처분청은 청구인이 1996. 5. 22과 1996. 6. 11. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 2필지의 토지 5,143㎡상에 건축물 9,818.70㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 1998. 4. 8. 신축·취득한 후 1998. 5. 18. 임차사용중이던 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지소재의 지점을 이 사건 건축물로 이전한 다음, 이 사건 건축물연면적중 72.12%인 7,081.25㎡는 청구인의 고유업무인 ○○○○사업의 사무실 등으로 직접 사용하고, 잔여 27.88%인 2,737.45㎡는 임대하고 있으므로, 고유업무에 직접 사용하고 있는 건축물에 대한 취득세 및 등록세는 구 ○○도도세감면조례(2000. 3. 20. 조례 제2985호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의 규정에 의하여 100분의 50을 경감하였으나 이 사건 건축물이 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되므로, 이 사건 건축물의 취득가액(14,145,046,750원)에 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한등록세 352,225,230원, 지방교육세 64,574,610원과 취득세 신고납부시 감면면적의 착오에 대한 가액(102,551,500원,당초감면비율 72.12%를 정당한 감면비율 70.67%로 변경 적용)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,461,230원,농어촌특별세 205,110원, 합계 419,466,180원(가산세 포함)을 2001. 12. 11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1983. 11. 28. ○○○○공급업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 ○○시장의 ○○○○사업허가를 받아 ○○시와 ○○도 일원에 ○○○○를 공급하였으나 1995. 10. 21. ○○도 일원의 ○○○○사업 허가권이 ○○시장으로부터 ○○도지사에게 이관됨에 따라 ○○도지사로부터 ○○○○사업 허가를 다시 받는 과정에서 ○○도지사는 1995. 7. 5. ○○도 ○○시에 ○○지점을 설치하고 전용가스누설점검차량 등의 장비 및 전문인력을 확보(상정 57253-884)토록 함에 따라 1995. 9. 6. ○○지점설립은 1단계로 임대사무실(○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 1995. 9. 28. 지점등기)로 사용하고, 2단계로 자가건물을 확보한다는 계획서를 제출(○○도시 제95-9-103호)하여 1995. 11. 27. ○○○○사업허가(제4호)를 다시 받은 후 ○○지사 신축부지로 사용하고자 1996. 5. 22과 1996. 6. 11. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 2필지의 토지 5,143㎡상에 건축물 9,818.70㎡를 신축한 다음 1998. 5. 18. 임차사용중이던 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 지점을 이 사건 건축물로 이전하였지만 대도시내 지점설치에 따른 부동산에 대하여 등록세를 중과하도록 규정하고 있는 구 지방세법 제139조 제1항의 입법취지는 수도권내의 인구집중 및 공해 등을 억제하기 위한 규정으로서 ○○시에 소재하고 있는 본점에서 근무하는 청구인의 직원이 ○○도로 이동한 것은 인구유입효과는 있을 수도 없고 오히려 수도권중심의 인구를 ○○도 외각지역으로 이전시킨 효과가 있음에도, 단지 이 사건 전체토지상에 건축물을 신축하여 지점을 이전하였다는 사유만으로 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 취득한 후 동 지상에 건축물을 신축한 다음 임차사용중이던 건축물의 지점을 신축한 건축물로 이전한 경우에 동 건축물이 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 등록세를 중과세할 수 있는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 및 구 같은법시행령 제102조 제2항에서 대도시내에서 당해 지점 등의 설치에 따른 일체의 부동산 등기와 그 설치 이후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세 일반세율의 5배로 중과세한다고 규정하고, 같은법시행규칙 제55조의2에서 지점 등이라 함은 부가가치세법의 규정에 따라 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여 지는 장소를 말한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제150조의2 제2항과 같은법시행령 제104조의2 제1항 본문 및 제2항 제1호 나목에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 중과세 대상이 된 때에는 대도시내에서 법인의 사업장이 사실상 설치된 날로부터 30일이내에 지방세법 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하도록 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 ○○○○공급업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1996. 5. 22과 1996. 6. 11. 취득한 토지상에 이 사건 건축물 9,818.70㎡를 1998. 4. 8. 신축한 다음, 1995. 9. 28.부터 임차한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 지점을 1998. 5. 18. 이 사건 건축물로 이전하였으므로, 처분청에서는 이 사건 건축물을 대도시내 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되는 것으로 보아, 구 지방세법 제138조 제1항의 세율(일반세율의 5배)을 적용하여 산출한 등록세와 취득세 신고납부시 착오로 과세면제된 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 1998. 4. 8. 이 사건 건축물을 신축한 후 임차사용중이던 지점을 이 사건 건축물로 이전하였지만 대도시내 지점설치에 따른 부동산에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있는 구 지방세법 제138조 제1항의 입법취지는 인구집중 및 공해 등을 억제하기 위한 규정으로서 수도권인구를 ○○도 외각지역으로 이동시켰을 뿐만 아니라, 수도권내로의 인구유입이 없음에도 이 사건 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만,

구 지방세법 제139조 제1항의 규정은 대도시내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구소산을 기하는 데에 그 목적이 있는 것이나 일단 법령의 정한 요건 사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치여부를 따져 그 적용여부를 결정할 수는 없는 것(같은 취지의 대법원 판례 98두1673, 1999. 3. 26)이므로, 비록 ○○시에서 근무하는 청구인의 직원이 ○○도로 이동하였다고 하더라도 이 사건 건축물이 지점설치에 따른 부동산에 해당되어 등록세 중과세 요건이 충족되고 있는 이상, 처분청에서 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단되고, 취득세 신고납부시 착오면적비율 부분에 대하여 부과고지한 취득세 등은 달리 이의를 제기하지 아니하므로 이 또한 적법한 부과처분이라고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 6. 24.

행 정 자 치 부 장 관