가. 청구인은 2013.10.1.부터 2015.6.30.까지 OOO이라는 상호로 건물신축판매업을 영위하던 개인사업자로 OOO, 11층 건물 1개동[오피스텔 20호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)] 및 공동주택 2개동(아파트)을 신축하여 2015년 중 이를 분양한 후, 2015년 제1기 부가가치세를 신고하면서 쟁점오피스텔 신축판매수입을 면세사업 수입금액으로 하였고, 쟁점오피스텔 신축판매수입에 대하여 토지등매매차익 예정신고를 아니한 채 2015년 귀속 종합소득세 신고시 주거용건물 건설업의 단순경비율(91.6%)을 적용하여 계산한 금액을 사업소득금액으로 하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 ① 쟁점오피스텔이 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니하고, ② 쟁점오피스텔 신축판매업은 ‘건설/주거용건물건설업’(업종코드 451101, 단순경비율 92%)이 아닌 ‘비주거용건물신축판매업’(업종코드 703021, 단순경비율 85.6%)에 해당한다고 보아 처분청에 대하여 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 및 2015년 제1기 부가가치세를 각각 부과하라는 처분지시를 하였다.

다. 이에 따라 ① 처분청OOO은 기준경비율 적용대상자인 청구인의 쟁점오피스텔 신축판매수입금액에 대하여 비주거용 건물 신축판매업의 단순경비율(85.6%)에 배율(2.4배)을 적용하여 소득금액을 계산하여 2019.8.12. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지(이하 “당초 소득세경정”이라 한다)하면서 토지등매매차익예정신고가산세를 부과하지 아니하였고, ② 처분청OOO은 쟁점오피스텔 중 건물분 신축판매수입금액을 매출과세표준에 포함하여 2019.8.9. 청구인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지(이하 “당초 부가세경정”이라 하고 “당초 소득세경정”과 합하여 “당초 경정”이라 한다)하면서 일반과소신고가산세 및 세금계산서미발급가산세를 부과하지 아니하였다.

라. 이후 처분청OOO은 2020.7.13. 당초 소득세 경정시 부과하지 않았던 2015년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지하였고, 처분청OOO은 2020.7.7. 당초 부가세경정시 부과하지 않았던 2015년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 당초 경정 및 이 건 경정시 포함된 가산세 비교

마. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 신축판매한 쟁점오피스텔은 공부상 오피스텔로 등재되어 있을 뿐 실질은 국민주택규모 이하의 주택이므로 부가가치세 면제대상인바 청구인이 2015년 제1기에 쟁점오피스텔을 공급하고 부가가치세를 신고하지 아니하였다고 하여 이 건 세금계산서미발급가산세 OOO, 신고불성실가산세 OOO을 부과한 처분은 잘못이다.

(2) 부동산매매업을 영위하는 사업자만이 「소득세법」제69조에 따라 토지등매매차익 예정신고의무를 부담하는바 실질이 주택신축판매업자인 청구인이 토지등매매차익 예정신고를 하지 아니하였다고 하여 이 건 토지등매매차익예정신고가산세 OOO을 부과한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점오피스텔을 ‘주택’이 아닌 ‘업무시설’(오피스텔)로 건축허가를 받아 건설용역을 제공한 사실(건축물대장 등)이 확인되므로 쟁점오피스텔은 부가가치세 면제대상에 해당되지 아니하고, 청구인이 쟁점오피스텔을 건축‧분양할 당시 이미 유사사건에 대해 부가가치세 과세대상이라는 과세사례 및 심판결정례가 있었는바 청구인이 쟁점오피스텔을 부가가치세 면제대상으로 본 것은 법령의 부지‧착오 및 자의적인 판단에 기한 것이므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 존재하는 것으로 볼 수 없다.

