청구법인은 경상북도 포항시 남구 OOO동 OOO에 본점을 둔 철강제품 생산업체로서, 청구법인이 공유수면매립법에 의하여 매립면허를 득하여 매립공사를 시행하고 취득한 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)의 취득가액을 쟁점토지에 청구법인이 실제 지출한 공사원가 및 취득세 등의 부대비용의 합계액(이하 “취득원가”라 한다)으로 계상하였다가, 1999.8.4 쟁점토지의 준공인가일 현재의 감정가액중 매출부가가치세 상당액을 공제한 금액을 익금에 산입하고, 취득원가중 매입부가가치세 상당액을 공제한 금액을 손금에 산입하는 것으로 하여 1994사업연도, 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다.

이에 대하여 처분청은 1999.12.23 매출부가가치세 및 매입부가가치세 상당액을 각각 익금 및 손금에 산입하여 이 건 법인세 및 농어촌특별세를 청구법인에게 아래와 같이 결정고지하였다.

고 지 내 역

(단위 : 원)

청구법인은 이에 불복하여 2000.3.15 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 공유수면매립공사라는 용역을 제공하고 이에 대한 반대급부로 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 쟁점토지의 취득원가와 시가(준공인가일 현재의 감정가액, 이하 같다)와의 차액에 대하여 과세하였다. 그러나, 법인세법과 부가가치세법은 과세체계가 상이하여 수익(매출)과 비용(매입)의 인식기준을 달리하고 있고,

공유수면매립법상 쟁점토지의 감정평가 및 총사업비 산정은 청구법인에 귀속시킬 토지를 결정하기 위한 것일뿐 쟁점토지의 취득가액 산정과는 무관한 것이며, 이러한 절차가 규정되어 있는 사실만으로 공유수면매립에 의한 쟁점토지의 취득이 용역의 제공과 이에 따른 대물변제와 같은 성격으로 판단한 것은 부당하다.

따라서, 법인세법시행령 제37조 제1항 제2호 및 기업회계기준과 역사적 원가 관행에 따라 쟁점토지의 취득가액은 취득원가로 산정하는 것이 정당하다.

(2) 처분청은 변경된 재정경제부 예규(소비 46015-711, 1998.5.9) 및 국세청 예규(부가 46015-4613, 1999.11.17)에 의하여 공유수면 매립을 용역의 공급으로 보고 평가차익 상당액을 익금에 산입하였으나, 청구법인은 공유수면 매립에 의한 토지의 취득을 용역의 공급으로 보기 이전에 이미 공유수면 매립공사를 완료하고 쟁점토지의 매입세액을 공제받지 아니하면서 이를 쟁점토지에 대한 자본적 지출로 처리하였는 바, 청구법인이 적정하게 계상한 쟁점토지의 취득가액을 부인하고 변경된 예규에 근거하여 이 건 법인세 등을 부과한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지원칙에 명백하게 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 공유수면 매립공사는 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하도록 해석(재경부 소비 46015-711, 1998.5.9)하고 있으며, 다만 1998.5.18 이전에 준공한 매립공사로서 관련 매입세액을 공제받지 않은 경우 과세하지 아니하는 것(국세청 부가 46015-4613, 1999.11.17)은 이 경우에도 공유수면매립공사는 용역의 공급에 해당하지만 새로운 세법해석으로 소급하여 과세하지 아니하는 것에 불과하다.

또한, 국가 소유인 해수면을 매립하여 주고 공유수면매립법에 의거 토지의 감정가액과 총사업비를 산정한 다음 청산과정을 거쳐 교환에 의한 거래로 쟁점토지를 취득한 것이므로, 법인세법시행령 제37조 제1항 제3호에서 규정하는 정상가액이 쟁점토지의 취득가액이 되는 것인 바,

교부받은 토지의 시가를 익금에 가산하고 취득원가를 손금에 산입하여 이 건 법인세 등을 부과한 것은 정당하다.

(2) 사유(私有)의 하천 등을 그 소유자가 매립하는 경우에는 그 매립비를 자본적 지출로 볼 수 있겠으나 국유인 해수면 매립공사의 손익에 대하여 과세하지 않는다는 의견을 표명한 사실이 없으므로, 신의칙에 위반된다거나 소급과세라는 청구주장은 이유없다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 공유수면매립법에 의하여 매립준공된 쟁점토지에 대한 감정평가액이 있다하여 이를 근거로 법인세를 과세할 수 있는지 여부와

(2) 법인세를 과세할 수 있다할지라도 이에 대한 과세처분이 신의성실 원칙 및 소급과세금지 원칙에 위배되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이 건 법인세 귀속당시의 법인세법 제9조【각사업연도의 소득】 제1항에서『내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고, 제2항에서는 『제1항에서 익금 이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다』고 규정하고 있다.

