2. 소송비용은원고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 2. 20.부터 포○시 ○구 상○동 466에서 '커○링'이라는 상호로 금ㆍ은소매업을 영위하여 온 사업자로서, 2001년 제2기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쌍○금은 주식회사(이하 '쌍○금은'이라 한다)로부터 아래〈표〉기재와 같이 공급가액 합계 336,681,636원 상당의 매입세금계산서 168매(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 각 교부받아 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 관련 과세기간의 부가가치세 매출세액에서 공제하고, 매입액을 필요경비에 산입하여 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.

나. 그런데 피고는 쌍○금은이 자료상이고 원고가 쌍○금은으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서는 실물거래가 없는 가공의 세금계산서라는 이유로 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 불공제하고 매입액을 필요경비에 불산입하여 부가가치세 및 종합소득세를 경정한 다음 원고에게 2007. 4. 1. 종합소득세 2001년도 2,582,950원, 2002년도 74,332,200원, 2003년도 69,348,450원, 2004년도 11,522,910원 및 부가가치 세 2001년 2기분 1,328,370원, 2002년 1기분 20,131,510원, 2002년 2기분 8,574,340원, 2003년 1기분 11,600,030원, 2003년 2기분 11,800,460원, 2004년 1기분 6,022,600원을 각 부과ㆍ고지하였다.

다. 그 후 피고는 2008. 9. 17. 매입세액을 불공제하고 매입액을 필요경비에 불산입한 세금계산서 중 2003년 2기에 발행한 공급가액 1,403,998원 매입세금계산서 1매에 대하 여 원고가 이를 부가가치세 매입세액으로 공제하거나 매입액을 필요경비에 산입하여 신고한 사실이 없음을 확인하고서는 이를 제외하여, 2003년 종합소득세를 68,677,600 원, 2003년 2기 부가가치세를 11,597,100원으로 각 감액결정하였다{이하 위 각 종합소득세 및 부가가치세 부과처분(단 2003년도 종합소득세 및 2003년 2기 부가가치세 부과처분은 당초 처분에서 감액되고 남은 부분을 말한다)을 '이 사건 처분'이라고 한다}.

라. 원고는 이에 불복하여 2007. 5. 17. 국세청장에 심사청구를 하였으나, 2007. 9. 20. 국세청장은 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5, 9, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고의주장

쌍○금은이 자료상이라고 하더라도 그 매출거래 전부가 가공거래는 아니고 일부는 실물거래인데, 원고가 교부받은 이 사건 세금계산서에 따른 실제 금융거래내역이 대부분 존재하고 일부 거래는 현금으로 직접 지급하였으나 금지금의 은밀한 거래실태를 고려하면 이례적으로 볼 수는 없는 점, 쌍○금은의 실제 대표자인 김○호가 이 사건 세금계산서가 가공거래에 기한 것이라고 진술한 적이 있기는 하나 이는 구속된 상태에서 이루어진 것으로서 몇 년 전의 거래내역까지 정확하게 구별하면서 사실대로 진술하였다고는 믿기 어려운데다가 이 사건에서 일부는 실물거래에 기한 것이라는 내용의 확인서를 작성 ㆍ제출한 점 등을 비추어 볼 때, 원고가 교부받은 이 사건 세금계산서는 모두 실제 거래에 따라 작성되었음이 인정된다고 할 것이므로 이 사건 세금계산서상의 거래 가 모두 가공거래임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지기재와같다.

다. 인정사실

(1) 조○수는 2001. 1. 16. 쌍○금은을 설립하여 2002. 7. 2.까지 이를 운영하였고, 김○호는 2002. 7. 2.부터 폐업일인 2004. 6. 5.까지 자신의 처인 권○남을 대표이사로 하여 이를 실질적으로 운영하였다.

