가.청구법인은 2002.1.4. 설립되어 독일법인인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)가 발행주식의 전부를 소유하고 있는 외국인투자기업이고,「조세특례제한법」(이하 “조특법” 이라 한다) 제121조의2 제1항에 따른 감면대상인 외국인투자 중 고도기술 수반사업인 TFT-LCD용 액정 제조업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 아래 ＜표1＞ 기재와 같은 투자 및 증자의 등기를 하였는데, 2004.12.27. 외국인투자로 신고한 OOO억원에 대하여 2004.12.30. 기획재정부장관(구 재정경제부장관)에게 2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정되기 전의 조특법(이하 “2003년 개정전 조특법”이라 한다) 제121조의2 제2항에 따라 사업개시일부터 7년간 100%, 그 이후 3년간 50%를 감면기간 및 감면율로 하는 조세감면신청(이하 “쟁점감면신청”이라 한다)을 하여, 2005.1.21. 기획재정부장관으로부터 그 감면결정의 통보(이하 “쟁점감면결정”이라 한다)를 받았고, 2005.1.27. 이와 관련한 2차 유상증자(OOO억원)의 등기를 하였다.

한편 청구법인은 2007.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 한 ‘쟁점감면결정분의 조세감면 기간 및 감면율은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용되고, 동 감면결정일부터 3년 이내의 증자분에 대해서는 위 감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다’는 내용의 회신에 근거하여, 2008.1.15. 3차로OOO억원(이하 “쟁점증자”라 한다)을 유상증자하면서 기획재정부장관에게 별도의 조세감면신청을 하지 아니하였으며, 해당 증자분과 관련한 법인세 및 배당금(외국투자가에 대한 것)에 대하여 2008년～2014년 기간 동안 100%, 2015년～2017년 기간 동안 50%의 감면을 적용하여 법인세(원천세 포함)의 신고를 하였고, 2014년 11월 OOO에게 배당금OOO만원(이하 “쟁점배당금”이라 한다)을 지급하면서 감면비율을 계산할 때 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 100%로 보아 2014년 12월 원천징수분 법인세 신고를 하였다.

OOO

다.OOO지방국세청장이 청구법인에 대하여 신고사후검증을 하면서 2015.2.23. OOO에게 한 ‘조세감면 신청 및 결정절차가 면제된 쟁점증자분은 그 자본증자변경등기일인 2008.1.15. 이후 해당 증자분 감면사업에서 최초로 발생된 소득분부터 감면적용이 되는 것이고, 감면기간 및 감면율은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 5년간 100%, 그 이후 2년간 50%가 감면된다’는 내용의 회신에 따라 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 50%(2008년～2012년 기간 동안 감면율 100% 적용)로 보고 청구법인이 쟁점배당금에 대한 법인세(원천세) 신고시 적용한 해당 감면율(100%)과의 차이 상당액에 대하여 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2018.2.12. 청구법인에게 2014년 11월 원천징수분 법인세 OOO 포함)을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점감면신청의 시기(2004.12.30.)는 조세감면의 기간 및 비율을 5년간 100%, 2년간 50%로 규정한 2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정된 조특법(이하 “2003년 개정된 조특법”이라 한다) 제121조의2 제2항의 시행일인 2005.1.1. 이전이므로 쟁점증자에 대하여 2003년 개정전 조특법의 같은 조항에 따라 7년간(2013년을 포함한 2008년～2014년)100%의 감면율이 적용되는 것으로 보아야 한다.

첫째, 관련 법률의 해석상 쟁점증자에 대한 100%의 감면율이 적용되는 기간을 7년으로 보아야 한다.

조세법률주의 원칙에 따라 조세법은 엄격하게 해석․적용되어야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 아니하므로(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 판결) 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항 및 그 부칙 제27조의 ‘신청시’를 엄격하게 해석․적용하여야 하고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2008.2.14. 선고 2007두21242 판결 등), 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 적용시기를 규정한 부칙 제27조에서 “신청시”를 기준으로 해당 조문을 적용하는 이유는 조세감면 신청시에 적용되는 법률에 의한 감면기간 및 감면율에 대한 납세자의 신뢰를 보호해주고 예측가능성을 보장해주기 위한 것으로, “신청시”라는 의미를 엄격하게 해석하여야 할 것이다.

