처분청은 재건축조합인 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 토지 6,035.35㎡(이하 “이 사건 종전토지”라 한다)를 2001.11.20. 조합원들로부터 신탁취득후 재건축사업을 완료하여 2004.7.6. 아파트 등에 대하여 사용승인을 받자 이 사건 종전토지가 토지구획정리로 같은 동 297번지로 환지된 면적(5,988.30㎡로) 중에서조합원용 아파트의 부속토지를 제외한 일반분양용 아파트 등의 부속토지 946.02㎡(아파트 933.36㎡, 상가 12.66㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 시가표준액(1,475,795,134원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 29,515,900원, 농어촌특별세 2,951,580원, 합계 32,467,480원을 2004.7.22. 자진신고하고, 2004.8.2. 납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.(※ 국민주택이하의 주택에 대한 농어촌특별세는 2004.11.26. 이의신청결정시 비과세하고 39,500원으로 경정함)

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 재건축주택조합을 설립하여 이 사건 종전토지를 신탁취득한 후 그 지상에 아파트 168세대를 건축하여 144세대는 조합원이 갖고 24세대와 상가일부를 일반분양하였는데, 일반 분양용의 경우 신탁토지의 실질적인 소유권은 조합원에게 있고 주택조합은 신탁법상의 신탁에 따른 그 형식적인 소유권만 갖고 있고, 구 지방세법 제105조제10항 및 제110조제1호에서 주택조합이 조합원용으로 취득한 부동산은 조합원이 그 취득세에 대한 납세의무가 있고, 주택조합과 조합원간의 신탁재산에 대하여 취득세를 비과세 대상에서 제외하도록 한 것은 조합원이 이 사건 토지를 취득 시에 취득세 등을 납부하였기에 이중으로 과세되는 것을 피하기 위하여 주택조합과 조합원을 동일인으로 보도록 규정한 것이므로 처분청에서 이 사건 토지에 대한 취득세를 수납징수한 것은 잘못이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 재건축주택조합이 신탁취득한 일반분양용 아파트의 그 부속토지에 대하여 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 처분이 적법한지의 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제104조본문제8호에서 취득의 정의를 매매·교환·상속·증여·기부·법인에 대한 현물출자·건축·개수·공유수면의 매립·간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득·승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득이라고 하고, 구지방세법(2003.5.29. 법률 제6916호로 개정되기 이전의 것) 제105조제10조에서 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 한 다음, 같은 법 제110조본문제1호에서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득 등에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다고 규정하고 있으며, 구지방세법제109조제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 하고, 농어촌특별세법 제4조본문제11호에서 대통령령이 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세를 비과세한다고 하고 있으며, 주택법시행령 제3조에서 국민주택의 규모는 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하로 한다고 한 다음 그 산정기준은 주거의 용도로만 쓰이는 면적으로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2000.5.23. 처분청으로부터 재건축주택조합설립인가를 받고, 2001.1.20. 재건축주택건설사업계획승인을 득하고 같은 해 2001.11.20. 조합원들로부터 이 사건 토지를 신탁취득과 동시에 구획정리사업에 따라 환지처분을 받았으며, 2002.5.18. 재건축주택건설공사를 착공하여 2004.7.1. 처분청으로부터 재건축주택건설사업 완공에 따른 준공인가증 교부받았고, 같은 달 6일 이 사건 아파트 등의 건축물(조합원용 144세대 및 일반분양용 24세대, 부대상가)에 대한 사용승인을 처분청으로부터 받자 2004.8.2. 처분청에게 이 사건 취득세를 납부하였으며, 농어촌특별세 비과세대상과 관련하여 위 사용승인서에서 이 사건 아파트 168세대 중 전용면적 84.98㎡인 것은 118세대( 조합원용 94세대, 일반분양용 24세대)로 전용면적 59.80㎡인 것은 50세대(전부 조합원용)로 기재되었고, 2004.7.22.부터 일반분양용 아파트 등의 그 부속토지 946.02㎡(상가분 12.66㎡포함)에 대하여 신탁해지와 동시 아파트 등의 소유권보존등기시 대지권으로 등기한 다음 일반분양자에게 소유권이전등기를 경료한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 재건축주택조합이 신탁취득한 이 사건 토지는 실질적인 소유권은 조합원에게 있고, 구 지방세법 제105조제10항 및 제110조제1호에서 주택조합과 조합원간의 신탁재산에 대하여 취득세를 비과세 대상에서 제외하도록 한 것은 조합원이 이 사건 토지를 취득 시에 취득세 등을 납부하였기에 이중으로 과세되는 것을 피하기 위하여 주택조합과 조합원을 동일인으로 보도록 규정한 것이므로 처분청에서 이 사건 토지에 대한 취득세를 수납징수한 것은 잘못이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제110조제1호에서는 신탁법에 의한 신탁으로 인한 신탁재산의 취득은 비과세하도록 규정하면서 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제105조제10항에서 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)에 대하여는 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정한 것을 종합하여 보면, 재건축주택조합이 재건축사업을 완료한 후 조합원에게 귀속시키는 아파트의 부속 토지는 조합을 취득자로 보아 취득세를 과세할 수 없지만, 건축 후 조합이 주체가 되어 일반분양하는 아파트 등의 부속토지는 사실상 조합이 조합원으로부터 소유권을 취득 하였다가 제3자에게 매각하는 것이라 하겠으므로 청구인에게 취득세 납세의무가 성립되는 것(같은 취지 심사결정행심 2004-128호, 2004.7.26. 참조)이라고 할 수 있는바, 2001.11.20. 조합원에서 주택조합으로 신탁되어 이전된 토지 중 일반분양용부속토지에 해당하는 지분은 청구인이 조합원으로부터 사실상 취득하였다 할 것이므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 수납징수한 처분은 잘못이 없다 하겠고, 비록 조합원이 이 사건 토지에 대하여 취득당시 이미 취득세를 납부하였다하더라도 2002.12.30.개정된 지방세법 제109조제3항에서 도시및주거환경정비법에서 환지처분이나 관리처분계획에 의하여 일반분양용 토지를 체비지나 보류지라고 하여 비과세하지만 주택재건축사업의 경우는 제외하고 있는 규정에 비추어 청구인이 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 납부한 행위는 취득세를 이중납부한 것이 아니라고 판단된다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6.

행 정 자 치 부 장 관