가. 청구인 주식회사OOOOO는 1976.12.24. 설립되어 선박 등 산업용엔진 제조업, 군납품업 등을 영위하다가 2004.4.1. 회사를 분할하고 지주회사로 전환하였으며, 청구인 OOOOOOO 주식회사는 위 회사분할로 청구인 주식회사OOOOO의 방위산업 부문 등에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 설립된 회사로서,

청구인 주식회사OOOOO O OOOOOOO 주식회사(이하 “청구인들”이라 한다)는 각종 군용함정에 탑재되는 OOOO(OOO OOOOOOO OOO OO OO OOOOOOOO OO, OO OOOOOOOOO OO)의 기술을 도입하여 국내 생산한 후 국방부(해군)에 납품하고, 그 OOOOO에 대한 정비도 함께 수행하여 왔다.

나. 청구인들은 방위사업청의 전신인 국방부 조달본부(이하 “방위사업청”이라 한다)와 1999.7.3.부터 2004.6.30.까지 6차례에 걸쳐 총 38대의 OOOOO 정비계약을 체결하여 정비용역을 방위사업청에 공급하고, 당해 공급거래에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 감사원은 2005년 10월경 방위사업청에 대한 감사를 하면서 위 OOOOO 38대가 방산물자로 지정되지 아니한 사실을 지적하였고, 이에 방위사업청은 관련사실을 OO세무서장을 거쳐 처분청에 과세자료로 통보하였다.

라. 처분청은 위 OOOOO OOO의 정비용역 거래 중 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 다음 <표>의 OOOOO OOO(OO OOOOOOOO OO)의 정비용역 공급거래를 영세율 적용대상에서 제외하고 가산세를 가산하여, 청구인 주식회사OOOOO에게 부가가치세 186,846,850원(2002년 제2기분 79,919,930원은 2008.1.7. 경정·고지하고, 2003년 제1기분 105,143,190원과 2003년 제2기분 1,783,730원은 2008.2.11. 각 경정·고지함), 청구인 OOOOOOO 주식회사에게 부가가치세 278,060,960원(2004년 제1기분 59,937,130원, 2004년 제2기분 161,715,050원, 2005년 제1기분 56,408,780원을 각 2008.2.12. 경정·고지함) 합계 464,907,810원을 경정·고지하였다.

OOOOOOOOO OOOO OOOO OOOO

(OO O O)

마.청구인들은 이에 불복하여 2008.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

국방부장관은 함정에 탑재되는 OOOOO을 기종에 관계없이 방산물자로 지정·관리하다가, 1995.1.19.부터는 함정과 기종별로 구분하여 방산물자를 지정하였으며, 당시 분리지정에서 제외된 5개 함형(잠수함 모함, 잠수함 구조함, 고속정 바지, 상륙함, 기뢰 부설함)의 OOOOO(OOOOOOO)은 OOOOOOOO(OO OOOOOOO OO)에서 생산하는 군용발전기OOOO OOOO OOO(OOOOO)O에 포함되어 방산물자로 지정·관리되었으나, 이후 OOOO가 부도로 인하여 계약을 불이행하자 2000.6.12. 군용발전기OOOO OOOO OOO(OOOOO)O의 방산물자 지정을 취소하였으며, 방위사업청은 2005년 10월경 감사원에서 OOOOO 중 일부가 방산물자로 지정되지 아니하였음을 지적하기 전까지 위 군용발전기에 포함된 5개 함형에 사용된 OOOOO(OOOOOOO)과 직도입 장비인 저자성 OOOOO이 방산물자로 지정되지 아니하였음에도 이를 인지하지 못한 채 청구인들과 엔진정비계약을 체결하였으며, 감사원 지적 이후 청구인들의 신청에 의하여 국방부장관은 관련 OOOOO을 2005.11.17. 방산물자로 지정하였는바,

방산물자의 지정은 관련인의 신청을 받아 정하여야 함에도 국방부장관은 청구인들의 신청도 없이 1995.1.19. 일방적으로 기존의 OOOOO을 함형별로 세분화하여 방산물자로 지정하는 제도변경을 하였고, 이러한 제도변경이 충분히 홍보되지 아니하여 방위사업청, 해군 등은 개정내용을 숙지하지 못한 채 기존의 관례대로 정비사업을 진행하였으며, 방위사업청이 대흥기계의 군용발전기에 대한 방산물자가 취소된 이후에도 물품구매계약을 체결하는 과정에서 입찰공고 및 입찰시 비치되는 규격 및 조달판단서에 발전기 조립완성품은 일반물자이나, OOOOO은 방산지정물자라고 특정하는 등의 사정으로, 청구인들은 쟁점엔진이 방산물자로 지정되지 아니한 사실을 모르고 관련 정비용역을 공급하였으며, 쟁점엔진은 방산물자로 지정된 다른 OOOOO과 재고번호가 동일하고 방산장비인 함정에 탑재되는 엔진이므로 그 성질상 당연히 방산물자로 지정되어야 함에도 국방부의 담당공무원의 중대한 과실로 인하여 방산물자로 지정되지 아니하였으므로, 이와 관련된 모든 책임은 국가가 부담하여야 하고 청구인들에게 쟁점엔진 정비용역을 영세율 적용대상이 아닌 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

