가. 청구인은 2016.3.14. OOO 외 1필지 토지 482㎡ 및 3층 건물 957.06㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후, 2016.3.15. 처분청에 종교를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 신고하여 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 면제받았다.

나. 청구인은 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 종교 용도에 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2019.5.10. 처분청에 기 면제받은 위 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후, 쟁점부동산을 유예기간내에 종교용으로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 이유로 2019.5.18. 처분청에 위 취득세 등 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.7.10. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO(이하 “주택조합”이라 한다)이 청구인의 기존 교회부지에 아파트 건설을 추진하여 청구인은 기존 교회부지를 주택조합에 이전하는 대신 주택조합으로부터 쟁점부동산을 이전받기로 하면서 청구인이 이를 종교용으로 리모델링하여 사용할 수 있도록 그 임차인을 퇴거시킨 후 인수하기로 하며, 그 리모델링 비용도 주택조합측이 부담하기로 합의하였다.

그럼에도 조합이 합의내용을 이행하지 아니하여 청구인이 직접 2016.10.12. 임차인을 상대로 명도소송을 제기하였으나, 임차인에게 「상가건물 임대차 보호법」(이하 “상가임대차법”이라 한다)상 대항력이 인정되어 패소하였고, 2018.4.25.에야 임차인에게 보증금을 반환하고 쟁점부동산을 명도 받아 리모델링 공사를 개시할 수 있었으며, 현재를 그 공사를 마무리하고 쟁점부동산에 입주하여 이를 종교용으로 사용하고 있다.

그 과정에서 쟁점부동산의 임차인이 청구인의 대표자를 업무방해 혐의 등으로 수차례 형사 고소하고, 주택조합측이 청구인을 상대로 쟁점부동산의 매매계약 해제 및 부당이득반환 청구를 하였을 뿐 아니라 리모델링 비용까지 제대로 부담하지 아니하려 하는 등으로 쟁점부동산과 관련하여 주택조합측과 청구인 사이에 분쟁이 끊임없이 이어져 쟁점부동산 리모델링 공사 또한 늦어지게 것이므로 청구인으로서는 쟁점부동산을 도저히 유예기간 내에 종교용으로 직접 사용하기 어려웠던 사정이 있다. 그러므로 청구인이 이를 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아 취득세 감면을 유지함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산을 매수하면서 그 임대차계약을 승계하는 특약을 두었으므로 취득당시부터 쟁점부동산을 고유 업무에 사용하는 데에 사실상 장애가 있었고, 유예기간내에 이를 직접 사용하기도 어려울 것임을 사전에 충분히 예측할 수 있었을 것으로 보이는 점, 쟁점부동산을 명도받은 이후로도 2019년 9월 현재까지 쟁점부동산을 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산을 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종교단체가 종교용으로 취득한 쟁점부동산을 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

다. 사실 관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2014.9.23. OOO일대에 아파트 건설을 목적으로 하는 주택조합 및 그 시행사 OOO(이하 “조합측”이라 한다)와 사이에 청구인이 기존 교회부지를 OOO에 아파트 신축 부지로 제공하는 대신 대체 부동산을 받기로 하되, 대체 부동산을 교회가 사용하기에 적합하도록 하는 건축ㆍ리모델링 공사비를 OOO가 제공하기로 하는 내용으로 협약서를 작성하였다.

(나) 청구인은 2014.11.27. OOO으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 매수하기로 하는 부동산매매계약을 작성하면서 부동산임대차계약은 매수인이 승계하기로 하는 특약을 두었다.

(다) 청구인은 2015.1.12. 조합측과 사이에 청구인의 기존 부동산을 아파트 신축 부지로 제공하는 대신 조합측이 쟁점부동산과 그 연접 토지OOO를 매입하여 청구인에게 제공하기로 하는 내용의 교환계약서를 작성하였는데 그 내용은, 쟁점부동산 매입은 청구인 명의로 하되 대금은 조합측이 지급하고(제3조 제1항), 청구인이 쟁점부동산 리모델링을 하면 조합측이 청구인에게 리모델링비와 신축아파트 1채를 지급하며(제3조 제2항), 대체 부동산 매입 및 리모델링 비용 정산이 완료되면 청구인의 기존 부동산을 조합측에게 소유권이전해주기로 하고(제4조 제2항), 청구인은 쟁점부동산을 비워진 상태로 인도받아 리모델링하고, 리모델링 공사가 끝날 때까지 종전 교회를 계속 사용하기로 한다는 것이다(특약).

