1. OOOOO OOO OO OOO OOOOOOO OOOO OOOO(대지 40.59㎡, 건물 84.77㎡, 2분의 1 지분)의 양도에 대하여 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO OO OOOOO 주택(대지 7.33㎡, 건물 36.35㎡, 청구인 남편 OOO 소유)을 청구인 세대의 소유 주택 수에서 제외(1세대 2주택자)하여 그 과세표준 및 세액을 경정하되,

2. 위 OOOOOOO OOOO OOOO의 취득가액은 양도가액을 기준시가 비율로 환산한 가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

가. OOO(OO OOOOOOOOO 청구인)은 1998.2.2.OOOOO OOO OO OOO OOOOOOO OOOO OOOO(대지 40.59㎡, 건물 84.77㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를취득하였고 2003.9.26. 청구인은 배우자인 OOO으로부터 쟁점주택의 소유권 지분 2분의 1을 증여받은 후, 2006.12.6. 쟁점주택을 양도하고 2007.1.10. 1세대 1주택 비과세 고가주택(6억원 초과)으로 하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 예정신고하고 납부하였다.

나. 처분청은 쟁점주택 외에 OOO 명의로 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO OO OOOO호(대지 7.33㎡, 건물 36.35㎡, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다) 및 위 같은 동 142-7 OOOOOOO OO OOOO(대지 13.38㎡, 건물 36.16㎡, 이하 “승계임대주택”이라 한다)를 소유하고 있고 동 임대주택은 조세특례제한법 제97조의 2의 규정에 의한 매입임대주택에 해당하지 아니한다는 이유로 1세대 3주택에 해당한다고 보아 비과세를 부인하고 중과세율(60%)을 적용하여 2007.5.29. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 160,691,150원을 경정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2007.8.24. 이의신청을 거쳐 2007.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 1세대 1주택 비과세 요건 충족 여부

쟁점임대주택은 분양계약자 명의를 OOO 명의로 하였을 뿐 분양신청 및 계약금 납부를 OOO이 한 것으로 분양권의 명의신탁에 불과하며, 명의변경 절차상 권리의무승계 방법을 따른 것으로서 분양권의 전매취득이 아니라 명의신탁의 해지로 보아야 한다. 따라서 쟁점임대주택은 실질과세원칙에 따라 OOO이 최초 분양자의 지위에 있었다 할 것이므로 조세특례제한법상 감면대상 신축임대주택에 해당한다.

또한, 조세특례제한법 제97조의 2의 임대주택 2호 이상의 요건은 신축임대주택을 포함하여 2호 이상만 갖추면 임대사업자로 등록이 가능하고, 임대사업자로 등록된 이상 조세특례제한법 제97조 제2항의 규정을 준용하여 임대사업자로 등록된 당해 주택은 거주자의 주택에서 제외되는 것이므로 승계임대주택이 감면대상에 해당되지 않더라도 OOO이 임대에 공하고 있는 임대주택 2호(쟁점임대주택 및 승계임대주택)는 거주자의 주택 수에서는 제외되어 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세에 해당한다.

(2) 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

처분청은 중과세율 적용에서 배제되는 장기임대주택에 대하여 소득세법 시행령 제167조의 3 제2호 나목에서 2003.10.29(이하 “기존사업자기준일”이라 한다) 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다고 규정한 것에 대하여 기존사업자기준일 이전에 사업자등록은 물론 임대까지 개시한 것으로 해석하고 있으나 이는 아래와 같은 사유로 부당하다.

① 2003.10.29. 종합부동산대책 발표시 1세대 3주택 이상 다주택자에 대한 중과세 규정을 도입하면서 임대주택법에 의한 임대사업자로 등록된 장기임대주택까지 동 규정을 적용할 수 없어 위 규정이 신설되었던 것이고, 임대주택법은 소유권이전등기 이전이거나 건설중인 공동주택을 분양받은 경우에도 임대사업자등록이 가능하므로 위 종합부동산대책 발표일 이전에 임대주택사업자등록을 한 경우에는 중과세가 배제되는 것으로 보아야 하며 이러한 기존사업자에 대하여는 임대주택등록 여부 및 사업자등록 여부만을 기준으로 기존사업자를 판단하여야 한다.