(2) 서울지방국세청은 쌍○금은의 자료상 혐의에 대하여 조사한 결과, 쌍○금은이 2001년 1기부터 2004년 1기까지의 부가가치세 과세기간 중에 신고한 매출액과 매입액 중 상당부분이 가공매출과 가공매입으로 드러나자 쌍○금은을 자료상으로 확정하고 검찰에 조○수와 김○호 등을 고발하는 한편, 피고 등에게 이 사건 세금계산서를 포함한 가공거래내역을 과세자료로 통보하였다.

(3) 김○호는 2004. 11. 2. 서울지방국세청 소속 세무공무원으로부터 쌍○금은의 자료상 혐의와 관련된 조사를 받으면서 원고에게 작성하여 교부한 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공거래에 기한 것임을 인정하였다.

(4) 조○수와 김○호는 원고 운영의 '커○링'을 포함한 상당수의 업체에게 지금을 실제로 판매한 것처럼 가장한 다음 그와 같은 내용의 이 사건 세금계산서를 포함한 허위 매출세금계산서를 작성하여 교부하였다는 등의 범죄사실로 기소되어, 김○호는 서울서부지방법원 2004고합204, 385(병합)호로 징역 1년에 집행유예 2년의 판결을 선고받아 그 판결이 확정되었고, 조○수는 서울서부지방법원 2004고합368, 2005고합2, 42, 49(병합)호로 징역 3년을 선고받고, 그 항소심인 서울고등법원 2006노62(분리)호로 징역 3년 및 벌금 55억 원을 선고받은 후 그 상고인인 대법원 2006도7681호의 판결을 거쳐 위 항소심판결이 확정되었다.

(5) 한편, 위 형사사건 등을 통해 쌍○금은은 가공의 매출처에 허위의 세금계산서를 작성ㆍ교부한 후 실제로 매출이 있었던 것처럼 위장하기 위하여, 자신의 직원인 최○묵을 시켜 중소기업은행 종로지점에서 위 매출처 명의로 매출대금을 자신의 계좌에 대 리 입금하거나, 가공거래처로부터 입금받은 후 수수료를 떼고 되돌려 주는 등의 방법 을 사용한 것으로 드러났는데, 위 최○묵이 2002. 7. 25.부터 2003. 7. 28.까지 사이에 이 사건 세금계산서 중 7매와 관련하여 원고 운영의 '커○링' 명의로 쌍○금은의 예금 계좌에 합계 12,406,000원을 무통장입금 방식으로 대리 입금한 사실이 확인되었다.

(6) 원고는 이 사건 세금계산서 작성일자와 비슷한 시기에 원고 은행계좌로부터 현금 이 출금되거나, 인터넷뱅킹, 폰뱅킹 등을 통하여 쌍○금은 은행계좌로 이체된 거래내역을 제출하고 있다.

(7) 운송업체인 주식회사 에○에○택배, 포○인터내셔날은 원고 운영의 커○링과 서울의 귀금속도매업체인 스○체인과 사이의 행낭운송을 하였고,18k 또는 14k 완제품 귀금속을 제조 또는 도매하는 서울 종○구 봉○동 소재 업체인 제○스, 대○공방, 작은 ○, 미○스, ○쥬얼리, 모○사, 심○, 주○링, 경○매직, 베○떼, 보○상자, 프○랜서, 세○사, 골○샤언 등은 원고가 귀금속을 주문하면 스○체인에 행낭발송을 의뢰하고 스○체인에서 이를 수합한 후 위 행낭운송업체를 통해 귀금속을 운송하였는데, 원고는 위 업체들과의 귀금속 거래시 매입세금계산서를 교부받지 아니하였다.

