가. 청구인은 OOO동 1000-7 외 2필지의 토지 및 상가건물(이하 “현물출자부동산”이라 한다)을 배우자 김OOO(이하 “김OOO”라 한다)와 공동 소유하며 부동산임대업을 영위하던 사업자로,2009.12.14. 현물출자부동산을 주식회사 OOO(2007.3.30. 설립, 이하 “OOO”라 한다)에 현물출자하면서 임대보증금 OOO원(이하 “쟁점임대보증금”이라 한다) 전부를 김OOO의 부채로 하여 청구인은 OOO원, 김OOO는 OOO원을 각 현물출자한 것으로 평가하고동일 금액의 OOO 주식을 취득하였으며,청구인과 김OOO는 「조세 특례제한법」 제31조에 따른 중소기업간통합에대한 양도소득세 이월과세를 신청하였다.

나. 처분청은 김OOO의 부채로 신고된 쟁점임대보증금을 현물출자부동산의 지분비율로 안분하여 청구인의 현물출자가액을 OOO원으로 평가하고, 청구인이 현물출자가액을 초과하여 OOO의 주식을 취득한 것으로 보아, 초과 취득한 OOO원에 대하여 2011.7.13. 청구인에게 2009.12.14. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 현물출자부동산을 임차인들에게 임대하면서 김OOO와 공동으로 임대차계약서에 서명한 사실은 있으나 이는 현물출자부동산의 지분소유자로서 임차인의 신뢰를 담보하기 위해 필연적으로 요구되는 절차를 이행한 것뿐으로, 쟁점임대보증금은 전액 김OOO의 계좌OOO로 입금되어 있고, 김OOO가실질적인 운영과 관리를 한 것으로 쟁점임대보증금에 대하여 김OOO가부가가치세를 신고·납부하였으며, 청구인은 김OOO와 체결한 별도의 임대차계약에 의해 청구인 지분에 대한 임대료로 매월 OOO원(부가가치세 포함)을 수령하고 부가가치세 및 종합소득세를 신고·납부하였으므로,청구인과 김OOO는 별개의 사업자로 보아 사업장별로 순자산가액을 산정하는것이 타당하다.

또한, 처분청은 쟁점임대보증금을 청구인과 김OOO가 임차인들로부터 수령하였다가 청구인 지분에 해당하는 OOO원을 김OOO에게 대여한 것과 동일하다고 보아 동 금액을 청구인의 부채로 판단하였으나, 이는 청구인이 OOO원을 증여받았다 하여 증여세를 결정한 처분과 논리적으로 상충되는 것으로, 청구인 지분에 해당하는 OOO원을 김OOO에게 대여하였다면 청구인이 초과 취득한 438백만원은 증여받은 것이 아니라 대여금의 회수로 보아야 하고, 결국 청구인은 현물출자가액과동일하게 OOO의 주식을 교부받은 것이므로, 처분청에서 현물출자가액을 초과하여 주식을 교부받았다 하여 청구인에게 증여세를 과세한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

청구인은 현물출자부동산에 대하여 김OOO의 단독 명의로 사업자등록하여 임대사업을 영위하고 부가가치세 및 소득세를 신고·납부하였으므로 쟁점임대보증금은 김OOO의 부채라는 주장이나, 공동사업 자 또는 단독사업자 여부는 해당사업에 대한 공동경영 여부 및 지분, 손익분배비율 및 사실관계에 따라 판단하는 것으로, 이는 공동소유자들 간에 내부 경영 및 관리상의 문제를 인정하는 취지로 볼 수 있는 것이며, 양도소득세의 산정은 특정기간의 영업성과가 아닌 매매차익을 계산하는 것으로써 「조세특례제한법」제31조의 순자산가액의 산정은 현물출자부동산의 실질가치를 평가하고, 실질가치를 초과하여 존속법인의 주식을 취득하는 것을 이월과세의 요건으로 하고 있으며, 해당 사업장별로 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 출자지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자신의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상에 해당되어야 하는 바, 현물출자부동산에 대한 임대차계약서에는 청구인과 김OOO가 임대인으로 되어 있고, 공동소유자 사이의 권리·의무에 차등을 두지 않았으며, 청구인이 현물출자를 위하여 OOO에서 평가한 감정평가서(2009.10.22.)의 건물평가요항표의 임대관계 및 기타항목에서도 청구인과 김OOO가 쟁점임대보증금에 대한 권리·의무를 동시에 가지고 있는 것으로 평가하고 있으므로, 공동사업자로 등재되지 아니한 청구인 또한 자신의 지분에 해당하는 임대보증채무가 있다 할 것이다.

