가.청구법인은 2010.2.26. 서울특별시 OOO 지상에 단독주택용 건축물 12개 동 등 6,616.87㎡(이하 “이 건 주택”이라 한다)를 신축하여 사용승인을 받고, 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 및 등록세 등 OOO을 신고납부한 후, 2010.4.15. 이 건 주택을 청구법인 명의로 소유권 보전등기를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 이 건 주택의 등기는 대도시내에서 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 이내에 행하는 등기로 등록세 중과세대상이라는 서울특별시의 세무조사 실시결과를 통보받고, 이 건 주택의 등록세 과세표준액 OOO에 구 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.4.16. 부과고지 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.7.3. 서울특별시장에게 이의신청을하여 2012.8.28. 기각통지를 받자 2012.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

휴면법인의 인수를 법인의 설립으로 보는 규정은 2010.1.1. 「지방세법」 개정에 따라 신설되었고, 구 「지방세법」 부칙 제6조의 규정에 의하면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있으며, 대법원은 세법이 개정된 경우에 개정된 세법 부칙이 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다”는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 마땅히 구법을 적용하여야 한다OOO고 판결하고 있다.

이 건 주택은 2010.1.1. 개정된 지방세법 시행이전 2007년 8월 사업부지를 취득하고 2007년 11월 처분청으로부터 건축허가를 받아 약 2년 반 동안의 건축공사를 통하여 신축한 건물이므로 이 건 주택의 취득과 관련한 원인행위는 구 지방세법 개정전에 이미 이루어져 청구법인의 입장에서는 이 건 주택을 취득하는 경우 종전의 규정에 의하여 등록세 일반세율을 적용받게 될 것이라는 신뢰가 발생하였고, 이러한 신뢰는 마땅이 보호되어야 한다는 대법원 판례에 비추어 보더라도 이 건 주택에 대한 등록세는 일반세율이 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

구 「지방세법」 부칙 제6조 일반적 경과조치 규정은 지방세법 개정전에 납세의무가 성립된 물건을 대상으로 적용하는 것이므로 법 개정이후에 납세의무가 성립된 이 건 주택에 대해서는 적용할 수 없고, 등록세는 납세의무성립일인 등기당시의 법령을 적용하는 것이 타당하며, 청구법인은 이 건 주택을 등기할 당시 대도시내에서 휴면법인인수일로부터 5년 이내에 대도시내에 소재한 이 건 주택을 청구법인 명의로 등기하였으므로 등록세 중과세대상으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2005년 5월 휴면법인을 인수하여 설립된 청구법인이 2007년 8월 토지를 취득하여 건축허가를 받은 후 2010년 4월에 건축물을 신축하여 보전등기한 경우 이 건축물의 등기에 대한 등록세가 중과세율 적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) 법원행정처 등기정보중앙관리소가 2012.1.27. 발행한 청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인은 1997.10.28. 주식회사 OOO는 상호로 OOO에서 일반잡화 수입판매업, 화장품 판매업 등을 목적사업으로 설립되었고, 2005.5.17. 목적사업에 건축공사업, 토목공사업을 추가하였으며, 2005.6.14. 법인의 본점소재지를 서울특별시 OOO으로 변경등기되었고, 2005.7.8. 청구법인의 상호를 주식회사 OOO로 변경한 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인의 주식등변동상황명세서에 의하면 2005.5.4. 김OOO이 기존 주주인 김OOO, 이OOO로부터 청구법인의 주식 100%를 인수하여 1인 주주가 된 것으로 기재되어 있고, 청구법인의 등기부등본에 의하면 2005.5.16. 청구법인의 기존 이사가 모두 퇴임하고 1인 이사인 송OOO이 취임한 것으로 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 2003년 1월이후 2005년 5월까지 부가가치세를 납부한 실적이 없는 것으로 확인된다.

(라) OOO세무서장이 2012.1.31. 발행한 청구법인의 사업자등록증에 의하면 청구법인은 서울특별시 OOO를 사업장소재지로 하고, 주택신축판매 등을 종목으로 하여 2005.6.14. 개업한 것으로 기재되어 있다.

(마) 서울특별시 OOO이 2007.11.27. 발행한 건축허가서에 의하면 청구법인은 서울특별시 OOO에 단독주택 6,584,50㎡의 신축을 위한 건축허가를 받은 것으로 기재되어 있다.

(바) 청구법인과 OOO(주)간 2007.5.31. 체결된 공사도급계약서에 의하면 OOO(주)는 청구법인이 시행하는 단독주택 12동 및 관리동 1동을 착공 후 12개월을 공사기간으로 하여 시공하고, 도급금액은 OOO으로 기재되어 있다.

(사) 서울특별시 OOO이 2010.2.26. 발행한 건축물 사용승인서에 의하면 청구법인은 서울특별시 OOO에 단독주택용 건축물 등 6,616.87㎡를 신축하고 사용승인을 받은 것으로 기재되어 있다.

(아) 법원행정처 등기정보중앙관리소가 2012.4.4. 발행한 이 건 주택 중 제101동의 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 이 건 주택을 2010.4.15. 보전등기한 것으로 기재되어 있다.

(자) 청구법인은 2010.2.26. 서울특별시 OOO에 단독주택용 건축물 12개 동 등 6,616.87㎡를 신축하여 사용승인을 받고, 일반세율을 적용한 취득세 및 등록세 등 OOO을 신고납부한 후 2010.4.15. 청구법인 명의로 소유권 보전등기를 하였다.

(차)처분청은 청구법인의 이 건 주택의 등기는 대도시내에서 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 이내에 행하는 등기로 등록세 중과세대상이라는 서울특별시의 세무조사 실시결과를 통보받고, 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등 OOO을 2012.4.16. 부과고지 하였다.

(2) 구 「지방세법」 제138조 제1항의 규정에 의하면 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제6조의 규정에 의하면 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정에 의하면 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 청구법인은 2010.1.1. 지방세법이 개정되어 휴면법인의 인수를 법인의 설립으로 보도록 한 이후인 2010.4.15. 이 건 주택을 등기한 점, ② 청구법인은 휴면법인을 인수한 사실에 대하여 이견이 없는 점, ③ 처분청이 청구법인의 이 건 주택의 등기에 대해 등록세 일반세율 적용대상이라는 공적견해를 표현한 사실 등이 없어 청구법인에게 보호해야할 신뢰가 발생하였다고 보기는 어려운 점, ④ 구 「지방세법」 부칙 제6조 일반적 경과조치 규정은 이 법 개정이전에 납세의무가 성립된 지방세는 개정전의 법률을 적용하고 이 법 개정후에 납세의무가 성립된 지방세는 개정된 법률이 적용된다는 규정이라고 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 대도시내의 휴면법인을 인수한 후 5년이내인 2010.4.15. 대도시내의 이 건 주택을 청구법인 명의로 보전등기하였으므로 청구법인의 이 건 주택의 등기는 대도시내에서 법인설립 이후 5년이내에 행하는 부동산등기로서 등록세 중과세율 적용대상이라고 보는 것이 타당하다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.