가. 청구법인은 2004년 OOO폐기물을 해상운송하도록 하는 OOO의 결정과 OOO 해상운송을 위한 해상매립을 통한 물양장 증설 및 방파제 증설 OOO 실시계획에 따라, 청구법인의 전면해상에 기존 국가 소유의 방파제 등을 일부 제거하고 새로이 공유수면을 매립하여 물양장 2,158㎡, 북방파제 3,643㎡, 남방파제 1,784㎡ 등 면적 7,585㎡(이하 “쟁점시설물”이라 한다)를 OOO에 공사완료하고, OOO로부터 승인조건을 성실히 이행하는 조건으로 쟁점시설물의 준공승인을 받았으며, OOO 쟁점시설물을 건설 중인 자산계정에서 무형자산계정(중·저준위 OOO폐기물 처분시설 항만공사)으로 전기하여 OOO앞으로 보존등기를 완료하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점시설물을 준공함과 동시에 소유권을 국가에 귀속시키고 그 대가로 무상사용권을 취득한 것으로 보아 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 제4호에 의거 부가가치세 과세표준을 산정하여, OOO 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점시설물의 위치는 청구법인이 쟁점시설물을 사용하는지 여부와 무관한바, 처분청은 쟁점시설물이 국가보안시설에 해당하는 OOO의 전면해상 공유수면에 위치하고 있어 청구법인의 허가 없이 OOO(OOO으로 명칭이 변경되었고, 이하 “공단”이라 한다) 등이 임의로 출입하거나 사용할 수 없으므로 청구법인이 쟁점시설물을 사용하고 있다는 의견이나, 쟁점시설물은 국유재산에 해당되어 소유권자의 사용허가 없이 법적으로 사용할 수 없는 것임에도 쟁점시설물이 단순히 제한구역인 청구법인의 발전소 내에 위치한다는 이유만으로 청구법인이 이를 사용하고 있다는 의견은 타당하지 않다.

(가) 쟁점시설물이 기존 물양장과 연접해있다고 하더라도 접안 형태 및 하역 방식의 차이로 인해 청구법인은 쟁점시설물을 사용할 수 없는바, OOO폐기물 운반선과 발전소 기자재 운반용 바지선의 운송 경로가 동일할지라도 선박의 형태 및 접안 특성이 다르다. OOO폐기물 운반선은 일반 선박으로 ‘|’ 형태의 쟁점시설물에 접안해야 하나, 기자재 운반용 바지선은 ‘『’ 형태의 기존 물양장에 접안할 수밖에 없고, 또한, OOO 기자재 운반선(바지선)은 OOO폐기물 운반선과는 하역방식이 다르기 때문에 쟁점시설물인 ‘|’형 시설물은 사용이 불가능하여 기존 물양장을 사용할 수밖에 없다. 또한, 쟁점시설물의 전체면적이 7,585㎡로 기존 시설물 면적(52,344㎡)의 14.49% 수준으로 기존 시설물 일부를 증설한 것에 불과하여 기존 시설물로 OOO 건설 및 유지보수 목적으로 충분한 기능을 제공할 수 있는 상태로 쟁점시설물은 오로지 OOO폐기물 운반을 위해 건설된 것이다.

(나) 청구법인의 OOO는 국가보안시설로 전면(前面) 해상에 해상경계구역을 설정해 경계구역 내 출입하는 모든 선박은 출입신청을 통해 출입이 이루어지고 있고, 해상출입신청서 295건을 세부적으로 분석한 결과, 해상출입 295건 중 기자재 운송건(48건)은 기존항만시설을 통해 하역하고 있고, 기타 247건은 항만시설 내 출입이 아닌 해상경계구역 내에서 OOO 전면해상의 작업사항 및 해양조사를 위한 출입 및 기상상황 등 필요에 따라 항만시설 내 정박한 것이며, 또한 해상출입 내역은 일부 소형 보트 출입을 제외하고는 모두 바지선의 출입이었고, 출입된 바지선은 모두 기존 물양장 규모 이하인 것으로 확인되는바, 소형 보트는 기존 물양장에 충분히 접안할 수 있는 규모이고, 바지선은 기존 물양장을 통해서만 접안할 수 있어 청구법인은 쟁점시설물을 사용하고 있지 않음에도 구체적인 이용 실태를 파악하지 않고 단지 해상출입이 있었다는 사실만으로 청구법인이 쟁점시설물은 이용하였다는 처분청 의견은 너무 단편적인 판단이다.

