가. 비영리내국법인인 청구인은 1971.10.15. 출연에 의해 취득한 OOO 임야 373,258㎡ 및 동소 916-7 대지 230㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2007.12.7. 양도하고, 각사업연도소득에 대한 법인세와 「법인세법」 제55조의2 규정에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 2008.3.31. 처분청에 신고납부하였다.

나.청구인은 토지등양도소득에 대한 법인세 계산시 쟁점토지의 장부가액을1,129,838원으로하여 법인세를 신고·납부하였다가 ‘장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세및증여세법」의 규정에 의하여 평가한 금액 중 큰 것’을장부가액으로 하여 법인세를 계산해 달라는 취지로 2008.4.16. 2007사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였으나 처분청은 2008.8.28. 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2008.9.5. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)법인세법상 각사업연도 소득은 익금에서 손금을 차감한 금액으로 하고 있고, 법인세법 제19조 제1항, 동조 제3항 및 법인세법시행령 제19조 제2호에서 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손비로 한다고 규정하고 있다.

(2)법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호, 이하 “쟁점부칙”이라 한다) 제8조(수익사업소득계산에 관한 특례) 제2항에 의하면 ‘제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세및증여세법」 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액(이하 ”상증법상 평가액“이라 한다) 중 큰 금액으로 할 수 있다.’라고 규정하여 비영리법인의 각사업연도소득계산시 특례를 주고 있다.

쟁점부칙에서는 각 사업연도소득 계산시 손비로 인정되는 ‘양도당시의 장부가액’을 ‘취득가액’이라는 용어로 사용하였는 바, 이는 입법 기술상 ‘장부가액’이라는 용어의 중복을 피하기 위해 ‘장부가액’이란 용어 대신 사용한 것으로 그 의미는 장부가액이다.

(3) 법인세법 제55조의 2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) 제6항에서는 법인의 각사업연도 소득에 대한 법인세에 추가하여 법인의 토지등양도소득에 대한 법인세를 납부하도록 규정하고 있고, 동 규정에 의한 토지등양도소득 계산방식이 ‘양도금액 - 양도 당시의 장부가액’으로 각 사업연도 소득금액 계산방식과 동일하게 규정되어 있으므로 비영리법인의 경우에는 토지등양도소득에 대한 법인세 계산시 각사업연도 소득에 대한 법인세 계산방식과 동일하게 쟁점부칙을 적용하여 장부가액을 ‘장부가액과 상증법상 평가액 중 큰 금액’으로 적용하여야 한다.

(4)한편, 비영리법인에 대하여는 구 특별부가세 및 현행 법인세법 제55조의 2 규정과 관련하여 법인세법 제103조(비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례) 및 법인세법 제62조의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)의 규정을 두어 법인세 계산의 특례를 주고 있다. 동 규정의 취지는 비영리법인에 대하여는 개인과 유사한 수준의 세부담을 할 수 있도록 배려한 것으로서,

(가)구 법인세법 제103조에는 비영리법인의 부동산양도소득에 대한 법인세를 계산하는 경우 ‘각사업연도 소득에 대한 법인세 + 특별부가세’를 부담하는 방식과 ‘개인의 양도소득세 계산방식(의제취득시기 1985.1.1.)으로 산출된 법인세’를 부담하는 방식 중 선택하도록 하고 있고,

(나) 법인세법 제62조의 2에서는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산시 법인세법에 의한 방식과 양도소득세 계산방식 중 선택하도록 규정하고 있어 ‘동 방식에 의한 법인세와 법인세법 제55조의 2 규정에 의한 법인세를 합하여 납부’하도록 하고 있고, 소득세법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의 2 규정을 적용하지 않는 것으로 규정되어 있다.

(다)2001.12.31. 현재 기준으로는 법인세법 제55조의 2 제1항과 소득세법 제104조 제4항의 규정이 동일하여 비영리법인이 부동산을 양도할 경우 개인과 유사한 방법으로 법인세를 부담하였다.

(5)그런데, 2005.12.31. 법인세법 제52조의 2 제1항에 제3호(비사업용토지)를 추가하면서 소득세법 제104조 제4항은 보완되지 않아 비사업용토지를 양도할 경우 비영리법인에 대하여개인과 차별하는 결과를 초래하게 된 것이다.

(6)따라서, 법인세법 제55조의 2 규정에 의한 토지등양도소득에 대한법인세 계산시 양도금액에서 차감하는 장부가액을 당초 당 법인이 신고한원시 장부가액인 1,129,838원에서 상증법상 평가액인 2,314,475,600원으로 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)‘토지등 양도소득에 대한 법인세’는 국가·지방자치단체(지방자치단체조합 포함)를 제외한 모든 내국법인이 「법인세법」 제55조의2의 규정에 따라 토지등 양도소득이 있는 때에는 법인세를 추가하여 납부할 의무가 있다.

