가.청구인은 2010.5.19. OOOOO OOOO OOO OOOOOOO OO 179㎡와 동 지상의 주택 연면적 115.14㎡(이하 “쟁점주택부분”이라 한다) 및 상가 연면적 142.42㎡(이하 “쟁점상가부분”이라 하고, 위 대지와쟁점주택부분을 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고, 2010.9.2.쟁점주택부분은 1세대 1주택 비과세로, 쟁점상가부분은 양도소득금액을 198,996,452원으로 하여 양도소득세를 신고하였다가, 2010.11.10. 처분청에 쟁점주택부분과 쟁점상가부분은 분리해서 거래할 수 없는 사실상 하나의 겸용주택으로, 쟁점상가부분 중 주거목적으로 사용한 부분을 포함하면 전체 주택면적이 주택외(상가)면적을 초과하므로 쟁점부동산 전체를 1세대 1주택으로 보아 2010년 귀속 양도소득세 53,873,750원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

나.처분청은 주택외(상가)면적이 주택면적보다 크므로 쟁점상가부분은 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는 것으로 보아 2010.12.14. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1세대 1주택을 판정함에 있어 공부상의 사용용도가 아닌 실지 사용용도에 따라 건물을 구분해야 하며, 쟁점상가부분 중 2층은 여인숙으로 청구인이 사용하였으나, 여인숙의 방 7개(사무실 1개, 객실 6개) 중 사무실과 객실 1개는 청구인 부부와 청구인의 딸인 OOO이 2006년경부터 거주목적으로 사용하고 있었으므로, 이를 주택면적으로 포함시켜 쟁점주택부분과 쟁점상가부분의 면적을 통산할 경우 주택면적이 주택외면적보다 크므로 전체가 1세대 1주택 비과세에 해당함에도, 처분청이 쟁점상가부분에 대하여 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점상가부분의 1층 71.21㎡는 석유류 판매소 등으로 임대하였고, 2층 71.21㎡는 청구인이 1995.2.22.부터 OOOOOO’이라는 상호로 숙박업을 영위하였던 부분으로, 청구인은 2층 여인숙 중 일부를 청구인과 청구인의 딸이 주택으로 사용하였다고 주장하나, 청구인과 OOO이 쟁점상가부분에 거주하였는지 쟁점주택부분에 거주하였는지는 알 수 없고, 쟁점상가부분의 정확한 도면과 사용한 방의 위치 등을 제시하지 못하면서 사무실과 객실 1개를 거주용으로 사용하고 그 면적이 20.35㎡라고 주장하는 것은 전혀 신빙성이 없는 주장이며, 설령 사무실과 객실 1개를 청구인과 청구인의 딸이 사용하였다고 하더라도 사업장의 일부시설을 방으로 사용하였다고 하여 그것을 주택이라고 볼 수 없는바, 처분청이 쟁점상가부분에 대하여 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 주택면적이 주택외(상가)면적보다 큰 것으로 보아 전체에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3.대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

(2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 1995.1.28. OOOOO OOOO OOO OOOOOOO 대지 179㎡와 동 지상의 쟁점주택부분과 쟁점상가부분을 취득하여 2010.5.19. 850,000,000원에 OOO(계약자 OOO)에게 양도하였는바, 쟁점주택부분과 쟁점상가부분은 아래와 같이 별도로 등기되어 있는 것으로 부동산 등기부 등본에 나타난다.

<쟁점주택부분 및 쟁점상가부분 등기 내역>

(2)쟁점주택부분과 쟁점상가부분에 대한 건축물대장상의 용도 및 면적은 아래와 같은바,청구인은 건물이 멸실되어 해당 면적을 확인시킬 수는 없으나, 쟁점상가부분 2층(71.21㎡)에 7개의 방(사무실 1개, 객실 6개)이 있었고, 그 중 방 2개(사무실과 객 1개) 20.35㎡를 주거용으로 사용하여 쟁점부동산의 주택면적은 135.35㎡(115.14㎡+20.35㎡), 주택외(상가)면적은 122.07㎡(142.42㎡-20.35㎡)로 주택면적이 크다고 주장한다.

