가. 청구인은 1985.1.1. 취득한 OOO 토지 731㎡ 및 건물 978㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)가 OOO 고시(제2011-24호, 2011.2.5.)에 의해 ‘OOO 문화공원 계획’ 등에 공원부지로 편입되자, 사업시행사인 ㈜OOO(이하 “매수법인”이라 한다)와 협의를 하여 2011.11.29. 쟁점부동산과 매수법인 소유의 OOO토지 107,523㎡ 중 661㎡(이하 “교환취득토지”라 한다)를 교환(대토보상)하기로 계약한 후 쟁점부동산을 2011.12.2. 소유권이전등기하고, 2012.5.29. 양도가액을 OOO억원으로 하여 양도소득세를 신고하면서 「조세특례제한법」제77조의2의 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 따라 과세이연을 신청하였다(과세이연금액OOO백만원, 이연세액 OOO백만원).

나. 청구인은 2016.3.18. 교환취득토지 661㎡ 중 630㎡를 배우자 등에게 증여하였는데 과세이연을 적용받은 후 해당 토지를 증여할 경우 해당 과세이연 세액을 양도소득세로 신고·납부하여야 하나 관련 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 처분청은 2017.2.1.～2017.3.27. 기간 동안 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 2017.6.12. 청구인에게 과세이연 상당액인 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.19. 이의신청을 거쳐 2017.10.18.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결 등에서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 할 것이고 이는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지라고 할 것으로 판시하고 있다.

조심 2010서645, 2011.1.31. 등에서도 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이고, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없는 것으로 결정하고 있다.

(2) 쟁점부동산의 교환계약 체결 및 교환가액을 OOO억원으로 기재하게 된 경위는 다음과 같다.

(가) OOO은 2010년 4월 경 청구인에게 전화로 쟁점부동산 등을 OOO억원(대지OOO억원, 건물 OOO억원, 영업손실 OOO, 합계 OOO억원)에 매수하고자 하는 의사를 제시한 바 있다.

(나) 매수법인은 2010.5.3. 청구인에게 토지 교환(1안)과 토지 매입 (토지, 건물, 영업권 포함 총 OOO억원, 2안)의 방법으로 쟁점부동산을 매수하고자 한다는 내용의 토지매수요청서를 송부하였고, 그 요청서에서 2안의 토지매입 방법보다는 1안의 토지교환의 방법을 희망한다고 하였다.

(다) 청구인은 2010.5.26. 위 매수법인의 토지매수 요청에 대하여 공장이전에 소요되는 비용, 생산차질로 인한 손실 등을 감안하여 OOO억원(토지 OOO원, 건물OOO원, 영업권 OOO원)을 받아야 한다고 생각하고 동 금액에 매입하여 달라고 회신하였다.

(라) 매수법인은 2010.6.30. 청구인에게 재차 다음과 같은 내용의 토지매수 요청서를 송부하였다.

OOO

(마) 매수법인은 2010.12.7. 청구인에게 매입희망가격을 총 OOO원(토지 약 OOO원, 건축물 약 OOO원, 영업권보상 약 OOO원, +α 약OOO원)으로 상향하여 매입을 요청한다는 내용의 토지매수 협의 요청서를 송부하였다.

(바) 청구인이 위 보상가액에 동의하지 않자 매수법인은 감정가액에 따라 보상을 하겠다고 하면서 불응하면 개별공시지가로 보상하겠다고 협박성 발언을 하였다.

(사) 매수법인은 2011.8.16. 청구인에게 개별보상금 통보를 하였는바 통보된 보상금 내역은 다음과 같다

OOO

위 통보된 보상금에는 도시계획시설에 편입되지 않은 OOO토지 320㎡에 대한 보상금OOO원이 포함되어 있지 않은바, 그 가액을 포함하면 보상금 총액은 OOO원이 된다. 이 보상금은 2개 감정평가기관의 감정가액 평균액이다.

(아) 청구인이 위의 보상가액에 동의하지 않자, OOO는 사업시행이 지연되는 것을 염려하여 조정에 나섰고, OOO의 권유에 따라 청구인과 매수법인은 2011.11.29. 금전매입방식이 아니라 토지교환방식으로 쟁점부동산을 이전하기로 계약을 체결하였다.

(자) 청구인은 교환계약서 작성시 쟁점부동산 등의 교환가액을 OOO원(토지 OOO원, 건물, 지장물 등 일체 OOO원)으로 기재하여 줄 것을 요구하였고, 이에 대해 매수법인이 별다른 이의를 제기하지 않아 교환가액을 OOO원으로 기재하게 된 것이다(청구인은 당시 단순히 교환가액을 가급적 높은 가액으로 기재하는 것이 유리할 것으로 판단하였다).