청구법인은 쟁점증자의 조세감면 신청시기는OOO억원의 외국인투자신고 금액에 대한 조세감면을 신청한 2004.12.30.이라 할 것이므로 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따라 감면기간 및 감면율을 ‘7년간 100%, 3년간 50%’로 적용하여야 하고, 처분청의 의견과 같이 2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 조특법(이하 “2005년 개정된 조특법”이라 한다) 제121조의4 제4항에 따라 별도의 감면신청이 없었던 쟁점증자에 대해서 쟁점증자의 시기에 새로운 조세감면신청이 있었다고 의제하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 감면기간 및 감면율을 ‘5년간 100%, 2년간 50%’로 볼 수는 없다 할 것이다.

둘째, 쟁점증자의 조세감면 신청시기를 2005.1.1. 이후로 의제할 법률적 근거가 없다.

‘감면신청’과 ‘증자’는 전혀 다른 법률행위이므로 처분청의 의견과 같이 증자를 감면신청으로 의제한다면 감면신청 및 증자의 각 행위가 동시에 일어나지 아니할 경우에는 법 적용의 문제가 발생할 수밖에 없는바, 쟁점증자시 조세감면신청을 한 것으로 해석하기 위해서는 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항 신설시 ‘감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 증자등기일에 제121조의2 제6항에 따른 감면신청을 하여 감면결정을 받은 것으로 본다’라고 규정하거나, 해당 규정의 적용시기를 규정한 부칙 제31조에 ‘증자등기일을 신청한 날로 의제’하는 문구를 명시했어야 하나, 그 신설당시 이러한 경과조치 성격의 규정을 두지 아니한 채로 사후에 해석으로 위 처분청 의견과 같이 해석․적용하는 것은 위법하며, 이는 법제처가 발간한 ‘법령 입안․심사 기준’을 보면 제5장 부칙 중 ‘나. 적용례와 경과조치의 구별’(545쪽)에서 ‘적용례를 두지 아니하는 경우 해당 행정청은 이를 갈음하는 합리적인 기준을 설정하여 업무를 수행할 수 있지만, 경과조치를 두지 아니한 경우에는 해당 행정청이 이에 갈음하는 조치를 할 수 없다’고 기재된 것을 통하여 입증된다.

OOO

실제로 외국인투자에 대한 조세감면 규정인 조특법 제121조의2 및 제121조의4 규정을 적용함에 있어서 별도의 경과조치로 감면신청일을 의제한 개정사례도 있을 뿐만 아니라 입법시 지속적으로 ‘신청’과 ‘증자’의 의미를 엄격하게 구분하였다.

OOO

더욱이 처분청이 같은 쟁점으로 청구법인에게 법인세를 부과한 처분과 관련한 1심 판결(OOO판결)에서 법원은 ‘처분청이 쟁점감면신청 이후에 신설된 것으로서 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항을 적용하여 쟁점증자에 관한 등기일을 감면신청일로 의제하여 해당 규정을 적용하는 것은 조세법률 불소급의 원칙에 반하고, 위 감면신청시 시행되던 것으로서 2003년 개정전 조특법에서 조세감면의 신청 및 그 결정 후 실제로 투자가 이루어져야 하는 시기 또는 투자 횟수에 관한 규정이 존재하지 아니하며 쟁점감면결정의 내용, 다른 감면결정의 사례들 및 의무가 불분명할 경우 작성자에게 불리하게 제한해석하여야 한다는 불명료의 원칙에 비추어 보면 위 감면결정서에 기재된 ‘증자를 할 경우 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 문언을 ‘조세감면 결정을 받은 금액을 초과하여 증자하는 경우에는 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 의미로 해석하는 것이 타당하다고 판시하였다.

셋째, 처분청의 이 건 처분은 2007년 기획재정부의 견해표명에 반하므로 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

①과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ②납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우에는 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되므로 이에 반하는 과세관청의 과세처분은 위법한 처분이 된다 할 것이다(대법원 1995.6.16. 선고 94누12159 판결, 국세기본법 집행기준 15-0-2 등 다수).

