가. 학교법인 OOO(이하 “청구인”이라 한다)은 청구인이 설치·운영하고 있는 학교 중 하나인 OOO의 교사 이전을위해 서울특별시 OOO 소재 토지에 지하1층 지상6층연면적 14,628.95㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 2009.2.6. 신축취득 후 2009.7.22. 교육연구목적시설로 신고하여 지방세법(2010.3.31.법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 비과세 받았다.

나. 처분청은 2011.9.23. 비과세·감면 부동산에 대한 적정 사용여부에 대하여 현지 확인결과 이 건 부동산 중 482.34㎡(OO OOOOOOO OOOOOOOO OO OOOO OOO OOOOOO, OO OOOOOOOOO OO)를 OOO의 교회와 2010.12.28. 대부계약을 체결하고임대한 사실을 확인하고, 2011.10.17. 취득세와 등록세 및 2011년 귀속재산세(토지·건물분)를 과세예고하자,

청구인은 2011.11.2. 과세전적부심을 청구하였으나 불채택 결정되었고, 이에 따라 처분청은 2011.12.10. 취득세 OOO,농어촌특별세 OOO, 등록세OOO과 2011년도 귀속분 재산세(토지·건물분) OOO, 합계 OOO을 부과고지 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO의 교사 이전을 위하여 이 건 부동산을2009.2.6. 신축 취득하여 사용하던 중 쟁점건축물을 OOO의 교회에임대한 사실은 있으나,

이는 고유목적사업인 학교교육사업에 지장이 없는 범위 안에서 인근주민의 편리를 위하여 OOO의 교회에 임대한 것이고, 그 수입금의 전액을 고유목적사업인 학교교육사업에 충당하였고, 쟁점건축물의 배타적 사용 권리를 OOO의 교회에 부여한 사실이 없음에도 쟁점건축물을 학교교육사업용 부동산으로 보지 않고 기 비과세한 취득세와 등록세 및 재산세를 추징한 것은 부당하므로 이는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 지방 세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호의 단서에서 ‘수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에대하여 취득세와 등록세를 부과한다’라고 규정하고 있고, 2011년 귀속재산세의 적용 법인 지 방세특례제한법 제41조 제2항의 단서에서는 ‘수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세와 지역자원시설세를 면제하지 아니한다’라고 규정하고 있다.

(2) OOO의 교회가 쟁점건축물을 고유목적사업인 학교교육에 지장이 없는 범위 안에서 제한적으로 사용하고 있고 그 수입금은 전액 고유목적사업비에 충당하였기 때문에 수익사업에 해당하지 않는다는 청구인의 주장을 살펴보면,

부동산 임대행위가 지방 세법 제107조 제1호, 제127조 제1항, 지 방세특례제한법 제41조 제2항, 법인세법 제3조 제2항 규정에서 말하는수익사업으로서의 부동산임대업에 해당하는지 여부는 그 임대행위가수익을 목적으로 함은 물론, 그 규모·횟수·태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 가려야 할 것인바OOO,

2010.12.28. 청구인과 OOO의 교회와 체결한 대부계약서에서 계약기간은 1년(2011.1.1.～2011.12.31.)이나 1개월 전 재계약 의사를표현하면 연장 가능하고, 연간 총 OOO의 임대사용료를 1월, 4월, 7월, 10월에 분할 선납 받고, 연체할 경우 연체기간에 대하여 연 15%의 연체율을 적용한 연체료를 추가 수납하고, 분기별 임대사용료에는 전기요금, 수도요금 미포함 조건 등으로 임대한 사실 등을미루어 보면 이는 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 부동산임대업으로 인한 수익사업에 해당된다고 볼 수 있다.

(3) 또한, 임대 면적을 다양한 교육 목적에 사용할 수 있도록 의자를 고정식이 아닌 이동식으로 하였고 임차인에게 배타적 사용권을부여한 사실이 없기 때문에 청구인이 쟁점건축물을 직접 사용하고 있다는 주장하나,

직접 사용하는 부동산인지 여부는 당해 부동산의 실제사용관계,법인의 목적, 고유 업무 수행과의 연관성 등을 종합하여 판단하여야 할것이므로(OOO OOOOOOOOOO OO, OOOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOO OO, OOOOOOO OO OO),

쟁점건축물의 사용현황은, 1층 평생교육관은 입구에 OOO의교회를 나타내는 표시가 있는 별도의 출입문을 통하여 출입하고 있고, 예배실에는 종교행사에 걸맞게 십자가가 벽에 고정으로 부착되어 있고, 교단과 의자 등이 구비되어 있는 점, 예배실 안쪽 공간에 교회전용 방송실과 신도들의 아이를 보호하기 위한 공간을 설치·사용하고 있는 점, 2층 체육관 내 탈의실을 교회사무실로 개조하여 사용하고 있는 점 등을 현지조사결과 확인할 수 있었고, OOOOO OO OOO OOO(OOOO:OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO)를 접속하여 보면 쟁점건축물에 있는 교회예배실의 의자를 이동하여 교회의 다양한용도로 사용할 수 있도록 되어 있는 점 등으로 미루어 쟁점건축물이교육사업의 고유목적에 직접 사용되고 있다고 보기에는 어렵다고 판단되므로 기 비과세한 취득세와 등록세의 추징과 2011년도분 재산세(토지·건물분) 부과 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이교육연구시설목적으로 신축한부동산 일부를 종교단체에 임대하고임대료를 받은 경우 이를수익사업으로 보아기비과세한 취득세 등을 추징한 것이적법한지여부

나. 사실관계 및 판단

(1)처분청이 제출한 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구인은 1950.5.16. 대한민국의 교육이념에 입각하여 중등보통교육 및 고등보통교육과 상업에 관한 전문적 교육을 실시함을 목적으로 하여 서울특별시 OOO에 주사무소를 두고OOOOOO OOOOOOOOOO를 설치·운영하고 있는 학교법인이다.