(차) 쟁점부동산의 교환계약 체결 당시 쟁점부동산에 대한 감정평가기관의 감정가액은 존재하였으나, 청구인이 매수법인으로부터 이전받기로 한 교환취득토지에 대한 감정가액은 존재하지 않았으며, 쟁점부동산 교환계약 체결 당시 쟁점부동산 등의 감정가액은 다음과 같다(평가기준일 2011.7.29.).

OOO

(3) 쟁점부동산의 교환가액 OOO원은 실지거래가액으로 인정될 수 없다.

(가) 토지 등 양도소득세 부과대상 자산의 양도차익은 실지거래가액에 의한 양도가액(실지양도가액)에서 실지거래가액에 의한 취득가액(실지취득가액)을 차감하여 계산하는 것을 원칙으로 한다.

(나) 판례 등에 의하면, 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 거래가 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하고, 이는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지라고 명시하고 있다(대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592판결 등 다수).

(다) 쟁점부동산 교환계약 체결 당시 쟁점부동산의 감정가액은 존재하였으나 그 감정가액은 약OOO원에 불과하였으며, 교환취득부동산의 감정가액은 존재하지도 않았다(2013년 3월 법원의 의뢰에 의하여 감정기관이 감정평가하였는바, 그 감정가액은 약 OOO원에 불과하다).

(라) 쟁점부동산 교환계약에 있어서 교환취득부동산에 대하여는 시가감정도 거치지 않았고, 쟁점부동산은 시가감정을 하였으나 감정가액은 OOO원에 불과하므로 교환가액 OOO원을 교환대상 목적물의 객관적인 금전가치라고 볼 수는 없다.

즉, 쟁점부동산의 교환가액은 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하거나 또는 당사자 사이의 합의에 의하여 정한 것이다. 이 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것이다.

(마) 교환계약서에 기재된 교환가액 OOO원은 청구인의 일방적인 요구에 의하여 기재하게 된 금액으로서 객관적 근거가 전혀 없음이 아래의 사실로 알 수 있다.

1) 매수법인은 청구인이 교환으로 취득한 OOO 토지 1,298㎡에 대하여 청구인을 상대로 공유물분할청구소송(OOO 2012가단193982)을 제기하였고, OOO의 요청에 의하여 매수법인이 제출한 준비서면의 내용(발췌)은 다음과 같다.

OOO

위 매수법인의 진술내용에서 교환가액 OOO원은 객관적인 교환가치에 근거를 둔 것이 아니라 청구인의 일방적 요구에 의하여 기재되었다는 것을 알 수 있고, 또한 청구인이 법률지식이 부족한 점을 이용하여 매수법인이 청구인을 기망하고 청구인에게 매우 불리하게 계약을 체결하였다는 것을 스스로 인정하고 있다. 결국 청구인은 매수법인에게 속아서 쟁점부동산 등을 감정가액 OOO원에 불과한 토지와 교환하게 된 것이다.

2) 또한 OOO은 청구인에 대하여는 “계약서에는 원고가 OOO원을 지급하거나 토지 가치가 OOO원을 유지하도록 하겠다는 의무조항이 없는바, 그럼에도 불구하고 OOO원에 대하여 계속 주장하는 근거를 구체적으로 밝히기 바랍니다”라고 하였으나, 이에 대하여 청구인은 객관적 증거를 제시할 수가 없었으며, 이에 서울중앙지방법원은 매수법인의 주장을 받아들여 매수법인에 대해 승소판결을 하였다.

(바) 위와 같이 교환계약서에 기재된 교환가액 OOO원은 교환취득토지에 대하여 시가감정절차도 거치지 않고 청구인과 매수법인이 임의로 평가하여 정한 가액으로서, 쟁점부동산의 감정가액의 2배를 초과하고 교환취득토지의 감정가액(2013년 3월 기준)의 3배에 달하는 가액이다. 따라서 그 가액은 쟁점부동산의 실지거래가액으로 인정될 수 없는 것이다.

(사) 쟁점부동산 양도에 대한 2013년 처분청의 양도소득세 조사 종결보고서에서 양도가액 OOO원의 적정 여부에 대하여 쟁점부동산의 감정가액, 인근토지 보상가액, 당시 시세내역 등을 탐문한바, 양도가액이 적정한 것으로 판단되어, OOO원을 쟁점부동산의 양도가액으로 결정한다고 되어있는데, 이는 쟁점부동산의 감정가액이 OOO원에 불과한 사실에 비추어 볼 때 전혀 근거가 없는 것이다.