청구법인은 ①2007.6.29. 기획재정부장관에게 보낸 질의서에 2004.12.27. 증액투자의 신고를 하여 2004.12.30. 감면신청(쟁점감면신청)한 총OOO억원의 증자에 대한 조세감면의 기간 및 감면율을 기재하여 질의하였고(질의1), 이에 대하여 기획재정부장관으로부터 ‘7년간 100%, 3년간 50%’의 감면기간 및 감면율이 적용되는 것은 증자금액이 아닌 조세감면의 결정을 받은 건’으로 회신받은 점, 총 OOO억원의 증자와 관련한 쟁점감면결정의 통지일(2005.1.21.)부터 3년 이내에 증자(질의당시 기증자한OOO억원 이내)하는 경우 별도의 조세감면 신청없이도 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있는지를 질의하였고, 이에 대하여 ‘별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있는 것’으로 회신받은 점을 볼 때, 위 기획재정부장관의 회신은 쟁점감면결정 통지의 대상인 총 OOO억원 한도 내의 3년 이내 증자분에 대해서는 2003년 개정전 조특법 제121조의2가 적용된다는 입장을 표현한 공적인 견해표명에 해당하고, ②청구법인이 이러한 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대한 귀책사유가 없음이 명백하고, ③이러한 신뢰로 쟁점감면결정일(2005.1.21.)부터 3년 이내에 쟁점증자(2008.1.15.)를 하였는바, 동 증자에 대하여 별도로 조세감면을 신청하지 아니하고 동 증자일부터 7년간 100%, 이후 3년간 50%의 감면기간 및 감면율을 적용하였으나, ④처분청이 위 기획재정부장관의 해석과 상반되게 쟁점증자에 대하여 ‘5년간 100%, 2년간 50%를 적용한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

넷째, 이 건 처분은 외국인투자의 활성화에도 위배된다.

기획재정부가 2005년 개정된 조특법 등과 관련하여 발간한 간추린 개정세법에 의하면 개정된 같은 법 제121조의4는 ‘증자에 대한 조세감면신청절차를 간소화함으로써 외국인투자 활성화를 지원’하기 위한 것인바, 단순히 조세감면의 신청 및 결정의 절차만을 간소화하는 것만으로는 외국인투자를 촉진하는 효과를 달성하기 어렵고, 이러한 효과는 외국투자가가 감면신청당시 신뢰한 조세감면의 혜택이 유지되어야만 지속가능한 점을 감안할 때 쟁점증자시 청구법인과 외국투자가인 OOO이 기획재정부의 공적인 견해표명을 신뢰하고OOO이라는 쟁점증자를 한 것에 대하여 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따른 감면기간 및 감면율을 적용하여야 한다.

(2)설사 쟁점증자의 감면기간 및 감면율을 ‘5년간 100%, 2년간 50%’로 보더라도 청구법인이 그 감면기간 등을 다르게 적용한 것은 기획재정부의 공적인 견해표명을 신뢰한데 기인하므로 청구법인이 관련된 법인세(원천세) 신고 의무를 해태한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 관련된 가산세를 면제하여야 한다.

「국세기본법」제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 정당한 사유가 있으면 가산세 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 세법상 가산세는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 부과할 수 없으므로 과세관청이 국세청장의 질의회신에 근거한 납세자의 감면신청을 받아들인 후 뒤늦게 과세처분 한다면 납세자가 세금 납부의무를 알지 못한 데 정당한 사정이 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다 할 것이며(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결), 청구법인이 쟁점증자에 대한 감면기간 및 감면율의 적용을 위하여 미리 직접 기획재정부장관에게 질의하여 그 회신에 따라 해당 감면기간 및 감면율을 적용하였는바, 감면세액을 적법하게 신청하기 위하여 최선의 노력을 다하였으므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없으므로 관련 가산세는 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점감면신청․결정의 대상은 2005.1.27. 증자한 OOO억원에 한정되고 쟁점증자에 대해서는 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항이 적용되지 아니하므로 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 5년(2013년을 제외한 2008년～2012년) 동안만 100%의 감면율이 적용되는 것으로 보아야 한다.