(나)청구인과 OOO의 교회는 2010.12.28. 대부계약서를 아래내용과 같이 체결하였다.

1)임대인(갑) : 학교법인 OOOOOOOOOOOOOO교장 조OOO

2)임차인(을) :OOOO의 교회 대표 김OOO

3) 소재지 : 서울특별시 OOO

4) 사용물건 :OOOOOOOOOO 강당, 평생교육관, 식당, 어학1실, 사무실 1실

5) 사용목적 : 교회 운영

6) 사용기간 : 2011.1.1. ～ 2011.12.31(1년)

7) 사용시간

- 강당 :매주 일요일(오전 8시～ 오후 6시), 수요일·금요일(오후7시 ～ 오후 11시)

- 평생교육관 : 매주 일요일, 수요일, 금요일, 매일(오전 5시 ～ 오전 7시) 새벽기도모임

- 식당, 어학1실 : 매주 일요일

8) 사무실1실 : 매일

9)사용료:연 금 OOO

-사용료는 분기별 1월, 4월, 7월, 10월OOO 단위로 당월 1일선납(OOOO : OOO-OOO-OOOOOO OOOO OOO OOOOOOOOOO)한다.

-연체할 경우 연체기간에 대해 연 15%의 연체율을 적용하여일할 계산한 연체료를 납부하기로 한다(사용료에는 전기요금, 수도요금을 포함하지 아니한다)

(다) 처분청의 2011.9.23. 현지 확인 복명서에는 아래와 같은 사실이 나타난다.

1) 장소 : 서울특별시 OOO

- 지하 1층 / 지상 6층, 연면적 14,628.95㎡

2) 출장자(일시) : 지방세무 7급 백OOO

3) 출장자 의견 :이 건 부동산 중 1층, 2층 일부면적 482.34㎡(OOOOOOOOO OOOOOOOO OO OOOOOO)를 OOO의 교회에 임대하여 수익사업으로 사용

(2) 청구인은 이 건 부동산 중 쟁점건축물을 청구인이 이사장으로 있는 학교법인 OOO의 고유목적사업인 학교교육사업에 지장이 없는 범위내에서 인근주민의 편리를 위하여 OOO의 교회에 임대한 것이고, 그 수입금의 전액을 고유목적사업인 학교교육사업에 전액 충당하였고, 쟁점건축물을 OOO의 교회에 배타적 사용권리를 부여한 사실도 없음에도 쟁점건축물을 학교교육사업용 부동산으로 보지 않고 기 비과세한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 항변하므로 이에 대하여 본다.

(가) 지방 세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 단서에서 취득세와 등록세를 비과세 받은 후 유예기간내(학술의 경우 3년)에 수익사업에 사용하는 경우와정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 취득세와등록세를 부과하도록 규정하고 있고,

대법원 판결OOO에서도 지방 세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항의 규정을 종합하여 보면, 교육사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 “그 사업에 직접 사용”한다고함은 사립학교법 제28조 및 같은 법 시행령 제5조·제12조등의 규정에비추어 취득한 부동산을 관할교육청에 학교법인의 교육용기본재산으로 편입되어야 함은 물론, 실제 사용용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이고,

비영리사업자인 학교법인이 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다고 판시하고 있다OOO.

(나) 청구인의 경우, 이 건 부동산을 2009.2.6. 교육연구목적시설로신축하여 취득세 등을 비과세 받은 후 쟁점건축물을 2010.12.28. OOOO의 교회와 연 OOO의 사용료를 1월, 4월, 7월, 10월에 분할 선납하되, 연체할 경우 연체한 기간에 대해 연 15%의 연체율을 적용해 일할계산한 연체료를 납부하기로 대부계약을 체결하여 임대료를 받고 있고, 1층 평생교육관은 입구에 OOO의 교회를 나타내는 표시가 있는 별도의 출입문을 통하여 출입하고 있고, 예배실에는 종교행사에 걸맞게 십자가가 벽에 고정으로 부착되어 있고, 교단과 의자 등이 구비되어 있고, 예배실 안쪽 공간에 교회전용 방송실과 신도들의 아이를 보호하기 위한 공간을 설치·사용하고 있는 점등으로 미루어 쟁점건축물이 교육사업의 고유목적에 직접 사용되고 있다고 보기에는 어려움이 있고, 쟁점 건축물의 임대 사실 등으로 미루어 보아 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 부동산임대업으로 인한 수익사업에 사용하지 않았다고 보기에도 무리가있어 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점 건축물을 종교단체의 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세 기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

관 계 법 령

(1) 지방세법(2010.3.31. 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세)①다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는경우와등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 개정되기 전의 것)

제78조의 2(수익사업의 범위)① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이란 함은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한수익사업을 말한다.

제93조의 2(수익사업의 범위)법 제127조 제1항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이란 함은 제78조의 2의 규정에 의한 사업을말한다.

(3) 지방세특례제한법

제2조(정의)① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. “수익사업”이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ② 학교 등이 과세기준일현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세( 지방세법 제112조에따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

(3) 법인세법(2006.12.30.개정된 것)

제3조(과세소득의 범위) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업,부동산·임대및사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것.