(아) 또한 OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회에서 청구인의 의견을 불채택하면서, 그 사유로 “…교환계약서 제2조 제3항의 규정을 정산기준으로 볼 수 있는 점,… 등에 비추어 보아 계약서에 기재된 교환가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단됨”이라고 하였는바, 매수법인과 법원은 이를 인정하지 않았다. 설령, 교환계약서 제2조 제3항의 규정을 정산기준으로 볼 수 있다고 하더라도 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것이므로 교환가액 OOO원이 실지거래가액으로 인정될 수 없는 것이다.

(자) 처분청은 교환가액 OOO원이 매수법인과 청구인이 협의하여 결정한 가액이므로 교환부동산의 가치를 판단하여 합의한 것으로 판단되며, 시가감정이 없더라도 실제로 당사자들이 약정한 금액임을 충분히 인정할 수 있는 경우 그 금액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 하면서 그 근거로 OOO고등법원 2014.2.12. 선고 2012누39874 판결을 인용하고 있다. 그러나, 동 판결은 납세의무자가 교환계약서와는 별도의 다운계약서를 작성하여 양도소득세를 포탈한 사안으로서, 교환대상목적물의 가액(OOO원, OOO원)에 큰 차이가 있어 형식적으로는 교환이나 실질적으로는 매매에 가까울 뿐만 아니라, 당사자가 조사과정에서 교환대상목적물의 평가액에 대하여 이의가 없었으며, 평가액의 차액에 대하여 채무승계, 현금 지급 등 차액정산을 하였는바, 사실관계가 이 건과 달라 동 판결을 이 건에 적용할 수 없다.

(차) 설령 교환가액 OOO원을 쟁점부동산 등의 실지거래가액으로 볼 수 있다고 하더라도, 그 가액은 쟁점부동산 등의 수용에 대한 보상가액이므로 그 가액에는 토지와 건물의 수용에 대한 보상액뿐만 아니라 영업시설에 대한 보상액, 손실보상금 등이 포함되어 있다.

이는 교환계약서에 ‘토지 : OOO원, 건물·지장물 등 일체 : OOO원’이라고 기재되어 있는 것에서도 알 수 있다. 따라서 토지, 건물의 양도가액은 OOO원에서 영업시설에 대한 보상금, 손실보상금 등을 차감한 금액으로 하여야 하나, 영업시설에 대한 보상금과 손실보상금이 얼마인지 확인할 수가 없으므로 토지, 건물의 수용에 대한 보상가액, 즉 토지, 건물의 실지양도가액을 확인할 수 없다.

(카) 또한 대법원 2010.2.10. 선고 2009두19465 판결에 의하면, 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지거래가액을 확인할 수 없으나, 그 교환이 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고, 이 경우 교환으로 취득하는 목적물의 금전가치와 지급받은 현금 등이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 되는바, 이 건의 경우 지급한 현금 등은 없으므로 결국 교환취득토지의 금전가치를 쟁점부동산 등의 양도가액으로 하여야 하나, 교환 당시 교환취득토지에 대하여 시가감정을 한 바가 없으므로 실지거래가액을 확인할 수 없는 모순이 생기게 된다.

(4) 청구인이 교환취득부동산에 대한 취득세 신고시 취득가액을 OOO원으로 신고하거나 매수법인의 장부에 쟁점부동산의 취득가액이 OOO원으로 계상되어 있다는 이유로OOO원을 실지거래가액으로 볼 수 없다.

(가) 「지방세법」제10조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고, 같은 조 제2항에서 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하되 그 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 시가표준액보다 적은 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있는데 이와 같이 취득세 과세표준은 납세의무자가 신고한 가액에 의하는 것이 원칙이며, 다만 그 신고가액이 시가표준보다 적은 경우에는 시가표준액으로 하는 것이므로 「지방세법」상의 취득세 신고시 취득가액으로 신고한 금액이 「소득세법」상 실지거래가액에 해당하는 것은 아니다.

(나) 다만, 취득세의 경우에도 판결문·법인장부에 의하여 취득가격이 증명되는 취득 등의 경우에는 ‘사실상의 취득가액’을 과세표준으로 하도록 규정하고 있다( 「지방세법」제10조 제5항 제3호). 이 경우 법인장부란 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서를 말한다( 「지방세법 시행령」제18조 제3항 제2호). 즉 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 기재된 가액은 ‘사실상의 취득가액’으로서 취득세 과세표준으로 할 수 있는 것이다.

(다) ‘사실상의 취득가액’과 관련하여, 대법원은 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 입증되는 가격이라고 하더라도 그것이 당해 물건에 관한 ‘사실상의 취득가격’에 해당하지 않는 경우에는 이를 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없고 취득의 원인이 되는 거래가 교환인 경우에는 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 사실상의 취득가격을 확인할 수 있다고 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 사실상의 취득가격을 확인할 수 있는 경우로 볼 수 없다.”고 판시하고 있다(대법원2013.10.24. 선고 2013두11680 판결).

