법인세 16,787,580원 및 동 농어촌특별세 834,000원, 1996사업연도분 법인세 21,253,160원, 1997사업연도분 법인세 16,637,900원의 과세처분은, 대구광역시 동구 OOO동 OOOOO 소재 OOO병원 부설 OOOO빌딩의 무상임대에 따른 기부금(적정임대료)을 같은 병원의 1999년 신축주차장(대지 1,794.62㎡, 건물연면적 16,607.61㎡)의 임대료등을 감안 적정임대료를 재조사 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

비영리 종교법인인 청구법인은 대구광역시 동구 OOO동 OOOOO 소재 OOO병원을 수익사업으로 운영하면서 병동을 새로이 짓는 기간동안의 방문객 주차편의를 위하여 주차장용 건물(80대 주차규모이며 이하 “쟁점주차장”이라 한다)을 신축한 후 주차장 운영권을 아무런 대가 없이 1995.4.6～1997.8.31까지 청구외 주식회사 OO(이하 “임차법인”이라 한다)에 위탁하였다.

처분청은 이와같은 쟁점주차장의 무상임대를 기부행위로 보아 다음과 같이 쟁점주차장 건물 준공당시의 장부가액에 각 사업연도 종료일 현재의 공시지가로 계산한 부수토지에 대한 토지가액을 합한 금액에 각 사업연도 종료일 현재의 정기예금이자율 10%를 곱하여 나온 금액을 각 사업연도의 적정임대료로 보고, 그 적정임대료에서 30%를 감한 금액을 각 사업연도의 기부금(이하 “쟁점기부금”이라 한다)으로 하여,

1995사업연도분 법인세 18,652,920원과 농어촌특별세 926,670원, 1996사업연도분 법인세 21,749,670원, 1997사업연도분 법인세 19,781,540원 합계 61,110,540원을 1999.1.11 청구법인에게 경정고지(처분청은 1999.4.21 건물가액을 장부가액으로 평가하고 지정기부금 한도액을 재계산하여 1995사업연도분 4,212,155원, 1996사업연도분 6,863,354원, 1997사업연도분 9,262,441원 합계 20,337,950원을 추가손금산입하여, 1995사업연도분 법인세를 16,787,580으로 동 농어촌특별세를 834,000으로, 1996사업연도분 법인세를 21,253,160원으로, 1997사업연도분 법인세를 16,637,900원으로 감액 경정 결정함) 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.3.9 심사청구를 거쳐 1999.8.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 병동을 새로 짓는 기간동안의 주차난과 병원방문객의 불편해소를 위하여 쟁점주차장용건물을 새로이 지었으나, 청구법인의 주차관리에 대한 전문지식 부족과 사고위험, 인건비 추가 등 비용이 주차료수입보다 많을 것 같아 한시적으로 임차법인과 위탁관리계약을 체결하고 임차법인이 실비변상적인 주차료를 징수하여 그 수입으로 주차관리의 제비용에 충당하였는바, 쟁점주차장건물을 무상으로 임차법인에게 제공하였다 하여 사업과 관련이 없는 기부금으로 보아 과세함은 부당하다.

(2) 기부금에 해당한다 하더라도 적정임대료계산을 법인의 출자자등에게 제공한 사택의 적정임대료를 계산하는 부당행위계산의 규정에 따라 적정임대료를 계산함은 부당하고, 청구법인은 비영리법인이므로 수익사업에 대한 법인세를 결정함에 있어서는 고유목적사업준비금 설정과 관련하여 세무조정후 소득금액을 계산하여 세액을 산출하여야 함에도 쟁점기부금 전액을 익금산입함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 법인세법 제46조 제1항에서 특수관계가 없는 자에게 그 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적증여의 가액도 기부금에 포함하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인의 의료사업과 직접적인 관계가 없이 용역을 무상으로 제공하고, 이를 무상으로 제공받은 자가 배타적으로 이용하여 수익을 취하게 하는 것은 재산적증여에 해당되므로 처분청에서 이를 기부행위로 보아 과세함은 정당하다.

