가. 청구법인과 대표이사인 이영호, 주주인 이영술(이영호의 동생) 및 이영건(이영호의 동생)은 2006.4.20. 공유물 분할과 자기주식 취득을 위하여 아래〈표1〉과 같은 내용으로 주식을 양도하고 부동산 소유권을 이전하기로 협의서를 작성한 후 협의내용에 따라 각각 소유권이전등기 및 주식양도를 하였으며, 청구법인은 2006.4.28. 임시주주총회에서 이영술 및 이영걸로부터 취득한 자기주식 27,436주를 소각하여 감자하기로 의결한 후 2006.6.5. 감자 등기를 하였다.

〈표1〉 주식양도 및 부동산 소유권이전등기 내역

(단위 : ㎡)

나. 서울지방국세청장은 2008.8.11.부터 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인과 이영술 및 이영건 사이에 이루어진 상기〈표1〉의 주식과 부동산의 교환거래(이하 “쟁점교환거래”라 한다)는 손익거래가 아닌 자본거래에 해당된다고 판단하여, 2009.2.12. 청구법인에게 이영술과 이영건이 청구법인으로부터 양도받은 경일오피스텔 등의 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 감정가액(7,540,225,077원)과 양도한 청구법인 주식의 취득가액(494,375,043원)과의 차액(7,045,876,034원)을 의제배당소득으로 하여 2006년 귀속 원천징수분 소득세 1,085,064,900원과 「법인세법」제76조의 규정에 의하여 지급조서미제출가산세를 가산한 2006사업연도 법인세 140,917,520원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점교환거래는 자본거래가 아니라 손익거래이다.

(가) 서울지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 쟁점교환거래는 청구법인이 시가에 미달하게 쟁점부동산을 양도하였으므로 쟁점부동산의 시가와 공시지가와의 차액을 부당행위계산부인대상으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과하였는바, 이는 쟁점교환거래가 자본거래가 아닌 손익거래라는 사실을 스스로 인정한 것임에도, 위 차액을 다시 의제배당소득으로 보아 소득처분한 것은 동일한 거래에 대하여 이중으로 부과처분을 하는 것이다.

(나) 또한 송파세무서장도 이영술의 주식 및 부동산 양도에 대한 세무조사를 하면서 쟁점교환거래를 자본거래가 아닌 손익거래로 보아 결정하였으며, 청구법인의 2006사업연도 주식변동내역을 보면 대표이사인 이영호가 이영술로부터 11,682주를, 이영건으로부터 2,882주를 양수하였고, 청구법인은 이영술로부터 자기주식 9,318주를, 이영건으로부터 18,118주를 양수한 후 이를 모두 감자하여 이영호가 청구법인의 주식 100%를 소유한 주주가 된 사실이 확인되며, 2006.4.20. 작성한 협의서 내용에서도 이영호와 이영술 및 이영건은 공동 소유하는 재산을 분할하는 방편으로 부동산과 청구법인의 주식을 함께 분할 및 교환하면서 쟁점교환거래에 대한 대가도 부동산으로 지급한 일련의 재산분할과정 등을 볼 때, 쟁점교환거래는 자본거래가 아닌 손익거래로 보는 것이 타당하므로 이 건 부과처분 중 원천징수분 소득세는 취소되어야 한다.

(2) 쟁점교환거래는 단순한 주식매매로서 그 차익은 양도소득에 해당됨에도 이를 의제배당소득으로 보아 소득금액변동통지한 것은 부당한 만큼, 청구법인이 그에 대한 소득금액지급조서를 제출하지 아니하였다 하여 지급조서미제출가산세를 부과할 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점교환거래가 단순한 주식의 양도로 자본거래가 아니라 손익거래에 해당되므로 의제배당소득으로 보아 한 원천징수분 소득세 부과처분이 부당하다고 주장하지만,

(가) 2008.9.5. 이영호가 조사공무원과 작성한 문답서에 의하면, 청구법인이 자기주식을 취득한 목적이 주식을 소각하기 위한 것이며, 이영술, 이영건도 청구법인이 감자를 목적으로 자기주식을 취득한다는 것을 알고 있었고 감자에 대하여 구두로 합의하였다고 진술하였으며, 청구법인의 등기부등본상 이영술이 부사장으로, 이영건이 전무로 재직하였던 점 등을 볼 때, 청구법인이 감자를 목적으로 자기주식을 취득한 사실을 알 수 있었다고 보여진다.