따라서 교환의 경우 법인장부상에 기재된 가액을 ‘사실상의 취득가액’으로 인정하기 위해서는 다음과 같은 2가지 요건을 모두 갖추어야 한다.

OOO

(라) 쟁점부동산 교환 당시 쟁점부동산의 감정가액은 약 OOO원에 불과하였고, 교환취득토지의 감정가액은 존재하지도 않았음(2013년 3월 법원의 의뢰에 의하여 감정기관이 감정평가한 가액은 약 OOO원에 불과함)에 비추어 볼 때, 매수법인의 장부에 취득가액으로 기재되어 있는 OOO원은 금융회사의 금융거래내역 또는 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 입증된 것이 아니므로 위 1의 요건이 충족되지 않는다.

또한, 쟁점부동산 교환계약 당시에는 교환취득부동산에 대한 시가감정을 한 바도 없을 뿐만 아니라 교환가액 OOO원은 쟁점부동산의 감정가액 OOO원보다 현저하게 높은 가액으로서 목적물의 객관적인 금전가치가 아니므로 위 2의 요건도 충족되지 않는다.

(마) 청구인이 2012.1.30. 교환취득부동산에 대한 취득세 신고시 장안구청장에 제출한 매수법인의 장부에 토지와 건물의 장부가액이 각각 OOO원, OOO원 합계 OOO원으로 기재되어 있는 것은 매매계약서의 교환가액을 그대로 기재하였기 때문이다[교환취득부동산에 대한 취득세 신고는 OOO전담 법무사인 OOO법무사가 대행하여 행하였다. 따라서 청구인은 신고 당시 어떠한 자료를 제출하였는지 알지 못하였고, 당시 법무사는 교환취득부동산의 취득에 대하여는 지방세특례제한법 제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면)의 규정에 따라 취득세가 감면된다고 생각하고 교환가액 OOO원을 취득가액으로 신고하였던 것임. 그러나 대법원 2013두11680 판결(2013.10.24.)과 같이 교환가액 OOO원은 사실상의 취득가액으로 인정될 수가 없는 것이며, 청구인은 청구인이 부재 부동산 소유자라는 이유로 감면이 부인되자 그에 대한 이의신청에서 토지의 보상가액은 OOO원이라고 주장하였으나, 인정되지 않았음. 처분청은 과세전적부심사결정문에서 “…취득세 감면부인에 대한 불복청구시에도 취득가액은OOO이 아님을 주장하지도 않았음에도…”라고 하고 있으나 이는 사실과 다름]. 그러나 그 가액은 위에서 본 바와 같이 ‘사실상의 취득가액’으로 인정될 수 없는 것이다.

(바) 요약하면, 「지방세법」상 취득세의 과세표준인 취득가액은 실지거래가액이 아니라 납세의무자가 신고한 가액으로 하는 것을 원칙으로 하고 있으므로 청구인이 교환취득부동산의 취득세 신고시 취득가액을 OOO원으로 신고하였다고 하더라도 그 가액을 「소득세법」상의 실지거래가액으로 볼 수 없는 것이다.

또한 매수법인의 장부에 토지와 건물의 장부가액이 각각 OOO원, OOO원 합계 OOO원으로 기재되어 있다 하더라도 그 가액은 당사자 간에 임의로 결정된 가액에 근거를 둔 것으로서 ‘사실상의 취득가액’으로 인정하기 위한 요건을 갖추지 못하고 있으므로 그 가액을 「소득세법」상의 실지거래가액으로 인정될 수 없는 것이다.

(5) 청구인이 양도소득세 확정신고시 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 신고하였다는 이유만으로 실지양도가액을 OOO원으로 볼 수는 없다.

(가) 납세지 관할 세무서장 또는 OOO청장은 양도소득세 예정신고 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득 과세표준과 세액을 경정하여야 하고, 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정하여야 한다.

(나) 위에서 본 바와 같이 교환계약서에 기재된 OOO원은 실지양도가액으로 볼 수 없고, 교환계약서에 표시된 가액이 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 매매사례가액, 감정가액, 기준시가를 순차로 적용하는 것이다.

(다) 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 확정신고시에 신고대리인이 교환계약서에 기재된 교환가액 OOO원을 실지양도가액으로 알고 양도가액을 OOO원으로 하여 신고하였는바, 양도소득세 확정신고 시에는 과세이연이 되어 양도소득세를 납부하지 않아도 되었으므로 세법상 어떤 가액을 양도가액으로 신고하여야 하는지에 대하여 검토가 미흡하였고 그 결과 교환가액OOO원을 양도가액으로 신고한 것이다.