같은 법 제17조【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 제1항은 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.』고 규정하고 있고, 제2항은 『내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.』고 규정하고 있고, 제3항은 『내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다.(단서 생략)』고 규정하고 있으며, 제4항은 『제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제12조【수익과 손비의 정의】 제1항은 『법 제9조 제2항에서 수익 이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』고 하면서, 그 제5호에서 『자산의 평가차익(자산재평가법에 의한 재평가차액 및 제10조 제5항의 규정에 의한 평가차익에 한한다)』고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제37조【자산의 취득가액등】 제1항은 『법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임 하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다) 설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 정상가액』이라고 규정하고 있다.

국세기본법 제15조【신의·성실】는 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.』고 규정하고 있고,

같은 법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 제1항은 『세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.』고 규정하고 있고, 제2항은 『국세를 납부할 의.무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.』고 규정하고 있으며, 제3항은 『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.』고 규정하고 있다.

구 공유수면매립법(1986.12.31 법률 제3901호로 개정되기 전의 것) 제14조【매립지의 소유권 취득】 제1항은 『면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다. 단, 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 예외로 한다.』고 규정하고 있다.

공유수면매립법(1986.12.31 법률 제3901호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조【매립지의 소유권 취득】 제1항은 『매립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지중 준공인가신청시에 본인이 원하는 위치의 매립지로서 매립지에 소요되는 사업비(순공사비·조사비·보상비 기타 당해 매립에 관한 공사에 소요된 비용을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다.』고 규정하고 있고, 제7항은 『제1항의 사업비의 산정기준은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제20조【매립지의 소유권 취득】 제7항은 『법 제14조 제7항의 규정에 의한 사업비의 산정기준은 다음과 같다.

1. 순공사비는 정부표준품셈과 단가(정부고시가격이 있는 경우에는 그 금액을 말한다)에 의한 금액으로 한다. 이 경우 순공사비의 계산은 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제9조의 규정에 의한 예정가격의 결정기준에 준하여 산정한다.

2. 조사비는 정부예산편성기준중 시설부대비의 건설부문요율에 의하여 산정한 금액으로 한다.

3. 보상비는 당해 매립공사에 실제 지급된 보상액으로 한다.

4. 기타 당해 매립공사에 소요된 비용은 산업재해보상보험법에 의한 보험료, 일반관리비(일반관리비의 비율은 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제9조의 규정에 의한 예정가격의 결정기준에 준하여 산정한다), 물가상승액( 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제64조의 규정에 준하여 산정한다), 천재지변으로 인한 피해액 및 법령의 규정에 의한 부담금으로 한다.』고

규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 공유수면매립법의 관련 규정에 의거 매립면허를 득하여 매립공사를 시행하고 쟁점토지를 취득한 내역을 살펴본다.

전라남도지사의 공업단지 개발사업시행자 지정서, 광양시장의 OOO제철소 OOO부지 조성사업 준공인가 공고문과 관련 장부 등의 심리자료에 의하여 확인되는 쟁점토지의 매립면허내역 및 취득원가 등을 요약하면 아래와 같으며, 이러한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

쟁점토지 매립사업 세부 내역

(단위 : 원)

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

처분청은 공유수면매립법 제14조 제1항이 당해 매립공사에 소요된 총사업비에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자에게 소유권이 귀속되도록 규정함과 동시에 매립지의 감정평가액과 총사업비를 비교하도록 규정하고 있는 점 등을 이유로 쟁점토지의 감정평가액을 준공인가일이 속한 사업연도의 과세대상 소득으로 보아 이 건 법인세 등을 과세한 사실이 결정결의서 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

종전 공유수면매립법(1986.12.31 법률 제3901호로 개정되기 전의 것) 제14조에서 매립사업자가 매립한 토지 전체에 대한 소유권을 취득하도록 규정하였다가, 동법이 1986.12.31 개정되면서 위와 같이 개정된 바 있다.