(2)「법인세법」 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호 부칙 제8조 및 2005.12.31. 법률 제7838호 부칙 제21조) 규정은 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 규정된 비영리내국법인의 각사업연도소득인 ‘사업 또는 수입에서 생기는 소득’ 즉 ‘수익사업소득’ 계산에만 적용되는 것이다.

(3)비영리내국법인의 수익사업소득계산에 관한 특례 규정인 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제8조 제2항 및 2005.12.31. 법률 제7838호 부칙 제21조) 규정을 「법인세법」 제55조의 2(토지등 양도소득에 관한 과세특례) 제6항 ‘양도당시의 장부가액’ 계산에 적용하는 것은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

비영리내국법인이 1990.12.31. 이전에 취득한 비사업용토지를 2007년에 양도하고 토지등양도소득에 대한 법인세를 계산함에 있어 양도당시의 장부가액을 각사업연도 소득계산시 적용하는 금액(장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법의 규정에 의하여 평가한 금액 중 큰 것)으로 할 수 있는지 여부

나. 관련법령 등

(1) 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정한 것)제3조 (과세소득의 범위) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

(2)법률 제5581호(전부개정 1998.12.28.) 법인세법개정법률 부칙 제8조 (수익사업소득계산에 관한 특례) ②제3조제2항제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다.

(4) 법인세법 제14조 (각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(5) 법인세법 제15조 (익금의 범위) ①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

(6) 법인세법 제19조 (손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(7) 법인세법 시행령 제19조 (손비의 범위) 법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

(8) 법인세법 제55조의2 (토지등양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 국토의계획및이용에관한법률 제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액<신설 2005.12.31>

⑥ 토지등양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다.

(9)법률 제7838호(2005.12.31.) 법인세법개정법률 부칙

제1조 (시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제21조 (수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례) 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(10) 법인세법 제62조의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) ①비영리내국법인(제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제2항제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

②제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

(11) 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율) ①거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

④제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

1. 제104조의2제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

2. 제104조의2제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 장학사업을 영위하는 비영리법인으로 1971.10.15. 출연으로 취득한 쟁점토지를 2007.12.7. 양도하고 쟁점토지의 장부가액을 1,129,838원으로 하여 각사업연도에 대한 법인세 및 법인세법 제55조의 2 규정에 의한 법인세를 신고·납부 하였다.

그 후 청구인은 쟁점토지의 장부가액을 1991.1.1. 현재의 상증법상평가액인 2,314,475,600원으로 하여 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.

(2) 법인세법 제55조의 2 규정의 신설 취지를 보면 다음과 같다.

(가)제목 : 법인의 토지·건물 양도소득에 대한중과제도 신설

(나) 개정취지 :특별부가세를 폐지하되 투기재발 등 부동산시장 변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대해 추과 과세할 수 있는 근거규정 신설

(3)2005.12.31. 개정한 법인세법 제55조의 2 제1항에 제3호(비사업용토지)를 추가한 취지를 보면 다음과 같다.

(가) 제목 :법인의 비사업용 토지에 대한 과세 강화

(나)개정취지 : 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한 지 본다.

청구인은비영리법인의 경우 토지등양도소득에 대한 법인세 계산시 개인과의 형평을 감안하여 각사업연도 소득에 대한 법인세 계산방식과 동일하게 쟁점부칙을 적용하여 장부가액을 ‘장부가액과 상증법상 평가액 중 큰 금액’으로 하여야 한다고 주장하나,

쟁점부칙은 비영리법인의 각사업연도소득 계산시 익금(양도금액)에서 차감하는 손비(장부가액)의 계산시 적용하는 것으로 규정되어 있고, 법인세법 제55조의 2 규정에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세 계산시에는 별도의 규정이 없어 적용할 수 없는 점,

법인세법 제55조의 2 제6항에서 토지등양도소득은 토지등양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감하는 방법으로 산출하는 바, 동 규정상 장부가액이라함은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 것이므로 양도자산이 토지인 이 건의 경우 취득가액이 장부가액인 점,

2001.12.31. 특별부가세를 폐지하면서 법인세법 제55조의 2 규정을 신설하였고, 동 규정은 ‘토지등양도소득에 대한 중과제도’를 신설한 것으로서 특별부가세는 폐지하되 투기재발 등 부동산시장변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대해 추가 과세할 수 있는 근거를 마련한 것이다. 또한, 이 건 토지의 경우 비사업용토지에 해당하는 바, 2005.12.31. 법인세법 제55조의 2에 비사업용토지를 추가한 이유가 법인의 비사업용토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위해 추가한 것이므로 영리법인과 차별할 이유도 없고, 개인과의 세부담형평을 감안할 사항도 아닌 점 등을 종합하면, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 할 것이어서 이를 다투는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.