따라서 교환가액 OOO원은 실지양도가액으로 인정될 수 없는 것임에도 양도가액을 OOO원으로 신고한 것은 신고내용에 오류가 있는 것이므로 과세관청은 「소득세법」의 관련 규정에 따라 경정하여야 하는 것이다.

(라) 처분청은 청구인이 교환가액OOO원을 양도가액으로 하여 양도소득세 신고 및 과세이연신청을 하였고, 처분청이 그에 대한 세무조사 결과 교환가액OOO원을 양도가액으로 결정하여 세무조사결과를 통지한 때에도 이의를 제기하지 않았다가, 2016.3.15. 대토토지의 증여로 인하여 과세이연금액 상당 세액에 대한 신고납부의무가 발생하자 양도신고내용을 번복하여 양도가액을 달리 주장하는 것은 신의칙에 위배된다는 의견이나, 「국세기본법」제15조는 “납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다”고 규정하고 있는바, 청구인은 양도소득세 신고 당시 교환가액이 실지거래가액에 해당하는 것으로 잘못 알고 신고한 것인데, 처분청이 납세의무자가 세법의 무지로 잘못 신고한 것을 법령에 맞게 부과하여 달라고 하는 것이 신의칙에 위배된다고 할 수는 없다.

(6) 처분청은 쟁점부동산 교환계약서 제2조 제3항은 차액정산에 관한 규정으로서 대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결과는 다르므로 동 판례를 이 건에 적용할 수 없다는 의견인바, 교환계약서 제2조 제3항의 규정을 정산기준으로 볼 수 있는 여지도 있으나, 매수법인과 법원은 이를 인정하지 않았으며, 이로 인하여 청구인은 공유물분할소송에서 패소하였다. 이와 같이 거래상대방과 법원이 차액정산규정으로 인정하지 않음에도 처분청이 차액정산규정에 해당한다고 보는 것은 부당하고, 동 판례는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것이라고 하여 차액정산을 하는 경우에도 교환목적물의 가액을 임의로 평가하여 차액을 산정한 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것이라는 것을 명확히 하고 있으므로 위 대법원 판결이 이 건과는 다르다고 볼 수 없다.

따라서 설령 교환계약서 제2조 제3항의 규정을 정산기준으로 볼 수 있다고 하더라도 교환가액 OOO원은 위 판결에 따라 실지거래가액으로 인정될 수 없는 것이다.

(7) 처분청은 현금보상을 받은 경우에는 시가를 반영한 실지거래가액으로 과세하고 대토보상을 받은 경우에는 기준시가로 과세하는 것은 과세형평성에 어긋난다는 의견이나, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 세법에 따른 적법한 과세를 받기를 원하는 것이며, 반드시 기준시가에 의하여 과세하여야 한다고 주장하는 것은 아니다(쟁점부동산의 실지거래가액으로 인정되는 것이 있다면 그 가액으로 부과하여야 한다).

청구인이 쟁점부동산의 수용대가로서 현금OOO원을 보상받았다면 당연히 그 보상가액으로 과세가 되어야 할 것이나, 청구인은 쟁점부동산 등(토지, 건물, 영업시설, 영업손실보상금을 포함)의 수용대가로서 감정가액이 약 OOO원에 불과한 토지를 취득하였는바, 이 경우 쟁점부동산(토지, 건물)의 양도대가는 그 가액 중 일부분일 것이므로, 쟁점부동산의 실지거래가액을 OOO원으로 보아 양도소득세를 부과하는 것이야말로 과세형평에 어긋나는 것이다.

청구인은 매수법인에게 속아 수십 년간 잘 운영해오고 있던 사업체의 부지와 건물을 양도하고 그 대가(영업손실보상금을 포함하여)로 감정가액 OOO원에 불과한 부동산을 취득하게 되어 막대한 손실을 입었으나, 이는 청구인의 법률지식 부족이나 부주의로 인하여 계약을 잘못 체결한 데 따른 것이므로 억울하지만 감수할 수밖에 없다고 생각된다.

그러나 청구인은 쟁점부동산 등을 양도한 대가로 감정가액이OOO원에 불과한 토지를 취득하였는바, 그 가액에서 영업시설에 대한 보상금, 영업손실에 대한 보상금을 차감하면 위 양도소득세 부과액은 쟁점부동산의 양도가액을 초과하는 결과가 된다.

따라서 실지양도가액을OOO원으로 보아 양도소득세를 부과한 것은 법령에 위배될 뿐만 아니라 사회통념이나 건전한 상식에 비추어 도저히 납득할 수 없는 불합리한 결과를 초래하는 것이다.

결국, 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로서 기준시가에 의해 양도소득을 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 양도가액으로 신고한 교환가액 OOO원은 실지거래가액에 해당한다.

