처분청은 청구법인이 경상남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 603번지에서 주택건설법 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립하여 1991.5.4 부산직할시동래구 명륜동 424번지로 본점을 이전한 후 1992.12.29 부산직할시 ㅇ구 ㅇㅇ동 1248-9번지 외 4필지 939㎡(이하 "이건 토지"라 한다)를 주택건설용 토지로 취득 '등기하여 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 의하여 등록세 등을 자진신고 납부하였으나 이건 토지 중 ㅇㅇ동 1248-9번지 외 1필지 649㎡를 청구법인의 목적사업인 주택건절용 토지로 사용하지 아니하고 1993. 11. 12 동지상에 근린생활시설 및 주택 2개동 2,080.66㎡를 신축 준공하였으므로 이건 토지의 취득가액(850,000,000원)에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율(1000분의 150)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 70,226,360원, 교육세12,874,820원, 합계 83,101,180원(가산세포함)을 1994. 1. 25 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 경상남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 603-1번지에서 주택건설업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서 1991.5.4 부산직할지 ㅇㅇ구 ㅇ동 424번지로 본점을 이전한 후 1992.12.29 이건 토지를 취득 등기하면서 이건 토지 취득가액 850,000,000원에 대하여 취득세 및 등록세등을 자진신고 납부하였으나 이건 토지 취득 이후 급격한 토지가격의 하락과 공사 후 미분양 우려 등으로 도저히 사업성이 없을 것으로 판단 전소유자와 합의하여 실제 취득가격을 조정하여 1992.10.27 검인된 검인계약서(ㅇ구 9415호)상에 기제된 취득금액보다 194,000,000원이나 낮은656,000,000원으로 정정하여 1992.12.22 재 계약서를 작성한 후 이건 토지에 대한 매매대금을 지급하였음이 법인장부 등에서 확인되고 있음에도 처분청에서는 등록세 등을 추징고지하면서 실질과세의 근거가 되는 실제매입대금(656,000,000원)을 과세 표준으로 인정하지 아니하고 토지거래허가 당시 검인된 검인계약서상의 금액(850,000,000원)을 과세표준으로하여 등록세 등을 추징고지한 부과처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 당부의 판단

이건 심사청구는 청구법인이 이건 토지에 대한 매매가격을 낮추어 재계약하였으나 이를 취득가격으로 인정하지 않고 당초 검인한 매매계약서상의 취득가격을 과세표준으로 하여 등록세 등을 추징고지한 부과처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가 . 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제138조 제1항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율(일반세율)의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다"라고 규정하고, 같은법 시행령 제101조에서 "법 제138조제1항 단서의 규정에서 '대통령령으로 정하는 업종'이라 함은 다음 각호와 같다"라고 규정한 다음 그 제5호에서 "해외건설 촉진법의 규정에 의하여 ..및 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설부에 등록된 주택건설 사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)"이라고 규정하고 있고, 지방세법 제130조 제1항에서 "부동산 '선박 -항공기 및 자동차에 관한 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액(생략)으로 한다."라고 규정하고, 같은법 시행령 제82조의 3 제1항에서 "법 제111조제5항 및 제6항의 규정에 의한 취득가격이 서로 다른 경우에는 그 중 높은 가격을 적용한다."라고 각각 규정하고 있다.

나 . 다음으로 청구법인의 경구에 대하여 살펴보면

청구법인은 경상남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 603-1번지에 주택건설업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서 1991. 5. 4 부산직할시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 424번지로 본점을 이전하고 1992. 12. 29 이건 토지를 취득 등기하여 이건 토지 중 부산직할시 ㅇ구 ㅇㅇ동 1248-9번지 외 1필지 649㎡를 청구법인의 목적사업인 주택건설용 토지로 사용하지 아니하고 1993. 11. 12 동지상에 근린생활시설 및 주택 2,080.66㎡를 신축 준공하였으므로 이건 토지 취득가액에 지방세법 제139조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 등을 추징 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의해 알 수 있다.

그런데 청구법인은 이건 토지에 대한 취득가격이 토지거래 허가 당시 검인된 검인계약서상의 가격(850,000,000원)아니고 이건 토지 소유권 이전 등기 전에 거래 당사자ㄱ끼리 합의에 의하여 재작성된 매매계약서 및 결산서 법인장부가액(656,000,000원)을 과세표준으로 하여 부과처분을 경정하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 이건 토지에 대한 등록세 및 취득세 자진신고 납부 시 검인계약서상의 취득가격(850.000.000원)을 과세표준으로 하여 산출한 세액을 납부하였을 뿐만 아니라 지방세법 시행령 제82조의 3 제1항에서 법인장부가액과 매매계약서의 가격이 상이 할 때에는 높은 가격을 취득가격으로 보고 있으므로 당초 검인계약서 상의 취득가격을 과세표준으로 하여야 한다고 주장하고 있지만, 법인의 장부는 상법 및 세법의 규정에 의하여 작성되는 것으로 이들 상법상 회사의 계산규정이나 세법의 규정들은 관련분야의 회계처리에 있어서 강제력을 갖고 있으며, 또한 법적인 강제력은 없지만 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의하여 동법의 적용 받는 회사의 회계와 감사인의 감사에 통일성과 객관성을 부여하기 위하여 회계처리 및 보고에 관한 기준을 정한 기업회계 기준에 따라 작성되는 것으로 세무회계에 있어서는 기업회계를 기업회계 기준에 딸 작성되는 것으로 세무회계에 있어서는 기업회계를 존중하는 회계처리원칙에 따라 지방세법 제111조 제5항에서 법인의 과세표준액 있는데 청국법인의 이건 토지의 경우는 당초 검인계약서상의 취득가격에 의거 법인장부에 기장하였다가 그 후 당사간의 매매대금 조정에 의거 계약서를 재작성하고 법인장부상의 가격도 조정하였음을 알 수 있다.

그런데 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 같은법 제111조 제5항과 같은조 제6항에 규정된 취득일 경우에는 이 규청에서 정한 가격을 과세표준으로 하되 그 가격이 서로 다를 경우에는 그중 높은 가격을 적용하도록 하고 있으므로, 이건의 경우 검인계약서상의 가격이 조정된 법인장부가격보다 높다 하여 검인계약서상의 가격을 취득가격으로 한다면 기업회계의 처리원칙인 신뢰성의 원칙, 계속성의 원칙 등과 세무회계상의 기업회계존중의 원칙을 무시한 것이 낄 뿐 아니라 기업회계 질서를 혼란스럽게 하는 결과가 될 것이므로 법인장부에서 확인되는 최종 취득가격을 과세표준으로 함이 타당하다고 인정되므로 처분청에서 거래당사자끼리 재작성한 매매계약세(결산서)상의 취득가격을 과세표준으로 인정하지 않고 당초 검인계약서의 취득가격을 과세표준으로 하여 등록세를 중과하여 추징고지한 처분은 잘못된 부과처분이므로 처분청에서 청구법인에게 부과고지한 등록세 70,226,360원, 교육세 12,874,820원, 합계 83,101.180원(가산세포함)은 이를 등록세 54,159,240원, 교육세 9,929,200원, 합계64,088,440원(가산세포함)으로 경정해야 한다고 판단된다.

따라서 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 법 제58조 제5항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

1994. 7. 25

내 무 부 장 관