첫째, 관련 법률의 해석상 쟁점증자에 대한 100%의 감면율이 적용되는 기간을 5년으로 보아야 한다.

2003년 개정전 조특법의 감면기간 및 감면율(7년간 100%, 5년간 50%)을 적용받는 쟁점감면신청․결정의 범위는 청구법인이 2005.1.27. 등기한 OOO억원의 증자에 한해서만 유효하다 할 것이다.

또한 기획재정부는 쟁점감면결정을 하면서 청구법인이 총OOO의 외국인투자신고금액에 대하여 쟁점감면신청을 한 것에 대하여 ‘향후 증자시 별도의 조세감면신청을 하여야 함’을 명시하였으므로 해당 감면결정으로 위 투자신고금액 중 일부만 증자된 경우에는 향후 나머지 증자에 대하여 별도로 감면신청을 하는 것이 당연한 점, 2003년 개정전 조특법 제121조의4 제1항에서 증자에 대한 조세감면에 대하여 일반적인 외국인투자에 감면규정인 제121조의2를 준용하여 그 신청을 하도록 규정한 점, 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제1항에서 조세감면의 신청 및 결정을 하지 아니하도록 하는 요건으로 외국인투자신고 후 ‘최초’의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우로 규정하였으므로 그 개정 후에도 외국인투자신고 후에도 1회가 아니라 수회에 걸쳐 조세감면의 결정을 받을 수 있음을 전제로 한 점 등을 볼 때 쟁점증자는 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제1항의 적용대상이 아니고, 그렇다면 설사 해당 증자OOO억원)가 쟁점감면결정 당시의 전체 외국인투자신고금액(OOO억원) 이내라 하더라도 동 증자에 대하여 별도로 조세감면의 신청이 필요하였다 할 것이다.

둘째, 쟁점증자의 조세감면 신청시기를 2005.1.1. 이후로 의제할 법률적 근거가 있다.

2005년 개정된 조특법에 대한 기획재정부의 간추린 개정세법에 의하면 같은 법 제121조의4 제4항에서 ‘외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우’에 감면신청의 절차를 면제하도록 규정하였고, 이는 ‘외국인투자신고 후 조세감면의 결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우 증자시마다 증자분에 대한 조세감면의 결정을 받도록 현행 제도를 개선하는 것’이 취지인바, 그 개정 전에는 증자의 규모가 외국인투자신고의 금액 이내라도 증자시마다 조세감면의 신청․결정이 필요하였음을 알 수 있고, 그 취지는 조세감면의 절차를 간소화하겠다는 것이지 설사 쟁점증자가 위 개정규정의 적용대상이라 하더라도 당초에 적용될 수 없는 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따른 감면기간 및 감면율을 적용하는 혜택이 부여된다고 해석할 수는 없다 할 것이다.

또한 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항은 그 개정당시 2005년 개전된 조특법 제121조의4 제4항에 따른 감면신청 면제․결정의 절차가 없었던 것으로, 같은 법 부칙 제27조에서 조세감면의 신청을 전제로 규정한 점을 볼 때 그 시행일인 2005.1.1. 이후 감면신청의 절차를 거쳐야 하는 증자분에 대하여 2003년 개정전 조특법 제121조 제2항의 감면기간 및 감면율(7년간 100%, 5년간 50%)을 적용하려 한 것이 아님을 알 수 있으므로 2005.1.1. 이후에 등기된 쟁점증자에 대해서는 2003년 개정된 조특법 제121조 제2항에서 규정한 감면기간 및 감면율(5년간 100%, 2년간 50%)이 적용되는 것으로 보아야 한다.

참고로 청구법인은 2004.12.30. 쟁점감면신청으로 2005.1.21. 쟁점감면결정을 받은 후 2005.1.27. 2차 증자(OOO억원)를 하였으므로 그 이후에 외국인투자신고금액OOO억원 중 나머지의 범위에서 증자(예컨대 쟁점증자)를 실시하더라도 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항이 적용되지 아니하므로 해당 증자에 대하여 조세감면을 신청하였어야 했다.