(2) 청구인은 업무용시설을 신축·판매하는 부동산매매업자로서 토지등매매차익에 대한 예정신고의무가 있으므로 쟁점오피스텔을 신축판매하고 토지등매매차익에 대한 예정신고를 하지 아니한 데에 가산세를 감면할 정당한 사유가 존재하는 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점오피스텔에 대한 부가가치세 및 토지등매매차익 예정신고를 하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 신고불성실가산세·세금계산서미발급가산세·토지등매매차익예정신고가산세를 부과하지 않아야 된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2013.10.1. OOO이라는 상호로 개업하여 2015.6.30.(폐업일)까지 “부동산/부동산 매매업”을 영위하였다.

(2) 쟁점오피스텔의 현황은 다음과 같다.

(가) 쟁점오피스텔은 2014.1.6. 건축허가를 받아 OOO에 신축(사용승인일 2014.12.17.)된 지상 11층, 연면적 1,733.67㎡ 규모의 업무시설(오피스텔 20호)이다.

(나) 청구인이 제출한 쟁점오피스텔 설계도에는 쟁점오피스텔이 아파트와 동일하게 방, 주방, 욕실, 거실 등의 구조로 설계된 것으로 나타난다.

(다) 청구인은 쟁점오피스텔의 용도를 업무시설로 하여 건축허가 등을 받았고, 쟁점오피스텔은 주택의 용도로 건축허가를 받아 그에 따라 건축된 건물에 해당하지 아니한다.

(3) 청구인의 쟁점오피스텔 신축판매수입금액 신고 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2015년 귀속 종합소득세 확정신고시 쟁점오피스텔 신축판매수입금액과 관련하여 업종코드 451101(건설/주거용건물건설업)의 단순경비율(92%)을 적용하여 계산된 소득금액을 신고하였고, 쟁점오피스텔 매매차익에 대하여 「소득세법」제69조에 규정된 토지등매매차익 예정신고와 납부를 하지 아니하였다.

(나) 청구인은 2015년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점오피스텔이 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 소정의 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당한다고 보아 그 건물분 신축판매수입금액(공급가액)을 매출과세표준으로 신고하지 아니하였다.

(4) 청구인의 2015년 귀속 종합소득세와 관련하여 처분청OOO의 당초 소득세경정과 이 건 경정내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2015년 귀속 종합소득세 관련 경정내역

(5) 청구인의 2015년 제1기 부가가치세와 관련하여 처분청OOO의 당초 부가세경정과 이 건 경정내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 2015년 제1기 부가가치세 관련 경정내역

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부에 관하여는 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이어서 우리 원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정(조심 2017서991)으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단하였는바, 합동회의 결정이 있기 전에 오피스텔이 포함된 집합건축물을 허가받아 공급한 후 오피스텔을 국민주택으로 인정한 심판결정례를 신뢰하여 쟁점오피스텔에 대한 세금계산서를 교부하지 아니하거나 부가가치세 신고를 하지 아니한 것, 토지 등 매매차익에 대한 예정신고를 이행하지 아니한 것(2017.12.20. 전 신고기한 도래분) 등에 대하여는 납세자에게 세금계산서를 교부하지 아니하거나 신고를 하지 아니한 데 대한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서, 청구인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 OOO세무서장이 2015년 귀속 토지등매매차익예정신고가산세를 부과한 처분과 OOO세무서장이 2015년 제1기분 세금계산서미발급가산세 및 부가가치세 신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제106조 [부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의 5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의 2, 제5호, 제9호의 2, 제9호의 3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의 2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2) 조세특례제한법 시행령

제51조의2 [자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례] ③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

제106조 [부가가치세 면제 등] 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

(3) 주택법

제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

4. “준주택”이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다.

5. “국민주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 국민주택규모 이하인 주택을 말한다.

가. 국가ㆍ지방자치단체, 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다) 또는 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)가 건설하는 주택

나. 국가ㆍ지방자치단체의 재정 또는 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 “주택도시기금”이라 한다)으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택

6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택( 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

(4) 주택법 시행령

제4조 [준주택의 종류와 범위] 법 제2조 제4호에 따른 준주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

4.「건축법 시행령」별표 1 제14호 나목에 따른 오피스텔

(5) 국세기본법

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(6) 소득세법

제69조 [부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부] ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지 등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지 등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지 등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지 등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지 등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 소득세법 시행령

제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영 건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.