② 조세특례제한법 제97조의 2의 규정에서 2001.12.31.이전에 매매계약이 체결되고 계약금이 지급된 경우에는 임대주택법에 의한 임대사업자등록과 소득세법에 의한 사업자등록, 임대개시 등이 2002.1.1. 이후에 이루어진 경우에도 해당 조항을 적용하도록 하고 있으므로, 동 조항은 감면대상이 아닌 임대주택사업자에 대해 기존사업자기준일 이전에 임대사업자등록 및 사업자등록이 되었다면 기존사업자기준일 이전에 임대개시가 되었는지 여부에 불구하고 기존사업자로 봄이 타당하다.

③ 소득세법시행령 제167조의 3 제3항에서 임대기간의 계산은 조세특례제한법시행령 제97조의 규정을 준용한다는 것은 5년 또는 10년의 임대기간의 계산에 대한 기산일에 관한 일반적 사항을 준용하는 규정일 뿐 기존사업자기준일에 임대개시 여부를 판단하는 준용규정이 아니다.

따라서, 기존사업자기준일 이전에 주택임대법에 의한 임대주택사업자등록 및 소득세법에 의한 사업자등록을 하였다면 소득세법 제167조의 3 제1항 제2호 나목에 해당하는 임대주택에 대해서는 중과세에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다고 봄이 타당하다.

(3) 취득가액의 환산가액 적용 여부

쟁점주택은 OOO이 직장주택조합 조합원인 OOO에게 상당한 권리금을 지급하고 조합원의 지위를 승계받은 후 조합원분담금 전액을 모두 납부하였으나 당초 매매계약서를 분실하여 양도소득세 신고시 조합원분담금 만을 기준으로 작성한 매매계약서를 제출하였다.

그러나, 쟁점주택의 취득가액은 OOO이 부담한 조합원분담금과 OOO에게 지급한 권리금의 합계금액이 되어야 하므로 실지조사하여 취득가액을 인정하거나, OOO이 OOO에게 지급한 권리금을 알 수 없다면 취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 세법상 환산가액을 적용하여 취득가액을 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 1세대 1주택 비과세 요건 충족 여부

조세특례제한법 제97조의 2의 신축임대주택감면 중 매입임대주택은 1999.8.20.부터 2001.12.31.까지의 기간에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 자가 5년 이상 임대하고 양도하는 경우 양도소득세가 100% 감면되는 주택으로 규정하면서, 타인으로부터 분양권 전매로 취득한 경우는 이를 배제하고 있는 바, 이는 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 자에게 감면혜택을 주는 규정으로 볼 수 있다.

쟁점임대주택의 권리의무승계내역을 보면 최초 분양자는 OOO이고 같은 날 분양권이 사위인 OOO에게 이전된 것이 확인되므로 조세특례제한법상 신축임대주택 감면대상으로 볼 수 없으며, 승계임대주택도 타인으로부터 분양권 전매로 취득하여 신축임대주택 감면요건을 충족하지 못하므로 감면주택에 해당하지 아니한다.

설령, 쟁점임대주택이 신축임대주택 감면요건에 해당한다고 하더라도 청구인 세대는 신축주택 1호와 일반주택 1호를 임대한 경우이고, 일반주택 1호를 임대하는 경우에는 동 주택을 소유 주택 수에 포함하는 것이므로 1세대 2주택에 해당되어 1세대 1주택 비과세에 해당한다는 주장은 이유가 없다.

(2) 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

소득세법상 양도소득세 중과세율이 적용되지 아니하는 장기임대주택은 기존사업자기준일 이전 장기임대주택과 기준일 이후 장기임대주택으로 구분되고, 기존사업자기준일 이전 장기임대주택은 기준일 이전 사업자등록을 하고 국민주택 2호 이상을 5년 이상 임대한 주택을 말하며, 기존사업자기준일 이후 장기임대주택은 국민주택 5호 이상을 10년 이상 임대하는 주택을 말한다.

