청구법인은 경기도 파주시 OO동 OOOOOOO에 본점을 두고 1991.11.4 설립된 회사로서 경기도 파주시 OO동 OOOOOOO외 7필지 대지 3,831.06㎡ 지상에 지하6층 지상20층 주상복합건물 상가 26,031.766㎡, 아파트 19,000.584㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 위 대지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하는 도급계약을 1993.5.10 청구외 OO건설 주식회사(이하 “OO건설”이라 한다)와 체결하고 1997.3.25 소유권보존등기를 경료한 후 공사비 등의 지급에 갈음하여 쟁점건물의 매매대금을 250억원으로 하는 대물변제계약에 따라 1997.11.6 OO건설에게 쟁점건물의 소유권이전등기를 경료해 주고(쟁점부동산 중 토지는 OO건설이 1998년에 경락으로 취득하였다), 1997사업년도 법인세 과세표준과 세액신고시 쟁점건물의 분양수입금액을 250억원으로 신고하였다.

처분청은 청구법인이 대물변제를 원인으로 하여 쟁점건물을 OO건설에게 소유권이전등기하기 전에 쟁점부동산의 일부를 분양하여 수령한 분양대금중 건물분 상당액 10,631,830,899원을 매출누락으로 보아 익금산입하고 잡손실 226,955,640원을 손금불산입하여 1997사업년도 소득금액을 계산하고, 청구법인이, 분양한 쟁점건물중 상가에 대한 특별부가세과세표준을 1,676,804,447원으로 계산하여 1998.6.16 청구법인에게 법인세 특별부가세 402,433,060원을 결정고지하였다가

청구법인이 쟁점부동산 중 토지 취득당시 청구외 OOO에 대한 미지급금 3,589,690,000원의 변제에 갈음하여 대물변제한 상가(지상1층 은행)가액중 건물분 상당액 1,706,451,552원을 매출누락금액에 추가하여 동 매출누락금액을 12,338,282,451원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 1997사업년도 소득금액을 재계산하고, 쟁점건물중 상가에 대한 특별부가세과세표준을 4,177,216,177원으로 재계산한 후 1999.1.3 법인세 특별부가세를 605,699,720원으로 증액결정고지하였다(법인세는 이월결손금공제로 산출세액이 없다).

청구법인은 이에 불복하여 1998.8.12 이의신청 및 1998.11.6 심사청구를 거쳐 1999.4.13 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점금액은 청구법인이 OO건설에게 대물변제한 가액 250억원에 포함되어 있으므로 쟁점건물에 대한 1997사업년도 소득금액계산시 쟁점금액을 익금에 가산하고 특별부가세 과세표준계산시 쟁점금액중 상가분양금액 9,498,117,312원을 양도가액에 가산한 이 건 과세처분은 특수관계없는 자와의 정당한 실지거래가액을 인정하지 아니한 것으로서 부당하고, 쟁점부동산 중 토지대금의 대물변제를 위하여 청구외 OOO 및 OOO외 1인에게 분양하기로 약정한 지상1층 상가(은행)와 지하1층(사우나) 분양금액 8,289,007,000원중 건물분 상당액 5,382,466,695원(이하 “쟁점대물변제금액”이라 한다)은 OO건설이 인수하지 아니하여 대물변제의 효력이 발생하지 아니한 금액이므로 특별부가세 과세표준계산시 쟁점건물의 양도가액에서 제외해야 한다.

