청구인 등 4인(이하 “청구인등”이라 한다)은 OO안과의원이라는 상호로 1996.7.20.부터 의료업(안과) 공O사업을 영위하다가 2002.3.1. 공O사업을 탈퇴하고 같은 날 “이OO안과의원”을 개업하였으며, 2002년 5월 2001년 귀속분 종합소득세 확정신고시 조세특례제한법 제7조의 규정에 의거 OO,OOO,OOO원의 중소제조업 등의 특별세액감면을 받았다.

처분청은 세액감면 등을 받은 거주자는 세액감면에 상당하는 세액을 장기차입금의 상환이나 사업용고정자산에 투자하여야 하나, 청구인의 공O사업 탈퇴로 인하여 감면요건에 부적격하므로 추징사유에 해당한다 하여 위 감면세액에 이자상당액 O,OOO,OOO원을 가산하여 2003.5.9. 청구인에게 2001년 귀속 종합소득세 OO,OOO,OOO원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2003.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

중소기업 특별세액감면의 취지는 감면세액상당액을 사업소득과 관련하여 재투자 등을 유도하기 위한 것인데 청구인은 O종의 의료업(안과)을 영위하고자 건물신축 및 의료기구를 취득하는 등 실질적으로 감면취지에 부합하도록 사용하였으므로 실질과세원칙에 따라 세액감면을 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 공O사업을 탈퇴하고 사업장을 신규로 개설하여 사업자등록을 하였으며, 감면을 적용받은 날로부터 5년이내에 당해기업의 고유목적에 사용되는 사업용자산의 매입이나 건설을 위한 투자에 사용하여야 함에도 당해 기업이 아닌 신규사업장에 사용하여 감면요건을 충족하지 못하였으므로 조세특례제한법 제145조, 제146조 및 O령 제137조의 규정에 의거 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

공O사업중이던 의료업(안과)을 탈퇴하고 단독으로 O종의 의료업을 신규개업한 경우, 공O사업의 폐업으로 보아 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 제조업, 광업, 건설업, …(생략)…, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 의료업 이라 한다), …(생략)…을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업，자O차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

조세특례제한법 제145조【기업합리화적립금의 적립】① 제5조 내지 제7조, …(생략)…의 규정에 의하여 세액공제 세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 감면 등 이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 감면세액상당액 이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다. (2002.12.11. 삭제)

조세특례제한법 제146조【감면세액의 추징】제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

4. 제145조 제1항의 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)이 O조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다) : 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액

조세특례제한법시행령 제137조【기업합리화적립금의 적립 등】⑤ 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 중소법인은 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다.

1. 상환기간이 1년 6월 이상인 재정경제부령이 정하는 사채 및 외화차입금과 상속세 및 증여세법시행령 제10조 제2항의 규정에 의한 금융기관의 차입금의 상환

2. 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용 자산의 매입이나 건설을 위한 투자

⑥ 제5항의 규정을 적용함에 있어서 O항 제1호의 경우에는 세액공제 세액감면 또는 소득공제를 적용받은 날부터 2년 이내에, O항 제2호의 경우에는 5년 이내에 사용하여야 한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.7.20. 청구인외 1인과 함께 공O사업으로 OO안과의원을 개업하였고, 2000.7.11. 청구인을 포함한 4인이 같은 상호로 공O사업을 영위하던 중 2001.8.24. 청구인이 안과의원을 단독사업으로 영위하기 위하여 OO광역시 OOOO OOOO OO 소재 토지를 매입하여 2002.4.16. 안과병원건물을 신축·보존등기하고, 2002.1.7. 상호를 이OO안과의원으로 사업자등록(개업일 2002.3.1.)을 하였으며, 청구인은 2002.3.1. 공O사업 탈퇴신고를 하였고, 나머지 공O사업자들은 새로이 1인을 영입하여 4인 공O사업을 계속중에 있음이 처분청이 제시하고 있는 사업자기본사항조회서 등 관련 공부에 의하여 확인되고 이 사실에는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 감면받은 2001년도 귀속분 종합소득세액에 상당하는 금액의 사용용도를 소명하여 달라고 요구하였고, 이에 대하여 청구인은 의료기기 등 매입액 OOO,OOO,OOO원의 내역서를 제시하고 있으나, 이는 신규로 개업한 이OO안과의원의 개업일(2002.3.1.) 이후에 취득한 것으로서 청구인의 공O사업과 관련한 매입액이 아님이 확인되고 청구인 역시 이 건 심판청구서에서 감면세액 상당액을 새로이 개업한 의료업을 영위하고자 사업용 고정자산 및 의료기구 등을 취득하는데 사용하였다고 주장하고 있음이 확인된다.

(3) 살피건대, 조세특례제한법시행령 제137조 제5항 제2호의 규정에 의거 감면 등을 받은 거주자 및 중소법인은 공제받은 세액에 상당하는 금액을 감면받은 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하여야 하는 바, 청구인의 경우 청구인등이 경영하던 종전의 공O사업을 탈퇴하고 새로이 병원을 개업한 경우로서 이는 세액감면을 받은 사업자와 감면세액을 고유목적에 사용한 사업자가 그 주체를 서로 달리하는 것이므로 감면요건을 충족하지 못하였다 할 것이다. 따라서, 처분청이 관련법령의 규정에 의거 감면세액에 이자상당액을 가산하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.