청구인과 이OO은 2000.6.16. OOOOO OOO OOO OOOOO 대지 357㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 23.94㎡(이하 “구 건물”이라 한다)를 공동으로 취득하여 구 건물을 멸실 및 철거하고, 2001.6.27. 모텔건물(숙박시설, 이하 “쟁점건물”이라 한다, 이하 쟁점건물과 쟁점토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다) 1,557.11㎡(9층)를 신축·준공하여 공동으로 임대사업을 영위하다가 2002.4.30. 진OO 외1인에게 2,600,000천원에 양도하고, 2002.5.2. 쟁점토지는 1년 이상 보유하다 양도하였다고 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고, 쟁점건물은 1년 미만 보유하다가 양도하였다 하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하면서 양도가액은 쟁점부동산의 양도가액을 소득세법 제100조 제2항의 규정에 따라 양도당시 토지와 건물의 기준시가의 합계액에서 건물의 기준시가가 차지하는 비율로 안분하여 계산한 환산가액(1,529,521천원)으로 하고, 취득가액은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호의 규정에 따라 쟁점건물의 양도가액(1,529,521천원)에 취득당시 건물의 기준시가가 양도당시 건물의 기준시가에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 환산가액(1,487,660천원)으로 하여, 2002년 귀속 양도소득세 8,497,560원을 신고·납부하였다.

처분청은 청구인의 신고내용 중 쟁점토지의 양도차익과 쟁점건물의 양도가액에 대하여는 청구인이 신고한 금액을 그대로 인정한 반면, 쟁점건물의 취득가액에 대하여는 청구인이 신고한 환산가액(1,487,660천원)을 부인하고 2000. 1기 ~ 2002. 2기 부가가치세 과세기간 중 청구인이 수취하여 신고한 부가가치세신고서상 매입세금계산서의 공급가액(814,723천원)과 청구인의 추정진술에 의한 추정인건비(109,500천원)를 합한 924,223천원으로 하여, 2006.8.18. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.10.20. 이의신청을 거쳐 2007.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

소득세법상 자기가 건설에 의하여 취득한 자산의 경우 취득가액계산시 실지거래가액은 원재료비, 노무비, 경비 등을 합한 총금액을 말하는 것으로, 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 확정한 924,223천원은 실지 투입한 비용(1,525,078천원)과 비교할 때 60.6%에 불과한 점으로 볼 때 쟁점건물의 신축비용 중 일부인 매입세금계산서와 추정에 의한 인건비만으로는 쟁점건물의 취득가액이 확인된다고 볼 수 없으므로 쟁점건물의 취득가액은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호의 규정에 따라 쟁점건물의 양도가액에 취득당시 기준시가가 양도당시 기준시가에서 차지하는 비율을 곱하여 환산한 가액인 1,487,660천원으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점건물의 취득가액이라고 주장하는 환산가액은 청구인이 제시한 건설비에 대한 증빙서류가 미비하거나 그 내용이 허위라고 의심되어 새로운 자료를 받더라도 실제 투입된 건축비를 확인할 수 없을 때 적용하는 추계조사방법에 의한 환산가액으로, 청구인이 매입세금계산서 등(924,233천원) 외에 추가지출한 신축비용이라고 주장하는 572,313천원은 처분청이 이미 인정한 매입세금계산서와 중복되었거나 공사내용 및 대금지급사실이 확인되지 않는 것이며, 청구인이 달리 추가지출액의 지급사실을 입증하지 못하고 있으므로, 쟁점건물의 신축과 관련하여 청구인이 수취한 매입세금계산서의 공급가액과 이상길이 확인한 노무비를 합산한 가액으로 쟁점건물의 실지취득가액을 확정하여, 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물의 실지양도가액산정시 실지양도가액을 기준으로 환산한 가액을 부인하고 쟁점건물의 신축과 관련된 매입세금계산서의 공급가액과 추정에 의한 인건비의 합계액을 실지취득가액으로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

소득세법 제96조【 양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

·4. 취득후 1년 이내의 부동산의 경우

소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다은 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액 등】 ①법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다은 각호의 금액에 의한다.

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 ④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

소득세법시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】 ② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 도는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지 및 건물과 제162조의 2 제1항의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의한여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액. 취득당시의 기준시가

또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

청구인은 처분청이 쟁점건물의 양도가액으로 확정한 1,529,521천원에 대하여는 다툼이 없으나, 청구인이 쟁점건물을 자기가 건설에 의하여 취득한 것임에도 투입된 원재료 등의 경우는 청구인이 수취한 매입세금계산서(814,723천원)를 객관적인 증빙으로 인정하고 인건비는 객관적인 증빙없이 추정에 의한 방법으로 산정한 109,500천원으로 하여 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 확정한 924,223천원은 청구인이 쟁점건물을 신축하기 위하여 실지 투입한 비용(1,525,078천원)과 비교할 때 60.6%에 불과하여 쟁점건물의 신축가액을 반영한 것으로 볼 수 없으므로 그 취득가액의 확인이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아, 소득세법 시행령 제176조 제2항 제2호의 규정에 따라 쟁점건물의 양도가액인 1,529,521천원에 양도당시 쟁점건물의 기준시가에서 취득당시 쟁점건물의 기준시가가 차지하는 비율로 안분한 환산가액(1,487,660천원)을 쟁점건물의 취득가액으로 추계경정하여야 한다고 주장하고 있어, 이를 살펴본다.