또한, 해군은 함정의 정비 특성상 동일 종류의 엔진이 탑재하고 있는 경우 함정의 종류에 관계없이 정비용 예비엔진을 이용하여 상호 순환정비를 실시하거나 동류전용을 허용하고 있고, 창정비시 마다 주요 구성품과 부품의 약 35% 정도를 국산화 부품으로 교체하여 1 ～ 2회 창정비를 실시한 후에는 직도입 장비와 기술도입 장비를 구분하는 한계가 모호하게 되는 바, 이러한 OOOOO의 운용 및 정비체계를 고려하면 동일한 OOOOOO OOO에 탑재되어 있을 때에는 방산물자로, B함정에 있을 때에는 비방산물자로 취급하거나, 하나의 OOOOOO OOO에 장착되었을 때에는 방산물자로, 동류전용되어 B함정에 장착되었을 때에는 비방산물자로 취급하게 되는 국방부의 함형별 방산물자 세분화 제도변경은 무의미하다 할 수 있으므로, 쟁점엔진이 형식상 방산물자로 지정되지 아니하였다는 이유로 관련 정비용역 공급거래에 대하여 영세율 적용을 배제한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

감사원이 2005년에 방위사업청에 대하여 감사를 실시하여 쟁점엔진이 방산물자로 지정되지 아니하였음을 지적하였고, 이에 방위사업청도 감사원의 지적사항을 처분청에 과세자료로 통보하여 방위사업청에서 통보한 공문에 의하여 방산물자 지정이 취소된 기간(2000.6.12. ～ 2005.11.16.) 동안 공급된 쟁점엔진 정비용역거래에 대하여 「조세특례제한법」제105조 제1항의 규정에 따라 영세율 적용대상에서 제외하여 부가가치세를 부과한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

방산물자로 지정되지 아니한 쟁점엔진의 정비용역 공급거래를 영세율적용대상에서 제외하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법(2002.8.26. 법률 제6708호로 개정되기 전의 것)

제105조【부가가치세 영세율의 적용】다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. (후단 생략)

1.방위산업에 관한 특별조치법에 의하여 지정을 받은 방위산업체가 공급하는 동법에 의한 방위산업물자(경찰이 작전용으로 사용하는 것을 포함한다)와 비상대비자원관리법에 의하여 중점관리대상으로 지정된 자가 생산공급하는 시제품 및 자원동원으로 공급하는 용역

(2) 방위산업에 관한 특별조치법(2006.1.2. 법률 제7845호로 폐지되기 전의 것)

제1조【목적】이 법은 방위산업을 합리적으로 지도육성하고 조정함으로써 효율적인 방위산업의 진흥발전과 방위산업물자(이하 “방산물자”라 한다)의 조달에 기여하게 함을 목적으로 한다.

제2조【정의】이 법에서 사용되는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “방위산업”이라 함은 방산물자를 생산(제조, 가공, 조립·정비·재생·개량 또는 개조하는 것을 말한다. 이하 같다)하거나 연구 개발하는 업을 말한다.

2. “방산물자”라 함은 군용으로 제공되는 물자(이하 "군용물자"라 한다)로서 제4조의2의 규정에 의하여 지정된 것을 말한다.

제4조의2【방산물자의 지정】①정부는 무기체계로 채택된 물자중에서 방산물자를 지정한다. 다만, 무기체계로 채택된 물자가 아닌 군용물자라도 대통령령으로 정하는 물자에 대하여는 이를 방산물자로 지정할 수 있다.

② 방산물자는 주요방산물자와 일반방산물자로 구분하여 지정한다.

③ 제2항의 규정에 의한 주요방산물자와 일반방산물자의 구분 기타 방산물자의 지정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제22조【지정의 취소】① 방산업체가 다음 각호의 1에 해당된 때에는 그 지정을 취소할 수 있다.

1. ～ 8. (생 략)

8의2. 방산업체가 부도·파산 기타 불가피한 경영상의 사유로 정상적인 영업이 불가능한 경우에 관련서류를 첨부하여 산업자원부장관에게 방산업체 지정의 취소를 요청한 때

9. 기타 이 법 또는 이 법에 의한 명령에 위반한 때

② 방산물자가 다음 각호의 1에 해당하게 된 때에는 그 지정을 취소할 수 있다.

