청구법인은 2002.4,1. 금지금 도매업으로 사업자등록을 한 법인으로서, 2003년 2기 과세기간 중에 주식회사○○(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 수취한 공급가액 250,532,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 자료상으로 확정ㆍ고발된 청구외 법인으로부터 실물거래없이 수취한 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2007.2.14. 청구법인에게 2003년 2기 부가가치세 63,608,310원 및 2003사업연도 법인세 85,547,400원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.3.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2, 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 청구외법인과의 거래시 사업자등록증 및 사업장을 확인하고 금융거래를 통하여 대금을 결제하고 금지금을 수취한 정상거래를 하였는 바, 청구외법인이 어떤 잘못을 하였는지 모르나 청구법인은 그러한 사실을 알지 못한 선의의 사업자이므로 보호받아야 되는데도 실지거래내용을 확인하지도 아니하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구외법인이 금지금을 판매하지 않고 세금계산서가 필요 한 거래처에 세금계산서를 발행하여 주고 실제로 매출이 있었던 것처럼 위장하기 위해 인터넷뱅킹으로 매출처가 청구외법인 명의의 계좌로 입금하면 청구외법인이 매입처에 송금하는 등의 가공거래를 한 사실이 청구외법인의 실질대표자 및 종업원의 진술내용에 의해 확인되므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 2003년 2기 과세기간 중 자료상으로 확정ㆍ고발(2006.3.3.)된 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공거래에 따른 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 청구외법인과 금지금과 관련한 실지거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취한 선의의 거래당사자라고 주장하면서 그 입증자료로 거래처별 계정원장 및 거래명세표, 청구법인 및 대표이사 개인 명의의 통장사본, 무통장입금증 등을 제시하고 있다.

(3) 청구외법인의 종업원 전○○ 및 홍○○에 대한 문답서(2004.7.30. 및 2004.10.20.)를 보면 청구외법인이 금지금을 판매하지 않고 세금계산서를 필요로 하는 거래처에 세금계산서를 발행해 주면서 실제 거래가 있었던 것처럼 위장하기 위해 거래대금을 계좌로 수수하였으며 이 건 과세기간에 청구법인에게 실물거래없이 세금계산서를 발행해 준 것으로 나타나고, 청구외법인의 실질대표이사 조○○에 대한 문답서(○○구치소 수감 중인 2005.2.25. 작성)를 보면 이 건 과세기간에 청구법인이 돈당 800원씩 총수수료 4,019천원을 청구외법인에게 지급하고 실물거래없이 세금계산서만을 수취한 것으로 나타나고 있어 쟁점세금계산서를 금지금의 실지거래에 따른 것으로 보기 어렵다.

(4) 위 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인은 실물거래없는 자료상으로 확정ㆍ고발되었고, 청구법인이 청구외법인과 정상적으로 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취한 선의의 거래당사자에 해당하는 사실이 제시된 입증자료만으로 확인하기 어려우므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공거래에 따른 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.