2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가.처분청은청구법인이 2010.5.10. OOOO OOO OOO OOOOO OOOOOO,OOOO 및 동 지상건축물1,661.15㎡(이하“이 건 부동산”이라한다)를취득하고 이 건 부동산의 취득가액1,204,782,768원을 과세표준으로 하고 「지방세법」〔2010.3.31. 법률 제10221호(시행일2011.1.1.)로 개정되기 전의 것, 이하 같다〕 제112조제1항 등의 세율을적용하여 산출한취득세24,095,650원, 농어촌특별세 2,409,560원,등록세 24,095,650원, 지방교육세4,819,130원, 합계 55,419,990원을2010.5.10. 처분청에 신고한 후, 2010.5.11. 등록세 등은 납부하였으나 취득세 등은납부하지 아니함에 따라 2010.7.10. 취득세 24,319,730원, 농어촌특별세 2,431,960원, 합계 26,751,690원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과고지하였다.

나.청구법인은 이에 불복하여 2010.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은등기를 대행하는법무사의 신청착오로 매매를원인으로하여이 건부동산 등기를 하였으나, 실제로청구법인은 개인사업자인OOOO(OO OOO, OO OO O OOOOOOO OO)가 「조세특례제한법」 제32조 및 같은 법 시행령 제29조제2항에서 규정하고 있는사업양도·양수의 방법에 따라 전환한 법인이고,이 건부동산은사업양도·양수에 따라 취득한사업용 재산이므로같은 법제119조 제4항및 제120조 제5항에따라 취득세 및 등록세가 과세면제 되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 경우, 2010.4.15. 이 건 부동산 매매계약을 체결하고 처분청에 2010.5.10. 부동산거래계약 및 취득세 등을 신고한 다음,2010.5.11. 소유권이전등기를 완료하였으며, 취득세 등의 신고시첨부한매매를 원인으로 하는 매매계약서, 부동산거래계약신고필증, 매매대금지급 증빙서류인 법인장부 등에 미루어 보더라도 2010.5.10. 매매대금을지급할 때 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 납세의무가 성립하였고, 취득세 등을 신고함으로써 납세의무가 확정되었다 할 것이므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개인사업자가 사업양도·양수의 방법으로 법인 전환시 취득한사업용 재산인 이 건 부동산이 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법(2010.12.17. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

제32조(법인전환에 대한 양도소득세 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업 양도·양수의방법에따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성 서비스업을 경영하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

제119조(등록세의 면제등) ④제32조에 따른 현물출자 또는사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대해서는등록세를 면제한다.다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는정당한 사유 없이 해당 사업을 폐지하거나 해당 재산을처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조(취득세의 면제등) ⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만,취득일부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 해당사업을폐지하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ①법 제31조 제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가해당 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을말한다. 이 경우 설립 후 1년이경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 해당 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여소멸하는사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의합계액에서충당금을포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업양도·양수의 방법”이란 해당사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액이상을출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

통칙 32-29···2(법인전환시 순자산가액 요건) ② 영 제28조 제1항 및 제29조 제4항의 순자산가액을 계산함에 있어 “시가”라 함은 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을말하며 수용·공매가격 및 감정가액 등 상속세 및 증여세법시행령 제49조의 규정에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

(3) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

②제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용·공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령

제19조(금융재산 상속공제) ② 법 제22조 제2항에서 “대통령령이정하는 최대주주 또는 최대출자자”라 함은 주주 또는 출자자(이하“주주 등”이라 한다) 1인과 다음 각 호의 1에 해당하는 관계가 있는 자의 보유주식 등을 합하여 그 보유주식 등의 합계가 가장 많은 경우의 당해 주주 등을 말한다.

6. 주주 등 1인과 제1호 내지 제5호의 자가 발행주식총수 등의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

제26조(저가·고가양도에 따른 이익의 계산방법 등) ④ 법 제35조 제2항에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 양도자 또는 양수자(이하 이 항에서 “양도자 등”이라 한다)와 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 제19조 제2항 제1호·제2호·제4호 내지 제8호의 규정에 해당되는 자. 이 경우 “주주 등 1인”은 “양도자 등”으로 본다.

