가.청구인들은 아래 <표1>의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2010.12.29. OOO의 공공용지로 수용되어 2011.2.28.「조세 특례제한법」제77조의 공익사업용토지 등에 대한 감면(감면율 20%)을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다가 쟁점토지가 2003.1.24. 공업지역에 편입된 농지이나 읍면지역에 소재하고 있어 같은 법 제69조 제1항 본문에 따라 취득일부터 양도일까지의 소득에 대하여 100%의 8년 이상 자경농지 감면적용이 되어야 한다며 2014.2.26. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

○○○

나. 처분청은 쟁점토지가 2002.1.1. 이후 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 8년 이상 자경감면규정을 적용하는 것이라 하여 청구인들의 경정청구를 거부(2014.4.30.)하였다.

다.청구인들은 이에 불복하여 2014.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

쟁점토지는 2010.12.29. 양도당시 공업지역에 편입(편입일 2003.1.24.)되어 3년이 경과한 농지이나 읍면지역에 소재하고 있어 「조세특례제한법」제69조 본문에서 정하는 “대통령령으로 정하는 토지”에 해당하므로 쟁점토지 취득일부터 양도일까지의 소득에 대하여 8년 자경농지로 보아 100% 감면이 되어야 하고, 특히 사업시행자인 OOO가 개발사업지역OOO에서 개발사업(공장용지의 공급)을 할 목적으로「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 쟁점토지를 2003.1.5.자로 공업지역에 일방적으로 편입시킨 후 2010.7.7. 사업을 늦게 시작한 책임이 OOO에 있는 만큼 “재정부령으로 정하는 부득이한 사유”에 해당하므로 공업지역 편입여부에 상관없이 8년 자경 농지감면대상이다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제69조 제1항을 적용함에 있어 읍면지역에소재하는 농지가2002.1.1. 이후 공업지역에 편입된 경우 같은 법 같은 조 단서규정에 의하여 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득(같은 법 시행령 제66조 제7항의 산식에 의해 계산한 금액)에 한하여 당해 8년 이상 자경감면규정을 적용하는 것이므로 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지 발생한 소득에 대하여 100% 감면하여야 한다는 청구주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

읍면지역에 소재하는 농지가 2002.1.1.이후 공업지역에 편입된 경우 8년이상 자경으로 양도소득세가 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

부칙 <법률 제6538호, 2001.12.29.>

제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제28조(자경농지에 대한 양도소득세 면제에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 편입되거나 지정을 받은 농지의 양도에 대한 양도소득세 면제에 관하여는 제69조 제1항 단서의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조(2001.12.31. 법률 제17458호로 개정되기 전의 것) (자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제) ①법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다), 지방자치법 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농 복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다.)에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모이상인 지역

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.

양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인들은 쟁점토지가 OOO에 공공용지로 수용되어 2011.2.28.「조세 특례제한법」제77조 공익사업용 토지 등에 대한 감면(감면율 20%)을 적용하여 양도소득세 신고(2011.2.28.)를 한 후, 쟁점토지가 2003.1.24. 공업지역에 편입된 농지이나 읍면지역에 소재하고 있어 같은 법 제69조 제1항 본문에 따라 취득일부터 양도일까지의 소득에 대하여 100%의 8년 이상 자경감면적용이 되어야 한다며 2014.2.26. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

(2)처분청은「 조세특례제법」제69조 제1항 단서규정에 의해 쟁점토지의 경우 2003.1.24. 공업지역에 편입되었고, 공업지역에 편입된 날까지의 발생한 소득에 한하여 같은 법 시행령 제66조 제7항의 산식에 따라 8년 이상 자경감면을 적용하여야 한다며, 청구인들의 경정청구를 거부하면서 아래 <표2> 및 <표3>과 같이 위 시행령에 따른 쟁점토지에 대한 감면세액 내역을 제시하였다.

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 감면요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」제69조 제1항 단서에서 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 같은 법 시행령 제66조 제7항의 규정에 따라 규정된 소득에 한하여 감면을 적용하는 점에서 쟁점토지는 읍면소재 토지이나 2003.1.24. 공업지역에 편입되어 2001.12.29. 개정·시행된 위 규정을 적용하여야 할 것이다. 이에 따라 「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항에 따른 감면세액이 청구인들이 신고한「조세 특례제한법」제77조에 따른 감면세액보다 작으므로 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다.

따라서 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.