(8) 2002년 1기부터 2004년 1기까지 과세기간에서 원고의 매출은 아래 표에서 보는 바와 같이 대부분 신용카드 결제로 이루어졌고, 건당 구매단가가 보통 170,000원에 불과하여 18k, 14k의 완제품 귀금속 매출이 대부분인 것으로 판단되며, 피고가 위 과세 기간의 신용카드 거래내역 중 결제대금이 1,000,000원 이상인 카드사용자 일부에 대하 여 확인한 결과 원고의 사업장에서 지금이 아닌 귀금속 완제품을 구매하였음을 확인하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제4호증의 143, 144, 갑 제6호증, 을 제6, 7, 8, 11 내지 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황 을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다. 또한, 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것이 아니라고 하더라도, 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되는 것이어서 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수는 없다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97다24276 판결, 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보면, 위 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서를 작성하여 교부한 쌍○금은이 자료상으로 확정되었고, 쌍○금은의 실질적인 운영자인 조○수, 김○호가 이 사건 세금계산서를 비롯하여 허위 매출세금계산서를 작성ㆍ교부한 범죄사실 등으로 유죄의 실형 또는 집행유예의 형을 선고받고 확정된 점, 서울지방국세청은 김○호로부터 쌍○금은이 원고에게 교부한 이 사건 세금계산서가 허위의 가공자료임을 확인받은 점 등에 비추어 보면, 과세관청인 피고는 일응 원고가 쌍○금은으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점에 관하여 상당한 정도로 입증하였다고 할 것이므로, 원고로서는 이 사건 세금계산서 공급가액 상당의 실제 거래가 있었음을 입증하여야 할 필요가 있다고 할 것이다.

(3) 살피건대, 쌍○금은이 원고에게 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 발행하였다는 사실은 이미 관련 형사사건의 유죄판결로서 확정되어 있는 반면, 이 사건 세금계산서가 실제 거래에 따라 작성된 것이라는 원고의 주장에 부합하는 갑 제4호증의 5의 기재는 확정판결의 범죄사실에 반하는 내용으로서 김○호가 그 판결확정 이후에 작성한 것으로서 믿기 어려운 점, 위 인정사실에서 본 바와 같이 쌍○금은과 가공거래를 한 업체들은 실제 거래로 위장하기 위해 그 대금을 송금하거나 쌍○금은이 직원 최○묵을 통해 가공거래업체 명의로 대리입금하는 경우도 있었으며, 특히 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 최○묵이 2002. 7. 25.부터 2003. 7. 28.까지 7회에 걸쳐 원고 운영의 커○링 명의로 대리입금한 적이 있는 점, 원고의 매출은 대부분 신용카드결재로 이루어졌는데 건당 구매단가가 평균 170,000원 정도에 불과하여 원고의 주된 판매품목은 지금이 아닌 완제품 귀금속제품으로 보이는 점, 이와 같은 원고의 판매품목의 내용이나 매출거래처의 주된 업종 등 원고의 판매방식에 비추어 볼 때 원고가 약 2년 6개월 동안 3억 원 이상의 지금을 매입할 필요가 있었는지 의문이 드는 점, 원고는 스스로 지금을 매입하여 그대로 판매한 경우도 있으나 대부분 주로 지금으로 세공한 액세서리를 판매하여 왔다고 주장하면서도 세공과 관련한 계약서나 세공업자로부터 교부받은 세금계산서, 위 공장에 지급한 세공료에 관한 금융자료 등을 전혀 제시하지 못하고 있는 점, 원고와 귀금속도매업체인 스○체인 등과 사이에 행낭운송이 이루어진 사실이 확인 될 뿐이고 쌍○금은과 사이에 행낭운송이 있었다거나 원고의 주장처럼 쌍○금은의 지금을 스○체인에서 수거하여 행낭운송을 하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 갑 제4 내지 18호증과 증인 한○희의 증언만으로는 이 사건 세금 계산서가 실제 거래에 따라 작성되었다고 인정하기에 부족하다.

따라서, 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출하고 있는 증거들만으로는 이미 확정된 형사판결에서 유죄로 인정된 사실과 달리 원고와 쌍○금은과 사이에 이 사건 세금계산서상의 기재 내용과 같은 실제 거래가 있었다고 보기 어려워 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성되었다고 봄이 상당하므로 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.