가. 청구인은 2016.10.17. 비상장 중소기업인 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 OOO주(지분율 1.75%이고 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO에 양도하고 2017.2.28. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주식의 양도가 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 20%의 세율을 적용한 OOO을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점주식에 대한 양도소득세율을 적용함에 있어 10%의 양도소득세 세율을 적용하여야 함에도 20%로 잘못 적용하여 신고하였다고 하면서 2017.11.29. OOO원의 환급을 구하는 2016년 귀속 양도소득세 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 2018.1.22. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목이 2015.12.15. 개정되기 전에는 모든 중소기업의 양도소득에 대하여 10%의 세율이 적용되다가 2015.12.15. 「소득세법」이 개정되면서 10%의 세율이 적용되는 경우는 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정”하는 것으로 규정하였다.

(2) 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 아래와 같이 “대주주”를 정의하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 이 규정에서의 “대주주”와 동일한 의미라고 규정하고 있다.

(3) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만, 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다.

(4) 쟁점규정은 대주주를 규정하면서 “「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인의 주식등으로서”라는 제한적 문구를 두고 있으므로, 그 법문대로 대주주에는 비상장법인의 주주는 포함되지 않는다고 해석하는 것이 타당하다.

아울러, 헌법재판소는 쟁점 조항이 위헌인지에 대하여 판단하면서 그 조항의 의의, 입법취지, 입법연혁 등을 아래 <표1>과 같이 자세하게 정리하였는데, 그 내용을 보더라도 쟁점규정의 “대주주”는 “주권상장법인의 대주주”로 제한하여 해석하여야 함이 명백하므로 처분청이 이 건 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

<표1> 헌재2013헌바460, 2015.7.30.

나. 처분청 의견

2015.12.15. 개정된 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 “대주주”는 같은 법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 같은 법 시행령 제157조는 “대주주”를 상장주식 및 비상장주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있다. 따라서, 2015.12.15. 개정된 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”를 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 해석해야 한다는 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 아래 <표2>와 같이 2016.10.17. 쟁점주식을 OOO원에 양도하고 2017.2.28. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 20%의 세율을 적용한 OOO원을 신고·납부하였다.

OOO

(2) 청구인은 쟁점주식에 대한 양도소득세율이 10% 적용대상임에도 20%로 잘못 적용하였음을 이유로 2017.11.29. OOO원의 환급을 구하는 2016년 귀속 양도소득세 경정청구를 하였고, 처분청은 비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 2018.1.22. 거부통지를 하였다.

(3) 처분청의 경정청구검토서 등에 의하면 청구인은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 쟁점법인의 주식을 3.75% 보유하고 있었던 것으로 나타나고, 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당한다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없는 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호의 대주주의 범위는 그 문리해석 상 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 정하고 있고, 동 조문에 따르면 “제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하고 있는 대주주”는 주권상장법인의 대주주만을 의미한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 동 조문에서 양도소득의 범위에 대하여 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것”으로 규정하면서 대주주의 요건을 같은 법 시행령 제157조 제4항에 위임하고 있으므로 이때 대주주는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다는 의견이다.

(5) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 위 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 “대주주”는 상장법인 뿐만 아니라 비상장법인의 대주주를 포함하는 것으로 보이는 점(조심 2017서3402, 2017.10.24. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점주식 양도일 현재 쟁점법인 주식 합계액의 100분의 1 이상을 각 보유하고 있었던 바, 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호에서 규정한 대주주의 요건(지분율 1% 이상)을 충족한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점주식을 20% 양도소득세 세율의 적용 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다