청구법인은 주택개량재개발조합으로서 1998.3.30 수익사업(아파트 일반분양사업) 부문에 대한 1997.1.1～1997.12.31 사업연도(이하 “1997 사업연도”라 한다)의 법인세신고를 하면서 청구외 OOOO주식회사로부터 교부받은 계산서(매입금액 9,259,798,000원으로서 이하 “쟁점계산서”라 한다)와 관련된 매입처별 계산서합계표를 제출하지 아니하였다.

처분청은 청구법인이 법인세법 제66조 제2항 및 같은법 시행령 제130조 제1항의 규정에 의하여 쟁점계산서의 매입처별 합계표를 제출할 의무가 있는데도 이를 제출하지 아니하였다 하여 법인세법 제41조 제14항 제2호를 적용하여 1999.7.14 청구법인에게 1997 사업연도분 법인세 92,597,980원(매출·매입처별 계산서합계표 미제출가산세)을 부과처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.8.30 심사청구를 거쳐 2000.1.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점계산서의 경우 부가가치세 면세사업(국민주택 규모 이하의 일반분양 아파트)에 해당하는 매입분으로서 동 계산서를 제출할 의무가 없는 것으로 알고 미제출하였는데, 1996.12.30 법인세법 제41조 제14항이 신설되면서 제출의무제로 전환되었고 이러한 제도변경내용을 과세청 등에서 충분한 홍보 등이 없어 청구법인측에서 사전에 알 수 없었으므로 이 건 가산세를 부과한 것은 잘못이다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이므로 매출·매입처별 계산서합계표를 제출할 의무가 없다고 주장하고 있어 이를 살펴보면, 청구법인의 정관 제30조에서 건축시설의 분양수입금, 부대복리시설의 분양수입금을 사업시행을 위한 재원으로 한다고 규정하고 있으며, 주택재개발사업시행변경인가서 및 OOOO OO아파트 동호배치도에 의하여 총 840세대를 건축하여 356세대를 일반분양한 사실이 확인되는 바, 아파트를 일반분양한 것은 법인세법 제1조 제1항 제1호에 규정하는 수익사업에 해당되는 것이어서 청구법인의 경우 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 해당된다고 할 것이고, 따라서 청구법인이 쟁점계산서를 교부받고 매출·매입처별 계산서합계표를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 매출·매입처별 계산서합계표 미제출가산세를 부과한 것은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 1997 사업연도분 매출·매입처별 계산서합계표를 제출하지 아니한데 대하여 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

법인세법 제66조 제1항에서 『법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 『법인은 제1항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출·매입처별 합계표(이하 “매출·매입처별 계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다』고 규정하고 있다.

한편, 같은법 제41조 제14항에서 『법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분은 그러하지 아니하다』고 규정하고, 그 제2호에서 『제66조 제2항의 규정에 의하여 매출·매입처별 계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제130조 제1항에서 『법 제66조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 매년 1월 31일을 말한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 주택개량재개발조합인 청구법인은 1995.5.12 건설업(주택신축판매)을 개업하는 것으로 사업자등록을 하고 총 분양아파트 840세대 중 484세대는 조합원에게, 356세대는 일반인에게 각각 분양하였는 바, 일반분양사업의 경우는 수익사업으로서 영리사업에 해당되어 청구법인의 경우 법인세법 제1조 및 제26조의 규정에 의하여 법인세를 신고·납부할 의무가 있는 것임을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 아파트 건설용역을 제공한 청구외 OOOO주식회사로부터 1997.1월～1997.12월 기간 중 9,259,798,000원 상당액의 계산서(국민주택 규모 이하의 아파트 건설용역 공급분)를 교부받고 그 계산서(쟁점계산서)의 합계표를 법인세법 제66조 제2항 및 같은법 시행령 제130조 제1항의 규정에 의하여 1998.1.31까지 처분청에 제출하지 아니한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구법인이 매입처별 계산서(쟁점계산서)의 합계표를 제출하지 못한 이유가 법인세법 제41조 제14항 제2호의 규정(매출·매입처별 계산서합계표 미제출가산세)이 1996.12.30 신설된 사실을 몰랐기 때문이었다는 것이고 기타 불가피한 사유는 없었던 것으로 보인다.

위와 같이 청구법인이 쟁점계산서의 합계표를 처분청에 제출한 사실이 없고, 또한 그 미제출의 사유가 관련법령의 무지에 의한 것일 뿐 청구법인측에 책임이 없는 불가피한 사정에 의한 것이 아니었으므로 처분청이 이 건 매출·매입처별 계산서합계표 미제출가산세를 부과한 것은 적법하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.