청구인은 경기도 OO군 강하면 OO리 O OOOOO에서 눈썰매장을 운영하는 사업자로 95.10월～12월 눈썰매장 및 부속시설공사를 하고 동 공사와 관련된 매입세액 76,420,248원을 매출세액에서 공제하여 95년2기 부가가치세 확정신고시 75,996,147원을 환급신고 하였다.

처분청은 청구인의 95년2기 부가가치세 확정신고에 대한 환급조사를 하여 환급신고한 세액 75,996,147원 중 토지정지작업과 관련된 매입세액 34,400,000원에서 건물정착면적부분에 해당되는 매입세액 915,921원을 차감한 33,484,079원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 불공제하고 환급세액을 39,163,661원으로 하여 96.2.3 청구인의 95년2기 부가가치세를 경정하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.3.19 이의신청 및 96.6.17 심사청구를 거쳐 96.10.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청이 매출세액에서 불공제한 토지조성 관련 매입세액은 청구인의 과세사업을 위하여 지출한 매입세액이므로 그 것이 설사 면세되는 재화(토지)에 관련된 것이라 할지라도 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다.

나. 국세청장 의견

부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항에서 토지의 조성을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 이는 토지가 면세재화이기 때문에 이와 관련된 지출에 대한 매입세액은 불공제하여 취득원가로 계상하여야 된다는 것을 명확히 하기 위하여 토지의 조성을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 토지의 용도에 관계없이 매입세액을 불공제하는 것이라 하겠다. 따라서 이 건의 경우에 처분청이 매입세액 불공제한 내역이 토지정지작업에 사용된 부분임이 청구인의 확인서에 의해서도 명백하게 확인되므로 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 당초 처분에는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 토지정지작업과 관련된 쟁점매입세액이 과세사업을 위하여 지출된 것이라 하여 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제1항에 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ”매출세액“이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. 1.(생략) 2.(생략)”고 규정하고 있고, 같은조 제2항 4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제60조 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점매입세액이 토목공사(토지정지작업)에 관련된 매입세액임이 청구인이 환급조사를 받을때 작성한 확인서에 의하여 확인되고 있고 이에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없으며, 다만 청구인은 쟁점매입세액이 과세사업을 위하여 지출한 것이므로 그 것이 면세되는 재화(토지)에 관련된 것이라 할지라도 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

(2) 토지의 조성등에 관련된 비용은 토지의 가치를 증가시키는 자본적지출에 해당되므로 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어 자산으로 계상되어야 하는바, 토지의 공급은 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하다가 공급하는 때에는 물론, 과세사업에 사용하다가 공급하는 때에도 면세되는 것이므로 그 취득원가에 산입된 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 대한 매출세액이 면제되는 이상, 토지의 조성등을 위한 자본적지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도 그에 관련된 매입세액은 부가가치세 면세제도의 기본원리상 공제되어서는 아니되며, 결국 토지의 조성등을 위한 자본적지출은 당해토지의 취득원가에 산입되었다가 당해토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입되어야 할 성질이라 할 것이다.

(3) 위와 같은 취지에 따라 91.12.31 부가가치세법 시행령 제60조 제6항을 신설하여 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하여 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 불공제하도록 하였으며, 93.12.31 법령개정에서 같은법 제17조 제2항 제4호를 종전의 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액에 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”을 추가 규정하고, 같은법 시행령 제60조 제6항을 “법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 대한 매입세액을 말한다”고 개정규정하여, 토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련된 지출에 대한 매입세액을 불공제하여 취득원가로 계상해야 된다는 법적근거를 보다 명확히 하였는 바, 93.12.31 개정된 위 법령규정은 동 부칙에 따라 94.1.1이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하므로 이 건 95년2기분 토지조성을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 공제대상이 되지 아니한다 하겠다.(국심 95중2639, 96.2.9외 다수 같은 뜻임)

따라서 청구인이 과세사업자에 해당되므로 토지조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 공제하여야 한다는 주장은 받아들일수 없다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.