1. 2개 이상의 업체에서 조달이 용이하고 품질을 보증할 수 있다고 인정된 때

2. 군의 소요가 없거나 편제장비에서 삭제된 때

3. 비밀등급이 저하되어 군사기밀이 요구되지 아니하게 된 때

4. 연구개발 또는 기술도입생산사업의 계획변경·취소 등으로 방산물자 지정의 취소가 필요하거나 방산물자 지정을 계속 유지할 필요가 없는 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 지정취소의 절차 기타 지정 취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 방위산업에 관한 특별조치법 시행령(2006.2.8. 대통령령 제19321호로 폐지되기 전의 것)

제4조【방산물자의 지정】① 법 제4조의2의 규정에 의한 방위산업물자(이하 “방산물자”라 한다)의 지정은 국방부장관이 산업자원부장관과 협의하여 행한다.

② 법 제4조의2 제1항 단서의 규정에 의하여 방산물자로 지정할 수 있는 물자는 다음 각호와 같다.

1. 군용으로 연구·개발중인 물자로서 연구·개발이 완료된 후 무기체계로 채택될 것이 예상되는 물자

2. 기술도입하여 생산하고자 하는 물자로서 무기체계로 채택될 것이 예상되는 물자

3. 기타 국방부령이 정하는 기준에 해당되는 물자

④ 방산물자의 지정을 받고자 하는 자는 방산물자지정 신청서를 국방부장관에게 제출하여야 한다.

⑤ 국방부장관은 제4항의 규정에 의하여 신청한 물자를 방산물자로 지정함이 적합하다고 인정할 때에는 이를 방산물자로 지정하고 신청인 및 산업자원부장관에게 통보하여야 한다.

⑥ 용도등에 따른 방산물자의 한계 기타 방산물자의 지정에 관하여 필요한 사항은 국방부령으로 정한다.

제41조의2【방산물자지정의 취소】① 법 제22조 제2항의 규정에 의한 방산물자지정의 취소는 국방부장관이 산업자원부장관과 협의하여 행한다.

② 국방부장관은 매 2년마다 전 방산물자에 대하여 지정의 취소여부를 검토하여야 한다.

④ 국방부장관은 방산물자의 지정을 취소한 때에는 그 사유를 명시하여 관계기관 및 당해 방산업체에 통보하여야 한다.

(4) 방위산업에 관한 특별조치법 시행규칙(2006.4.24. 국방부령 제598호로 폐지되기 전의 것)

제3조【방위산업물자의 지정대상】영 제4조 제2항 제3호에서 “기타 국방부령이 정하는 기준에 해당되는 물자”라 함은 다음의 물자를 말한다.

1. 군전략상 긴요한 소량·다종 품목으로서 경제성이 낮아 업체가 생산을 기피하는 물자

2. 사람의 생명에 직접 관련되는 품목으로서 엄격한 품질보증이 요구되는 물자

3. 무기체계로 채택된 물자 또는 방산물자의 주요부품으로서 연구개발 또는 기술도입생산한 물자(연구개발 및 기술도입생산중인 물자를 포함한다)

4. 도태예정장비로서 그 수리부속품이 장기간 계속 필요한 물자

제6조【방산물자의 한계】영 제4조 제6항의 규정에 의한 용도등에 따른 방산물자의 한계는 다음 각호와 같다.

1. 방산물자에 사용되는 수리부속품은 그 방산물자에 포함되어 지정된 것으로 본다. 다만, 그 수리부속품이 당해 방산물자를 생산하는 방산업체에서 생산되지 아니하거나 방산물자가 아닌 물자에 사용될 때에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

청구인들이 방산물자로 지정되지 아니한 쟁점엔진의 정비용역 공급거래를 영세율적용대상에서 제외함은 부당하다고 주장하면서 물품구매계약서 및 관련 계약명세서, 검사 및 납품조서, 방산물자지정과 관련한 국방부장관의 공문, 이OO의 사실확인서, 해군규정 등을 제출하므로 이에 대하여 본다.

(1) 감사원은 2005년 10월경 방위사업청에 대한 감사를 하면서 OOOOO OOO가 방산물자로 지정되지 아니한 사실을 지적하였고, 이에 방위사업청은 관련사실을 OO세무서장을 거쳐 처분청에 과세자료로 통보하였으며, 처분청은 OOOOO OOO의 정비용역 거래 중 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 쟁점엔진 26대의 정비용역 공급거래를 영세율 적용대상에서 제외하고 가산세를 가산하여 청구인들에게 이 건 부가가치세를 부과한 것으로 과세자료에 나타난다.

