에서와 같이 같은법 시행령 동조 제4항 제2호에 의한 총예정공급가액비율로 안분함이 타당하다고 하여〈표2-3〉과 같이 경정청구한 것으로 나타난다.

OOO

(마) 처분청은 전체조성공사비 중 쟁점조성공사비를 제외한 나머지 실시계획변경용역 등 조성공사비 관련 매입세액 OOO원은 〈표2-4〉와 같이 청구법인의 주장을 받아들여 전체사업의 공통매입세액으로 보아 총예정공급가액비율로 안분하여 환급결정하였으나, 쟁점조성공사비 관련 매입세액(OOO원)에 대하여는 토지와 구분되는 건물, 구축물 등 건설공사와 관련된 매입세액은 「부가가치세법」제17조 제1항에 따라 매출세액에서 공제가능한 것이므로 건설사업관리(CM)용역, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공 및 전기·통신 공사용역비 등 토지와 구분되는 구축물 공사비 중 과세사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이나, 청구법인은 OOO(1,176,956㎡) 조성비 중 구축물 등에 해당하는 매입세액 상당액 OOO원에 대하여는 청구법인이 면세사업인 용지분양사업도 겸영하고 있으므로 용지분양사업에 해당하는 부지조성비 상당액은 면세관련 매입세액으로 불공제하고, 잔여 쟁점조성공사비 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과세·면세 예정공급가액 비율로 안분계산함이 타당하다고 판단하고〈표2-5〉와 같이 1차적으로 쟁점조성공사비 관련 매입세액을 면세사업인 용지분양사업과 과세사업과 면세사업이 혼재된 시설물 등 산업용지 및 공공용지 분양사업의 조성토지면적을 기준으로 안분하여 용지분양사업 관련 매입세액과 시설물 등 산업용지 관련 매입세액으로 구분한 후 용지분양사업 해당분은 전액 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하고, 2차적으로 나머지 매입세액에 대하여는 OOO 사업전체에 대한 공통매입세액으로 보아 총면세공급가액비율이 총예정공급가액비율에서 차지하는 비율로 안분하여 2011.3.11. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기부터 2010년 제2기 예정분까지의 총 OOO원의 환급을 결정하고, 나머지 경정청구세액에 대하여는 거부처분한 것으로 확인된다.

OOO

(바) 「부가가치세법」제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산하는 것으로 규정하고 있고,

면세공급가액

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

제4항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 1호 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 2호 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율,3호 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율의순에 의하고, 다만，건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(아) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,「OOO 기본계획보고서」에 의하면, 쟁점조성공사의 위치 및 규모는 산업단지 실시계획 및 개발기본계획상 토지이용계획, 인구계획, 업종배치계획, 교통계획을 수립한 후 실시설계 및 상세설계를 통하여 주민편의시설과 사회기반시설 등이 확정된 1개의 산업단지조성을 위해 투입된 사회기반시설의 설치비용이라는 점에서 쟁점조성공사비는 「부가가치세법 시행령」제61조에 따른 사업전체에 대한 공통매입세액에 해당한다고 보이는 점, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있고, 제4항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 1호 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 2호 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 3호 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율의 순에 의하되, 단서로 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용하는 것으로 규정하고 있으나, 이는 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우, 또는 조성된 토지위에 동일 층수의 건물이 신축되는 경우로서 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 적용하는 것으로, 이 사건과 같이 1개의 산업단지를 조성하여 조성한 용지를 공급하는 경우와 조성토지위에 과세분과 면세분의 건축물 등을 신축하여 공급하는 경우가 혼재된 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것이라는 점에서 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항의 제3호보다 제2호를 우선적용함이 타당하다(조심 2012중545, 2012.8.6. 참조)고 보이므로, 처분청이 쟁점조성공사비와 관련된 매입세액을 사업전체의 공통매입세액으로 보면서 같은법 시행령 제61조 제4항 제3호를 적용하여 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.