가. 청구인은 OOO 취득한OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 주택재개발사업에 제공하고OOO 같은 곳에 신축한 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 OOO.쟁점신축주택을 양도하고, OOO이에 대한 양도소득과세표준예정신고·납부를 하였으며, 이후 쟁점신축주택 양도에 따른 소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면대상이라는 이유로 OOO 처분청에 관련 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를하였다.

나. 처분청은 2010년 12월 청구인이 기납부한 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 환급하였다가 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례와 관련하여 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 위 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면대상에 해당하지 아니한다는 감사원장의 감사지적에 따라 OOO청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 2014.3.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)비과세관행의 성립은 과세물건에 대한 비과세의 사실상태가장기간에 걸쳐 지속된 경우 묵시적인 의향의 표시라고 볼 수 있는 정도이면 충분하다고 할 것인바(대법원 2011.5.13. 선고 2008두18250 판결),

재건축에 의하여 취득한 신축주택의 양도에 대한 양도소득세 감면규정은 1999.1.1. 이전부터 시행되어온 것으로, 처분청은 청구인에게쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세를 환급하여 준 2010.12.16.까지도신축주택 취득 이전의 구주택 보유기간의 양도소득세도 감면하여 왔을뿐만 아니라 이 건 처분일까지 부과제척기간(5년)이 세 번이나 지나도록 15년 동안 이에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 홈페이지에설치된 양도소득세 세액계산 요령에서 신축주택 양도에 따른 양도소득세 납부시 구주택 보유기간에 대한 양도소득세를 신고·납부토록한 사실이 없는 점, 국세청이 발간한 양도소득세 실무해설서에도 신축주택 양도에 따른 감면세액 결정시 구주택 보유기간에 대한 양도소득세 신고·납부에 대한 산출방법이 없을 뿐더러 이를 과세하여야한다고 되어 있지도 아니한 점, 국세공무원 교육원이 발간한 양도소득세 교재에는 신축주택 완성일부터 5년 이내에 이를 양도할 경우 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 양도소득금액에 대한산출세액 100%가 감면대상이라고 되어 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

이 건의 경우 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대한 양도소득세 감면이 장기간에 걸쳐 지속됨으로써 이에 대한 비과세관행이 성립되었다고 보아야 하겠으므로, 이에대하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(2)설령 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대한 양도소득세 감면을 배제한다 하더라도 이 건은 쟁점신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우로서, 신축주택을 취득한날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이후에 적용되는 양도소득금액을 차감하는 방식으로 계산할 수 없는것이고(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결), 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없다 하겠으므로(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누, 8931 판결), 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항의 규정에 의한 계산식을 적용하여 감면배제한 양도소득금액을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(3) 한편, 청구인은 당초 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세를기한 내에 신고·납부하였으나, 추후 감면규정이 있음을 알고 경정청구하였고, 이에 처분청은 양도소득세 감면결정을 하여 청구인이 기납부한 세액을 환급하였는바, 청구인 스스로 세법에서 정하고 있는의무를 태만히 한 적이 없음은 물론이고 청구인의 입장에서는 처분청의감면결정으로 인하여 납부할 의무가 소멸됨으로써 납부의무를 이행할수 있는 상태가 아니었다 할 것이며, 이는 「국세기본법」 제48조에서정하고 있는 청구인이 의무를 이행할 수 없는 정당한 사유에 해당된다하겠으므로, 이 건 가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것인바(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 등),

처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 양도소득세를 면제한 적이 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 이와 같은 사안에서 상당한기간에 걸쳐 처분청이 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 오면서 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기 어려운 반면에 청구인의 주장과 같은 비과세관행이있었음을 인정할 증거가 없고, 나아가 「소득세법」 제114조 제3항은 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 또한, 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}’로 되어 있으므로, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘쟁점신축주택 취득 당시의 기준시가’를 대입하여 ‘쟁점신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정한 이 건 처분은 정당하다 하겠다(조심 2013서1746, 2013.6.7., 조심 2012서4509, 2013.4.23.).

(3) 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결),

납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 가산하여 부과한 이 건 처분은 정당하다(조심 2011서1341, 2011.5.11.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 비과세관행의 성립 여부

(2) 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우 감면세액 산정 적정여부

(3) 납부불성실가산세 부과처분 적법 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구인은 쟁점신축주택을양도하고 OOO 그 양도에 따른 양도소득과세표준 예정신고·납부하였다가 OOO. ‘OOO 취득하여 재건축한 조합원아파트(쟁점신축주택)가 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택에 해당하므로(일반분양분의 계약시기가 신축주택 취득기간에 해당) 기신고·납부한양도소득세OOO을 일반분양자와 동일하게 감면하여야 한다’는이유를 들어 처분청에 위 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였고,이에 처분청은 2010년 12월 청구인이 신고·납부한 양도소득세를환급하였다가 이후 OOO ‘종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 「조세특례제한법」 제99조의3의 감면대상에 해당하지 아니한다’는 이유를 들어 가산세를 가산하여 이 건 양도소득세를 부과한 것으로 나타난다.

(2) 종전주택 폐쇄등기부와 쟁점신축주택 부동산등기부 및 부동산매매계약서 등에 의하면, 청구인은 OOO 종전주택을 취득하였고, 이후 종전주택을 주택재개발사업에 제공하여 2005.1.7. 쟁점신축주택에대한 소유권을 취득하였다가 OOO 이를 양도한 것으로 나타나고 있다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는바,

청구인은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 비과세관행이 성립하였으므로 부과한 양도소득세는 취소되어야 한다고 주장하나, 위 규정에 의한 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정때문에 과세하지 않는다는의사가 있어야 하고, 위와 같은 공적 견해나의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가있다고 하기 위해서는단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것인데(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 같은 뜻임),

이 건은 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 볼 수 없으며, 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득금액에 대하여 양도소득세를 면제한 적이 일부 있었다고 하더라도 이는 법리를오해한 데에서 비롯된 것으로, 그러한 사정만으로는 처분청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기 어렵고, 더구나 국세청이 발간한 세법해설책자 등에 세법해석기준에 관한 사항이 기술되어 있다고 하여 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 비과세관행이 성립하였다고 인정할 수는 없다고판단된다(조심 2013서3215, 2013.10.14., 조심 2013서3711, 2013.11.19. 외 다수, 같은 뜻임).

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 본문은 거주자(주택건설사업자 제외)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의2배 이내의 것 포함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바,

청구인은 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항의 규정에 의한 계산식을 적용하여 감면되는 양도소득금액을산정한 것은 잘못이라고 주장하나, 거주자가 구주택을 주택재개발사업에제공하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 같은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여계산한 금액으로 한다고 명시하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조제1항은 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}에의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구(종전)주택의 취득당시 기준시가’이므로, 위 계산식에 의하여 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 산정한 처분청의 처분에잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다(조심 2012서4660, 2013.3.26., 같은 뜻임).

(8) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」 제47조 제1항은 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제47조의5 제1항 본문 전단은 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서공제한다고 규정하고 있는바,

청구인은 당초 정상적으로 양도소득세를 신고·납부하였으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만,세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득세 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없다고 하더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서4990, 2012.12.31., 조심 2011서4909, 2012.4.25., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.3.26. 대통령령 제22085호로 개정되기 전의 것)

제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(4) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)

제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지)

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제47조(가산세의 부과)

① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

제47조의5(납부·환급불성실가산세)

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.