(다)청구법인은 OOO폐기물 운송에 대한 권리와 의무를 갖고 있지 않은바, 「OOO폐기물 관리법」제13조는 OOO폐기물의 인도에 관하여 규정하고 있고, 이에 대한 세부사항은 「OOO폐기물 인수방법 등에 관한 규정」(OOO 고시 제2013-128호, 이하 “인수규정”이라 한다)에 규정되어 있는데, 같은 규정 제10조 제3항은 ‘OOO 사업자가 발생한 폐기물의 경우 OOO의 폐기물임시저장고에서 인도·인수하도록 한다’라고 규정하고 있어, 청구법인의 OOO폐기물은 공단의 관리시설이 아닌 청구법인 OOO 내의 임시저장고에서 인도·인수가 이루어지고 있다. 즉, 공단이 OOO폐기물을 청구법인의 임시저장고에서 물양장까지 육상으로 운송한 후, 물양장에서 공단의 처분시설까지 해상으로 운송하고 있어 OOO폐기물의 해상운송은 청구법인이 아닌 공단에서 수행하고 있으므로 공단이 쟁점시설물을 사용하는 것이지 청구법인이 사용하는 것이 아니다.

(2) 처분청은 청구법인이 쟁점시설물이 포함된 사업구역에 대한 OOO 승인을 받았으므로 쟁점시설물과 공유수면 매립 토지에 대한 사용권원을 확보한 것으로 판단하고, OOO의 쟁점시설물 준공승인으로 사용허가를 받아 사용권원을 취득한 것으로 보고 있으나, OOO승인은 건설공사를 착수하도록 승인한 것으로 사용허가와는 전혀 별개의 사건으로 소유권이 국가로 귀속된 쟁점시설물을 사용하기 위해서는 별도의 사용허가를 득해야 하므로 실시계획 승인과 사용허가를 동일하게 해석하는 것은 관련 법률을 확대 해석하고 있는 것이다.

(가) 「국유재산관리법」에 의하면 이 법 또는 다른 법률에서 정하는 절차와 방법에 따르지 아니하고는 국유재산을 사용하거나 수익하지 못하도록 규정되어 있고, 중앙관서의 장은 일정한 범위에서 일반경쟁이나 수의계약에 의해 사용허가를 할 수 있는바, 청구법인은 쟁점시설물에 대해 OOO에게 사용허가를 요청하지 않았고, OOO도 이에 대한 사용허가를 부여한 바가 없음에도 불구하고 사용권원이 있다는 처분청의 의견은 법률에 부합되지 않고, OOO의 준공승인은 쟁점시설물의 준공을 승인한 것이지 사용허가를 한 것이 아니며, 국유재산인 쟁점시설물의 소관청은 OOO이므로 OOO에서 사용허가를 할 수 없는 사항임에도 쟁점시설물에 대한 단순 준공허가를 사용허가로 해석하는 것은 법률에 부합되지 않는다.

(나) 청구법인과 공단의 협약서상 건설사업은 쟁점시설물과 무관한 것으로 처분청은 협약서의 제5조(부지 및 건설 사업등의 자산 취득 및 정산), 제10조(물양장 이용) 및 제21조(자산 양도·양수 기본원칙) 상의 ‘건설사업’에 대한 내용을 근거로 청구법인이 쟁점시설물에 대한 사용권원을 확보하였다는 의견이나, 협약서상 건설사업은 협약서 제4조 제2항에 정의되어 있듯이, 이는 청구법인이 2008년 OOO에 착공한 ‘중·저준위 OOO폐기물 처분시설 1단계 건설사업을 의미하는 것으로, 쟁점시설물과는 무관한바 협약서의 내용은 이 건과 무관한 사항에 대한 것이다.

(다) 쟁점시설물에 대한 공단의 무상대부 여부는 본 건과 무관한바, 처분청은 공단이 쟁점시설물을 무상대부하였는지 여부를 근거로 청구법인의 무상사용권 존재 여부를 판단하고 있으나, 「OOO 폐기물관리법」제23조(국유재산의 무상 대부)에서 ‘국가는 공단의 사업을 위하여 필요하면「국유재산법」에도 불구하고 국유재산을 무상으로 대부하게 할 수 있다’라고 규정하고 있고, 동 조항은 공단의 OOO폐기물 운송을 위해 국가가 쟁점시설물과 같은 항만시설을 무상으로 대부할 수 있다는 것으로, 이는 국가와 공단 간의 문제이지 청구법인과는 무관한 사항으로, 공단이 쟁점시설물을 무상대부 받았는지 여부는 공단의 정책에 따라 의사결정할 사항으로 청구법인의 쟁점시설물 사용권 존재 여부에 영향을 미치지 않는 사항이다.

(라) 처분청은 청구법인이 쟁점시설물을 국가에 무상 귀속하였다면 법정기부금 등으로 당해 연도의 손금으로 계상하여야 하나, OOO 쟁점시설물을 국가에 귀속하는 조건으로 준공승인을 받은 후 건설중인 자산에서 무형자산으로 전기·계상하여 무상사용수익권 등 자산으로 인식하였으므로 청구법인이 스스로 쟁점시설물에서 수익을 취하고 있다는 의견이나, 청구법인의 OOO 현재 자산규모는 OOO으로 매년 다양한 사건이 발생되어 엄청난 숫자의 회계처리와 회계전표가 발생되고 있고, 이처럼 많은 회계처리 건수로 인해 회계처리 과정에서 오류가 발생될 수 있는바, 실제로 기업 실무에서도 다양한 오류들이 발생되고 있고, 이러한 오류의 발견시점에 상기 기준서에 따라 수정 회계처리가 이루어지고 있다. 처분청이 언급한 청구법인의 회계처리는 판단 오류로 인한 회계처리 오류이다. 즉, 쟁점시설물 건설비용은 무형자산이 아닌 기부금으로 회계처리를 했어야 하나, OOO폐기물 관리사업 이관 등 관련 사항을 충분히 인지하지 못하고 처리한 것임에도 단순 회계처리만을 기준으로 조세를 부과해서는 안 될 것이다.