(2) 이 건 심리자료에 의하면, 감사원은 감사과정에서 2005.9.6.경 방위사업청에 방산물자로 지정되지 아니한 OOOOO OO에 대하여 방산물자 대 일반물자 원가 차액을 산정할 것을 요구하였고, 방위사업청으로 하여금 당해 원가차액을 환수하도록 조치한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제출한 방위사업청에서 OO세무서장에게 보낸 공문(OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하면, 방위사업청은 1999년 ～ 2004년까지 청구인 OOOOOOO과 계약한 OOOOOOO O OOO에 대하여 일반물자를 방산물자로 오인계약하여 발생한 부가가치세와 관련하여, 청구인 OOOOOOO 주식회사에 수정세금계산서를 2007.1.22.까지 제출하도록 요청하였으나 미제출되자 OO세무서장에게 부가가치세 추가분을 통보하면서 조치를 요청한 것으로 확인되고, 당해 공문에는 1999년부터 2004년까지 6회에 걸쳐 계약한 총38대의 OOOOO 정비와 관련하여 방산물자로 계약한 금액, 일반물자 원가산정액(OOOOO OOOOO OOOOO OO OOOOO OOO OOOOOOOO OOOOOO OO OO OOO OOOOOO O)의 내역이 첨부되어 있다.

(4) 청구인들이 제시한 국방부장관의 1986.6.20.자 공문 등에 의하면, OOOOO은 1986.6.18. 방산물자로 지정되어 오다가, 1995.1.19.부터는 국방부에서 방산물자를 세분화하여 지정하면서 함정분야 방산물자 중 OOOOO을 추진용 디젤엔진 및 발전기용 디젤엔진으로 품목을 구분하고 추진용 디젤엔진은 구축함, 호위함, 초계함, 고속정을 적용함정으로, 발전기용 디젤엔진은 호위함 및 초계함을 적용함정으로 조정되었으며,

2000.6.12. OOOO가 납품하던 2000.6.12. 군용발전기OOOO OOOO OOO(OOOOO)O에 대한 방산물자 지정이 취소됨에 따라 그에 포함된 OOOOO도 방산물자 지정이 취소되었으며, 2005.11.17. 청구인들의 신청에 의하여 함정별·장비별·품목별로 다시 방산물자로 지정된 사실이 확인된다.

(5) 청구인들이 제시한 청구인들과 방위사업청간의 물품구매계약서 등에 의하면, OOOOO이 방산물자 지정에서 취소된 2000.6.12. 이후에도 계약시 OOOOO을 방산물자인 것으로 표시하거나, 청구인들이 OOOOO을 방산물자라 하여 방위사업청에 계약전 품질보증활동을 요청한 데 대해 방위사업청이 OOOOO이 방산물자가 아니라는 점을 지적하지 아니하고 청구인들의 신청을 수용한 사실이 있는 것으로 나타난다.

(6) 청구인들이 제시한 사실확인서(2007.7.10.)를 통하여 청구인들의 특수사업본부에서 근무하는 이OO은, 방산물자를 납품하는 업체로서는 계약대상 품목이 함형별로 방산물자 여부를 판단할 수 있는 정보를 전혀 알 수 없으며, 방위사업청 사업담당관이 조달판단서에 판단된 내용에 따라 계약에 응할 수밖에 없었고 이러한 절차가 오랜 기간 반복되었으며, 만일 계약대상 품목이 동일 장비이나 함형별로 미지정된 일부 수량이 포함되어 문제의 소지가 있음을 인지하였다면 즉시 방산물자 지정을 신청하지 아니할 이유가 없다는 의견을 제시하였다.

(7) 살피건대, 「조세특례제한법」제105조 제1호에서는 「방위산업에 관한 특별조치법」에 의하여 지정을 받은 방위산업체가 공급하는 동법에 의한 방위산업물자에 대하여 부가가치세 영세율을 적용하도록 규정하고 있는 바,

청구인들의 주장대로 방위사업청에서 OOOOO의 방산물자 지정이 취소된 기간에도 이를 방산물자로 오인 또는 청구인들이 방산물자인지 여부를 사전에 인지할 수 없었다거나, OOOOO이 방산물자 지정에서 제외될 수 없는 군용함정에 필수적인 방산물자라는 등의 사정이 있는 것으로 확인되는 경우에도, OOOOO이 방산물자로 지정되지 아니한 기간 동안에 청구인들이 공급한 쟁점엔진 정비용역에 대하여 영세율을 적용할 수는 없다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 방위산업물자로 지정되지 아니한 쟁점엔진의 정비용역 공급거래를 영세율적용대상에서 제외하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.