(2) 특별부가세 과세표준계산시 매매용 재고자산을 분양하는 경우에도 건설자금에 충당한 차입금 지급이자는 당해 자산의 취득가액에 포함되는 것이므로 쟁점건물의 건설자금에 충당한 차입금 지급이자 3,600,168,407원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 쟁점건물의 양도가액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 1996.10월 청구법인의 부도로 인하여 분양관련장부 및 증빙서류가 없어 쟁점건물에 대한 기분양내역이 확인되지 않아 청구법인이 OO건설과 대물변제계약체결 당시 작성하여 공증한 쟁점건물 분양현황확인서 및 쟁점건물분양에 대한 부가가치세신고서에 의하여 확인한 바, 청구법인이 OO건설에 대물변제한 쟁점건물 매매대금 250억원외에 쟁점건물중 기분양한 쟁점금액이 확인되므로 쟁점금액을 1997사업년도 소득금액계산시 익금에 산입하고, 특별부가세 과세표준계산시 쟁점금액중 상가에 해당하는 분양금액을 쟁점건물의 양도가액에 가산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 특별부가세 과세표준계산시 건설자금에 충당한 차입금 지급이자는 사업용고정자산에 한하여 계산하는 것이므로 매매용부동산의 경우에는 적용되지 아니하는 것이며, 또 청구법인은 쟁점이자를 손익계산서상 영업외비용중 차입금지급이자와 할인료계정으로 회계처리함에 따라 쟁점이자가 쟁점건물의 건설에 소요되었는지 역시 불분명하므로 쟁점이자를 쟁점건물의 취득원가로 인정하지 아니하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 (1) 청구법인이 OO건설에 양도한 쟁점건물의 매매대금 250억원에 기분양입금액인 쟁점금액이 포함되어 있는지 여부 (2) 쟁점건물의 매매대금 250억원에 쟁점금액이 포함되어 있지 아니한 것으로 보는 경우, 청구법인이 토지대금에 대한 미지급금변제로 분양한 쟁점대물변제 금액을 쟁점금액에서 제외할 수 있는지 여부 (3) 재고자산의 양도로 인하여 발생한 특별부가세 양도차익계산시 쟁점이자가 쟁점건물의 취득가액에 포함되는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

(가) 법인세법 제9조(각 사업년도의 소득) 제2항에서 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하고 있고 같은법시행령 제12조(수익과 손비의 정의) 제1항 제1호에서 수익이라 함은 부동산업등에서 생기는 수입금액으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 같은법 제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산) 제1항은 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있고 같은법시행령 제36조(손익의 귀속사업년도) 제1항은 법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도는 다음 각호에 의한다고 규정하면서 그 제2호는 각 사업년도에 있어서 제1호의 규정에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금의 청산일이 속하는 사업년도로 하되 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권등 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도한 경우에는 소유권이전등기일(등록일을 포함한다) 또는 인도일이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실 및 판단

(가) 쟁점건물에 대한 공사도급계약서, 등기부등본 및 부가가치세신고서에 의하면, 청구법인은 1993.5.10 OO건설과 공사금액을 29,850,000,000원으로 하는 쟁점건물 건설도급계약을 체결하고 1993.2기～1997.2기까지 분양한 쟁점건물의 공급가액을 35,272,918천원으로 하여 부가가치세를 신고하였음을 알 수 있다.

(나) 1997.9.18 청구법인이 작성하여 등부 1997년 제1333호로 인증된 쟁점부동산 분양현황확인서를 보면, 청구법인은 1997.9.18 현재까지 쟁점부동산의 실제 분양현황이 다음과 같음을 확인하고 있다.

(단위 : 천원)

① 쟁점부동산에 대한 총분양예정가액은 68,012,099,000원으로서 청구법인이 1993년부터 기분양한 위 표상 분양금액을 차감하면 미분양금액은 39,153,114,563원이며, 쟁점부동산의 수분양자수는 약 150명임을 알 수 있다.

② 위 표상 분양금액 및 분양입금액은 토지가액과 건물가액이 모두 포함된 금액인 반면 위 분양입금액중 토지가액을 제외한 건물가액은 12,338,282,451원(분양입금액에 청구법인이 부가가치세신고시 토지가액과 건물가액을 안분하기 위하여 적용한 비율 0.64935를 곱하여 산정)이며, 위 건물가액에는 청구외 OOO 및 OOO외 1인에게 대물변제명목으로 분양한 상가건물가액이 포함되어 있다.