(2) 기부금에 해당하는 적정임대료를 계산하면서 부당행위계산의 부인규정에 있는 산식으로 계산함이 정당한지를 살펴보면, 법인세법시행규칙 제22조 제3항의 규정에서 정의한 「적정임대료」는 같은법 제20조의 규정에 의한 「부당행위계산부인」의 경우에만 적용되는 제한적인 규정이 아니며, 쟁점주차장건물과 부수토지 및 주차장시설을 무상으로 사용하게 하는 주차장운영권도 재산적 가치가 있는 무형자산이므로 주차장 운영권에 대한 적정임대료를 계산하면서 위 「적정임대료」규정을 적용함에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 특수관계 없는 법인에게 쟁점 주차장의 운영권을 무상 사용하게 한 것이 재산적증여로서 비지정 기부금에 해당하는지와

(2) 기부금에 해당하는 적정임대료를 산정한 처분청의 계산방식이 타당한지에 그 다툼이 있다.

나. 관계법령

법인세법(1993.12.31 개정후의 것) 제18조(기부금의 손금불산입) 제1항 본문에서 “내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 ‘지정기부금’이라 한다)중 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고, 같은법 시행령 제40조(기부금의 범위) 제1항에서는 “법 제18조 제1항에 규정하는 기부금은 제42조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 다른 사람(제46조 제1항의 규정에 의한 특수관계자를 제외한다)에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적증여의 가액”이라고 규정하고 있다.

같은법 제20조(부당행위 계산의 부인)에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 같은법 시행령 제46조(법인의 부당한 행위 또는 계산) 제2항에서는 “법 제20조에서 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 규정하고 있으며, 그 제7의 2호에서 “법인의 출자자나 출연자의 임원 및 그 친족에게 사택을 적정임대료에 미달되는 금액으로 제공한 때”를 규정하고, 같은조 제3항에서는 “제2항 제7호의 2에서 ‘적정임대료’라 함은 제공한 사택의 가액을 정상가액으로 평가한 금액에서 그 사택의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 임대보증금을 공제한 차액에 총리령이 정하는 율로 곱하여 산출한 금액을 말한다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제22조 제3항에서는 “영 제46조 제3항에서 ‘총리령이 정하는 율’이라 함은 100분의 10을 말한다”고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

청구법인이 쟁점주차장을 1995～1997사업연도중 임차법인에게 무상임대한 사실 및 청구법인과 임차법인이 특수관계에 해당하지 아니하는 사실에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

법인세법 시행령 제40조 제1항 제1호에서는 특수관계가 없는 자에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적증여의 가액은 비지정 기부금으로 보도록 규정하고 있는 바, 국세청장 의견에서 보는 바와 같이 주차건물의 임차권은 무형의 자산이므로 이를 특수관계 없는 임차법인에게 사업과 직접 관계없이 무상으로 제공하고 임차법인이 이를 배타적으로 이용하여 수익을 취함은 위 규정에 의한 비지정 기부금에 해당된다고 판단되므로 처분청이 이를 비지정 기부금으로 보고 이 건 과세를 한 것에는 달리 잘못이 없다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구법인은 비영리법인이기 때문에 수익사업에 대한 법인세를 결정함에 있어 고유목적사업준비금과 관련하여 기부금을 세무조정하여 소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 고유목적사업준비금은 결산조정 항목으로 청구법인이 각 사업연도 법인세 신고시 장부상 쟁점기부금을 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하였으므로 청구주장은 이유 없다고 판단된다 (법인 22601-2133, 1990.11.10 및 법인 46012-46).

그러나 기부금 계산시 부당행위 계산 부인규정을 준용한다는 규정이 없는데도 처분청이 아무런 합리적 근거 없이 이를 준용하여 적정임대료를 계산한 것은 잘못이라 판단된다.

적정임대료를 산정함에 있어서 비교가능한 적정한 임대가액실례가 있는 경우에는 그 임대실례가액을 기준으로 계산함이 상당하다 할 것이고, 또한 청구법인은 1999.7.1 이후 청구법인이 운영하는 OOO병원의 신축주차장(대지 1,794.62㎡, 건물 16,607.61㎡의 지하2층 지상7층 건물로 600대 주차규모임)을 임차법인에게 유상으로 임대하고 있으므로 위 신축주차장의 임대료 등을 감안하여 쟁점주차장의 적정임대료를 재조사경정함이 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.