청구법인은 설계, 계측, 시험분석, 생산자동화, 사무자동화등을 위한 도구로 사용하기 위하여 90.1.6부터 92.6.15까지의 기간동안 미국등 5개국의 외국법인으로부터 COMPUTER AIDED DESIGN용(이하 “CAD”라 한다) 37건, COMPUTER AIDED MANUFACTURING용(이하 “CAM”이라 한다) 5건, 합계 42건(명세별첨: 이하 “쟁점 소프트웨어”라 한다)의 소프트웨어를 도입하였다.

처분청은 청구법인이 도입한 별첨 쟁점 소프트웨어에 대한 지급대가(2,416,540,623원)를 사용료소득으로 보아 93.12.1 청구법인에게 국내원천소득에 대한 원천징수 불이행에 따른 법인세 3건 376,594,380원(90사업연도 31,514,320원, 91사업연도 204,575,470원, 92사업연도 40,504,590원)고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.1.26 심사청구를 거쳐 94.5.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청이 청구법인이 도입한 쟁점 소프트웨어는 93.9.23 고시된 소프트웨어 과세지침(국세청 국이 46523-457) 이전에 도입한 것임에도 불구하고 쟁점 소프트웨어 도입대가를 사용료소득으로 보아 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배되는 처분이고, 청구법인이 도입한 소프트웨어는 업무용 상품으로 구입한 복제품 정본으로서 기술정보나 노하우가 포함된 것이 아니고 업무용으로 사용하기 위하여 범용화된 상품을 구입한 것에 불과함에도 쟁점소프트웨어의 가격이 고가이고 국내의 일반적인 기술로는 개발이 불가능하며 소프트웨어 저작권자의 승낙이 없으면 타업체에의 사용허락이 금지된다는 이유등으로 쟁점소프트웨어에 노하우가 포함된 것으로 보아 쟁점소프트웨어를 도입하고 지급한 대가를 사용료소득으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

외국법인으로부터 소프트웨어를 도입하고 지급한 대가는 관세의 부과에 관계없이 소득세 또는 법인세를 과세하여야 한다는 재무부 유권해석(재무부 국조 22601-1022, 89.9.27)이 있었으므로 이 건 법인세 과세는 소급과세금지원칙에 위배되는 처분이 아니며, 쟁점 소프트웨어는 최하 백만원대부터 수억원대에 이르기까지 고액으로서 고도의 기술 및 정보가 포함된 소프트웨어이며, 청구법인 이외 다른 업체에서의 사용이 금지되어 청구법인의 초과 수익력을 발생시켰으므로 사용료소득으로 보아 원천징수 불이행분에 대하여 법인세를 과세한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점소프트웨어를 외국으로부터 도입하고 지급한 대가를 사용료소득으로 보아 과세한 처분이 소급과세금지원칙에 위배된 처분인지의 여부와 쟁점소프트웨어 도입대가가 사용료소득에 해당되는지의 여부에 있다.

나. 관련법령

법인세법 제55조 【국내원천소득】 제1항에서 『제53조에서 “국내원천소득”이라 함은 다음 각호에 게기하는 소득을 말한다』고 규정하고 있고, 제9호 (나)목에서 『산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산·정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고 있으며,

같은법 제59조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】제1항에서는 『외국법인에 대하여 제55조 제1항 제1호·제2호·제4호 내지 제6호·제9호 내지 제11호의 규정에 의한 국내원천소득으로서 제56조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자는 제58조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 규정에 의한 금액을 당해법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부하여야 한다』고 규정하고 있으며 그 제3호에서 『제55조 제1항 제1호·제2호·제9호 및 제11호에 게기하는 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 25』라고 규정하고 있다.

한편, 한·미 조세협약 제27조【상호합의절차】(1)에서는 『일방체약국 또는 양 체약국의 과세처분이 일방체약국의 거주자에 대하여 이 협약에 의거하지 아니하는 과세의 결과를 가져오거나 또는 가져올 것으로 동 거주자가 간주하는 경우에, 동 거주자는 양 체약국의 국내법에 의하여 규정된 구제절차에 불구하고, 그가 거주자로 되어있는 체약국의 권한있는 당국에 그 사건에 대한 이의를 신청할 수 있다. 동 청구를 받은 체약국의 권한있는 당국에 의하여 동 거주자의 청구가 이유있는 것으로 간주되는 경우에, 동 체약국은 이 협약에 배치되는 과세를 회피할 목적으로 타방체약국의 권한있는 당국과의 합의에 도달하도록 노력한다』고 규정하고 있는 동협약 (4)에서는 『권한있는 당국이 그러한 합의에 도달하는 경우에는, 동 합의에 따라 양 체약국이 동 소득에 대하여 과세하며 또한 조세의 환부 또는 세액공제를 하여야 한다』고 규정하고 있다.