③ 처분청은 청구법인이 작성한 위 분양현황확인서에 근거하여 특별부가세 양도가액을 23,949,820,434원(기분양입금액중 상가가액 9,498,117,312원 + OO건설에 대물변제한 가액중 상가가액 14,451,703,122원), 양도비용을 672,093,156원, 취득가액을 19,100,511,161원으로 하여 이 건 특별부가세과세표준을 4,177,216,117원으로 계산한 후 이 건 법인세 특별부가세를 과세한 사실이 청구법인에 대한 법인세(특별부가세) 결정결의서에 나타난다.

(다) 청구법인이 1997.9.23 OO건설과 합의하여 작성한 합의양정서 제5조(수분양자 명부 및 처리방법)에 의하면, 청구법인은 진정한 수분양자 명부 및 분양금 납입내역서를 공증한 후 OO건설에게 제출하고 수분양자 명부에 등재되지 않은 자에 대하여 OO건설은 일체의 책임을 부담하지 않으며, OO건설은 수분양자 명부상의 자에게 본 약정후 2개월 이내에 미납금의 납부후 입주하도록 할 수 있고 이 기간이 경과될 경우 OO건설은 수분양자의 분양권을 인정하지 않고 제3자에게 분양할 수 있음을 약정하고 있다.

(라) 위 1997.9.23자 합의약정서에 의하면 청구법인은 1997.9.27 OO건설과 공사비등 채무변제에 갈음하여 쟁점건물의 매매대금을 250억원으로 하는 대물변제계약을 체결하고 1997.11.6 쟁점건물의 소유권이전등기를 OO건설에 경료해 준 사실이 쟁점건물 부동산매매계약서와 등기부등본에 의하여 확인된다(쟁점부동산 중 토지는 OO건설이 1998년에 경락으로 취득하였다).

(마) 위와 같이 청구법인이 1993.2기～1997.2기까지 쟁점건물을 분양하고 신고한 부가가치세 매출과표가 청구법인이 OO건설에 대물변제한 가액 250억원중 상가분에 해당하는 가액 14,451,703천원을 포함하여 35,272,918천원인 점, 청구법인이 공사비등의 변제에 갈음하여 쟁점건물로 대물변제할 당시 작성한 합의약정서에 의하면 청구법인이 기분양한 수분양자의 분양권을 OO건설이 인정하고 있고 위 수분양자의 분양권을 제외한 나머지 쟁점건물의 매매대금을 250억원으로 약정한 점, 청구법인이 작성하여 인증한 분양현황확인서에 의하면 쟁점부동산의 총분양예정가액이 680억원인 점을 종합하여 보면, 기분양입금액이 쟁점건물의 대물변제가액 250억원에 포함되어 있다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인이 쟁점부동산중 대지 3,393㎡를 취득하기 위하여 체결한 부동산매매계약서를 보면, 청구외 OOO, OOO등 7인은 청구법인에게 위 토지대금을 120억원으로 하여 양도하는 매매계약을 체결하면서 위 매도인은 잔금중 일부나 잔액을 건축허가를 득한 건물로 대물변제를 청구법인에게 요구 할 수 있는 것으로 약정하고 있음을 알 수 있다.

(2) 1997.9.18 인증된 분양현황확인서에 의하면, 청구법인은 토지대금 미지급금을 분양금액(OOO 3,589,690천원, OOO외 1인 4,699,317천원 합계금액 8,289,007천원으로 이중 토지가액을 제외한 건물분 상당액은 5,382,466천원이다)으로 하여 쟁점건물중 지상1층 은행은 청구외 OOO에게, 지하1층 사우나는 청구외 OOO외 1인에게 각각 대물변제한 사실이 확인된다.