<쟁점부동산 건축물대장 내역>

(3) 청구인은 쟁점상가부분 중 2층에서 ‘OOOOO’이라는 상호로 1995.2.22.부터 숙박업을 영위하였는바, 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지 부가가치세 신고내역은 아래와 같다.

(4) 청구인은 2010.9.2. 쟁점주택부분은 1세대 1주택 비과세로, 쟁점상가부분는 양도소득금액198,996,452원으로 하여 아래와 같이 양도소득세 53,873,750원을 신고하였다가, 2010.11.10.쟁점부동산 전체가 1세대 1주택에 해당한다고 보아 2010년 귀속 양도소득세 53,873,750원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

<양도소득세 신고내역>

(OO O O)

(5)처분청은 2010.12.14. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였는바, 거부통지서에는 양도물건(OOOOO OOOO OOO OOOOOOO)은 1995.2.22.～2010.5.17. OOOOO을 운영하였으며 주택외(상가)면적이 주택면적보다 크므로 「소득세법」제89조 및 동법 시행령 제154조 제3항 규정에의한 비과세되는 주택에 해당되지 아니하므로 거부 결정하였다고 되어 있다.

(6)청구인은 쟁점부동산의 주택외부분 중 여인숙사무실과 객실 1개를 주거목적으로 사용하였음을 입증하기 위하여OOO 등의 주민등록초본, OOO 등의 사실확인서, OOO 보육료납입증명서·진료비 영수증 및 OOO 진료확인서 등을 제출하였다.

(가) 청구인 및 OOO 등의 주민등록초본에는 청구인 가족이 아래와 같이 쟁점부동산에서 거주한 것으로 되어 있다.

(나) 2008.5.28.～2010.5.12. 쟁점부동산에 주민등록이 되어 있는 쟁점주택부분 임차인 OOO의 2010.9.10.자 확인서에는 쟁점부동산은 쟁점주택부분과 쟁점상가부분이 마당을 사이에 두고 앞·뒤쪽에 있었는데, 쟁점주택부분 1층은 OOO이 임차하였고, 2층은 비어있는 경우가 많았으며, 쟁점상가부분의 1층은 석유판매점과 방앗간이었고, 2층은 청구인 부부와 딸이 함께 거주하였다고 기재되어 있으며, 쟁점부동산 취득자 OOO의 2011.1.12.자 확인서에는 1988년부터 청구인과 이웃에 살면서 보아온바, 청구인은 OOOOO 사무실에서 거주하였고, 2007년 11월에 OOO이 출산후 남편과 딸과 함께 OOOOO 방 하나에서 거주하였다고 되어 있으며, 그 외 OOO 등의 확인서도 비슷한 내용으로 되어 있다.

(다) OOOOOOO 원장 OOO과 OO OOOO OO OOO이 발행한 보육료납입증명서에는 OOOO OOO의 주소가 OOOOO OOOO OOO OOOOOOO로 되어 있고, 사업장소재지가 서울시 OOOO OOO OOOOOO OOOOOOOOOO에서 발급한 진료비 영수증에는 OOO이 2008.5.1.～2010.2.8. 사이에 여러차례 진료를 받은 것으로 되어 있으며, OOO의 진료확인서 등에는 OOO이 서울특별시 OOOO OOO 인근에 소재하는 OOOOOO, OOOOOOOO, OOOOO 등에서 진료를 받은 것으로 되어 있다.

(라) 그 외 청구인은 청구인 부부가 거주한 사무실과 청구인의 딸 OOOO OO OOO이 거주한 방 사진 등을 제출하였다.

(7)위 사실관계와 관계법령 등을 종합하여 보건대, 청구인은쟁점상가부분 중 여인숙사무실과 객실 1개를 주거목적으로 사용하여 쟁점부동산의 주택부분이 주택외부분보다 크므로 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택을 적용하여야 한다고 주장하나, OOO의 사실확인서에 쟁점부동산의 주택부분 2층은 비어있는 경우가 많았다고 하는바 주택부분은 거의 비워두고 여인숙에서 거주하였다는 것은 믿기 어려운 점, 여인숙의 사무실에서 거주하였다고 하더라도 숙박업을 영위하는 사업장을 주택으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때,청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

따라서,쟁점상가부분을 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.