(나) 「소득세법」제17조 제2항 제1호에서 “주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주가 당해 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 주주에게 배당한 것으로 본다”고 규정하고 있고, 「상법」제341조에서 “회사는 주식을 소각하기 위한 때 등의 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다”고 규정하고 있으며, 쟁점교환거래가 주식의 양도인지 자본의 환급인지 여부는 실질과세의 원칙상 당사자의 의사와 계약체결한 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체적인 과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 하는데, 청구법인이 쟁점교환계약을 체결한 과정, 자기주식을 취득한 이후 즉시 감자한 사실 등을 종합하면 쟁점교환거래는 손익거래가 아니라 자본거래로 인정하는 것이 타당하다.

따라서 청구법인은 이영술, 이영건이 소유한 주식을 1주당 225,610원으로 평가하여 인수하면서 그 대가를 쟁점부동산을 개별공시지가로 평가하기로 약정한 쟁점교환거래는 자기주식의 소각에 의한 감자절차의 일환으로 이루어진 것으로 자본의 환급에 해당되므로 쟁점교환거래로 인하여 주주인 이영술과 이영건이 주식을 양도하고 받은 이익상당액은 의제배당소득에 해당된다.

(2) 청구법인은 쟁점교환거래에 의하여 이영술과 이영건이 얻은 이익을 의제배당소득으로 보아 과세한 처분 자체가 부당하므로 소득금액변동통지를 받은 청구법인이 소득금액지급조서를 제출하지 아니하였다고 하여 지급조서미제출가산세를 부과한 처분도 취소되어야 한다고 주장하지만, 쟁점교환거래에 대하여 소득금액변동통지를 한 사실이 없으며, 그 거래로 인하여 발생한 소득은 의제배당소득에 해당되므로 신고하지 아니한 의제배당소득에 대하여 지급조서미제출가산세를 산정하여 법인세를 경정·고지한 처분도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

주주가 자신이 보유하던 비상장주식을 주식발행법인에게 양도하고 법인은 당해 주식의 취득가액을 초과하는 부동산을 그대로 양도한 이 건은 단순히 주식을 양도한 경우에 불과하므로 그 차액 상당액은 자본거래에 의한 의제배당소득에 해당되지 아니하며, 지급조서미제출가산세 적용대상에도 해당되지 아니한다는 청구인 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 구 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

제17조 【배당소득】① 배당소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 의제배당

② 제1항 제3호의 규정에 따른 의제배당이라 함은 다음 각 호의 금액을 말하며 이를 당해 주주ㆍ사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

③ 배당소득금액은 당해 연도의 총수입금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 배당소득 중 다음 각호의 1에 해당하는 배당을 제외한 분에 대하여는 당해 연도의 총수입금액에 동 배당소득의 100분의 15에 상당하는 금액을 가산한 금액으로 한다.

1. 제2항 제2호 가목의 규정에 의한 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 자본전입으로 인한 의제배당

(2) 소득세법

제132조 【배당소득지급시기의 의제】① 법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 의한 배당소득을 그 처분을 결정한 날부터 3월이 되는 날까지 지급하지 아니한 때에는 그 3월이 되는 날에 배당소득을 지급한 것으로 본다.

② 제1항 외의 배당소득에 대한 지급시기는 대통령령으로 정하는 날로 한다.

제164조【지급조서의 제출】① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조의 규정에 의한 납세조합을 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일(제73조 제1항 제5호의 소득으로서 대통령령이 정하는 소득과 제135조 제2항ㆍ제3항, 제147조 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받는 소득에 대하여는 당해 소득금액 또는 수입금액에 대한 과세연도 종료일을 말한다)이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

2. 배당소득

(3) 소득세법 시행령 제191조 【배당소득 지급시기의 의제】 법 제132조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 날”이라 함은 다음 각 호에 규정하는 날을 말한다.

1. 의제배당

제46조 제4호 또는 제5호에 규정된 날

(4) 구 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제192조【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】 ① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 국세징수법 제86조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

③ 법인의 소득금액을 신고함에 있어서 법인세법 시행령 제106조의 규정에 의하여 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 당해 법인이 법인세 과세표준 및 세액의 신고기일에 지급한 것으로 본다.

(5) 법인세법

제4조【실질과세】 ① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제76조【가산세】 ⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의 2 또는 소득세법 제164조ㆍ제164조의 2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 100분의 2를 100분의 1로 하고, 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

(6) 구 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제120조【지급조서의 제출의무】 ① 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다.

② 소득세법 제164조의 규정은 제1항의 규정에 의한 지급조서의 제출에 관하여 이를 준용한다.

(7) 상법 제341조 【자기주식의 취득】회사는 다음의 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다.