(3) 1998.7.8 우리 심판부(국심 46830-880호)는 청구외 OOO 및 OOO외 1인에 대한 쟁점대물변제금액을 OO건설이 인수하였는지 대하여 OO건설에게 조회하였는 바, 이에 대하여 1999.7.21 OO건설(현건경 제99-232호)은 1997.9.23 합의약정서 작성 당시 청구법인이 확인한 수분양자 명부상에 기분양자로 위 청구외 OOO 및 OOO외 1인이 포함되어 있었으며, 당사가 청구할 분양잔금이 없어 별도의 수입없이 소유권을 이전해주기로 한 사실이 있는 것으로 회신하고 있다.

(4) 위와 같이 청구법인은 쟁점부동산 중 토지를 취득하면서 잔금중 일부를 건물로 대물변제하기로 약정하였고, 그 약정에 따라 쟁점건물 중 지상1층 은행은 청구외 OOO에게, 지하1층 사우나는 청구외 OOO외 1인에게 각각 분양하였으며, OO건설이 청구법인으로부터 쟁점건물을 양수할 당시 청구법인에 대한 청구외 OOO 및 OOO외 1인의 분양권을 인정한 점을 종합하여 보면, 쟁점대물변제금액은 청구법인의 1997사업년도 분양수입금액으로 인정되는 반면 OO건설이 청구법인으로부터 쟁점대물변제금액을 인수하지 않아 대물변제의 효력이 발생하지 아니하였으므로 쟁점대물변제금액을 쟁점금액에서 제외해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

라. 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

(1) 법인세법 제59조의 2(특별부가세과세표준) 제3항에서 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서, 그 제1호는 취득가액을, 그 제2호는 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 규정하고 있으며, 같은법시행령 제124조의 2 제2항은 법 제59조의 2 제3항에서 『취득가액』이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, 건설자금에 충당한 자금의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제37조 제1항은 자기가 제조 ·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액으로 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제16조 제11호 및 같은법시행령 제33조 제1항에서 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산시 손금불산입하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자라 함은 그 명목 여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입·제작·건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제33조 제2항은 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 사업에 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적지출로 하여 원본에 가산한다고 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점이자가 쟁점건물의 건설에 소요된 차입금의 지급이자에 해당하므로 특별부가세의 양도차익계산시 쟁점이자를 취득가액에 포함하여야 한다고 주장하고 있으나

(가) 전시한 법인세법시행령 제33조 제1항에 의하면, 건설자금이자의 계상대상은 고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명한 차입금의 지급이자로 한정하고 있을 뿐 재고자산이 포함되는 것으로 달리 규정하고 있지 않으므로 건설자금이자와 관련된 위 규정이 비록 각 사업년도소득금액계산시 손금불산입과 관련된 규정일지라도 법인세와 특별부가세 전반에 걸쳐 공통으로 적용되는 법인세법의 일반원리라고 해석해야 할 것이고(재경부 법인46012-9, 1998.3.31·법인세법기본통칙 2-9-11---15 같은 뜻)

(나) 회계일반원리에 비추어 보아도 재고자산이 판매목적으로 보유하는 비교적 단기유동자산이라는 점을 고려한다면 재고자산의 취득에 소요된 차입금의 지급이자는 기타 지급이자와 같이 당해 사업년도의 기간비용으로 회계처리할 것이지 감가상각자산과 같이 당해 자산의 원가로는 회계처리할 수 없다고 보여지므로 사업용고정자산에 대한 건설자금이자를 자본적지출로 보아 취득원가에 산입한다 하여 재고자산의 건설에 소요된 차입급의 지급이자까지 취득원가에 산입할 것은 아니라 할 것이다(국심95경1067, 1995.11.2 같은 뜻).

(3) 위 관련법령등을 종합하여 보면, 재고자산인 쟁점건물의 건설에 소요된 쟁점이자를 쟁점건물에 대한 특별부가세의 양도차익계산시 취득가액에 포함하지 아니한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.