한편 청구법인은 같은 쟁점의 법인세 부과처분과 관련한 1심 판결(OOO 판결)을 이유로 이 건 처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 위 처분청 의견을 감안할 때 위 1심 판결은 법원의 최종적인 판단이 아닌 이상 청구법인의 의견을 수용하기는 어렵다.

셋째, 처분청의 이 건 처분은 2007년 기획재정부의 질의회신에 반하지 아니한다.

청구법인이 기획재정부장관에게 질의한 2007.6.29. 당시에는 쟁점감면결정(2005.1.21.)의 대상인 외국인투자신고금액 OOO억원의 증자(2005.1.27.)만이 이루어졌고 2008.1.15. 등기된 쟁점증자 OOO원이 이루어지기 전이었는바, 기획재정부가 한 위 질의에 대한 회신에서 ‘2005.1.21.자로 조세감면결정을 받은 건에 대하여 7년간 100%, 3년간 50%의 감면이 적용된다’고 기재한 것은 위 2005.1.27. 등기된OOO억원의 증자에 한정되고, ‘쟁점감면결정일인 2005.1.21.부터 3년 이내의 증자분에 대해서는 그 감면결정시 확인된 외국인투자금액의 범위 안에서 별도로 조세감면의 신청없이 감면결정을 받은 것으로 본다’는 회신내용은 위 질의일인 2007.6.9.부터 쟁점감면결정일 이후 3년이 되는 날인 2008.1.20.까지의 기간 동안 증자하는 경우 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면의 신청절차가 면제된다는 의미로 보아야 하는 점, 기획재정부가 2015.2.23. 국세청장에게 보낸 회신문에서 쟁점증자에 대하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 감면기간 및 감면율이 적용되는 것으로 유권해석한 점 등을 볼 때 처분청에서 쟁점증자에 대하여 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항에 따른 조세감면신청의 대상이 아니고 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따른 감면기간 및 감면율이 적용된 것으로 본 것은 2007년 기획재정부의 질의회신에 반하지 아니한다.

또한 청구법인은 2004.12.30. 외국인투자신고한 금액인OOO억원에 대하여 2014.12.30. 쟁점감면신청을 하여 2005.1.21. 기획재정부로부터 쟁점감면결정의 통지를 받았으나 2005.1.27. 위 OOO억원만 증자하여 등기하였는바, 만약 쟁점감면신청의 대상금액인 OOO억원이 진정한 외국인투자금액이었다면 2007년 기획재정부의 질의회신이 아니라 청구법인 및 외국투자가의 투자계획에 따른 것이라 할 것이므로 신의성실원칙과는 무관한 것으로 보아야 한다.

(2)청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 인정하기는 어렵다.

쟁점감면신청을 할 당시(2004.12.30.)에 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항이 2005.1.1. 시행될 것을 알고 있었던 청구법인은 조만간에 증자할 OOO억원을 외국인투자금액으로 하여 해당 감면신청을 한 점, 쟁점감면결정에서 ‘증자시 해당 증자분에 대한 조세감면을 받기 위해서는 조특법 제121조의4에 따라 별도로 조세감면의 신청을 하여 그 감면결정을 받아야 한다’고 기재되어 있는바, 청구법인으로서는 2005.1.1. 이후 새로운 증자를 하는 경우 이에 대하여 별도의 감면신청이 필요하고 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 감면기간 및 감면율이 적용된다는 사실을 알 수 있었던 점, 청구법인이 2007.6.29. 기획재정부장관에게 내용이 불분명한 질의를 하여 그 회신을 청구법인에게 유리하게 해석하고 있는 점 등을 볼 때 처분청에서 청구법인이 쟁점증자와 관련하여 쟁점배당금의 감면기간 및 감면을 잘못 적용한데 대하여 청구법인에게 법인세(원천세)를 부과함에 있어 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

① (주위적 청구) 2008.1.15. 등기된 쟁점증자에 대하여 적용되는 감면기간과 감면율이 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전 조특법 제121조의2 제2항의 ‘7년간 100%, 3년간 50%’인지 아니면 그 개정 후 같은 조항의 ‘5년간 100%, 2년간 50%’인지 여부

