가. 청구법인은 1960.2.8.부터 서울특별시 OO구 시흥동 957에서 택시운수업을 영위하는 법인으로서, 2007년 제2기 확정 및 2008년 제1기 예정 부가가치세 신고시 「조세특례제한법」제106조의4 제1항의 규정에 의한 경감세액(납부세액의 50%)을 차감하여 각 과세기간별 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 2009.1.7. OO구청장은 청구법인의 2007년 제2기 확정 및 2008년 제1기 예정 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과, 청구법인이 각 과세기간별 경감세액 중 9,556천원(2007년 제2기 확정 7,196천원, 2008년 제1기 예정 2,360천원)을 기한 내(신고납부기한 종료일부터 6개월 이내) 법정용도(운수종사자의 처우개선 및 복지향상)로 사용하지 아니한 사실을 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2009.5.1. 청구법인에게 2007년 제2기 부가가치세 10,037,450원, 2008년 제1기 부가가치세 3,224,810원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 부가가치세 경감세액에 대하여 노사간 마찰을 없애기 위하여 3차례(2006.11.14, 2007.11.1, 2008.6.20)의 노사합의에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으며, 지급한 차액에 대하여는 제간접비, 조합원 후생복지비 및 임금 등에 일부 포함하여 지급하는 것으로 현재까지 시행하고 있어, 부가가치세 경감세액을 미지급한 사실이 없음에도 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인을 관할하는 OO구청장이 통보한 공문(OOOOOOOOO, 2009.1.7)에 의하면, 청구법인은 경감된 세액 중 일부를 부가가치세 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 법정 용도에 따라 사용하지 아니한 사실이 확인되는 바, 미지급 경감세액에 대하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

택시운수업을 영위하는 청구법인이 부가가치세 경감세액을 신고납부기한 종료일부터 6월 이내에 택시운수 종사자의 처우개선 및 복지향상에 직접 사용하지 아니하고 노사합의에 의하여 순차적으로 지급한 경우 이를 부당하게 감면받은 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제106조의4(2007.12.31. 제106조의4에서 제106조의7로 조 번호 개정) (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감) ①「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 건설교통부장관은「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1.「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액

이자상당액＝제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

(2) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것) 제48조 (가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2009.1.7. OO구청장이 처분청에 통보한 청구법인에 대한 부가가치세 경감세액 사용실태 점검표를 보면 다음 <표1>과 같고, 처분청은 부가가치세 경감세액 중 미사용액(2007년 제2기 확정 7,196천원, 2008년 제1기 예정 2,360천원)에 근거하여 이 건 부과처분을 한 사실이 나타난다.

<표1>부가가치세 경감세액 사용실태

(단위：천원)

(2) 2006.11.14. 작성된 노사합의서를 보면, 부가가치세 경감분에 대하여 2006년 11월부터 2007년 6월까지 잠정적으로 1인당 월 33,000원을 지급하고 그 이전이라도 상급단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감분에 대한 교섭이 체결되면 그에 따르며, 미지급분에 대하여 재협의 하는 것으로 되어 있다.

(3) 2007.11.1. 작성된 노사합의서를 보면,「조세특례제한법」의 부가가치세 경감분(2008.12.31.까지)에 대하여 2007년 11월부터 매월 50,000원씩 2009년 3월까지 분할 지급하는 것으로 되어 있다.

(4) 2008.6.20. 작성된 부가가치세 지급 합의서를 보면, 제1호에서2007년 1월 부가가치세 경감분부터 2008년 12월까지 전액 현금으로 지급함을 원칙으로 한다로 되어 있고, 제2호에서 회사(청구법인)는「조세특례제한법」에 의하여 부가가치세 경감분을 지급하여 왔으나 2007.11.1. 노사협의회에서 그동안 지연 지급해오던 부가가치세 경감분의 지급기일을 맞추기 위하여 2007년 1월부터 2008년 12월까지 2년분을 2007년 11월부터 2009년 3월까지 17개월에 걸쳐 월 50,000원씩 지급하기로 노사가 합의한 것이라 되어 있다.

(5) 청구법인은 1996.1.5. 작성된 서울특별시지방노동위원회 중재재정서(95쟁의126, 128), 1995.12.31. 작성된 1995년도 임금협정서, 1996.11.4. 작성된 1996년도 임금협정서 및 2007.6.20. 작성된 서울택시 부가가치세 세액감면분 노·사 사용합의서 등을 심리자료로 제출하였으며,

청구법인의 대표자 신순철은 2009.8.12. 조세심판관회의에 출석하여, 부가가치세 경감세액에 대해 임금협정을 맺고 임금에 포함하여 계산하기로 하였으며, 서울지방노동위원회 중재에서도 임금인상액에 부가가치세 경감세액이 포함된 것으로 인정하고 있음에도, 일부 노조측의 민원 때문에 이 건 부가가치세가 부과된 것은 억울하다는 취지의의견진술을 하였다.

(7) 2007.12.31, 법률 제8827호로 개정되기 전의 「조세특례제한법」제106조의4(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감) 제3항의 규정에 의하면, 건설교통부장관(현 국토해양부장관, 이하 같다)은「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액상당액(제1호), 미사용 경감세액상당액의 이자상당액(제2호), 가산세(제3호)를 추징하는 것으로 규정하고 있다.

(8) 위의 사실 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 마련된 부가가치세 경감제도는 경감세액의 투명한 사용을 보장하기 위하여 경감세액은 부가가치세 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하도록 하였으므로, 건설교통부장관(또는 관할 구청장)으로부터 통보받은 국세청장(또는 관할 세무서장)은 미사용 경감세액 등을 추징하여야 할 것인 바, 청구법인이 제시한 자료 등은 노사합의를 통한 경감세액의 지급시기를 규정하고 있을 뿐이어서 이에 의하여 OO구청장이 확인하여 처분청에 통보한 부가가치세 미사용 경감세액을 부가가치세 납부기한 종료일부터 6개월 이내에 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 인정하기는 어려운 것으로 판단되므로, 처분청이 미사용 경감세액 상당액 및 그 이자상당액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 「조세특례제한법」제106조의4(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감)의 규정의 취지는 택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 세제지원에 있고, 비록 청구법인이 부가가치세 경감세액 중 일부를 정해진 기한내에 법정용도로 사용하지 아니한 것은 사실이지만, 노사합의를 통하여 불가피하게 그 지급시기를 지연하여 지급하였다고 보이는 측면이 있어 동 제도의 목적을 달성할 수 있을 것으로 판단되므로 부가가치세 경감세액 미사용분에 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당되는 것으로 보아, 「조세특례제한법」제106조의4(2007.12.31. 개정된 「조세특례제한법」제106조의7)(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감) 제3항 제3호에 따른 가산세는 과세하지 아니하는 것이 타당한 것으로 판단된다(대법원 98두17685, 2000.8.22. 참조, 조심 2009부99, 2009.4.10. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009년 10월 5일

주심조세심판관 박 동 식

배석조세심판관 김 홍 기

박 요 찬

이 전 오