가. 청구인은 1975.7.8. 취득한 OOO답 2,778㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.6.28. 양도하고, 2016.8.31. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제 및 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지 감면을 모두 배제한 후 2016년 귀속 양도소득세OOO원을 신고하였으나, 2017.1.3. 비사업용토지에 대한 추가과세(10%)의 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2016년도에 양도된 쟁점토지의 경우 비사업용토지로서 장기보유특별공제 등을 적용할 수 없다고 보아 2017.2.6. 경정청구 거부 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.4.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2016년도에 양도된 쟁점토지의 경우 청구인이 1975.7.8. 취득하여 2016.6.28. 양도하기 까지 약 480개월간 보유하였고, 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 대부분의 기간 동안 쟁점토지 소재지인 OOO과 연접한 OOO에 거주하였고 현재도 거주하고 있으며, 취득시부터 1987년 8월까지 농업에 종사하였으므로 양도소득세 감면대상에 해당할 뿐만 아니라, 비사업용토지에 대한 추가과세(10%) 적용 및 장기보유특별공제(쟁점토지의 경우 10년 이상 보유로 30%) 적용 배제로 같은 토지를 2016년 이전 또는 2017년 이후 양도하였을 때에 비해 지나치게 세율이 높아 형평에 반한다.

나. 처분청 의견

비사업용토지에 대한 추가과세 규정은 2005.12.31. 세법개정에 의해 도입되어 2007.1.1.이후 양도분에 대해 적용되었고, 다만 2009.3.16.～2015.12.31. 그 적용이 한시 유예되었다가 과세유예가 종료된 2016.1.1.이후 양도분에 대해 일관되게 적용되고 있는 것으로 쟁점토지의 양도에만 형평에 반하여 적용된 것으로 볼 수 없고, 비사업용토지의 경우 당초 장기보유특별공제 적용이 전면 배제되었으나, 2015.12.15. 세법개정으로 비사업용토지의 경우에도 2016.1.1. 이후 양도분에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 변경하였고, 다만 2016.1.1. 이전에 취득하여 보유하고 있던 자산의 경우 2016.1.1.을 기산일로 하도록 규정하고 있어 쟁점토지는 양도 당시 보유기간이 1년 미만으로 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.

3. 사실관계 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 양도에 대하여 비사업용토지 양도에 대한 추가과세 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 [대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

(3) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것)

제95조[양도소득금액] ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(후 략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다(후 략).

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지

(4) 소득세법 시행령

제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본을 보면 청구인이 1975.7.8. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득한 후 2016.6.28. OOO원에 양도한 것으로 되어 있다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간(약 480개월) 중 OOO에 거주하고 있었던 1986.12.28.～1987.5.15.을 제외한 나머지 기간 동안 쟁점토지 소재지OOO와 연접한 OOO에 거주하고 있었던 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 ‘토지 자경관련 내용’이라는 문서를 통해 쟁점토지 취득시부터 1987년 8월까지 농업에 종사하였다고 주장하고 있으며, 쟁점토지는 절대농지(「농지법」상 농업진흥지역)에 해당하는 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 2016.8.31. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 비사업용토지 추가과세 세율 10%를 가산하여2016년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 신고하였으나 납부하지 않자 처분청은 2017.3.2. 청구인이 신고한 양도소득세 OOO원에 납부불성실가산세 OOO원을 가산한 OOO원을 무납부 고지하였다.

(5) 청구인은 2017.1.3. 쟁점토지 양도에 비사업용토지에 대한 추가과세(10%)의 적용 배제 및 장기보유특별공제(30%)를 적용하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청이 2016년도에 양도된 쟁점토지의 경우 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 보아 2017.2.6. 경정청구 거부통지를 하였다.

(6) 청구인의 대리인 아들 김OOO은 2017.7.19. 개최된 조세심판관 회의에 출석하여 2016년도에 양도된 쟁점토지의 경우 청구인이 1975.7.8. 취득하여 2016.6.28. 양도하기 까지 약 480개월간 보유하였고, 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 대부분의 기간 동안 쟁점토지 소재지인 OOO과 연접한 OOO에 거주하였으며,쟁점토지 취득시부터 1987년 8월까지 농업에 종사하였으므로 양도소득세 감면대상에 해당할 뿐만 아니라, 비사업용토지에 대한 추가과세(10%) 적용 및 장기보유특별공제(쟁점토지의 경우 10년 이상 보유로 30%) 적용 배제로 같은 토지를 2016년 이전 또는 2017년 이후 양도하였을 때에 비해 지나치게 세율이 높아 형평에 반한다는 취지로 진술하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 쟁점토지 보유기간 동안 쟁점토지 소재지OOO와 연접한 OOO에 거주하였고 현재까지도 거주하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구인의 쟁점토지 보유기간이 40년인 점, 쟁점토지가 절대농지(「농지법」상 농업진흥지역)에 해당하는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였을 가능성을 배제하기 어렵다고 할 것이므로 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도가 「조세특례제한법」제69조 소정의 양도소득세 감면 요건에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.