(가) 청구인은 양도소득세 신고시 양도가액을 OOO원으로 자진신고하였고 그에 따른 증빙인 2011.11.29. 당사자 간 작성한 교환계약서를 제출하였으며, 처분청은 2013.4.22. ∼ 2013.5.10. 기간 동안 실시한 양도소득세 조사에서 양도가액 OOO원이 적정하다고 결정한 바 있다.

(나) 청구인이 또한 교환토지 취득당시 OOO에 취득세 과세표준을OOO원으로 자진신고한 후 취득세 면제대상을 주장하며 이의신청한 내용에도 교환토지 취득가액(취득세 과세표준)은 매수법인의 토지 취득가액(용지 장부가액) OOO원으로 결정되어 청구인이 OOO에 청구한 이의신청이 2012.4.25. 기각된 사실이 지방세 이의신청결정서에 의해 확인된다.

구체적으로 살펴보면, 청구인은 본인이 대토보상 교환으로 취득한 교환토지OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 자진신고 및 납부하고 그 이후 취득세 면제대상이라고 이의신청하였다가, 이 건 이의신청에서는 매수법인의 장부에 계상된OOO원은 실지거래가액이 아니라고 주장하고 있으나, OOO원은 매수법인이 2011사업연도 계정별원장(건설용지)에 부기되어, 재무제표 상에 기재된 용지 가액의 일부분이라 할 것이며 그 이후 용지가액으로 인한 법인세 경정이 없어 장부 등의 객관적인 서류에 의해서 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세를 과세한 것은 타당하다고 할 것이다.

(다) 교환으로 양도한 쟁점부동산 교환계약서상 교환(양도)가액인 OOO원은 객관적인 교환가치가 반영되지 않아 실지거래가액에 해당하지 않는다는 청구인의 주장에 대하여 처분청이 OOO국세청에 2017.2.13. 과세사실 판단자문을 신청한바, 과세사실판단자문회의에서 교환계약서에 기재된 교환가액 OOO원은 쟁점부동산의 감정가액, 인근 토지 감정가액 대비 보상가액,당시 시세 등으로 보아 적정한 것으로 보여지는 점, 교환계약서 제2조 제3항의 규정을 정산 기준으로 볼 수 있는 점, 이 건 교환계약의 거래상대방은 계약서상 교환가액을 취득가액으로 계상하였으며, 청구인이 교환가액을 근거로 양도소득세를 자진신고한 점 등에 비추어 보아 계약서에 기재된 교환가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단하였다.

(라) 쟁점부동산의 교환거래 계약 전 교환거래 상대방인 매수법인이 청구인에게 2010.5.4. 발송한 토지매수요청서에서 쟁점부동산의 매수가액을 OOO원으로 제시하였고, 이에 대해 청구인은 2010.5.26. 토지 매수 요청에 관한 회신에서 쟁점부동산의 매도가액을 OOO원으로 주장하여, 매수법인은 2010.12.7. 토지매수협의요청서에서 매수가액 OOO원을 제시한 사실이 확인되며, 양측의 매수가격 차이가 커서 교환계약서 작성당시인 2011.11.29. 매수가격 OOO원으로 절충하여 합의된 것으로 보이며 양측 모두 경제적 이익을 도모하는 주체로서 교환당시 시세, 각자가 보유 또는 인지하고 있는 각 교환물건의 특성 등을 모두 고려하여 각자의 경제적 이익을 위해 최선을 다하여 교환계약을 했다고 봄이 상당하므로 교환가액OOO원은 적정한 교환가격으로 볼 수 있다.

(2) 쟁점부동산의 양도가 「소득세법」제114조 제7항에서 규정하는 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 있는 경우에 해당하는지를 보면, 「소득세법」제114조 제7항은 “대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래 가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우”에는 “매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등”의 순서에 따라 양도 가액과 취득가액을 정하여 과세할 수 있도록 하고 있는바, 이 건은 쟁점부동산 교환거래 상대방인 매수법인의 2011사업연도 건설용지 계정별원장에 교환계약서 교환가액과 동일한 OOO원으로 법인장부에 기재되어 있는 점, 청구인의 지방세(취득세) 이의신청에 대한 기각 결정시 취득가액을 OOO원으로 인정한 점 등에 비추어 장부 및 기타 객관적 증빙서류에 의하여 교환당시 실지거래가액을 인정할 수 있는 경우로 보아야 하므로 청구인이 주장하는 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당되지 않는다고 할 것이다.