OOO은 기존사업자기준일 이전인 2003.7.24. 임대사업자등록을 하였으나, 기준일 이후인 2003.12.12.과 2004.6.22.에 임대를 개시하여 기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다는 요건을 충족하지 못하였으므로 중과세율 적용이 배제되는 장기임대주택으로 볼 수 없다. 또한 청구인의 세대는 쟁점주택 양도당시 임대주택 2호 외에 다른 임대주택이 없어 기존사업자기준일 이후에 적용되는 5호 이상의 요건도 갖추지 못하였으므로 양도소득세 계산시 일반세율을 적용하여야 한다는 주장은 이유가 없다.

(3) 취득가액의 환산가액 적용 여부

청구인은 배우자로부터 쟁점주택의 지분 2분의 1을 증여받은 후 5년 이내에 양도하여 소득세법 제97조 제4항의 규정에 의거 배우자 이월과세 규정에 해당하여 당초 취득자인 배우자의 취득가액으로 양도차익을 산정하였고, 동 취득가액은 당초 양도소득세 신고시 제출한 쌍방 합의된 매매계약서상 가액으로 이를 지분별로 안분하여 계산하였다.

청구인은 양도소득세 신고시 제출된 매매계약서가 임의로 작성된 계약서라고 주장하나 이를 뒷받침할 수 있는 구체적인 증빙이 없고 이의신청시 제출한 증빙자료의 합계금액이 74,965천원으로 취득가액 110,000천원을 상회하지 아니하여 위 매매계약서가 정당하다고 판단되므로 환산가액을 적용하라는 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인 세대가 소유하고 있는 쟁점임대주택 및 승계임대주택을 주택 수에서 제외되는 임대주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 대상으로 볼 것인지 여부(주위적 청구)

② 예비적 청구로서

㉮ 쟁점주택이 1세대 1주택 비과세 대상이 아니라면, 1세대 3주택으로 보아 중과세율을 적용한 처분이 정당한지 여부

㉯ 쟁점주택의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용할 것인지 여부

나. 관련법령

(쟁점①관련)

(1) 소득세법 제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 소득세법시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략)

(3) 조세특례제한법 제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 신축임대주택 이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택

가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택

나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)

가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택

나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다.

(4) 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】② 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

(5) 조세특례제한법시행령 제97조의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】① 법 제97조의 2 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 거주자 라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

(6) 조세특례제한법시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 주택임대기간 이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

(7) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

②세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(쟁점②관련)

(8) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 양도소득산출세액 이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

(9) 소득세법시행령 제167조의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일" 이라 한다) 현재 「임대주택법」제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

3. 「조세특례제한법」 제97조 제97조의 2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 감면대상장기임대주택 이라 한다)

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의 2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 일반주택 이라 한다)

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

(10) 임대주택법 제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장 군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(11) 임대주택법시행령 제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】① 법 제6조 제1항에서 대통령령이 정하는 호수 라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.(2005.12.13. 개정)

1. 건설임대주택의 경우 : 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우 : 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

② 법 제6조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같으며, 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동명의로 등록하여야 한다. (단서 생략)

4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

(12) 임대주택법시행령 제6조(2005.12.13. 개정되기 전) 제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】① 법 제6조 제1항에서 대통령령이 정하는 호수 라 함은 단독주택의 경우에는 2호, 공동주택의 경우에는 2세대를 말한다.

(13) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정 경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.

⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(14) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산 기타 대통령령이 정하는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의 규정에 의하되，취득가액은 당해 배우자의 취득당시 제1항 제1호 각목의 1의 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입한다.

