청구인은 ’89.11.1 청구외 OOO과 청구인 소유의 경기도 군포시 OO동 OOOOO외 2필지 토지 5,656㎡, 위 지상 주택 99.62㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 청구인이 대표이사로 재직중인 청구외 OO산업주식회사 소유의 위 지상 공장건물 1,052.88㎡에 관하여 매매가액을 1,125,000,000원으로, 잔금지급일을 ’90.2.28로 하는 내용의 매매계약을 체결한 후 계약금 및 중도금 일부를 지급받고, ’90.2.17 청구외 OOO이 2차 중도금 일부와 잔금지급을 지체한다는 이유로 매매계약해제 통보를 하였다가 청구외 OOO이 제기한 소유권이전등기소에 관하여 대법원의 확정판결이 있자 ’94.9.29 잔금을 지급받고 ’94.10.12 쟁점부동산의 소유권을 청구외 OOO 앞으로 이전등기하였다.

처분청은 쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기일인 ’94.10.12로 판단하고 ’94년 개별공시지가에 의하여 쟁점부동산의 양도가액과 양도차익을 산정한 다음, ’96.3.16 청구인에게 ’94년 귀속 양도소득세 548,614,480원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’96.5.1 심사청구를 거쳐 ’96.6.15 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

소득세법시행령 제53조 제1항에서 자산의 취득 또는 양도시기는 대금을 청산한 날로 함을 원칙으로 하되 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하도록 규정하고 있는 바, 이건의 경우 매수인인 청구외 OOO이 2차 중도금 30,000,000원과 잔금지급을 지체하므로 분쟁이 발생되었고, 매수인이 ’90.5.17 소송을 제기함에 따라 부득이 ’94.10.12에야 소유권이전등기를 하게된 것이므로, 쟁점부동산의 양도시기는 대금청산일이 분명하지 아니한 경우로 보아 매매계약서상의 잔금 지급약정일인 ’90.2.28로 보는 것이 쟁점부동산의 시가에 비추어 실질과세원칙에 부합된다고 할 것이며,

또한, ’89.11.1 매매계약을 체결하고 ’90.2.28 잔금을 지급받기로 약정한 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 ’94.10.12 소유권이전등기되었다 하여 ’94년의 개별공시지가에 의하여 과세함은 계약시에는 예측불가능한 후일의 세법으로 과세함으로써 납세자의 재산권이 부당하게 침해되는 것이므로 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인이 주장하는 잔금지급약정일인 ’90.2.28이 실제 매매계약서상의 잔금지급약정일인지 여부는 별론으로 하더라도 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호에서 자산의 양도시기는 대금을 청산한 날이 불분명하고 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기접수일로 한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 잔금지급약정일(’90.2.28)로부터 등기접수일(’94.10.12)까지의 기간이 1월을 초과한다는 이유로 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일로 하여 쟁점부동산의 양도차익을 계산한 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구의 다툼은 매매계약체결시 ’90.2.28 잔금을 받기로 약정하였으나 매수인과의 분쟁으로 ’94.9.29 잔금을 지급받고 ’94.10.12 소유권이전등기를 한 쟁점부동산의 양도시기를 ’90.2.28로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제27조(’94.12.22 전면개정되기 전의 것)에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』라고 규정하고 있으며,

같은 법시행령 제53조 제1항(’94.12.31 전면개정되기 전의 것)에서 『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다』고 규정하면서, 그 제1호에서 『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 ’89.11.1 청구외 OOO과 체결한 쟁점부동산에 관한 매매계약서, 청구외 OOO이 제기한 소유권이전등기소의 확정판결문(93다47615, ’94.5.10 대법원 선고), 쟁점부동산의 등기부등본 등을 종합하여 보면, 청구인은 ’89.11.1 청구인 소유의 쟁점부동산과 청구인이 대표이사로 재직중인 청구외 OO산업주식회사 소유의 공장건물 1,052.88㎡를 청구외 OOO에게 1,125,000,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 150,000,000원은 계약당일 지급받고, 1차 중도금 100,000,000원은 ’89.11.30까지, 2차 중도금 100,000,000원은 ’89.12.26까지, 잔금 775,000,000원은 ’90.2.28까지 지급받기로 약정하고, ’90.2.17 계약금 및 1차 중도금을 지급받은 상태에서 2차 중도금 일부와 잔대금지급 채무불이행 이유로 청구외 OOO에게 매매계약해제통보를 하였다가 ’94.5.10 대법원에서 청구외 OOO이 ’90.,5.17 청구인을 상대로 제기한 쟁점부동산에 관한 소유권이전등기소에 대하여 『잔대금을 지급받음과 동시에 소유권이전등기절차를 이행하라』는 취지의 판결을 하자 ’94.9.29 청구외 OOO으로부터 잔금을 지급받고 ’94.10.12 쟁점부동산에 관한 소유권이전등기를 하였음이 확인된다.

(2) 청구인은 매수인이 매매대금지급을 지체함에 따라 분쟁이 발생되었고 그에 따라 소유권이전등기를 ’94.10.12 경료하게 되었으므로, 쟁점부동산의 양도시기는 당초 계약서상의 잔금지급약정일인 ’90.2.28로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(3) 그런데 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호에서 부동산의 양도시기는 원칙적으로 대금청산일로 하고, 대금청산일이 불분명한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하되 그 잔금지급약정일로부터 등기접수일 까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기접수일로 하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 ’94.9.29 매매대금이 청산된 것임이 확인되므로 쟁점부동산의 양도시기는 대금청산일인 ’94.9.29로 보아야 할 것이며, 따라서 쟁점부동산의 양도소득세는 ’94년 개별공시지가에 의하여 산정한 양도가액과 양도차익에 의하여 산정해야 할 것이다.

한편, 처분청이 쟁점부동산의 대금청산일이 불분명한 것으로 보아 양도시기를 소유권이전등기 접수일인 ’94.10.12로 판단한 것은 잘못이지만 쟁점부동산의 양도가액을 ’94년 개별공시지가에 의하여 산정함으로써 양도차익과 양도소득세 계산에는 달리 잘못이 없으므로, 결국 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.