(3) 처분청은 청구법인이 쟁점시설물을 국가에 귀속시키고 그 대가로 용도 폐지된 국가의 재산을 무상으로 양여받았으므로, 이는 무상 귀속이 아닌 대가관계가 성립하는 일반적인 교환거래 및 유상양도에 해당된다는 의견이나, 교환거래가 성립하려면 청구법인이 쟁점시설물은 국가에 귀속시키고 용도 폐지된 국유재산을 취득해야 하는데, 청구법인은 국유재산을 양여받지 않았다. 즉, 청구법인은 쟁점시설물 건설시 선박 입항시 90˚가까이 변침해야 하는 문제점을 보완하기 위해 기존 남방파제를 140m 제거하였는데, 제거된 방파제는 존재하지 않으므로 무상거래가 아닌 유상거래에 해당된다는 의견 또한 실질과 부합되지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 국유재산인 쟁점시설물을 사용허가 없이(암묵적인 허가) 실제 사용하고 있다.

(가) 청구법인은 쟁점시설물이 국유재산에 해당되므로 소유권자의 사용허가 없이 법적으로 사용할 수 없는 것이고 국유재산은 중앙관서의 장의 허가, 일반경쟁이나 수의계약의 방법 등 법률에서 정하는 절차와 방법에 의해서만 사용될 수 있으므로 사용허가를 받지 않은 청구법인은 원천적으로 사용할 수 없다고 주장하나, 공유수면매립 준공승인 및 고시하면 효력이 발생하므로 사용·허가한 것으로 별도로 사용허가 절차가 필요 없고 준공승인 조건(① 공공용의 시설의 유지관리는 피면허자 부담으로 함 ⑤ 매립지 토지이용은···관계법령에 의하여 적법하게 사용하여야 함) 등 쟁점시설물 유지관리와 사용을 피면허자(청구법인)에게 부여하고 있으며, 국유재산에 해당하는 쟁점시설물에 대한 사용료 등이 부과되지 않고 있는 점, 기존 물양장에 대해서도 청구법인은 사용료를 납부하지 않고 무상으로 사용하고 있는 점, 「국유재산법」제34조의 규정에 의거 기부받은 재산에 대하여 기부자에게 사용·허가하는 경우 사용료를 부과할 특별한 사유가 없는 한 사용료가 면제되는 점 등으로 하고 있어 암묵적으로 사용허가를 한 것으로 청구법인은 암묵적으로 허가를 수용한 것이다.

(나) 공단의 경우 기존 시설물과는 별도로 전체시설물 면적의 14.49%인 쟁점시설만을 이용하여 OOO폐기물 운반을 위한 목적을 달성하여야 하는데 이는 기존 시설물을 함께 이용하지 않고는 불가능한 일로 방파제 및 물양장은 시설물 전체를 이용하여야 원활한 사업목적을 달성할 수 있는 것이지 특정 부분만을 분리하여 생각할 수 없고, 쟁점시설물은 청구법인 및 공단의 사용 편의성을 위하여 총공사비 OOO을 투입한 대규모 공사였던 만큼 청구법인에게도 원전운영에 필수적인 시설물로 보는 것이 타당하다. 청구법인은 OOO폐기물의 해상 운송은 청구법인이 아닌 공단에서 수행하고 있으므로 공단이 쟁점시설물을 사용하는 것이지 청구법인이 사용하는 것이 아니라고 주장하나, 「OOO 폐기물 관리법 시행령」제4조 제3항에 따르면 OOO폐기물 발생자(청구법인)가 OOO폐기물을 인도하는 장소는 공단이 지정하는 OOO폐기물 관리시설OOO고, 같은 법 시행령 제4조 제5항에 의거 OOO 폐기물의 반송이나 재분류 및 포장 등에 필요한 비용은 OOO폐기물 발생자가 부담하는 등 청구법인의 OOO 내 임시저장고에서 공단의 OOO폐기물 관리시설까지 OOO폐기물의 운송에 대한 권리와 의무는 청구법인에게 있으며, 2008년 12월 청구법인과 공단 간의 OOO폐기물관리 사업 양도·양수 협약서(안) 제10조(물양장 이용)에서 청구법인은 ‘공단이 OOO폐기물 운반을 위한 각 원전본부의 물양장 사용에 협조한다’라고 하여 OOO 전력을 생산하는 과정에서 발생하는 중·저준위 OOO폐기물을 해상수송하기 위해 건설된 쟁점시설물은 청구법인이 사용하는 것이다.