(라) 청구인은 쟁점부동산을 명도받기 위해 2016.10.12. 쟁점부동산 3층 임차인 OOO를 상대로 건물명도 소송을 제기하였는데, 상가임대차법상 임차인의 계약갱신요구권이 인정되어 2017.7.11. 그 패소판결이 확정되었고(의정부지방법원 2016가단123136), 그 과정에서 청구인의 대표자가 업무방해 혐의로 형사고소를 받기도 하였으나(의정부지방검찰청 2017년 형제26274호 불기소통지), 결국 2018.4.25.에는 OOO가 임대차보증금을 반환받고 퇴거하였다(영수증).

(마) 청구인은 쟁점부동산을 종교용으로 사용하기 위해 2017.3.16. 처분청으로부터 아래 ＜표＞와 같이 증축 및 용도변경허가를 받았다.

＜표＞ 증축 및 용도변경허가 내역

(바) 청구인은 쟁점부동산을 리모델링하기 위해 2016.6.2.경부터 설계, 시공, 감리 계약 등을 체결하여 2017.4.19.〜2017.7.1. 기간 동안 공사를 하였다(간이영수증, 입금증, 거래명세서 등).

(사) 처분청은 유예기간 종료 후인 2019.3.14., 2019.3.27., 이 건 경정청구 이후인 2019.6.3., 이 건 심판청구 이후인 2019.9.27. 각 쟁점부동산을 방문하였는데, 쟁점부동산은 리모델링 공사가 진행되다가 중단되기를 반복하는 등 이 건 심판청구시까지도 공사가 마무리 되지 아니하여 종교용으로 사용되지 아니하고 있었다.

(아) 청구인은 쟁점부동산을 임차인으로부터 2018.4.25. 명도를 받고도 2019.3.13. 유예기간이 종료되도록 리모델링 공사 및 입주를 완료하지 못한 것은 주택조합의 조합원이 청구인을 상대로 부동산교환계약을 해제하고 쟁점부동산 매매대금 상당액을 부당이득으로 반환하라며 소를 제기(2019.3.21. 접수 의정부지방법원 2019카단598 부동산가압류, 2019.4.30. 접수 서울동부지방법원 2019가합105106 계약금반환 외 36건)하는 등으로 쟁점부동산과 관련하여 불안정한 상태가 지속되었고, 주택조합측이 리모델링비를 제대로 지급하지 아니하였기 때문이며, 결국 당초 계획했던 리모델링 공사OOO를 대폭 축소하여 진행한 결과 현재는 리모델링 공사를 완공하여 입주하였다며 청구인 계좌의 거래내역, 2019.5.16. 예산서OOO등을 제출하였다.

(2) 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 추징배제사유인 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임). 만약 부동산을 취득할 당시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 비록 조합측이 쟁점부동산의 임차인을 퇴거시킨 상태로 청구인에게 인도해 주기로 합의하였으나, 실제로 청구인이 쟁점부동산을 취득하면서 작성한 매매계약서에는 쟁점부동산의 임대차관계를 승계한다고 명시하였고, 부동산을 취득하면서 그 임대차관계를 승계할 경우 임차인과 달리 합의하지 않는 이상 상가임대차법에 따라 그 임대차관계는 임차인이 계약갱신요구권 행사시 장기간 지속될 가능성이 있는 상태가 되는 것이며, 그와 같은 사정은 부동산 거래를 함에 있어 충분히 예측 할 수 있는 것인 점, 쟁점부동산의 임차인이 2018.4.25. 퇴거한 이후로도 청구인은 이 건 유예기간 종료일(2019.3.13.)까지 1년 가까이 쟁점부동산 리모델링 공사를 완료하지 못하였다가 이 건 부과처분(2019.5.)이후에야 공사범위를 조정(2019.5.16.)하여 공사를 재개한 것으로 보이고, 심판청구 당시(2019.9.27.)까지도 공사를 완료하지 못하여 쟁점부동산을 종교시설로 사용하지 못하였던 점, 청구인으로서는 쟁점부동산에 대한 분쟁이 계속되어 조합측으로부터 각종 소송을 제기당하였을 뿐 아니라 리모델링 공사비도 제대로 받지 못하는 등 불안정한 상태에 처하였던 사정은 있어 보이나, 청구인으로서도 분쟁을 기화로 공사를 막연히 중단하였다가 이 건 부과처분을 받은 후에야 공사를 재개한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 유예기간 내에 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 인정하기는 어려워 보인다.

따라서 청구인이 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 없다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.