② (예비적 청구) 설사 후자로 보아 청구법인이 감면율을 50%로 잘못 적용한 연도의 외국투자가에 대한 배당금에 대하여 법인세를 부과할 때 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 볼 수 있는지 여부

나.관련 법률

(1)조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정되기 전의 것)

제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] ② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(중략)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(중략)에 외국인투자비율(중략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정된 것)

제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] ② 「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(중략)부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(중략)에 외국인투자비율(중략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

부칙(법률 제7003호, 2003.12.30.)

제1조[시행일] (중략) 제121조의2 제2항 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며(이하 생략).

제27조[외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례] 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 일부개정된 것)

제121조의4[증자의 조세감면] ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다.(이하생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.

부칙(법률 제7839호, 2005.12.31.)

제1조[시행일] 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제31조[증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례]제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다.

(4)조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것)

제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] ③ 「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제5호에 따른 외국투자가(이하 이 장에서 "외국투자가"라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)에서 생기는 배당금 또는 분배금(이하 이 조에서 "배당금등"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항에 따라 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(5) 국세기본법

제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제48조[가산세 감면 등]① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다.사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2004.12.27. 외국인투자로 신고한OOO억원에 대하여 2004.12.30. 기획재정부장관에게 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따라 사업개시일부터 7년간 100%, 그 이후 3년간 50%를 감면기간 및 감면율로 하는 쟁점감면신청을 하여, 2005.1.21. 기획재정부장관으로부터 쟁점감면결정의 통보를 받았고, 2005.1.27. 이와 관련한 2차 유상증자(OOO)를 거쳐, 2007.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 한 회신에 근거하여, 2008.1.15. 쟁점증자를 하면서 기획재정부장관에게 별도의 조세감면신청을 하지 아니하였으며, 해당 증자분과 관련한 법인세 및 배당금(외국투자가에 대한 것)에 대하여 2008년～2014년 기간 동안 100%, 2015년～2017년 기간 동안 50%의 감면을 적용하여 법인세(원천세 포함)의 신고를 하였고, 2014년 11월 OOO에게 쟁점배당금을 지급하면서 감면비율을 계산할 때 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 100%로 보아 2014년 12월 원천징수분 법인세 신고를 하였으나, 중부지방국세청장이 청구법인에 대하여 신고사후검증을 하면서 2015.2.23. 기획재정부장관이 국세청장에게 한 회신에 따라 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 50%로 보고 청구법인이 쟁점배당금에 대한 법인세(원천세) 신고시 적용한 해당 감면율(100%)과의 차이 상당액에 대하여 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청이 납부불성실가산세OOO을 포함하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 양측이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 조특법 제121조의2에 따른 외국인 투자감면 대상고도기술 수반사업인 TFT-LCD용 액정(Liquid Crystal) 제조사업을 영위하기 위하여 핵심소재의 개발 및 생산을 위한 설비투자가 필요하였으며, 이에 따라 동 사업을 위하여 아래 ＜표4＞ 기재와 같은 절차로 관련된 투자를 진행하였다.

(나) 2005.1.21. 기획재정부장관(구 재정경제부장관)이 청구법인에게 통보한 쟁점감면결정의 내용은 아래와 같다.

(다) 2007.6.29. 청구법인이 기획재정부장관에게 질의하고, 2017.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 회신한 내용은 아래와 같다.

(라)2015.2.23. 기획재정부장관이 국세청장에게 회신한 유권해석의 내용은 아래와 같다.

(3) 관련 법률의 개정취지는 아래와 같다.