또한, 청구인은청구인 지분에 해당하는 OOO원을 김OOO에게 대여한 것과 동일하다고 본 처분청의 판단과 증여세 과세처분 사이에 논리적 충돌이 발생한다는 주장이나, 청구인은 월정액의 임대료를 지급받고 청구인 보유지분에 해당하는 일체의 권리(쟁점임대보증금 포함)를 김OOO에게 사용·수익하게 한 것이고, 현물출자 시점에는 쟁점임대보증금에 대한 채무 또한 각자에게 귀속되어 통합 후 존속법인에게 승계된것으로 보아야 하므로 순자산가액의 산정은 부채인 쟁점임대보증금을 각자의 지분비율에 따라 안분 계산한 가액을 차감하여 계산하는 것이 타당하며, 청구인의 증여이익은 김OOO가 증여한 것이 아니라 합병 후 존속법인이 청구인의 현물출자가액을 과대평가함으로써 발생하였으므로 증여세 과세처분으로 인한 논리적 충돌이 발생한다 할 수 없는 점 등으로 볼 때, 처분청에서현물출자가액을 초과하여 주식을 교부받았다 하여 청구인에게 증여세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 현물출자가액을 초과하여 존속법인의 주식을 취득하였다고 보아 증여세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2009.5.21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것)

제2조【정 의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. "이월과세" 라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한법인이 당해 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 동 법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에게 2009년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1.통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.이하 같다) 이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용고정자산”이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면,

(가) 청구인과 김OOO는 현물출자부동산을 각 29.24%, 70.76%를 보유한 공동소유자이며, 임대차계약서에는 청구인과 김OOO가 임대인 자격으로 공동 서명하였고, 쟁점임대보증금 OOO은 전액 김OOO의 계좌(OOO지점 134-80758-***)로 입금되어 김OOO가 관리하였으며, 청구인은 김OOO로부터 매월임대료로 OOO원(부가가치세 포함)을 수령하기로 별도의 임대차계약을체결하고 수령한 임대료에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고·납부한 것으로 나타난다.

(나) 청구인과 김OOO는현물출자부동산을 2009.10.22. OOO에서 〈표1〉과 같이 감정평가한 가액으로 2009.12.14. OOO에현물출자하였고, 「조세 특례제한법」 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세를 신청하면서 쟁점임대보증금을 전액김OOO의 부채로 보아 각자의 현물출자가액을 산정한 것으로 되어있다. OOO

(다) 처분청에서는 쟁점임대보증금 OOO원 중 청구인 지분(29.24%)에 해당하는 OOO원을 청구인의 부채로 판단하여 아래 〈표2〉와 같이 각자의 현물출자가액을 평가하고, 청구인에게는 현물출자가액을초과하여 주식을 취득하였으므로 초과 취득분을 OOO로부터증여받은 것으로 보아 증여세 OOO원을, 김OOO에게는 현물출자가액을 미달하게 주식을 취득하였으므로 이월과세 요건을 충족하지않은 것으로 보아 양도소득세 OOO원을 각 과세한 것으로 나타난다.OOO

(2)살피건대, 청구인은 쟁점임대보증금이 김OOO의 계좌에 입금되어김OOO가 관리하고 있었으므로 청구인의 부채가 아니라는 주장이나, 현물출자부동산에 대한 임대차계약서에는 청구인과 김OOO가 임대인으로 되어 있고 공동소유자 사이의 권리·의무에 차등을 두지 않았으므로, 「부가가치세법」상 공동사업자로 등록되지 아니하였다 하더라도청구인 또한 자신의 지분에 해당하는 임대보증채무가있다 할 것이고, 임차인 역시 쟁점임대보증금에 대한 채무를 공동으로부담하는 청구인이 그 지분에 해당하는 의무이행을 기대할 것으로 보이며,현물출자를 하기 위하여 OOO에 평가의뢰한 감정평가서(2009.10.22.)의 건물평가요항표의 임대관계 및 기타항목에서도 청구인과 김OOO가 쟁점임대보증금에 대한 권리·의무를 동시에 가지고 있다고 되어 있고, 부부간이라 하더라도 공동으로 등기된 소유권과 달리 거기에 근거한 임대보증금 등의 채무를 어느 일방의 것이라고 볼 수는 없다 할 것이며, 「조세특례제한법」제31조의 순자산가액의 산정은 현물출자부동산의 실질가치를평가하도록 규정하고 있고, 순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제하여 계산하도록 하고있으므로, 처분청에서 쟁점임대보증금을 현물출자부동산의 보유지분에따라 각자의 부채로 안분계산하여 현물출자가액을 평가하고, 청구인이현물출자가액을 초과하여 취득한 주식을 OOO로부터 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.