(다) 쟁점시설물은 청구법인이 현재까지도 사용하고 있는바, 이 건 시설물은 기존 OOO 내 항만시설의 방파제 및 물양장을 증설 한 것으로 관련시설물은 청구법인이 수년 동안(1980년대 초부터) 독점적 배타적으로 OOO 건설 및 유지보수 등 원전의 고유목적사업에 사용된 시설물이고 미래에도 원전이 존재하는 한 계속적으로 사용해야 하는 영구적인 구축물일 뿐만 아니라, 기존 시설물에 증설 및 연장공사였기에 기존 시설물과 독립적으로 구분되어지는 시설물이 아니고, 방폐물 전용운반선 운송경로와 OOO 중량물 운송경로도 동일하며 방파제 및 물양장 시설물의 특성상 사용의 효익이 연접한 시설물 전체에서 비롯되는 것이지 청구주장처럼 기존 시설물에서만 부분적으로 발생한다는 것은 논리적으로 타당하지 않다.

(라) 청구법인은 쟁점시설물을 사용할 수 없다고 주장하나, 2013년 OOO에서 촬영한 쟁점시설물에 대한 항공사진을 보면 청구법인이 기존 물양장만 이용한다는 주장은 사실과 다름을 확인할 수 있는바, 쟁점시설물에 청구법인의 선박들(소형보트 및 바지선)이 정박해 있는 모습을 볼 수 있고 방파제 연장부분으로 인하여 외해의 파도로부터 출입하는 선박 등이 안정적으로 운항할 수 있으며 북방파제 끝부분의 등대(빨간 부분)가 입출항하는 선박들의 안내역할을 함으로써 보다 안정적인 항해를 지원하여 청구법인의 사업목적 수행에 중요한 시설물임이 분명하나 청구법인이 쟁점시설물로부터 어떠한 효익도 득하지 않았다는 주장은 타당하지 않다.

(2) 청구법인이 쟁점시설물에 대한 사용권원을 확보하고 무상사용하고 있다.

(가) 청구법인은 쟁점시설물에 대해 OOO에게 사용허가를 요청하지 않았고, OOO도 이에 대한 사용허가를 부여한 바가 없어 사용권원이 있다는 처분청의 주장은 법률에 부합되지 않는다고 주장하나, OOO제2조(정의) 제2호에서 ‘OOO’이란 OOO설비(쟁점시설물은 발전을 위한 부대시설에 해당함)를 설치·개량하는 사업과 설치 중이거나 설치된 OOO설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업으로 규정하고 있으므로 청구법인은 쟁점시설물이 포함된 사업구역에 대해 OOO 실시(변경) 승인을 받으면서 쟁점시설물과 공유수면 매립토지에 대한 사용권원을 확보한 것으로 보아야 하고, 실질적으로 쟁점시설물 준공 이후 청구법인은 OOO폐기물 운송뿐만 아니라 신규 원자로 운반 등 발전소 건설 및 운영을 위해 쟁점시설물을 사용하고 있다.

(나) 또한, 「국유재산법」에서 정하는 절차와 방법을 따르지 아니하고 국유재산을 사용·수익하는 자는 변상금 징수( 「국유재산법」 제72조), 2년 이하의 징역 또는 OOO 이하의 벌금( 「국유재산법」 제82조) 등 벌칙을 부과하도록 규정하고 있는데, 쟁점시설물에 대한 사용허가 및 사용허가 의제, 무상사용에 따른 벌칙현황 등에 대해 OOO에 조회(법인신고분석과-1090, 2014.5.29.)한바, “준공인가한 사항으로 매립지 사용중인 청구법인과 협의하여 처리하시기 바랍니다”라고 회신OOO하였고, 회신내용에 대한 구체적인 설명을 요청OOO한바, OOO 공유수면매립업무 담당자는 “준공승인 및 고시하면 효력이 발생하므로 사용허가한 것으로 보아야 하고 변상금 및 벌금 부과 내역이 없다”고 답변하였다.

(다) 공단에 쟁점시설물에 대한 무상대부를 받았는지 여부 및 입·출항 신청서 요구에 대해 질의한바 쟁점시설물에 대한 무상대부 사실이 없고, OOO폐기물 관리사업 양도양수협약서 및 양도양수에 따른 공단 및 청구법인간 채권·채무관계 확정시 공단으로 이관된 사업이 아니고 청구법인으로 귀속된 사업이라 하였고, 2010년도 청구법인의 중·저준위 방폐물을 인수할 당시 청구법인 전면 해상의 물양장은 청구법인의 소유로 사유부두이며, 개항항구가 아니어서 당시 지방항만청에 문의한 결과 개항장이 아니라는 이유로 신고할 의무가 없으며, 지방자치단체에 문의하라는 답변이 있어 지방자치단체에 문의한 결과 국가시설물이 아닌 사유부두이기 때문에 신고를 받아줄 근거가 없다고 하여 최종적으로 OOO에 입·출항에 대한 공문을 보내 입·출항 신고를 갈음하였다고 회신하였다.