(가) 2003년 개정된 조특법에 대한 간추린 개정세법

(나) 2005년 개정된 조특법에 대한 간추린 개정세법

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여,

(가) 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점감면신청일이 외국인투자에 대한 감면기간과 감면율을 ‘7년간 100%, 5년간 50%’로 규정하던 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항의 시행시기였고, 2007.7.16. 기획재정부에서 청구법인에게OOO억원의 외국인투자신고금액과 관련한 쟁점감면결정에 대하여 해당 감면기간과 감면율이 적용되는 것으로, 그 결정통지일(2005.1.21.)부터 3년 이내의 증자에 대해서는 별도의 조세감면신청이 없다 하더라도 감면결정받은 것으로 볼 수 있다고 회신하였다는 등의 이유로 2008.1.15. 등기된 쟁점증자에 대하여 ‘7년간 100%, 5년간 50%’을 적용하여야 한다고 주장하나,

2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에서 감면기간과 감면율을 축소(‘7년간 100%, 5년간 50%’ → ‘5년간 100%, 2년간 50%’)한 것이 경쟁국의 조세감면기간(5년) 등을 고려하여 지원기간을 합리적으로 조정하기 위한 것이고, 등기되는 증자별로 감면신청과 감면결정을 받아야 하는 쟁점감면신청 당시의 감면절차에 의하면 2008.1.15. 등기된 쟁점증자는 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 축소된 세액감면을 받는 것이 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 입법취지에 부합하는 점, 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항은 증자시마다 조세감면을 신청하고 그 결정을 받도록 되어 있는 기존의 절차를 간소화하려는 것이지, 조세감면을 증자 후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%로 확대하려는 취지가 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 쟁점증자는 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 조세감면을 적용받는 것이 타당하다 하겠다.

또한 2007년 기획재정부가 청구법인에게 보낸 질의회신문에는 ‘귀 사가 OOO(2005.1.21.)로 조세감면 결정을 받은 건의 조세감면 기간은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용’되는 것으로 기재되어 있으나, 2005.1.21. 한 쟁점감면결정은 2차 유상증자(등기일 : 2005.1.27.)에 대한 것으로, 그 간주요건이 완성되는 2008.1.15. 등기완료시에 쟁점증자에 대한 새로운 감면결정이 있는 것으로 보는 것이 합리적이므로 위 질의회신문을 쟁점증자에 대하여 증자 후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%의 조세감면이 적용된다는 공적 견해의 표명이라고 보기는 어려운 점, 청구법인의 2007년 감면기간과 감면율에 대한 ‘질의 1’에는 쟁점증자를 특정하거나 2006년 이후 증자분에 대한 질의라고 볼 수 있는 내용이 없어 그 회신내용도 단순한 원칙을 표명한 것으로 보는 것이 타당한 점, 기획재정부는 2015.2.23. 과세기준자문신청에 대한 회신에서 쟁점증자에 대하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항이 적용된다고 유권해석한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 주장과 다르게 쟁점증자에 대하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 ‘증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%’의 조세감면을 적용하는 것을 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 볼 수는 없다 하겠다.

(나) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 2007년 기획재정부가 청구법인에게 한 질의회신을 신뢰하여 쟁점증자의 감면기간과 감면율을 ‘7년간 100%, 3년간 50%’로 적용하였는바, 설사 그 적용이 잘못되었다 하더라도 법인세 신고 의무를 해태한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 2003년 개정된 조특법의 시행일(2005.1.1.) 직후인 2005.1.21. 쟁점감면결정의 통보공문에서 ‘추가 증자시 별도의 감면신청과 감면결정을 받아야 한다’는 내용이 포함되었으므로 당시 청구법인이 이미 그 이후의 증자분에 대하여는 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항이 적용된다는 사실을 알고 있었던 것으로 보이는 점, 2007년 기획재정부의 질의회신을 쟁점증자에 대하여 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따른 ‘7년간 100%, 3년간 50%’의 감면기간과 감면율을 적용한다는 내용으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인에게 쟁점증자에 대한 법인세 신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었던 것으로 보기는 어려우므로 가산세를 면제할 사유에 해당한다고 보기도 어렵다 하겠다.

(다) 따라서 처분청에서 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 쟁점증자의 감면기간과 감면율을 ‘5년간(2008년～2012년) 100%, 2년간(2013년․2014년) 50%’로 보아 청구법인이 쟁점배당금의 감면비율을 계산할 때 적용한 2013년의 감면율 100%를 부인하고 50%만 적용하여 청구법인에게 그 차이 상당액만큼 법인세(원천세) 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.