1. 주식을 소각하기 위한 때

2. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 때

3. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때

4. 단주의 처리를 위하여 필요한 때

5. 주주가 주식매수청구권을 행사한 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 서울지방국세청장이청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 뒤 경정한 부당행위계산부인금액 및 의제배당소득금액의 산정내역을 보면 아래〈표2〉와 같다.

〈표2〉 부당행위계산부인금액 및 의제배당소득금액 산정내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인과 이영호, 이영술, 이영건은 2006.4.20. 공유 부동산 및 주식을 분할 및 교환하기로 약정하는 협의서를 작성하여 같은 날 필동합동법률사무소에서 공증(공정증서 2006년 제1640호)을 받았고, 그 협의서상 분할 및 교환할 내용은 위〈표1〉과 같다.

(3) 위 협의서와는 별도로 청구법인과 이영술 및 이영건은 2006.4.24. 교환계약을 체결하여 이영술 소유의 청구법인 주식 9,318주와 이영건 소유의 청구법인 주식 18,118주를 주당 225,610원으로 평가하여 청구법인이 양수하고, 그 대가로 쟁점부동산을 이영술 및 이영건에게 양도하며, 물건은 등가교환하고 금전 기타의 수수는 하지 아니한다는 내용 등을 약정하였다.

(4) 청구법인이 2006.4.28. 임시주주총회를 개최하고 작성한 뒤 공증받은 의사록 중 자본감소와 관련한 의안은 아래와 같다.

(5) 청구법인의 대표이사인 이영호가 2008.9.5. 조사공무원에게 임의진술한 1차 문답서의 주요한 내용은 다음과 같다.

(6) 청구법인의 대표이사인 이영호가 2008.9.9. 조사공무원에게 임의진술한 2차 문답서의 주요한 내용은 다음과 같다.

(7) 주주인 이영술과 이영건이 2008.9.10. 조사공무원에게 임의진술한 문답서의 주요한 내용은 다음과 같다.

(8) 청구법인은 2006.5.4. 매일경제신문에 주주총회의결대로 자본감소공고를 하고, 2006.6.5. 자본감소에 따른 변경등기를 하였다.

(9) 구 「소득세법」제17조 제1항에서는 의제배당을 배당소득으로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호에서 구체적으로 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액을 의제배당으로 보도록 규정하고 있다.

(10) 청구법인의 주주인 이영술과 이영건이 2006.4.20. 청구법인과 쟁점교환거래에 대한 협의서를 작성하고, 2006.4.24. 그 협의서에 따라 교환계약을 체결하여 소유한 주식을 청구법인에게 양도하고 그 대가로 쟁점부동산을 양수한 다음, 청구법인은 2006.4.28. 임시주주총회를 개최하여 자기주식을 소각하는 방법으로 자본금을 감자하기로 의결하고, 2006.5.4. 자본감소에 따른 공고를 한 뒤, 2006.6.5. 감자에 대한 법인등기 변경등기를 한 일련의 과정, 이영술과 이영건이 주식의 양도시점까지 청구법인의 임원으로 재직한 사실, 세무조사당시 이영술과 이영건은 청구법인이 감자를 목적으로 자기주식을 취득한다는 사실을 알고 있었다고 진술한 내용 등을 볼 때, 대표이사 이영호가 감자를 통하여 1인 주주가 되기 위하여 청구법인으로 하여금 쟁점교환거래를 하여 자기주식을 취득하여 소각하게 하는 방법으로 감자한 것으로 보여지는 만큼, 이영술과 이영건이 청구법인으로부터 양수한 쟁점부동산의 가액과 양도한 주식의 취득가액의 차액은 의제배당소득으로 보는 것이 타당하다.

(11) 위와 같이 이영술과 이영건이 소유한 주식을 양도하고 얻은 이익상당액이 배당소득에 해당되므로 청구법인에게는 「소득세법」제164조에 의하여 지급조서를 제출할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니한 이상 이 건은 「법인세법」제76조에서 규정하고 있는 지급조서미제출가산세 적용대상에 해당된다.

(12) 따라서, 처분청이 청구법인과 이영술 및 이영건간의 쟁점교환거래에 따라 발생한 쟁점부동산의 가액과 주식의 취득가액의 차액을 의제배당소득으로 보고 원천징수의무자인 청구법인에게 소득세를 부과한 처분과 청구법인에게 지급조서미제출가산세를 부과한 처분은 적법·타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010년 1월 29일

주심조세심판관

김 홍 기

배석조세심판관

박 종 성

한 만 수

김 두 형