(라) 청구주장과 같이 국가에 무상 귀속하였다면 법정기부금 등으로 당해 연도의 손금으로 계상하여야 하나, 청구법인은 OOO쟁점시설물을 국가에 귀속하는 조건으로 준공승인을 받은 후 건설중인 자산에서 무형자산으로 전기·계상하여 무상사용수익권 등 자산으로 인식하였으므로 쟁점시설물에 대한 실질적인 사용허가를 받아 무상사용하고 이를 장부에 반영하고 있으므로 청구법인이 스스로 쟁점시설물에서 수익을 취하고 있다는 반증이 되나, 청구법인은 기업실무에서 발생하는 판단오류로 인한 회계처리라고 주장하고 있으나 실질적으로 쟁점시설물을 사용하고 있었고, 또한 청구법인의 자산으로 인식하고 있었기에 장부에 반영한 것이다.

(3) 쟁점시설물의 국가귀속은 기존 방파제 등과 대가관계가 성립하는 교환거래에 해당한다.

(가) 쟁점시설물을 건설하면서 OOO폐기물 운반선박의 원활한 선회장 및 입·출항을 위해 국가 소유의 기존 방파제 등을 제거하였는데, 이는 OOO 건설과 ‘중·저준위 OOO폐기물의 안전한 해상 수송’이라는 사업목적 달성을 위해 기존 방파제 등의 취득·제거가 필수적이어서 기존 방파제를 제거하고 쟁점시설물을 새로이 건설하여 기부채납한 것으로서, OOO제14조 제1항에 따라 OOO가 기존의 공공시설에 대체되는 새로운 공공시설을 설치하여 그 시설을 관리할 국가에 무상으로 귀속시키고, 용도가 폐지되는 국가의 재산을 OOO에게 무상으로 귀속한 것이다.

(나) 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」제42조 제1항에 의거 매립공사 시행으로 용도가 폐지되는 도로, 제방 등 공공시설에 갈음하여 국가나 지방자치단체의 소유로 공공시설을 새로 설치하면서 용도폐지되는 공공시설을 매립면허 취득자에게 양여한 것으로, 이는 청구법인이 건설·준공하여 국가에 귀속한 쟁점시설물은 무상 귀속이 아니라 대가관계가 성립하는 일반적인 교환거래 및 유상양도에 해당하며 제거된 방파제가 용도 폐지되어 잔존하는 것이 아니기 때문에 유상거래(교환거래)가 아니라는 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설물을 국가에 무상으로 기부한 후 사용수익권을 취득한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 한다.

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 또는 대통령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

제29조【과세표준】③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

2.금전외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

6. 외상거래, 할부거래 등 그 밖에 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제61조【외상거래 등 그밖의 공급가액의 계산】① 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

3. 기부채납의 경우 : 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액. 다만, 기부채납된 가액에서 부가가치세가 포함된 경우 그 부가가치세는 제외한다.

4.「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 매립을 하는 경우 :「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 산정한 매립공사에 든 총 사업비

(3) 국유재산법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “국유재산”이란 국가의 부담, 기부채납이나 법령 또는 조약에 따라 국가 소유로 된 제5조 제1항 각 호의 재산을 말한다.

2. “기부채납”이란 국가외의 자가 제5조 제1항 각호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 국가에 이전하여 국가가 이를 취득하는 것을 말한다.

3. “관리”란 국유재산의 취득·운용과 유지·보존을 위한 모든 행위를 말한다.

8. “대부계약”이란 일반재산을 국가외의 자가 일정기간 유상이나 무상으로 사용·수익할 수 있도록 체결하는 계약을 말한다.

제30조【사용허가】① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 범위에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있다.

1. 공용·공공용·기업용 재산 : 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하는 범위

2. 보존용 재산 : 보존목적의 수행에 필요한 범위(2009.1.30. 개정)

② 제1항에 따라 사용허가를 받은 자는 그 재산을 다른 사람에게 사용·수익하게 하여서는 아니된다. 다만, 기부를 받은 재산에 대하여 사용허가를 받은 자가 그 재산의 기부자이거나 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인 경우에는 중앙관서의 장의 승인을 받아 다른 사람에게 사용·수익하게 할 수 있다.

제32조【사용료】① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다.

② 제1항의 사용료는 대통령령으로 정하는 바에 따라 나누어 내게 할 수 있다.

제34조【사용료의 면제】① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사용료를 면제할 수 있다.

1. 행정재산으로 할 목적으로 기부를 받은 재산에 대하여 기부자나 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인에게 사용허가하는 경우

2. 행정재산을 직접 공용·공공용 또는 비영리 공익사업용으로 사용하려는 지방자치단체에 사용허가하는 경우

3. 행정재산을 직접 비영리 공익사업용으로 사용하려는 대통령령으로 정하는 공공단체에 사용허가하는 경우

(4) 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제28조【매립면허】① 공유수면을 매립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립목적을 구체적으로 밝혀 다음 각 호의 구분에 따라 해양수산부장관, 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "매립면허관청"이라 한다)로부터 공유수면 매립면허(이하 "매립면허"라 한다)를 받아야 한다.

