처분청은청구인이 1999.11.11.○○시○○구○○동○○번지공장용지 1,648.5㎡(이하 “이 사건 공장용지”라 한다)를 취득한 데 대하여구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제276조제1항 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 취득일부터 3년내에 정당한 사유 없이 공장용도에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 추징대상으로 보아 면제된 취득세 6,586,330원, 등록세 9,879,490원, 교육세 1,811,230원, 합계 18,277,050원(가산세 포함)을2003.8.10.부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 정밀금형제조를 목적으로 설립된 개인업체로서 1999.11.11.○○산업단지안에 있는 이 사건 공장용지를 취득하여 2001.6.4. 건축허가를 받았으나,○○산업단지의 지반이 침하한다는 보도를 접하고 확인한 결과 지반침하가 계속되고 있다는 답변을 듣고 2002.6.3. 착공연기신고서를 제출(연기기간 2003.5.25.)하였다가 2002년말 지반 침하상태가 좋아져 2003.4.18. 건축공사를 착공하고 2003.8.12. 사용승인을 받았으므로 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지안에서 공장용지를 취득한 후 지반 침하로 공장건축물 신축을 하지 못한 경우 3년내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 …(중 략)…산업기술단지안에서 공장용 건축물 연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.11.11. 이 사건 공장용지를 취득한 데 대하여 구 지방세법 제276조제1항 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용도에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 추징대상으로 보아 면제된취득세등을 부과한 사실은제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은이 사건 공장용지를 취득한 후 지반이 침하되어 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 보면, 청구인은 이 사건 공장용지를 1999.11.11. 취득한 후 2001.6.4. 건축허가를 받아 2002.6.3. 건축허가 착공연기신고서를 제출하고 취득일부터 3년 4개월이 경과한 2003.4.18. 건축공사에 착공한 사실로 보아 3년 내에 공장용도로 직접 사용하지 못한 사실은 인정된다 하겠으나, 2003.3.19.○○산업단지 미착공 관련업체 회의자료에서 입주계약체결일(부지준공일)부터 4년 이내에 공장설립이 가능한 업체는 준공후 2개월 이내 공장설립완료 신고토록 고지하고, 공장설립완료기한이 경과되어야 공장건설이 가능한 업체는 공장부지 준공지연, 해안매립으로 인한 지반침하 및○○대교 미건설 등으로 인하여 사업계획이 불투명했던 정상을 참작하여 2003년까지 착공가능한 공장건설사업계획서 재제출 및 공장착공이행 확인서를 징구한 후 사후 조치한다는 결정을 한 사실과,○○산업단지사업시행자인○○○의 조사결과보고서에서 이 사건 공장용지의 지반이1998.10.7.부터 2001.2.22.까지 융기되고 2001.2.22.부터 2002.12.13.까지 1.3㎝ 침하된 사실이 확인되고 있고, 청구인이 이 사건 공장용지에 설치하려는 CNC기계는 고가정밀장비로 무게가 20톤 정도로 지반의 견고함에 민감한 영향을 받으며, 지반의 뒤틀림 현상이 발생했을 때는 5/1000미크륨 이하 정밀도를 낼 수 없으며, 지반의 요동으로 발생하는 정밀도 불량을 책임질 수 없다고 제작업체인○○기계공업(주)이 확인하고 있다. 또한 이 사건 공장설계업체인 (주)건축사무소○○의 확인서에 의하면 건축설계당시 당해 부지조성 관계자에게 문의한 결과 지반 침하의 영향을 받는 건물의 구조 및 정밀기계의 안전여부는 건축주 및 설계자가 판단하여야 한다고 하여 건물의 구조안전 및 고가장비의 안전한 설치를 위하여 착공을 연기한 사실과 청구인이 이 사건 공장용지를 건축하기 위하여 타 지역의 일반공장에 비해 토지 보강공사비 44,775,000원, 건축비 93,504,750원을 추가로 투입한 사실을 종합하여 볼 때 청구인이 이 사건 공장용지를 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 면제한 취득세 등을 추징한 것은잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24.

행 정 자 치 부 장 관