(15) 소득세법시행령 제176조의 2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 사유 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 매매계약서 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지 건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

다. 쟁점①에 대하여

(1)신축임대주택에 대한 양도소득세 감면특례 규정인 조세특례제한법 제97조의 2 및 같은 법 시행령 제97조의 2에서 규정하는 감면요건을 살펴보면, ① 국민주택일 것, ② 임대주택법에 의한 매입임대주택으로 1999.8.20. 이후에 신축된 주택이거나 1999.8.19.이전에 신축된 공동주택으로서 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.～2001.12.31. 기간 중 매매계약하고 계약금을 지급한 경우에 한함) 및 임대를 개시한 주택일 것, ③ 임대주택법에 의하여 임대사업자로 등+록할 것, ④ 신축임대주택 1호 이상을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하고 양도할 것 등 위 ①～④ 요건을 모두 충족하도록 규정하고 있으며, 이러한 요건을 충족한 경우에는 1세대 1주택 판정시 당해 임대주택은 거주자의 소유 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 이 건 관련 분양계약서에 의하면, 쟁점임대주택은 2001.9.26. OOO 명의로 분양계약을 체결한 후, 같은 날 OOO이 OOO로부터 동 분양계약에 대한 권리의무를 승계받았고, 승계임대주택은 2001.9.27. 타인인 이갑애가 분양계약을 체결하고 2001.12.21. OOO이 이갑애로부터 동 분양계약에 대한 권리의무를 승계받은 것으로 되어 있다.

(3) 타인으로부터 주택의 분양권을 승계하여 취득한 경우에는 위 (1)의 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면특례가 적용되지 아니하는 것이다(OO OOOOOOOOO, 2007.9.18. 같은 뜻임).

(4) 이 건은 위 (1)의 감면요건 중쟁점임대주택(36.35㎡) 및 승계임대주택(36.16㎡)이 국민주택인 점(요건 ①), OOO이 임대주택법에 의하여 임대사업자로 등록한 점(요건 ③)에 대하여는 다툼이 없다.

다만,쟁점임대주택에 대해 사실상 OOO이 분양받아 취득한 것으로 보아 조세특례제한법 제97조의 2에서 규정하는 신축임대주택으로 인정하여 1세대 1주택 비과세 판정시 주택 수에서 제외할 것인지, 아니면 타인으로부터 분양권을 구입하여 취득한 것으로 보아 신축임대주택에서 제외하고 주택 수에 포함할 것인지(요건 ②) 여부와, 쟁점임대주택이 조세특례제한법 제97조의 2에서 규정하는 신축임대주택에 해당한다고 본다면 청구인 세대가 임대하고 있는 승계임대주택도 소유 주택 수에서 제외하여 1세대 1주택 비과세로 볼 것인지(요건 ④) 여부에 대하여 다투고 있다.

(5) 먼저, 2001.9.26. 분양계약을 체결한 쟁점임대주택이 조세특례제한법 제97조의 2에서 규정하는 신축임대주택(요건 ②)에 해당하는 것으로 보아 1주택 비과세 판정시 청구인 세대가 소유한 주택 수에서 쟁점임대주택을 제외할 수 있는지 이에 대하여 본다.

(가) 처분청은 쟁점임대주택은 OOO이 OOO로부터 동 분양권의 권리의무를 승계받은 것이므로 동 주택은 조세특례제한법 제97조의 2에서 규정하는 신축임대주택(요건 ②)에 해당하지 아니한다는 의견이다.

(나) 청구인이 제시하는 청약신청서를 보면, 쟁점임대주택과 관련하여 추첨일시가 2001.9.24.이고, 신청금(청약증거금)이 5,000천원이며, OOO 명의로 2건, 청구인 명의로 2건, OOO 명의로 2건, 계 6건의 청약신청을 한 것으로 나타나며, 청구인은 OOO 명의로 신청한 1건만 당첨되고 나머지 5건은 당첨되지 아니하였다고 주장한다.

(다) 청구인이 제시하는 OOO의 예금계좌 사본(계좌번호 OOOO OOOOOOOOOOOOOOO, OOOO OOOOOOOOOOOOO)에 의하면, 위 OOOO 예금계좌에서 2001.9.22. 50,000천원이 출금되었고, 이에 대해 청구인은 동 인출금 중 30,000천원을 청약증거금으로 납입하였다고 주장한다.