1. 「항만법」제3조 제1항 각 호에 따른 항만구역의 공유수면 매립 : 해양수산부장관

2. 면적이 10만 제곱미터 이상인 공유수면 매립 : 해양수산부장관

3. 제1호 및 제2호에 따른 공유수면을 제외한 공유수면 매립 : 시ㆍ도지사 또는 특별자치도지사

제31조【공유수면매립 관련 권리자의 범위】제30조 제1항에 따른 공유수면매립 관련 권리자란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 제8조에 따라 점용ㆍ사용허가를 받거나 제10조에 따라 공유수면의 점용ㆍ사용 협의 또는 승인을 받은 자

5. 다른 법령의 규정에 따라 허가를 받거나 관습에 따라 공유수면에서 물을 끌어들이거나 공유수면으로 배출하는 자

제39조【인·허가등의 의제】① 매립면허취득자가 매립실시계획의 승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 인가ㆍ허가ㆍ승인ㆍ해제ㆍ협의ㆍ신고 등(이하 "인가ㆍ허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제38조제4항에 따른 매립실시계획의 승인 고시가 있는 때에는 관련 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의 고시ㆍ공고가 있는 것으로 본다.

제46조【매립지의 소유권 취득 등】① 매립면허취득자가 제45조 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지 : 국가 또는 지방자치단체

2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지 : 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지 : 매립면허취득자

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 “잔여매립지”라 한다) : 국가

(5) 항만법 시행령 제24조【귀속항만시설의 무상사용 등】① 비관리청은 법 제18조 제3항에 따라 국가나 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하려는 경우에는 미리 관리청에 신고하여야 한다.

② 제1항에 따라 무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 기간은 다음 각 호의 사용료를 합한 금액이 제23조에 따라 산출된 총사업비에 달할 때까지로 한다. 이 경우 무상사용기간을 산정할 때에 적용할 항만시설의 사용료는 제1호 및 제2호의 경우에는 해당 항만시설 준공 당시의 항만시설 사용료를 기준으로 하고, 제3호의 경우에는 해당 항만시설의 사용 당시의 사용료를 기준으로 하되, 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 자유무역지역 안에 위치한 항만시설의 사용료는 같은 법 제17조 제2항 또는 같은 법 제18조 제2항에 따른 임대료를 기준으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체에 귀속된 해당 항만시설을 유상으로 사용할 경우의 사용료

2. 법 제33조에 따라 타인으로부터 징수하는 항만시설 사용료

3. 제29조 제1항 제8호에 따라 사용료가 면제되는 항만시설을 사용할 경우의 사용료

③ 제22조 제2항에 따라 비관리청이 토지 소유권을 취득하는 경우에는 해당 토지가액을 제외한 잔액을 총사업비로 확정하여 제2항에 따른 무상사용기간을 산정하여야 한다.

④ 제3항에 따른 토지가액의 산정에 관하여는 제22조 제3항을 준용한다.

(6) OOO폐기물 관리법 제23조【국유재산의 무상대부】국가는 공단의 사업을 위하여 필요하면 「국유재산법」에도 불구하고 국유재산을 무상으로 대부하게 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 OOO 쟁점시설물을OOO에 OOO로부터 준공·승인을 받아 국가에 기부채납한 후 무상으로 사용하고 있어 재화의 공급에 해당됨에도 2011년 제1기 과세기간에 세금계산서를 미발급하고 부가가치세를 신고누락한 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 처분청이 제시한 주요 심리자료의 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 향후 중·저준위 OOO폐기물 임시 저장시설이 포화될 것으로 예상되어 기존 OOO 내 항만시설의 방파제 및 물양장이 신축되어야 함에 따라 해상매립을 통한 항만시설의 건설이 필요하게 되었다.

(나) OOO 확정, OOO 1·2호기 추가 건설, OOO 내 폐기물 임시저장고 초과 등에 따른 중·저준위 OOO폐기물의 안전한 해상수송을 위한 항만시설 증설 및 OOO 실시계획 변경승인OOO을 받아 이후 청구법인 전면해상에 기존의 국가 소유 방파제 등을 제거하고, 새로이 공유수면을 매립하여 쟁점시설물에 대한 공사를 완료하고, OOO로부터 국가에 귀속시키는 조건으로 준공승인을 받고, 2011.4.30. 쟁점시설물에 대해 건설중인 자산계정에서 무형자산계정(815, 중저준위 OOO 폐기물 처분시설 항만공사)으로 전기하였으며, 2013.2.18. 국가명의로 보존등기(지식경제부) 완료 후 「부가가치세법」제26조 제1항 제20호에 의한 재화의 무상공급으로서 부가가치세 면세대상으로 처리하였다.

(다) 처분청의 OOO자 쟁점시설물 매출신고 누락 여부에 대한 해명요구에 대한 청구법인의 해명은 아래와 같다.

