가. 청구인은 OOO 대 119㎡ 지상의 주택(이하 “인접주택”이라 한다), 같은 동 OOO 대 561㎡ 지상의 건물(이하 “병원건물”이라 한다), 같은 동 OOO 대 89㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 일괄양도하고, 부동산매매계약서상 각 필지별로 구분기재된 매매가액 OOO을 양도가액으로 하여 OOO 양도소득세 OOO을 예정신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 양도소득세 실지조사를 하여 매매계약서에 필지별로 구분기재된 매매가액을 부인하고 국세청 기준시가를 기준으로 양도가액을 안분하였고, 쟁점토지는 청구인의 신고내용대로 나대지로 보아 양도소득금액을 재계산하여 세무조사 결과통지를 하였으나, 청구인은 OOO 쟁점토지가 인접주택의 부수토지임을 주장하며 과세전적부심사청구를 하였다.

다. 과세전적부심사결정OOO에 따라 처분청은 쟁점토지가 인접주택의 부수토지인지를 재조사한 후, 쟁점토지(89㎡)를 인접주택의 연면적(66.12㎡)과 병원건물의 연면적(449.07㎡) 비율로 안분하여 인접주택의 부수토지 면적을 계산하고 양도소득세를 재계산하였으며, OOO 2015년 귀속 양도소득세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 인접주택과 한울타리 안에 있으며, 주택을 출입하려면 쟁점토지를 통해야만 한다. 병원건물인 OOO에서 20여년 근무한 간호사 등의 확인서, OOO 거리뷰 사진에서 쟁점토지에 소재하는 차고지의 구축물 위에 장독대 등이 있는 점을 보더라도 쟁점토지가 인접주택의 부수토지로 사용된 것을 알 수 있다.

(2) 쟁점토지와 인접주택은 OOO 전소유자인 OOO이 매수하였을 때와 OOO 청구인이 매수하였을 때 모두 하나의 단위로 같이 매매되었고, 병원건물은 쟁점토지 및 인접주택과 별개로 매매되었으며 소유자도 달랐다. 청구인은 병원건물을 1970년에 매입하였고, 쟁점토지를 1977년에 각각 다른 사람으로부터 매입하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지가 인접주택의 부수토지로만 사용되고 있다고 주장하지만, 쟁점토지는 인접주택과 병원건물의 부수토지로 혼재되어 사용되었으므로, 인접주택과 병원건물의 연면적 비율로 안분하여 계산하는 것이 타당하다. 인접주택 및 병원건물은 2년간 비어있던 상태에서 양도되었고 현재 매수자에 의해 멸실되고 재건축 중에 있어서 쟁점토지의 실질적인 사용 용도를 직접 확인할 수 없다.

(2) 쟁점토지에는 인접주택과 병원건물을 구분하는 담장과 같은 별도의 시설이 없다. 과거 매매거래시 인접주택과 쟁점토지가 하나의 단위로 매매되었다고 하지만, 청구인이 OOO 양도하였을 때에는 인접주택, 병원건물 및 쟁점토지를 하나의 단위로 매매하였으므로 쟁점토지가 인접주택에만 사용된 것으로 보기 어렵다.

(3) 청구인의 장모가 사망한 2008년 12월 이후 인접주택은 공가 상태였음에도 불구하고, OOO의 진료수입이 발생한 2013년 1월까지는 주택의 수도 사용내역이 확인되는 등 병원의 운영시기와 인접주택 및 쟁점토지의 수도 사용시기가 일치하므로 쟁점토지는 병원건물의 부수토지로도 사용한 것으로 추정된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 인접주택의 부수토지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 소득세법 시행령

제154조[1세대 1주택의 범위] ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 한다.

(3) 부가가치세법 시행령

제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 인접주택과 병원건물이 철거되기 전의 사진 등에 따르면, 쟁점토지는 인접주택과 병원건물의 사이에 위치하고 인접주택의 지붕 일부가 쟁점토지 위를 덮고 있으며, 쟁점토지의 안쪽에는 차고가 있다. 쟁점토지와 인접주택 및 병원건물 사이에는 담장 등의 구분시설이 없어서 통행이 가능하고, 대문을 통해 인접주택을 출입하려면 반드시 쟁점토지를 지나야만 하는 구조이며, 병원건물에서는 2층 연결통로를 통해 병원 뒤쪽의 창고로 바로 통행할 수 있다.

(2) 쟁점토지 등이 OOO 양도된 후에 인접주택과 병원건물은 철거되었고, 현재에는 신축건물이 완공되어 종전의 사용 현황을 파악할 수 없다.

(3) 쟁점토지, 인접주택 및 병원건물의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 병원건물을 OOO에 취득하였고, 인접주택과 쟁점토지는 OOO에 일괄취득한 사실이 확인된다.

(4) 쟁점토지에 대한 OOO의 재산세 과세자료에 따르면, 쟁점토지는 2005년부터 청구인이 양도하기 전까지 계속하여 나대지로서 재산세 종합합산과세대상으로 과세되었다.

(5) 처분청이 제출한 OOO의 수도요금 수납 확인 내역서에 따르면, 인접주택에서 2013년 2월까지 수도를 사용한 사실이 확인되는데, 처분청은 OOO이 OOO에 폐업되었고 2013년 1월까지 매출이 발생되어 병원건물과 인접주택의 사용기간이 유사하므로 청구인이 병원건물과 인접주택 및 쟁점토지를 함께 사용한 것으로 추정하였다.

(6) 청구인이 제출한 OOO의 도로사용료(차량진출입로) 납부 확인서에 따르면, 청구인은 1999년부터 2005년까지 OOO으로부터 쟁점토지에 대한 도로점용허가를 받고 도로사용료를 납부한 사실이 확인된다. 청구인은 2005년 이후 병원건물 옆에 차량 2대를 주차할 수 있는 거주자우선주차구역을 배정받아 2013년까지 사용하였다.

(7) 청구인은 OOO에서 20여년 근무한 간호사, 병원건물과 인접주택의 수리에 도움을 주었던 자 등이 작성한 사실확인서를 제출하였고, 해당 확인서에는 청구인의 장모가 인접주택에서 사망시까지 거주하였으며, 쟁점토지는 인접주택과 한울타리 내에 있어 인접주택의 마당으로 사용되었다는 등의 내용이 기재되어 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지는 인접주택 및 병원건물의 사이에 위치하고 담장과 같은 구분시설이 없으며, 청구인이 인접주택 및 병원건물을 모두 소유하여 쟁점토지의 실제 사용용도를 특정하기 어려운 점, 토지에 대한 재산세 과세대상은 토지의 용도 등에 따라 종합합산ㆍ별도합산ㆍ분리과세대상으로 구분되는데, 주택의 부수토지는 별도합산과세대상이지만 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 과세된 점, 청구인이OOO양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지를 주택의 부수토지로 신고하지 않은 점, 쟁점토지에 위치한 차고를 인접주택 뿐만 아니라 병원건물에서도 사용하였을 가능성을 배제하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지는 인접주택 및 병원건물의 부수토지로 혼재되어 사용된 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점토지를 인접주택과 병원건물의 연면적 비율로 안분하여 주택의 부수토지 면적을 계산하고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.