가. 청구법인은 2016.5.10. 부동산 임대업을 공동으로 영위하던 개인사업자 OOO(이하 “현물출자자”라 한다)으로부터 OOO임야 11,761㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 현물출자로 취득하고 2016.7.29. 처분청에 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2016.8.5. 처분청에 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 및 「조세특례제한법」제32조 제1항에서 규정하고 있는 ‘사업용 고정자산의 현물출자에 따른 법인전환’에 따른 취득세 감면대상에 해당하므로 기 납부한 취득세 등을 환급하라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.10.4. 쟁점토지가 동 규정상의 사업용 고정자산에 해당되지 않는다고 보아 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.21. 이의신청을 거쳐 2017.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 현물출자자는 부동산 임대업을 영위하다가 2016.5.10. 쟁점토지를 현물출자하여 청구법인을 설립하였다.

OOO및 OOO은 2014.9.26. 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고 임대차계약을 체결하기 전 주식회사 OOO와 컨설팅 용역계약을 체결하여 부동산 임대를 위하여 필요한 개발행위허가, 공장설립승인신청 등 각종 인․허가 절차 등을 거친 후 2016.3.24. 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)과 쟁점토지에 대한 임대차계약을 체결하였으며 이에 따른 차임이 2016.6.29. 및 2016.7.15. 지급되기는 하였지만 이는 계약 체결 당시 처분청의 개발행위허가 등에 대한 심의는 완료되었으나 ‘개발행위허가증’ 발급지연 등으로 계약서상의 특약사항에서 그 지급시기를 조정하였을 뿐이고 해당 계약에 따른 부동산중개수수료도 추후 지급하였는바, 이와 같은 행위 등은 부동산 임대업의 영업행위에 해당한다.

또한, 현물출자자 중 OOO이 현물출자계약일(2016.5.2.) 이후인 2016.5.3. 사업자등록을 하였으나 OOO은 2016.4.29. OOO및 OOO으로부터 쟁점토지의 일부 지분을 증여받아 등기하는 시점에 공동임대사업자로서의 지위에 있음을 대외적으로 표창한 것으로 볼 수 있고 현물출자계약서상의 효력발생시기가 2016.5.10., 청구법인 설립을 위한 발기인 총회가 2016.5.12.이므로 현물출자계약일이 OOO의 사업자등록 이전임을 이유로 감면대상에 해당하지 않는다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(2) 처분청은 임대차계약체결 이후인 2016.5.12. 개발행위변경허가시에도 여전히 임대인(현물출자자) 명의로 허가가 유지되고 있었으며 현물출자자와 OOO이 특수관계인으로서 취득세 감면을 받기 위하여 형식적으로 임대차계약을 체결하였다는 의견이나, 이는 임대인이 2016년 1월경 개발행위변경허가 신청을 한 후 그 행정처리가 진행중이어서 중간에 다시 OOO이 동일한 개발행위허가에 대하여 명의변경을 신청할 수가 없었기 때문이고 그 이후 사업진행 과정에서 OOO으로 개발행위변경허가를 받았으며 현물출자자는 쟁점토지를 개발하여 수익을 창출할 수 있는 인적․물적 조직을 보유한 OOO에게 쟁점토지를 임대하여 주고, OOO이 쟁점토지를 가구단지 등으로 개발하여 얻는 수익을 임대료의 형식으로 배분받는 사업모델을 가지고 있었던 것이지 청구법인이 취득세를 감면받기 위하여 OOO에게 쟁점토지를 임대한 것은 아니라 할 것이다.

따라서 현물출자자가 개인사업자로서 사업용 고정자산인 쟁점토지를 부동산 임대업에 공여하다가 법인으로 전환하면서 현물출자한 경우에 해당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

현물출자자와 OOO이 체결한 임대차계약서상의 계약일은 2016.3.25., 임대개시일은 2016.3.31.로 되어 있으나, 특약에 따라 임대료가2016.6.29. 및 2016.7.15. 비로소 각 OOO씩 지급되었고, 중개수수료 또한 지급된 사실이 없는 점, OOO은 OOO과 OOO이 해당 법인주식의 100%를 소유하여 특수관계자에 해당하는 점, 임대개시일 현재 쟁점토지는 현물출자자들 명의로 개발행위가 진행 중인 상태였는데, 이와 같이 근린생활시설․공장부지 조성 및 임대목적으로 개발행위가 진행 중인 토지에 대한 임대를 임차법인 명의로 건물을 신축하여 이를 장기간 사용한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 통상적인 임대차 관계로 보기 어려운 점, 임대차계약서상 ‘현 토지상태의 임대차계약’이라고만 명시하고 있어 OOO이 어떠한 목적으로 쟁점토지를 임차하였는지가 불분명하고 그 용도와 관련하여 입증자료 등이 제시되지 않고 있는 점 등을 종합하여 살피건대 현물출자자와 특수관계자인 OOO이 법인전환에 따른 양도소득세의 이월과세 적용 및 취득세를 면제받기 위한 수단으로 형식적임 임대차계약을 체결한 것으로 보이므로 쟁점토지를 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 및 「조세특례제한법」제32조 제1항에 따른 사업용 고정자산에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 해당되므로 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2018년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 현물출자자중 OOO및 OOO은 공동사업자로서 2014.9.26. 사업장소재지를 OOO(쟁점토지)로, 업태 및 업종을 부동산 및 임대로 하여 사업자등록을 하고, 2014.11.25. 공부상 지목이 임야인 쟁점토지를 OOO에 취득(매매, 지분내역 : OOO11,761분의 7,645, OOO11,761분의 4,116)하였다.

(나) OOO(갑)은 2015.12.31. 주식회사 OOO와 쟁점토지에 대한 OOO이용방안 도출 및 수요자 선정 후 계약체결업무 수행(중장기적 활용 및 임대, 위탁운영 등 사업방식의 다각적 검토)을 의뢰하는 컨설팅 용역 약정(용역기간 : 2015.12.31.～2016.12.31.)을 체결하였다.

(다) OOO(임대인)은 2016.3.25. OOO(임차인)과 쟁점토지에 대한 임대차계약을 체결하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같으며, 등기사항전부증명서에 의하면 OOO은 2012.1.2. 본점을 OOO101호로, 목적사업을 전자부품제조 및 판매업, 부동산 임대업 등으로, 임원을 OOO(대표), OOO으로 하여 설립된 것으로 나타난다.