1) OOO의 쟁점시설물 준공승인조건 1호～9호의 조건(1. 준공승인일로부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다, 5. 공공용의 시설의 유지 관리는 피면허자가 부담으로 한다, 8. 매립완료 후 매립지 토지이용은 「도시계획법」 및 「공유수면관리 및 매입에 관한 법률」등의 관계법령에 의하여 적법하게 이용하여야 한다)을 부여하였고, 2011년 3월 쟁점시설물을 준공승인하면서 매립목적 사용, 유지관리 피면허자 부담, 관계 법령에 적법하게 사용하는 등 조건으로 사용허가를 하였다.

2) OOO에 쟁점시설물에 대한 사용료 및 변상금 부과내역과 부과하지 않은 사유 및 근거, 향후 사용료 및 변상금 징수 관련 사항에 대해 질의한바, 청구법인이 사용허가 요청이 없어 사용허가 부여 및 사용료를 징수한바가 없고, 향후 사용료는 사용허가 요청시 법령에 의거 처리하겠다고 회신을 하였는바, 행정재산으로 기부를 받은 재산을 기부자가 사용하는 경우 사용료 면제대상( 「국유재산법」제34조)이다.

3) 공단에 쟁점시설물에 대한 무상대부를 받았는지 여부 및 입·출항 신청서 요구에 대해 질의한바, 쟁점시설물에 대한 무상대부 사실이 없고, OOO폐기물 관리사업 양도양수협약서 및 양도양수에 따른 공단 및 청구법인 간 채권채무관계 확정시 공단으로 이관된 사업이 아니고 청구법인으로 귀속된 사업이라 하였고, 2010년도 청구법인의 중·저준위 방폐물을 인수할 당시 청구법인 소유의 사유부두이며, 개항 항구가 아니어서 당시 지방항만청에 문의한 결과 개항장이 아니라는 이유로 신고할 의무가 없으며, 지방자치단체에 문의하라는 답변이 있어 지방자치단체에 문의한 결과 국가시설물이 아닌 사유부두이기 때문에 신고를 받아줄 근거가 없다고 하여 최종적으로 OOO에 입·출항에 대한 공문을 보내 입·출항 신고를 갈음하였다고 회신하였으며, 쟁점시설물의 출입을 위하여 관련 업체들이 OOO 청구법인에 해상출입신청서를 제출한 건 총 295건으로 쟁점시설물을 준공 후 청구법인은 OOO폐기물 운송뿐만 아니라 신규 원자로 운반, 발전소 건설 및 운영을 위해 실질적으로 사용하고 있음이 확인된다.

(라) OOO는 2012년 6월 중앙관서로 지정받았으나 국유재산 보호(제7조), 관리·처분(제8조), 사용료 및 변상금 부과 등 관련 법령에 규정된 일체의 행위를 하지 않는 등 이는 묵시적 또는 실질적으로 무상사용권을 부여한 것인바, 쟁점시설물은 준공과 동시에 국가에 귀속시키고 그 대가로 무상사용권을 취득한 경우에 해당되므로 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 제4호에 의거 매립지의 국가 귀속에 대하여는 부가가치세가 과세된다.

(마) 당초 청구법인을 사업시행자로 승인한 ‘중·저준위 OOO폐기물 처분시설 건설사업’ 실시계획을 OOO 공단을 사업시행자로 변경OOO하고, 부동산, 권리·의무 등 OOO폐기물 처분시설 건설사업 관련 모든 자산과 부채를 공단으로 이전하였으나, 쟁점시설물에 대해서는 사업시행자를 변경하지 않고 청구법인이 건설하여 준공하였는바, 「OOO폐기물 관리법 시행령」제4조 제3항에 따르면 OOO폐기물 발생자(청구법인)가 OOO폐기물을 인도하는 장소는 OOO폐기물 관리사업자(공단)가 지정하는 OOO폐기물 관리시설OOO이고,같은 법 시행령 제4조 제5항에 의거 OOO폐기물의 반송이나 재분류 및 포장 등에 필요한 비용은 OOO폐기물 발생자가 부담하는 등 청구법인의 OOO 내 임시저장고에서 공단의 OOO폐기물 관리시설까지 OOO폐기물의 운송에 대한 권리와 의무는 청구법인에게 있으므로 OOO 전력을 생산하는 과정에서 발생하는 중·저준위 OOO폐기물을 해상수송하기 위해 건설된 쟁점시설물은 청구법인이 사용하는 것이다.

(바) 공유수면매립지의 준공일 이후, 사용과 관련하여 관련업체들이 OOO 기간 동안 청구법인에 제출한 해상입출입 신청서는 총 295건으로 이 중 OOO폐기물 인수관련 건수는 1건으로 이는 OOO폐기물 운송 외 신규원자로 운반, 발전소 건설 및 운영을 위하여 청구법인이 대부분 사용하고 있음을 확인할 수 있다.