제49조(평가의 원칙 등) ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 자문을 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1.당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액.다만,그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의거래 등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.

2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조·법 제62조·법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

3. 당해 재산에 대하여 수용·경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액·경매가액 또는 공매가액.다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 경매가액 또는 공매가액은 이를 제외한다.

가. 법 제73조의 규정에 따라 물납한 재산을 상속인·증여자·수증자 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조제2항 각 호의 어느하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 제19조제2항 중 "주주등 1인"은 "상속인등"으로 본다)가 경매 또는 공매로 취득한 경우

나. 경매 또는 공매로 취득한 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우

(1) 액면가액의 합계액으로 계산한 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

(2) 3억원

다. 경매 또는 공매절차의 개시 후 관련 법령이 정한 바에 따라 수의계약에 의하여 취득하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을알 수 있다.

(가) 청구법인은 2010.2.25. 발행주식을 40,000주, 자본총액을200,000,000원 및 목적사업을 식품 제조 및 가공업 등으로 하여 설립되었고, 이 건 개인사업자는 2010.4.15. 폐업하였으며, 청구법인은 2010.4.20. 개업년월일을 2010.4.15.로 하여 사업자등록을 하였고,2010.5.10. 처분청에 취득사유를 유상취득으로 하고, 청구법인과 이 건개인사업자 간에 체결된 매매계약서 등을 첨부하여 이 건부동산거래계약신고 및 취득세 등을 처분청에 신고한 후, 2010.5.11. 등록세 등을 납부하고, 같은 날등기원인을 매매로 하여 이 건 부동산의 소유권이전등기를경료 하였다가 2010.8.13. 소유권이전 등기를 「조세특례제한법」제32조제2항의 규정에 의한 사업양·수도계약으로 경정등기 하였다.

(나)청구법인은 사업양도·양수와 관련하여 2010.4.15. 이 건 개인사업자와 청구법인 간에 체결한 사업양도·양수계약서, 2010.4.15.현재이 건 개인사업자의 재무제표, 청구법인의 주주명세서, 정관, 임시주주총회의사록, 청구법인의 설립신고 및 사업자등록신청서, 이 건 개인사업자의 폐업신고서 및 계정별원장을 제출하였는바,

위 사업양도·양수계약서 제2조에는 이 건 개인사업자는 2010.4.15.현재 장부상 사업용 자산총액에서 부채총액을 차감한 금액 팔천백십육만칠천사백사십칠원(₩81,167,447)을 대가로 하여 청구법인에게 사업일체를 포괄적으로 양도한다고 기재되어 있고,

이 건 개인사업자의 대차대조표에는 자산총계 1,426,624,150원, 부채총계 1,345,456,703원, 자본총계 81,167,447원으로, 자산은 유동자산98,478,400원, 비유동자산 1,328,145,750원으로 비유동자산은 유형자산인 토지 558,409,227원, 건물 702,019,291원, 기계장치 67,717,232원으로 각각 기재되어 있으며,

청구법인의 정관과 주주 등의 명세 등에는 이 건 개인사업자의 대표인 OOO가 발기인이 되어 청구법인에 120,000,000원(지분율60%)를 출자 하였고, 청구법인의 설립신고 및 사업자등록신청서에서개인사업자가 포괄사업양도·양수를 폐업사유로 하여 폐업신고 된 것으로 기재되어 있고 이는 OOO 통보자료에서도 확인되고 있다.