(1) 쟁점건물 양도당시 시행된 소득세법 제96조 제1항 제1호 및 같은법 제97조 제1항 제1호 가목과 다목을 보면, 양도한 자산의 양도차익계산시 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도당시와 취득당시의 기준시가에 의하되, 취득후 1년 이내 양도한 부동산의 경우는 그 자산의 양도당시와 취득당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제163조 제1항 제1호 및 같은법 시행령 제89조 제1항 제2호·제3호에 의하면, 자기가 건설에 의하여 취득한 자산의 경우 취득에 소요된 실지거래가액이란 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세 포함)·설치비 기타 부대비용의 합계액으로 하도록 규정하고 있다.

(2) 또한 소득세법 제100조 제1항에 의하면 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하도록 하고 있으며, 소득세법 제97조 제1항 다목 및 소득세법 시행령 제176조의2 제2항에 의하면, 양도당시의 실지거래가액은 확인되나 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우(취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우)에는 소득세법 제114조 제5항 및 같은법 시행령 제176조의 2 제2항의 규정에 의거 양도당시 실지거래가액을 기준으로 다음과 같이 환산한 가액을 취득당시 실지거래가액으로 볼 수 있도록 규정하고 있다.

양도당시의 실지거래가액 취득당시의 기준시가

또는 동 항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

(3) 청구인이 제시한 쟁점건물의 건축공사경비표(장부가액)에 의하면 매입세금계산서 공급가액 714,723천원과 기타 거래명세표나 일반영수증 수취분 681,813천원 합계 1,496,536천원으로 나타나고 있고, 2006.10.10. 청구인이 OOO감정평가법인에게 쟁점건물의 감정을 의뢰하여 2001.6.27. 기준일로 하여 감정한 가액은 1,369,661천원으로 기재되어 있으나, 위 금액이 쟁점건물의 실지취득가액임을 인정할 수 있는 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세 포함)·설치비 기타 부대비용 등에 대한 구체적인 증빙은 제시하지 못하고 있다.

(4) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 쟁점건물의 신축기간인 2000. 1기부터 2002. 2기 부가가치세 과세기간 중에 청구인이 수취하여 신고한 부가가치세신고서상 쟁점건물 신축과 관련된 매입세금계산서 등 814,723천원(명세:별지1)만을 객관적인 증빙으로 인정하여 실지취득가액에 산입하면서, 인건비로는 객관적인 증빙없이 청구인의 추정에 의하여 진술한 금액인 109,500천원(일용노동자 1일 5명, 평균노무비 1인당 6만원, 공사기간 365일: 2000.6.23.~2001.6.23.)을 취득가액으로 인정하여 쟁점건물의 실지취득가액을 924,223천원으로 확정하고, 청구인이 주장하는 건축공사경비표상의 쟁점건물의 취득가액 1,496,536천원 중 924,223천원을 제외한 나머지 572,313천원은 이미 취득가액으로 인정한 매입세금계산서의 공급가액과 중복으로 계상한 금액(120,500천원)이거나 청구인이 주장하는 공사내용 및 지급사실이 불분명(451,813천원)하다고 하여 쟁점건물의 취득가액에서 제외한 사실이 나타나고 있다.

(5) 이 건 심판청구시 처분청이 부인한 572,313천원 또한 쟁점건물 신축시 기 교부받은 세금계산서와 관련된 공사금액 외에 추가적으로 소요된 비용이라고 주장하면서 청구인이 제출한 소명자료(명세:별지2)에 의하면, 비록 공사금액지출과 관련된 객관적인 증빙은 없으나 지하실 터파기공사, 각 객실(44실)의 내장인테리어공사, 각 객실(44개)의 에어콘과 배관실외기설치공사, 옥상과 지하주차장의 우레탄도장공사, 쟁점건물 1층 계단·홀 ·외부석재공사 등은 그 공사내용이 별지명세1(매입세금계산서 수취분)에 기재된 공사와는 다른 공사로 보이고, 또한 쟁점건물신축시 필수적으로 투입될 개연성이 큰 비용으로 인정된다.

(6) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점건물과 같이 취득후 1년 이내에 양도한 자산의 경우 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 원칙이나, 장부 기타 증빙서류에 의하여 실지거래가액(이 건의 경우 실지취득가액)이 확인되지 아니하는 경우에는 소득세법 시행령 제176조의 2 제2항의 규정에 따라 환산한 가액으로 취득가액을 추계결정하는 것인바, 위에서 본 바와 같이 쟁점건물 신축시 처분청이 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정한 세금계산서상 공급가액 이외에도 다른 공사가 필수적으로 진행되었을 것으로 인정됨에도 그 공사금액과 관련된 증빙서류를 비치하거나 제시하지 못하고 있고, 처분청이 인정한 인건비 또한 실지지출금액이 아닌 추정치이며, 비록 청구인이 제시한 쟁점건물의 장부가액 및 감정평가액의 경우 그 가액의 진실성은 객관적인 자료에 의하여 확인되지 아니한 점은 있으나 처분청이 실지취득가액으로 인정한 금액을 위 가액과 비교하여 보면 장부가액 대비 61.7%이고 감정가액 대비 67.4%에 불과한 점 등으로 미루어 볼 때, 쟁점건물의 실지취득가액이 장부 기타 증빙서류에 의하여 확인된다고 볼 수 없으므로 청구인이 위 추계결정방법에 따라 환산하여 신고한 취득가액(1,487,660,425원)을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하는 것이 타당하고, 처분청이 이와 달리 쟁점건물의 실지취득가액이 확인된다 하여 그 가액(924,223,000원)을 쟁점건물의 실지취득가액으로 산정한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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