처분청은 청구인이 2000년 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ동ㅇㅇ가ㅇㅇ번지외 17필지 공장용지 195,216㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대한 2000년도분 종합토지세를 과세함에 있어서, 도시계획상 용도지역이 준공업단지내로서 공장용 부속토지로 사용하고 있는 7필지와 4필지중 일부 준공업지역에 포함된 면적에 대하여는 분리과세세율(1000분의3)을 적용하고, 공장용 부속토지로 사용되고 있으나 도시계획상 용도가 일부 상업지역으로 되어 있는 4필지 토지중 상업지역에 포함된 면적과 지상건축물이 철거되어 나대지 상태인 6필지 토지는 종합합산세율을 적용하여 산출한 세액을 합한 종합토지세 1,626,520,960원, 도시계획세 90,710,870원, 교육세 325,304,190원, 농어촌특별세 243,003,380원, 합계 2,285,539,400원을 2000.10.2. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 부과처분의 경정을 구하면서 그 이유로,

청구인은 섬유제조업을 목적사업으로 하는 법인으로서 수년전부터 시작된 섬유경기의 불황으로 인해 경영이 어려워져 공장 규모를 축소하고자 노후설비의 폐기 및 공장건물 일부를 철거하였으며, 그중 지상건축물이 철거된 6필지의 경우는 지상건축물을1999.10.1.부터 철거작업을 시작하여2000.6.14.에완료하고 2000.6.14.자로 건축물대장멸실신고를 하였으므로, 이건 종합토지세 과세기준일인 2000.6.1. 현재 건축물을 완전 철거하지 아니한 상태일 뿐만 아니라 지방세법시행령 제194조의14제1항에서 종합토지세 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우는 건축물의 부속토지로 보도록 규정하고 있음에도, 2000.6.1. 현재 건물이 사실상 철거되었다는 이유를 들어 종합합산대상토지로 보아 이건 종합토지세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 공장용건축물이 멸실된 토지에 대한 종합토지세의 세율적용에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 지방세법 제234조의15 및 제234조의 16 등의 규정을 종합해 보면, 종합토지세는 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지를 합산하여 종합합산세율로 누진과세 하는 것을 기본으로 하면서, 공장용건축물의 부속토지는 합산대상에서 제외하여 1000분의 3의 단일세율로 분리과세하도록 규정하고, 지방세법시행령 제194조의14제1항 본문과 제1호에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”를 규정하면서, 건축물(과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함한다)중 공장구내의 건축물(특별시안에서는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 및 도시계획법에 의하여 지정된 공업지역안에 위치한 공장용 건축물에 한한다)의 부속토지로서 건축물 바닥면적에 제2항에 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 이건 쟁점토지 ㅇㅇ동 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지외 5필지(ㅇㅇ,ㅇㅇ,ㅇㅇ,ㅇㅇ,ㅇㅇ번지)의 경우 2000.6.1. 현지를 조사한 결과 지상의 공장용건축물이 조사일 현재 멸실된 사실을 확인하고 종합합산세율의 적용대상토지로 보아, 2000년도 정기분 종합토지세 등을 부과 고지하였으나, 이에 대하여 청구인은 이건 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 공장용건축물이 완전 철거되지 아니한 상태로서, 건축물 철거를 1999.9.22.에 청구외 ㅇㅇ개발(주)와 건설공사(건물철거)도급계약(공사비 1,056,000,000원)을 체결하고, 당초 공사기간을 1999.10.1.～2000.1.31.로 정하고 철거 공사를 진행하다가 공장의 폐수처리장외 기타 구축물의 사용기간 지연 등의 사유로 공사완료기간을 2000.6.15.까지로 연장하여 2000.6.14.에 건물철거를 완료하고, 같은날 건축물대장 말소신청을 하여 건축물대장상에는 2000.6.23.자로 말소정리가 완료되었으므로, 2000.6.1. 현재 건축물 철거가 완료되지 아니하였다고 주장하고 있음을 알 수 있다.

이에 대하여 보면, 지방세법시행령 제194조의14제1항에서 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우에는 건축물의 부속토지로 보도록 규정하고 있으므로, 이건 토지중 ㅇㅇ동ㅇㅇ가ㅇㅇ번지외 5필지 토지(70,179.2㎡)는이건 종합토지세 과세기준일인 2000.6.1. 현재 건축물대장상 공장용건축물이 등재되어 있는 상태이며, 건물철거 공사계약서에서도 공사기간이 1999.10.1.부터 2000.6.15.(당초 2000.1.31.까지였으나 수정함)까지로 되어 있으며, 이건 과세기준일인 2000.6.1.에 처분청의 세무공무원이 현지확인한 결과복명서에서도 기존 건축물에 대한 철거가 완료되어 토지정지작업이 진행되고 있을 뿐, 새로운 건축물 등에 대한 착공계가 제출되지 아니하였다고 기록되어 있는 점을 보면, 이건 과세기준일 현재 공장용건축물이 완전 철거되지 아니한 상태에 있거나, 적어도 철거된 후 6개월이 경과하지 아니하였음은 분명하다 하겠음에도, 이건 과세기준일 현재 지상에 있던 공장용 건축물이 철거되었다는 사유만으로 종합합산대상으로 판단한 것은 지상 건축물이 철거된 후 6개월간은 건축물의 부속토지로 보도록 규정하고 있는 지방세법시행령 제194조의14제1항 본문의 규정을 제대로 적용하지 못한 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 3. 27.

행 정 자 치 부 장 관