가. 청구인은 1993.2.22 서울특별시 OOO OOO OOOO OOOOOO-OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 동 아파트가 1999.6.3. 주택건설촉진법에 의한재건축 사업계획승인을 받아 2000.3.16 재건축 공사에 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축조합원 자격으로 같은 곳 OOOOO OOO OOO-OOOO(전용면적 126.31㎡로서, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받아 2006.2.24. OOO원에 양도하고, 2006.3.21 구 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정(이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다(농어촌특별세 702,100원 납부).

나. 처분청은 쟁점신축주택은 고가주택으로 6억원을 초과하는 부분은 쟁점특례규정 적용대상이 아니라고 보아, 2006.7.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구인은 이에 불복하여 2006.9.4. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 쟁점신축주택은 고급주택의 면적요건을 충족하지 못하였다고 보아 취소결정(국심 2006서3059, 2006.10.30.)하였다.

다. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사과정에서 신축주택이 재건축·재개발아파트인 경우 종전주택의 보유기간에 대해서는 쟁점특례규정이적용되지 아니한다고 감사지적을 하였으며, 처분청은 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO 감액경정).

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.4. 이의신청을 거쳐 2012.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인의 양도소득세 신고서를 전반적으로 검토한 후, 2006.7.7. 쟁점신축주택이 고급주택에 해당한다고 보아 6억원 초과부분에 대하여 쟁점특례규정 적용대상이 아니라고 보아 양도소득세를 경정·고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 과세처분을 취소받았으므로 동 양도 건에 대하여 다른 문제가 없는 것으로 판정받은 것이고, 쟁점특례규정은 주택경기 활성화를 위한 정부시책으로 구주택을 신주택으로 건축하여 주택공급을 늘리고 서민생활의 안정을 기하는데 기인한 것으로, 구주택에서 발생하는 양도소득의 계산에 있어 양도소득세 집행기준 100-166-8(청산금 납부한 재개발, 재건축 관련 신축주택 양도차익)에 따라 청산금 납부 이후의 양도차익이 실지로 산출하여야 한다( 「조세특례제한법」제40조 제1항 규정에 따라 기준시가로 안분계산하면 주택 신축일 이후에는 양도소득이 발생하지 않는 모순이 발생).

또한, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)의 변경으로 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)를 신뢰한 청구인의 권리가 침해되었으므로, 처분청은 신의성실의 원칙을 위배하였다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의거 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으므로 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 적용한 것은 정당하다.

또한, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 국세청의 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)가 양도소득세 감면대상 소득금액이 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않았으므로 신의성실의 원칙을 위배하지 않았다(조심 2012서121, 2012.2.13. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득하고 그 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하는 양도소득금액을 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 산정하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 및 쟁점신축주택 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1993.2.22. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재건축되어 2003.5.10. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 2006.2.24. 쟁점신축주택을 양도하였다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면, 종전주택 취득당시 기준시가는 OOO, 쟁점신축주택 신축당시 기준시가는OOO로, 양도당시 기준시가가 신축당시 보다 하락한 것으로 나타난다.

(3) 「조세특례제한법 시행령」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제2항에는 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(다) 살피건대, 청구인은 「소득세법 시행령」제166조 제1항에 따라 관리처분계획인가 전·후의 양도차익을 구분하여 관리처분계획인가후양도차익에 대하여는 「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한, 청구인은 과세관청이 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 일반적으로 해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)하다가, 이에 반하는 과세처분을 하여 청구인의 신뢰가 침해되었다고 주장하나, 국세청 예규가 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않았으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어려우므로, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.