OOO 명의 OOOO 예금계좌에는 위 청약증거금으로 납입한 금액 중 당첨되지 아니하여 반환되는 OOO 및 청구인 명의의 청약증거금 각 10,000천원이 2001.10.4. 각각 입금(반환)된 것으로 되어 있고, 당첨되지 아니한 OOO 명의의 청약증거금 5,000천원은 2001.9.29. 입금된 것으로 되어 있다.

또한, 2001.9.26. 납입한 쟁점임대주택의 계약금 20,000천원은 청약증거금으로 납입한 5,000천원과 2001.9.25. OOO의 위 OOOO 계좌에서 출금된 15,000천원, 계 20,000천원으로 납입하였다고 주장한다.

(라) 위의 사실관계를 종합하여 보면, OOO가 쟁점임대주택을 분양받아 OOO에게 권리의무를 승계한 것으로 되어 있으나, 위에서 보듯이 6건의 청약증거금 30,000천원이 모두 OOO의 자금으로 납입한 점, 분양에 당첨되지 아니하여 반환되는 청약증거금 25,000천원이 모두 OOO의 예금계좌로 반환된 점, 쟁점임대주택의 계약금 20,000천원이 OOO이 당초 납입한 청약증거금 5,000천원과 OOO의 예금계좌에서 출금된 15,000천원으로 납입한 점, 분양계약을 체결한 후 같은 날 OOO이 OOO로부터 권리의무를 승계받은 점을 감안할 때, 쟁점임대주택은 OOO이 장모인 OOO 명의를 빌려서 분양받았다고 보여지므로 쟁점임대주택의 최초 분양자를 OOO로 보기보다는 OOO으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

그럴 경우, 쟁점임대주택은 2001.12.31. 이전인 2001.9.26. 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 것이므로 동 주택은 조세특례제한법 제97조의 2 제1항에서 규정하는신축임대주택(요건 ②)에 해당되어 청구인 세대의 주택 수를 계산함에 있어 쟁점임대주택은 조세특례제한법 제97조의 2제2항 및 조세특례제한법 제97조 제2항의 규정에 의거 주택 수에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

(6) 다음, 청구인 세대가 소유한 주택 수를 계산함에 있어 승계임대주택도주택 수에서 제외되는 임대주택(요건 ④)에 해당하는지 본다.

(가) 청구인은 조세특례제한법 및 같은 법 시행령 제97조의 2에서 거주자가 1호 이상의 신축임대주택을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 주택에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있는 점에 비추어 감면대상 주택 수 2호를 판정함에 있어서 2호 모두 신축주택을 요건으로 하는 것이 아니므로 신축주택 1호(쟁점임대주택)를 포함하여 기존주택(승계임대주택) 1호인 경우에도 2호 이상의 임대주택에 해당하므로 쟁점주택에 대한 1세대 1주택 비과세 판정시 승계임대주택도 임대시점부터 청구인 세대가 소유한 주택 수에서 제외함이 타당하다고 주장한다.

(나) 그러나, 조세특례제한법 제97조 제2항에서 소득세법 제89조 제1항 제3호(1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용함에 있어 임대주택(동 조에서는 장기임대주택을 칭함)은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제97조의 2 제2항에서 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다고 규정하고 있을 뿐, 신축임대주택 외에 다른 임대주택을 주택 수에서 제외한다고 규정하고 있지 아니하다.

따라서, 조세특례제한법시행령 제97조의 2에서 규정한 신축임대주택을 포함한 2호 이상의 임대주택 모두를 주택 수에서 제외하는 것이 아니라고 판단된다.

또한, 신축임대주택의 양도는 조세특례제한법 제97조의 2의 규정에 의거 양도소득세 감면을 적용받고 1세대 1주택 비과세 판정시 소유 주택 수에서 제외되지만, 기존주택(이 건의 경우 승계임대주택)의 양도는 조세특례제한법 제97조의 2의 양도소득세 감면규정을 적용받는 것이 아니어서 1세대 1주택 비과세 판정시 거주자의 주택 수에 포함하는 것이 타당하다고 판단되므로, 쟁점주택의 양도는 1세대 2주택 중 1주택의 양도에 해당한다고 판단된다.

