처분청은 청구법인이 1996.8.23. 및 같은해 8.26. ㅇㅇ로 제1구역 제9-1지구 재개발사업지구내의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 1,041.98㎡ 및 건물 2,973.016㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 1996.9.23. 및 같은해 9.25. 이건 부동산의 취득가액(11,605,297,110원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 232,105,940원, 농어촌특별세 23,210,590원, 합계 255,316,530원을 신고납부하였고, 1996.10.17. 이건 부동산중 건물을 제외한 토지의 취득가액(10,944,436,670원)에 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 328,333,080원, 교육세 65,666,610원, 합계 393,999,690원을 신고납부하였으므로 이를 징수결정하였으며, 청구법인이 1996.9.25. 이건 부동산에 대한 취득세 등 감면신청을 하였으나, 처분청은 1996.10.4. 이건 부동산이 취득세 등의 감면대상이 아니라고 보아 감면신청을 거부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 도시재개발법의 규정에 의거 ㅇㅇ로 제1구역 제9-1지구 도심재개발사업의 시행자로서(1984.7.18. 최초의 재개발사업시행자는 ㅇㅇ(주)이었으나, 1990.6.4. 청구법인이 재개발사업 시행자로 변경인가되었음) 재개발사업지구내의 이건 부동산을 1996.8.23. 및 같은해 8.26. 취득한 후 이건 부동산에 대한 취득세 등의 감면신청을 하였으나, 처분청은 감면신청을 거부하였는 바, 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1991.12.31. 조례 제2843호로 개정되기 전의 것) 제2조제1항제1호는 “도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 사업시행자가 취득하는 토지 및 건물에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다”라고 규정되어 있으나, 1991.12.31. 개정된 조례는 종전 제2조제1항의 “도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역”에 제한을 두어 “도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역( 도시재개발법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다)”라고 개정하였고, 그 부칙 제2조에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”라고 규정하였는 바, 대법원판례(94누5502, 1995.6.30.)에서 “위 부칙 제2조는 종전의 조례에 의하면 시세(등록세) 면제대상이 되어야 할 부동산등기가 조례의 개정으로 그 대상에서 제외된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용한다는 특별규정이라고 보아야 할 것”이므로 종전조례 시행 당시 재개발사업시행자로 지정받아 당해 재개발사업의 시행으로 취득한 건물에 대한 등록세는 구조례에 따라 면제되어야 한다“라고 판시하였으므로 청구법인이 구감면조례 시행 당시 재개발사업 시행자로 인가받아 당해 재개발사업 시행을 위하여 취득한 이건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되어야 하는데도 처분청이 감면신청을 거부한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 도시재개발법에 의한 사업시행자가 재개발구역내에서 취득한 부동산에 대하여 재개발사업인가 당시의 감면조례를 적용하여 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제109조제3항에서 “ ... 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 사업시행인가 당시 소유자(...)가 환지계획에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물과 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다 ... ”라고 규정하고, 서울특별시세감면조례 제19조에서 “도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호의 1에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 면제한다 ... ”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “도시재개발법에 의한 사업시행자가 동법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업의 시행과 관련하여 취득하는 부동산중 지방세법 제109조제3항의 규정에 의한 체비지 또는 보류지 이외의 부동산”이라고 규정하며, 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1989.12.30. 조례 제2552호로 개정된 것) 제2조제1항에서 “다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(...)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구법인이 도시재개발사업지구내의 이건 부동산을 1996.8.23. 및 같은해 8.26. 취득한 후 1996.9.23. 및 같은해 9.25. 신고납부한 취득세 등과 1996.10.17. 신고납부한 등록세 등을 징수결정한 사실과 청구법인의 이건 부동산에 대한 취득세 등 감면신청에 대하여 처분청이 감면신청을 거부한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 도시재개발법에 의한 사업시행자로서 재개발구역내에서 취득한 이건 부동산은 재개발사업인가 당시의 감면조례를 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 청구법인이 1990.6.4. ㅇㅇ로 제1구역 제9-1지구 재개발사업시행 변경인가를 받을 당시 시행되었던 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1989.12.30. 조례 제2552호로 개정된 것) 제2조제1항에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함으로써 도시재개발사업중 도심지 재개발사업의 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여도 취득세 및 등록세를 면제하도록 하였으나, 위 조례 제2552호 제2조제1항을 1991.12.31. 조례 제2843호로 개정하면서 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 도시재개발법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세의 면제대상으로 규정하고, 그 부칙 제2조에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 두었다가, 위 조례 제2843호를 1993.7.3. 조례 제3007호로 개정하면서 제2조제1항을 조례 제2843호와 같이 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함과 아울러, 조례 제2843호 부칙 제2조에 있었던 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 삭제하였으며, 위 조례 제3007호제2조를 1994.4.14. 조례 제3091호로 다시 개정하여 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서도 그 조례 부칙에 별도의 경과규정을 두지 아니하였고, 그 부칙 제2조에서 이 조례는 1994년 12월 31일까지 효력을 가진다고 규정하고 있는 바, “지방세과세면제및불균일과세에관한조례가 수차에 걸쳐 개정된 경우에는 개정 전후의 조례중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이며, 나아가 적용대상 조례에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 규정이 마련되어 있지 아니하다면 그 적용 당시의 조례의 규정에 의하여 지방세 과세면제 해당여부를 가려야 할 것”(같은 취지의 감사원 심사결정 1996년 제85호, 1996.4.23, 내무부 심사결정 제96-394호, 1996.9.24.)이므로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면, 청구법인은 1990.6.4. 서울특별시장으로부터 ㅇㅇ로 제1구역 제9-1지구 도심재개발사업시행자로 (변경)인가를 받고 1996.8.23. 및 같은해 8.26. 이건 부동산을 취득하여 등기한 이상, 이건 부동산 취득 당시에 시행되고 있는 서울특별시세감면조례 제19조의 규정에 의한 취득세 등의 과세면제 요건에 해당되지 아니한다 하겠으며, 청구법인이 인용한 대법원판례(94누5502, 1995.6.30.)에서의 건축물은 1992.5.4. 취득하여 1993.3.18. 등기하였으므로 그 건축물 취득·등기 당시 시행되었던 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1991.12.31. 조례 제2843호로 개정된 것) 부칙 제2조의 경과규정을 적용하여 건축물의 등록세가 종전 조례에 의거 면제되어야 한다는 내용인데 청구법인의 경우 위 조례의 경과규정이 삭제되고, 1994.12.31. 조례의 시행기간이 경과된 후에 이건 부동산을 취득한 것으로서 청구법인의 이건 심사청구에 위 판례를 적용할 수 없다 하겠으므로 이건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없으며, 처분청이 감면신청을 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 3. 26.

내 무 부 장 관