(3) 청구인은 이 건이 대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결과 유사한 경우라고 주장하나, 청구인이 당초 2012.5.29. 양도소득세 신고시 제출한 부동산교환(대토보상)계약서 제2조 제3호에서 ‘갑의 본건 부동산 면적은 토지대장을 기준으로 기재하였으며, 실제면적과 차이가 있더라도 상호 이의를 제기하지 않고 면적정산은 없기로 한다. 단, 을의 토지는 분필 후에 토지 면적이 증감될 수 있으며, 만약 토지면적 증감이 발생하는 경우에는 제3조 교환가액의 총액을 기준으로 한다’라고 정한 규정은 ‘차후 토지면적이 증감될 경우 교환가액의 총액 OOO원을 기준으로 정산한다’ 라는 정산기준으로 볼 수 있고, 차액 정산이 이루어지지 않은 것은 토지면적 증감사유가 발생하지 않았으므로 차액정산의 필요성이 없는 경우로 보여진다.

따라서 신고한 실지거래가액이 실지가액으로 확인되지 아니하는 경우 기준시가로 산정하여야 한다는 위 대법원 판례처럼 차액에 대한 정산 절차를 수반하지 않았기에 실지거래가액으로 볼 수 없다는 경우와 이 건은 동일하지 않는 경우이며 부동산교환계약서 제2조 제3호는 차액정산에 관한 특약사항으로 해석되어야 한다.

(4) 「국세기본법」제15조에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫓아 성실히 하여야 한다”라고 규정하고 있는바, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙의 적용은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 제한적으로 허용하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 될 것이지만, 납세의무자에게 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 극심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 경우라면 예외적으로 납세의무자에 대하여도 이를 적용하여야 한다(대전지방법원 2009.2.4. 선고 2008구합2707 판결 참조).

위 판례에 비추어 이 건 교환계약서 등 당초 신고시 청구인이 제출한 모든 서류는 전적으로 청구인의 영역에 있는 부분이고, 청구인은 2012.5.29. 양도소득세 신고 당시 교환계약서에 의한 양도가액 OOO원으로 자진신고 및 「조세특례제한법」제77조의2 (대토보상에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세이연을 신청하고 과세이연을 받았으며 이 건 청구시점에는 당초 신고시 양도가액과는 다르게 기준시가에 의한 양도가액OOO원으로 번복하여 주장하는 것은 객관적으로 모순된 행위이며 납세의무자의 신의성실원칙에 명백하고 중대한 배신행위(당초 신고시 양도가액 OOO원과 청구인이 주장하는 양도가액 OOO원으로 양도가액 차이가 무려 OOO원임)이므로 과세관청이 납세의무자를 신뢰한 것에 대해 명백하게 반하는 것으로 과세 관청의 신뢰가 보호받을 만한 가치가 있는 경우로 납세의무자에게도 신의성실원칙을 적용할 수 있는 예외적인 경우에 해당된다고 할 것이다.

(5) 양도소득세는 2007년 이후 모든 자산에 대하여 실지거래가액으로 과세함을 원칙으로 하고 있으며, 이 건 과세기간인 2011년 또한 실지거래가액 과세가 원칙이나 청구인의 주장을 받아들일 경우 양도가액이 기준시가로 계산되어 실지거래가액 과세 제도를 역행하는 결과가 생기며, 현금보상은 시세를 반영한 시가로 과세하고 대토보상은 기준시가로 차별하게 과세가 되어 과세형평성에 어긋난다 할 것이다.

또한 청구인의 주장대로 이 건 양도가액을 기준시가로 하여 과세하면 「조세특례제한법」제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례)의 취지인 현금보상이 아닌 대토보상으로 대체 토지 구입수요를 줄임으로써 공익사업 시행시 뒤따르는 보상 인근지역 부동산 가격상승 방지 및 양도소득세 일시 납부를 차후 이연으로 인한 납세자 편의 제공 목적에 부합되지 않아 입법 취지에 어긋나는 것으로 보이는바, 이러한 사실들을 종합하여 보면, 교환당시 쟁점부동산의 양도가액은 36억원이 적정하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 교환계약서에 기재된 금액(OOO원)을 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(3) 조세특례제한법

제77조의2【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2018년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 조세특례제한법 시행령

제73조【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】

⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고·납부하여야 한다.

1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우

2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우

3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우

(5) 지방세특례제한법

제73조【토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면】① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 2011.11.29. 매수법인과 교환계약을 체결하여 양도한 후 과세이연 적용하여 신고한 양도소득세 신고 내역 및 처분청의 과세내역은 아래와 같다.

OOO

<양도소득세 경정내역>

OOO

(2) 청구인은 쟁점부동산을 1983년 취득하여 청구인이 대표이사로 재직 중인 OOO전자(주)가 이를 사용한 것이 확인되며, 쟁점부동산 중 441㎡가 정자문화공원 부지로 편입되었다.

OOO

(3) 교환계약에 의하여 취득한 교환취득토지는 아래와 같이 분할되었으며, 청구인은 교환취득토지 중 630㎡을 2016.3.15. 배우자 및 자녀들에게 증여하였다.