라. 쟁점②에 대하여

(1) 쟁점② 중쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택으로 보아 중과세율을 적용한 처분이 정당한지 여부(쟁점②-㉮)에 대하여는쟁점①에서 1세대 2주택에 해당하는 것으로 결정하여 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

(2) 다만, 쟁점주택의 취득가액에 대하여 청구인이 당초 신고시 첨부한 매매계약서상의 매매가액(110,000천원)을 실지거래가액으로 볼 것인지, 아니면 취득가액이 불분명하다고 보아 환산취득가액을 실지거래가액으로 볼 것인지 이에 대하여 본다(쟁점②-㉯).

(가) 쟁점주택의 양도당시 실지거래가액(665,000,000원, 청구인 지분은 332,500,000원)에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(나) 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인은 증여당시 기준시가(2003년)인 210,000천원(본인 지분 105,000,000원)으로 신고하였고, OOO은 110,000,000원(본인 지분 55,000,000원)으로 신고한 것에 대하여 처분청은 청구인에게 소득세법 제97조 제4항의 배우자 이월과세규정을 적용하여 OOO이 신고한 취득가액을 적용하여 과세하였고, OOO에 대하여는 당초 신고한 취득가액을 그대로 인정하였다.

한편, 쟁점주택의 기준시가에 의하면,1997.5.1. 133,000천원,1998.7.1. 110,500천원, 1999.7.1. 100,500천원, 2000.7.1. 122,500천원, 2002.4.4. 175,000천원,2003.4.30. 210,000천원, 2004.4.30. 247,500천원, 2006.1.1. 339,000천원으로 고시되어 있다.

(다) 소득세법 제97조 및 같은 법 제114조의 규정을 살펴보면, 양도가액을 실지거래가액으로 하는 경우에는 취득가액도 실지거래가액으로 하며, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액의 순서에 의하도록 규정하고 있다.

(라) 처분청은 청구인이 당초 제출한 매매계약서가 임의 작성된 계약서라는 구체적인 증빙이 없고, 이 건에 대한 이의신청시 제출한 취득가액에 대한 증빙자료의 합이 74,965천원으로 매매계약서상 취득가액 110,000천원을 상회하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(마) 청구인은 OOO(청구인의 남편)이 OOOOOOOOOO의 조합원인 OOO로부터 1990.6.12. 일정금액의 프레미엄을 주고 쟁점주택에 대한 조합원 권리를 승계한 후, OOO이 조합원 불입금 전액을 납부하였고 1994.12.12.에 쟁점주택에 입주하였으나 동 주택조합의 사정으로 등기가 되지 아니하다가 등기가 완료된 시점인 1998.1.10.에 조합원 명의변경을 하고 OOO 명의로 소유권이전등기를 경료하였다고 주장한다.

청구인이 제시하는 청구인의 주민등록등본에 의하면, 1998.12.12.부터 2006.11.3.까지 쟁점주택에 거주한 것으로 되어 있고, 2008.1.30.자 OOOOOOOO 대표조합장이 발행한 조합원 불입확인서에 의하면, 쟁점주택의 입주예정일이 1994.11.20이고, OOOOOOOOOO 조합원(OOO)의 총불입액이 139,271천원이라고 확인하고 있으며, 1990.6.12.자 무통장 입금증에 의하면 OOO이 OOO에게 23,000천원을 무통장 송금한 것으로 되어 있는 바, 쟁점주택 취득당시 고시된 기준시가가 133,000천원인 점, 조합원 불입액이 139,271천원인 점, 사회통념상 일정금액의 프레미엄을 주고 직장주택조합에 대한 조합원의 권리의무를 승계하는 점 등을 감안할 때, 쟁점주택의 취득가액은 110,000천원이 아니라 조합원 불입액 139,271천원에 일정금액의 프레미엄(청구인 주장 23,000천원)을 포함하는 것이 타당하다고 보여지고, 그럴 경우 쟁점주택은 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 제2호의 규정에 의거 양도당시 실지거래가액을 기준시가 비율로 환산하여 산정한 가액을 실지취득가액으로 하여 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

소득세

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.