가. 청구인은 1994.5.10. OOOOO OOO OOO OOOOO 전 663㎡(위 토지는 2008.3.5. OOOOO OOO OOO OOOOO에서 분할됨, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하여 2008.5.8. OOOOOO에 공공용지의 협의 취득으로 양도한 후, 실지거래가액으로 양도차익을 산정(양도가액 336,649,300원, 취득가액 84,420,392원)하고, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 양도당시 농지가 아니라 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2009.7.9. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 46,898,500원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOOOOO에 수용된 쟁점토지 중 임차인들에게 임대한 125㎡를 제외한 538㎡는 임대 및 주차장 등으로 사용한 사실이 없으므로 쟁점토지를 농지가 아니라 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지가 양도당시 농지라고 볼 수 없는 상태임이 항공사진(2005.4.28. 임대한 농지위에 비닐하우스 짓기 이전 항공사진과 2006.1.28.자 항공사진을 비교하면 쟁점농지가 농지형태가 아닌 나대지 형태와 동일함)과 임차인들의 확인서에서 확인되고, 쟁점토지는 도로에 접해 있어 임차인의 화원에 접근하기 위해서는 쟁점토지를 사용하여야 하는 등으로 쟁점토지를 농지로 사용할 수 없는 상태이므로 쟁점토지를 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것)

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[중략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것)

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 재정경제부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경，건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑧ 법 제69조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정된 것)

제27조 【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 양도자가 8년(중략) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가. 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(중략) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가. 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만，신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제6항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1994.5.10. 쟁점토지를 매매로 취득하여 2008.5.8. OOOOOO에 공공용지의 협의 취득으로 양도한 후, 실지거래가액으로 양도차익을 산정하고, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 양도소득세 감면신청한 데 대하여, 처분청은 쟁점토지가 양도당시 농지가 아니라 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 내용이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 OOOOOO에 수용된 쟁점토지 중 임차인들에게 임대한 125㎡를 제외한 538㎡는 임대 및 주차장 등으로 사용한 사실이 없으므로 쟁점토지를 농지가 아니라 하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 청구인은 1989.6.27.부터 현재까지 OOOOO OOO OOO OOOOO에서 거주하는 것으로 주민등록초본에서 확인되고, 쟁점토지의 토지대장에는 ‘전’으로 기재되어 있다.

(4) 처분청 조사복명서에 의하면, 쟁점토지는 청구인이 2006.8.30.부터 같은 동 130-1에서 OOOOOO이라는 부동산임대사업장으로 운영하다, 2008.3.3. 분할되어 2008.5.8. OOOOOO에 수용된 토지이고, 쟁점토지 양도당시 같은 동 130-1에는 아래와 같이 4개 사업장이 있었으며, 2008.4.25. 개업한 OOOOO(OOOOOOOOOOOOO)과 같은 동 136-2에서 2005.11.1.부터 현재까지 영업 중인 OOOO에 탐문한 바에 의하면, 쟁점토지가 같은 동 130-1 내 OOOO 등 화원 앞마당으로써 주차장 및 도로로 사용된 사실이 확인되었고, 2006.1.28. 당시 항공사진을 보아도 동 사실을 확인할 수 있다고 되어 있다.

(5) 살피건대, 쟁점토지는 양도당시 같은 동 130-1 내 화원 앞마당으로써 주차장 및 도로로 사용된 것으로 처분청 심리자료에 나타나고, 항공사진 등에 의하여도 쟁점토지는 여러 개의 화원 등 사업장과 도로 사이에 있었던 토지로 사실상 경작할 수 없었던 토지로 보이는 반면, 청구인이 제시한 증빙자료만으로는 양도당시 쟁점토지가 농지라고 확인되지 아니하는바, 처분청이 양도당시 쟁점토지를 농지가 아니라고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.