이는 매립면허를 받은 자에게 지나치게 많은 개발이익이 귀속되어 공유수면매립면허가 투기 대상이 되는 것을 억제하기 위한 정책적인 고려로 매립면허에 의하여 취득하는 토지를 사업비에 상당하는 매립지로 제한함으로써 종국적으로 국가등에 귀속되는 토지의 지분율을 높인 것에 불과한 취지임이 공유수면매립법 개정당시의 관보에 의하여 확인되고 있다.

그러하다면 동 규정의 내용은 매립사업자에게 귀속될 면적을 확정하기 위한 것으로 보아야지 이러한 규정이 있다는 사실만으로 쟁점토지의 취득에 따른 소득이 준공인가일에 있었다고 보기는 어렵다할 것이다.

다음 법인세 등을 과세함에 있어서 적용되는 소득의 실현시기에 대하여 살펴본다.

일반적으로 소득은 실현된 때가 아닌 권리가 발한 때에 실현된 것으로 보는 소위 『권리확정주의』방식에 따르는 것이 원칙적으로 타당할 것이나, 법이 규정하고 있는 기준으로서의 권리확정주의의 “확정”의 개념을 소득의 귀속시기에 대한 예외없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니되는 것이고, 구체적 사안에 있어 소득에 대한 관리·지배와 발생의 객관화 정도 및 납세자금의 확보시기 등까지도 함께 고려하여 소득이 현실적으로 실현될 것까지는 필요없다 하더라도, 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부를 기준으로 하여 동 기준을 충족시키는 시점에 동 소득이 귀속되는 것으로 봄이 타당하다할 것이다 (대법원 96누19154, 1997.6.13 및 국심 2000서472, 2000.7.26 같은 뜻임).

공유수면매립에 의하여 취득하는 토지의 감정평가액과 비교하는 총사업비를 기업회계상의 비용으로 하는 경우에는 기업회계상 계상한 비용만큼의 매립토지를 취득하기 때문에 취득원가와 감정평가액간의 차익이 발생하지 아니할 것이나, 이 건과 같이 매립토지의 감정평가액과 투입원가간에 차이가 발생하는 것은 공유수면매립법 제14조 및 같은 법 시행령 제20조 제7항에서 총사업비를 기업회계상 비용으로 하지 아니하고 매립공사와 관련된 순공사비, 조사비, 보상비 및 기타 매립에 소요된 비용 등 일종의 표준화된 사업비로 규정함에 따라 일시적으로 기업회계상 계상한 비용과 취득한 매립토지의 감정평가액간에 차이가 나는 것에 불과한 것일 뿐이어서, 이러한 감정평가차익이 쟁점토지의 소유권을 취득하는 준공인가일에 청구법인의 소득으로 실현된 것으로 볼 수는 없다할 것이므로, 청구법인이 당초 신고한 내용과 같이 쟁점토지의 가액을 취득원가로 계상한 후에 쟁점토지의 양도 또는 교환시에 그에 따른 대가와의 차액을 청구법인의 해당 사업연도의 소득으로 보는 것이 일반적인 회계관행인 소위 『역사적 원가주의』원칙에 부합되는 타당한 회계처리로 판단된다.

그러하다면 공유수면매립법 관련 규정에 따라 쟁점토지의 소유권을 취득하는 준공인가일에 쟁점토지의 취득에 따른 소득이 청구법인에게 실현되었음을 전제로 하여 과세된 이 건 법인세 등은 부당한 것으로 판단된다.

더욱이 법인세법시행령 제12조 제1항 제5호에서 자산재평가법에 의한 재평가차익 등에 국한하여 자산의 평가차익을 법인의 수익으로 규정하고 있음에도, 처분청은 일종의 평가차익에 해당하는 이 건 감정평가차익을 과세대상으로 한 점에 비추어 볼 때에도 이 건 과세는 관련법령의 적용을 그르친 부당한 처분으로 판단된다.

따라서, 처분청이 공유수면매립법에 의하여 매립준공된 쟁점토지의 감정평가차익을 준공인가일이 속한 사업연도에 실현된 것으로 보아 이를 과세대상으로 한 당초 처분은 잘못이라 할 것이므로, 쟁점토지의 가액을 청구법인의 장부상 계상하여 신고한 취득원가로 하여 이 건 법인세 등을 경정(이에따른 기납부된 세액에 대한 환급결정 포함)함이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(1)에 대한 심리결과 청구주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 동 주장이 이유 없음을 전제로 한 쟁점(2)에 대한 심리의 실익이 없으므로, 쟁점(2)에 대한 심리를 생략한다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.