(사) 청구법인은 OOO ‘(사업명칭)중·저준위OOO폐기물 해상수송관련 항만시설 증설 등’을 위한 OOO신고서를 OOO에게 제출하여 사업기간 변경(’07.7.→’09.12. 연장), 사업구역 변경(4,135,566㎡→4,154,224㎡ 쟁점시설물 소재지 포함 해상면적 18,658㎡ 증가) 등을 신고하였고, OOO은 신고사항에 대해 원안대로 실시계획을 변경 신고 수리하였는바, OOO제2조(정의) 제2호에서 ‘OOO’이란 OOO설비(쟁점시설물은 발전을 위한 부대시설에 해당함)를 설치·개량하는 사업과 설치 중이거나 설치된 OOO설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업으로 규정하고 있으므로 청구법인은 쟁점시설물이 포함된 사업구역에 대해 OOO 실시(변경) 승인을 받으면서 쟁점시설물과 공유수면 매립토지에 대한 사용권원을 확보한 것으로 보아야 한다.

(아) 2008년 12월 청구법인과 공단 간의 OOO폐기물관리사업 양도·양수 협약서(안)을 살펴보면, 제5조(부지 및 건설 사업등의 자산취득 및 정산) 제1항에서 “제4조 제2항에 따라 청구법인이 수행하는 건설사업으로 준공 및 구매되는 부지, 시설, 장비 등의 자산을 공단이 취득한다. 단, 청구법인이 건설사업을 위해 2008년 12월 31일 이전에 기 취득한 자산은 건설사업 완료시 공단으로 이관하고 공단은 이를 취득한다”, 제2항에서 “제4조 제2항과 관련된 사업수행을 위해 청구법인이 기 지출한 비용 및 향후 지출하여야 할 비용은 건설사업완료 후 공단이 청구법인에 정산한다”고 되어 있고, 제10조(물양장 이용)에서 “청구법인은 공단이 OOO 폐기물 운반을 위한 각 OOO의 물양장 사용에 협조한다”라고 하였으며, 제21조(자산 양도·양수 기본원칙) 제1항에서 “청구법인은 OOO폐기물관리사업을 목적으로 취득한 자산은 공단에 양도한다. 다만 건설사업과 관련되는 자산은 제5조의 규정에 따르며, 2009년도에 취득되는 자산은 청구법인이 비용을 지출하고 해당 사업완료 후에 양도한다”라고 하여 건설사업과 관련된 사업수행을 위해 청구법인이 기 지출한 비용 및 향후 지출할 비용은 건설사업 완료 후 공단이 청구법인에 정산한다고 계약서에 명시되어 있으나, 쟁점시설물에 대하여 비용정산을 하지 않았고 공단으로 이관하지도 않았으며 공단의 물양장 이용에 관하여도 청구법인이 협조한다고 되어있어 청구법인이 쟁점시설물에 대한 사용권원을 확보하고 있다고 할 것이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시설물의 사용수익권한을 얻은 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인과 청구법인으로부터 2009.1.1. 분할설립된 공단이 2008년 12월 분할과정에서 체결한 ‘OOO폐기물관리사업 양도·양수 협약서’에서 쟁점시설물의 건설비용 및 기부채납 주체에 대하여 별도의 협약을 체결하지 아니하였으나 동 협약서 제10조에서 청구법인은 공단이 하는 OOO폐기물 운반을 위한 물양장 사용에 협조한다고 명시하고 있어 기존의 물양장도 공단이 사용하는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 OOO폐기물 발생자라 OOO폐기물 관리에 드는 비용을 동 폐기물을 처리하는 공단에게 지급하고 있으며, 청구법인이 쟁점시설물을 신축하여 국가에 기부채납을 한 이 건의 경우 청구주장대로 공단이 이를 실질적으로 사용하는 것으로 인정한다 할지라도 만약, 쟁점시설물을 공단이 신축하여 국가에 기부채납한 후 이의 사용수익권한을 부여받아 사용하는 경우 청구법인의 관리비용은 쟁점시설물의 신축비용만큼 사용기간 동안 증액되어 청구되는 결과가 발생하게 될 것이므로 결과적으로 쟁점시설물은 청구법인이 경제적 실질상 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점시설물은 일반인의 접근이 통제된 청구법인의 사업장소재지 내에 위치하고 있어 OOO폐기물 운송뿐만 아니라 신규 원자로 운반 등 발전소 건설 및 운영을 위해서도 청구법인이 이를 사용되는 것으로 볼 수 있고 또한, 2013년 OOO의 항공사진에서 쟁점시설물에 청구법인의 선박들(소형보트 및 바지선)이 정박해 있어 청구법인이 쟁점시설물을 이용하고 있는 것으로 보이는 점, 「국유재산법」제34조에서 중앙관서의 장은 기부를 받은 재산에 대하여 기부자에게 사용·허가하는 경우 사용료를 부과할 특별한 사유가 없는 한 사용료를 면제할 수 있도록 규정하고 있고 청구법인 및 공단 모두OOO 등으로부터 특별한 벌금 부과 등의 제재가 이루어지지 아니한 것으로 보아 기부채납자인 청구법인이 이를 암묵적으로 사용허가를 받은 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 국가로부터 쟁점시설물의 무상사용·수익권을 취득한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.