청구인은 1996.3.12. 취득한 경기도 OO시 권선구 구운동 953-6 대지 179.7㎡, 동소 953-7 대지 210.9㎡(환지전 토지 : 동소 176-4 답 1,398㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.12.18. 양도하고 피상속인의 경작기간을 포함하여 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세 감면대상으로 예정신고를 하였다.

처분청은 양도당시 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날인 2002.2.20. 부터 3년이 지난 토지라는 사유로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 2008.4.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 132,472,100원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.7.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1995.12.11. 피상속인 손OO의 사망으로 인하여 쟁점토지를 상속받아 1996.3.12. 소유권이전등기를 경료한 후 정OO과 소유권이전 관련 소송(2001.12.26. 조정결정)이 진행하였고, 2002.2.20. 토지구획정리가 끝나 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 후 배우자 박OO과 이혼으로 인한 재산권분할청구소송(2004.1.27. 조정결정)을 진행하는 과정에서 쟁점토지가 가압류되어 청구인으로서는 양도 등 재산권 행사가 불가능하여 불가피하게 주거지역 편입일로부터 3년 이내에 양도할 수 없었던 만큼 위와 같은 개인적인 사정과 과세의 형평성 등을 고려하여 당해 토지를 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세를 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 양도당시 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 토지인데 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권 다툼 등으로 소송이 진행 중이어서 양도 등 재산권행사가 불가능하였다고 주장하나, 조세특례제한법 제69조 제1항 및 동법 시행령 제66조 제4항에서 규정하는 양도소득세 감면대상에서 제외하는 농지에 대한 예외규정은 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 농지에 대하여만 적용될 뿐 사인간 쟁송은 적용대상이 아닌 만큼, 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

소유권분쟁으로 인하여 주거지역 등에 편입된 날부터 3년 이내에 양도할 수 없었던 8년 이상 자경한 농지에 대하여 양도소득세 감면대상에서 제외하는 농지에 대한 예외규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 의한 한국농촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등" 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서“대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1995.12.11. OOOO으로 1996.3.12. 상속받은 쟁점토지를 2006.12.18. 양도하고 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세 감면대상으로 예정신고를 하자,처분청은 양도당시 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지난 토지에 해당되어 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 당초 지목이 답이었던 쟁점토지는 경기도 OO시 일월지구에 대한 토지구획정리사업의 시행에 따라 2002.2.20. 제2종 일반주거지역으로 편입되어 대지로 지목이 변경된 사실이 토지이용계획 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 이혼소송의 진행에 따라 2003.9.6. 한 쟁점토지에 대한 가압류 결정 등으로 인하여 재산권 행사가 불가능하여 주거지역 편입일로부터 3년 이내에 양도할 수 없었고, 이는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호의 단서규정에 의한 불가피한 사유에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호에서 양도일 현재 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 경과한 토지는 조세특례제한법 제69조 제1항의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항에서 양도소득세 감면대상에서 제외하는 농지에 대한 예외규정은 ‘사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 경과한 농지’에 대하여만 적용될 뿐 청구인이 주장하는 사인간 쟁송은 적용대상에 해당되지 아니한다.

(4) 그렇다면, 양도당시 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 토지인 이상, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구인 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 9월 24일

주심조세심판관 김 홍 기

배석조세심판관 이 영 우

김 재 구

서 희 열