(다) 한편, 청구법인이 이 건 개인사업자의순자산가액과 관련하여 제출한자료에 의하면, 이 건 개인사업자가2009.10.28.이 건 부동산 및기계기구(수전설비)를1,222,500,000원에 낙찰OOO받아, 위 낙찰금액 1,222,500,000원에 취득세 및 등록세55,645,750원(토지 24,652,806원,건물 30,992,944원)을 더한 금액을감정가 비율대로 안분하여 회계처리한사실을 알 수 있고,

이 건 개인사업자의 기계기구 가액 67,717,232원 중 17,717,232원을제외한50,000,000원에 해당하는 기계기구(인센션기계 set외 53종)는 주식회사 OOO와2010.3.5. 매매계약을 체결하여 매매대금50,000,000원에 취득한 것으로 나타나고, 관할 세무서에 조회한매도인 주식회사 OOO 2010년도 주식등변동상황명세서에서 이 건개인사업자인 OOO가 동 회사 주식 41%를 소유하여매도인 주식회사OOOO와 이 건 개인사업자는 「상속세 및 증여세법 시행령」제26조제4항에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당함을 알 수 있다.

(2)본안 심리전에 먼저, 이 건등록세 신고납부분이 본안 심리대상에 해당하는지여부에 대하여 본다.

「지방세법」 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제74조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세에있어서는 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며,같은 법 제77조 제5항에서 제72조 제1항에 따른 심판청구에 관하여이 법에서규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장 제3절을 준용한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제61조 제1항에서심사청구는 당해 처분이 있은것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있으며,같은 법 제65조 제1항 제1호에서 심사청구가 부적법하거나 제61조에규정하는 청구기간이 지난 후에 있은 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제81조에서 제61조 제3항 및 제4항·제63조·제65조와 제65조의2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다고 규정하고 있다.

따라서, 청구법인이 이 건 부동산에 대한 등록세를 2010.5.11. 처분청에신고납부한 사실이 처분청의 전산자료와 청구인이 제출한 등록세영수증에서확인되고, 신고납부일부터 90일이 지난 2010.9.1. 이 건 심판청구를제기한 사실이 청구법인의 지방세심판청구서에서 확인되는 이상, 이 건심판청구는 청구기간이 경과하여 제기된 부적법한 청구로 본안심리대상에 해당되지 아니한다 할 것이다.

(3)다음으로 이 건 부동산이취득세 감면대상 사업용 재산에 해당하는지 여부에 대하여 보면,

청구법인이사업양도·양수계약 체결 및 개인사업자 정산 및 폐업신고등 사업양수도 절차를 이행한 관련자료를 제출하고 있는 점,이 건 부동산 취득신고 이전에 관할세무서에 법인설립신고 및 사업자등록신청을하면서 포괄 사업양수도 방법으로종전 개인사업자가 청구법인으로 법인전환 함을 신고한 점 등을보면 청구법인은 사업양수도 방법으로 법인전환하면서 이 건 부동산을 취득한 것으로 보여지나,

「조세특례제한법」 제32조 제2항 및 제120조 제5항, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호 및 제29조 제2항·제5항을 종합하면,거주자가 사업양도·양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우해당사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제하여 산출한 개인 사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인으로 전환함에따라 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,

위 조항에서 개인사업장의 순자산가액을 산출하는 시가라 함은 같은 법시행령 통칙 32-29···2제2항에서규정하고 있는 바와 같이 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을말하며 수용·공매가격 및 감정가액 등 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조의 규정에 의하여 시가로 인정되는 것이라 할 것인바,

청구법인의 경우, 이 건 개인사업자의 자산인 기계기구 자산가액67,717,232원중 50,000,000원이 이 건 개인사업자와 특수관계인인 주식회사 OOO 간에 매매를 통하여 이루어진 가액이므로「상속세및증여세법시행령」 제49조에서 규정하고 있는 시가로 인정할 수 없는바,청구법인이 이 건 개인사업자의사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인전환 하였다 하더라도 동 순자산가액이시가로 평가한 자산가액으로 인정하기어려운이상, 청구법인은 「조세특례 제한법 시행령」 제29조 제2항 및 제5항의 감면요건을 충족하지 못한 상태로 법인전환 하였으므로이 건 부동산을 취득세 과세면제 대상으로 보기에는 어려움이 있다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 일부는 본안심리 대상에 해당하지 아니하고 나머지는 청구주장이 이유없으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.