<교환취득토지 분할 이력>

OOO

(4) 처분청은 청구인이 당초 신고한 교환가액 OOO원이 실지거래가액이라며 아래와 같은 증빙자료 등을 제출하였다.

(가) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 이 건 관련 세무조사 이전인 2013.4.22.∼2013.5.10. 기간 동안 양도소득세 조사를 실시하여 양도가액 OOO원이 적정하다고 결정하였다.

<조사복명서 주요내용>

OOO

(나) 부동산교환(대토보상) 계약서(2011.11.29.)의 주요내용은 아래와 같다

OOO

(다) 쟁점부동산 및 교환취득부동산에 대한 감정평가내역은 아래와 같다.

OOO

(라) 처분청은 이 건 과세 전 OOO지방국세청에 과세사실판단자문신청하였고, 그 결과 과세사실판단자문위원회는 계약서에 기재된 교환가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 의결하였다.

(5) 청구인은 쟁점부동산의 교환가액 OOO원이 실지거래가액에 해당하지 않는다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제출하였다.

(가) 거래당사자간 거래가액을 협의한 증빙으로 토지매수요청서, 토지매수요청에 대한 회신, 토지매수협의요청서, 동아전자 부지의 매입희망가격 내역 등을 제출하였다.

(나) 청구인은 2012.1.30. OOO에 취득세를 신고하면서 「지방세특례제한법」제73조에 따라 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면신청을 하였고, 취득세 신고시 청구인은 사업시행사 매수법인의 계정별원장(계정과목:[165]건설용지)을 함께 제출하였다.

OOO

<지방세 이의신청결정서(판단 부분)>

OOO

(라) 청구인은 공유물분할 청구소송(OOO중앙지방법원 2012가단193982, 2013.8.16.)과 관련하여 매수법인에게 교환계약서에 기재된 교환가액 OOO원을 보장할 것으로 요구하였으나, 매수법인은 교환취득토지의 시가가 OOO원 상당이라는 것을 보장하거나 약속한 바가 전혀 없으며, 청구인의 일방적인 요구에 교환가액을OOO원으로 기재하였다라고 주장하며 소송판결문을 제출하였는바, 동 소송판결문을 보면 청구인은 매수법인이 교환계약상의 의무를 위반하였고, 매수법인이 분할을 지체하여 교환취득토지의 가치가 크게 하락하였으므로 청구인이 매수법인의 지분을 매수하여야 가치하락분을 상쇄할 수 있다고 주장하나, 매수법인의 잘못으로 분할이 지체되었다고 인정할 증거가 없고, 매수법인의 지분을 청구인이 매수하는 것이 공평한 분할이라고 볼 사정도 보이지 않으므로 청구인의 주장을 받아들이지 아니하고, 교환취득토지를 위의 지분대로 분할하라고 매수법인 승소 판결을 한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 부동산을 교환으로 양도하는 경우 당해 부동산의 양도가액은 교환계약서에 표시된 실지거래가액에 의하는 것이며, 교환계약서에 표시된 가액이 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항의 규정에 해당하여 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 「소득세법」제114조 제7항에 의하여 매매사례가액, 감정가액, 기준시가를 순차로 적용하는 것이고, 시가 감정이 없더라도 실제로 당사자들이 약정한 금액임을 충분히 인정할 수 있는 경우 그 금액을 부동산의 실지거래가액으로 보는 것이 타당한 점, 쟁점부동산의 교환 양도가액은 시가감정 및 차액 정산 등을 수반한 정산절차를 거치지 않았으나 교환물건이 새로 부지 조성한 토지로 감정하기 어려운 면이 있고, 조성 후의 미래가치로 양도가액을 산정할 수밖에 없었던 특수성이 있으며, 동일한 사항으로 보상을 받은 이용팔의 감정가액 대비 보상가액 비율 등을 감안할 때 OOO원의 양도가액이 적정한 것으로 보이는 점, 매수법인의 장부에 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원으로 계상하고 있고, 교환취득토지의 취득세 신고시 대토보상(교환)가액이 OOO원인 검인계약서를 제출하였으며 청구인이 양도소득세 신고시 위 교환가액을 근거로 신고한 점, 부동산 교환(대토보상)계약서 제2조 제3항 제3호에서 토지면적 증감이 발생하는 경우에는 제3조 교환가액의 총액을 기준으로 정산하기로 하면서 제3조에서 교환가액을 OOO원으로 규정하고 있는 점, 청구인이 제시한 토지매수요청서 등에 의하면 계약서 작성 이전에 청구인과 매수법인 거래당사자간 거래가액을 협의한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 실지거래가액을 OOO원으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.