청구인은 90.8.30 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO 대지 879.9㎡(이하 “제1호 토지”라 한다)를 취득하여, 90.9.3 당해 토지중에서 같은 동 OOOOOO 대지 595.8㎡(이하 “제2호 토지”라 한다)를 분할한 후, 제1호 토지의 지상에 91.8.10 지상 4층, 지하 1층, 연면적 726.96㎡인 건물(이하 “제1호 건물”이라 한다)을 신축하고, 제2호 토지의 지상에는 91.8.9 지상 7층, 지하 1층 연면적 2,246.55㎡인 건물(이하 “제2호 건물”이라 한다)을 신축한 후, 91.10.2 제1호 토지와 건물을 청구외 OOO·OOO에게 750,000,000원에 공급(매도)하고, 91.12.20 제2호 토지와 건물을 청구외 OOO·OOO에게 2,050,000,000원에 공급(매도)하였다.

처분청은 위 토지와 건물의 공급가액이 구분되지 아니한다고 보아, 지방세 과세시가표준액에 의하여 건물가액을 안분계산하여 92.6.17 청구인에게 건물 공급가액에 대한 91년 제2기분 부가가치세 233,726,040원을 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.7.31 심사청구를 거쳐 92.11.17 위 과세처분을 경정을 구하는 이건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가) 청구인 주장

위 2필지의 토지와 그 지상 2개동 건물의 공급가액의 합계액인 28억원에서 토지취득가액 1,493,920,000원을 차감한 잔액 범위내에서 건물 공급가액을 산정하여야 하고, 제2호 토지 및 건물은 교환으로 양도하면서 청구인이 구분하여 계산 평가한 금액으로 인정하여야 하며, 이에 따라 제1호 토지 및 건물의 공급가액도 구분하여야 하며, 그렇지 않으면 청구인이 장부상 기장한 위 토지와 건물의 취득가액에 의하여 위 토지와 건물의 공급가액을 구분하여야 한다고 주장한다.

나) 국세청장 의견

위 토지와 건물의 공급가액에 대한 당초 조사시 매수자로 부터 위 토지와 건물의 공급가액이 구분되지 아니하고 총액으로 거래된 사실을 확인하였고, 청구인이 위 제1호와 제2호의 토지와 건물을 91.8월 및 91.12월에 각각 매도하였음에도 부가가치세 예정 또는 확정신고 기한 내에 신고한 사실이 없는 점으로 미루어 볼 때 신빙성 있는 장부 및 증빙을 비치 기장하였다고 볼 수 없으며, 청구인이 실지거래가액이라고 주장하는 가액은 임의로 평가·약정한 금액으로서 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 제3호에 규정한 감정평가법인이 감정한 감정가액이 아니므로 그 실지거래가액이 불분명하여 지방세법에 의한 과세시가 표준액에 의하여 안분계산한 이건 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가) 쟁점

2필지의 토지와 그 각 지상건물을 각각 공급한 이 건의 경우 그 토지와 건물의 공급가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 처분의 당부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나) 관계법령

부가가치세 제13조 제1항 본문 및 제1호와 제2호에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가, 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다고 규정하고, 같은법 시행령 제48조의 2 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고, 제4항 본문에서 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다”고 규정하면서 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다”고 하고, 제3호에서는 “지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”이라고 규정하고 있다.

다) 심리 및 판단

부가가치세법상 토지의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제(법 제12조)되나, 건물의 공급에 대하여는 부가가치세가 과세되는 바, 청구인이 2개의 건물을 신축하여 각각 공급한 사업자인 사실에는 다툼이 없다.

먼저, 매매계약상 토지와 건물의 공급가액이 구분되는지를 보면, 청구인이 제시한 매매계약서상 토지와 건물의 공급가액이 구분되어 있지 아니하며, 처분청의 당초 조사시에도 그 가액이 구분되어 있지 아니한 사실이 확인된 바 있다.

다음, 실지거래가액으로 볼 수 있는 가액 또는 기준이 있는 지를 살펴보면

첫째, 청구인은 이 건 2필지의 토지와 그 지상건물을 각각 공급하면서 그 공급가액을 구분하여 장부상에 계상하고 있지 아니하여 장부가액이 구분되지아니하고,

둘째, 취득가액이 구분되는지를 보면, 청구인은 1필지의 토지를 취득하여 2필지로 분할하였는 바, 분할로 인하여 토지의 입지적 조건이 상이(제2호 토지만 대로변에 접함)하게 되었고 따라서, 제1호와 제2호의 각 토지의 취득가액이 면적에 비례할 수 없으며, 건물의 취득가액의 경우 국세청장의 의견에 의하면 취득가액에 관한 기장내용이 신빙성이 없다고 하는 바, 설사 기장된 그 취득가액을 신빙성이 있다고 인정하는 경우에도 청구인이 제1호와 제2호의 2개 동 각 건물의 취득가액을 구분하여 기장하지 아니함으로써 그 취득가액이 구분되지 아니한다.

끝으로, 감정가액에 의한 안분계산이 가능한 지를 보면, 이 건 부동산이 양도일 전후에 걸쳐 근해 OOO OOO 협동조합, 주식회사 OOO상호신용금고, OOOO은행, OOOO OO협동조합, 주식회사 OO상호신용금고 등에 근저당 설정담보용으로 제공되어 있어 근저당권 설정시 감정가액이 있는 경우 이를 기준으로 안분계산할 수 있는 것이므로 근저당권자인 위 각 금융기관에 감정가액이 있는지를 조회한 결과 그 감정가액이 없거나 토지 또는 건물만의 감정가액이 있는 등 그 기준이 될 만한 합리적인 감정가액을 발견할 수 없다.

그렇다면, 이 건의 경우 2필지의 토지와 그 각 지상건물에 대한 각각의 공급가액이 실지거래가액에 의하여 구분되지 아니하고, 장부가액·취득가액 또는 감정가액에 의한 구분도 되지 아니하는 등 달리 안분계산할 합리적인 기준을 찾을 수 없으므로, 부득이 이 건 각 건물의 공급가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산할 수 밖에 없다 할 것이다.

따라서, 이를 다투는 청구인의 주장은 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.