또한, 국세기본법 제55조의2【상호합의절차 진행시 기간계산의 특례】에서는 『상호합의절차 진행시 기간계산의 특례는 국제조세조정에 관한 법률 제24조 제1항에서 정하는 바에 따른다』라고 규정하고 있고, 국제조세조정에 관한 법률 제24조【불복청구기간과 징수유예등의 적용특례】제1항에서는 『상호합의 절차가 개시된 경우 상호합의절차의 개시일로부터 종료일까지의 기간은 대통령령이 정하는 바에 의하여 국세기본법 제61조·제68조 및 지방세법 제58조의 청구기간과 국세기본법 제65조·제81조 및 지방세법 제58조의 결정기간에 이를 산입하지 아니한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 90.1.6～92.6.15 기간중 쟁점소프트웨어를 미국등 5개국으로부터 도입하고 그 대가를 지급하면서 원천징수·납부하지 아니하자 처분청은 이를 사용료소득으로 보아 청구법인에게 외국법인의 국내원천소득에 대한 원천징수 불이행분 법인세를 추징하였으며, 이후 미국소재 자(子)회사인 OOOOOOO OOOOOOOOOOOOO INC.(이하 “청구법인의 자회사”라 한다)로부터 도입한 소프트웨어에 대하여 96.1.11 청구법인의 자회사가 미국의 권한있는 당국(미국 국세청)에 상호합의를 신청하여 96.2.23부터 한·미 양국의 권한있는 당국간 상호합의가 개시되자 청구법인은 국세기본법 제55조의2 및 국제조세조정에 관한 법률 제24조의 규정에 의한 심판청구 결정기간 계산 특례신청을 하여 심판결정이 보류된 상태에서 상호합의가 진행되다가 98.8.12에서야 한·미 조세협약 제27조에 의해 상호합의가 종결되었고,

국세청장은 98.8.20 국제조세조정에 관한 법률 제27조 제2항 및 같은법시행령 제42조 제2항의 규정에 의하여 그 결과를 우리 심판소에 통보하여 왔는바, 동 상호합의 결과 청구법인이 청구법인의 미국내 자(子)회사로부터 소프트웨어 도입시 제품의 설계나 제조에 관한 노하우를 전수받기 위해 원시코드(SOURCE CODE)를 제공받거나 기술사용허여를 받은 사실이 없을 뿐만 아니라 청구법인이 청구법인의 자(子)회사로부터 도입한 소프트웨어가 97.12.12 대법원에서 사용료소득이 아니라는 이유로 취소판결(대법원 97누4005, 97.12.12)받은 청구외 OOOOOOOO(주)가 미국내 모(母)회사인 OOOOO 코퍼레이션사(OOOOOOOOOO Corp.)로부터 도입한 소프트웨어와 97.12.23 대법원에서 취소판결(대법원 97누2986, 97.12.23)을 받은 청구외 OO정보통신주식회사가 특수관계가 없는 스위스의 OO산업전자사(OOOO Industrial Electronics)등으로부터 도입한 소프트웨어와 동일하거나 유사하다는 소프트웨어 전문교수 2인(OOOOOOO OOOOOO과 OOO 교수, OOOO대학 OOOOO과 OOO 교수)의 확인을 거쳐 청구법인이 청구법인의 자(子)회사로부터 도입한 쟁점 소프트웨어 도입대가도 사용료소득에 해당하지 아니한다는 이유로 이미 부과된 세액을 청구법인에게 환급해주기로 98.8.12 상호합의 종결되었음이 결정결의서, 심판청구 특례신청서 및 상호합의종결 관련공문(국세청 국이 46522-514, 98.8.18)등 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 먼저, 이 건 부과처분이 소급과세금지원칙에 위배되는지의 여부에 대하여 살펴본다.

90.1.6 ～ 92.6.15 기간중 외국법인에게 지급한 쟁점소프트웨어 지급대가를 사용료소득으로 보고 93.12.1 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배된다는 주장이나, 재무부의 유권해석에 의하면(국조 22601-1022, 89.9.27) 『외국으로부터 소프트웨어를 도입하는 경우 비거주자 또는 외국법인이 지급받는 대가가 소득세법 제134조 및 법인세법 제55조 제1항 제9호에 규정된 사용료소득에 해당되는 경우 관세의 부과에 관계없이 소득세 또는 법인세를 부과한다』고 해석하고 있고, 또한 위 유권해석 이전부터 사용료소득에 대하여는 원천징수하도록 위 법인세법에 규정하고 있었음이 확인되므로 처분청이 쟁점 소프트웨어 도입대가를 사용료소득으로 보아 과세한 것이 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(3) 다음, 쟁점 소프트웨어의 도입대가가 국내원천소득인 사용료소득에 해당되는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 별첨 쟁점 소프트웨어 도입내역중 상호합의 종결된 소프트웨어를 제외한 17번부터 41번까지의 소프트웨어 도입대가가 사용료소득에 해당되지 아니한다는 이유로 불복하고 있으므로 먼저, 청구법인이 도입한 소프트웨어(CAD, CAM)의 사용용도 및 그 기능을 보면, CAD용 소프트웨어는 고성능 개인용 컴퓨터 또는 워크스테이션등의 컴퓨터 하드웨어에 설치하여 컴퓨터를 이용한 제품의 설계, 디자인, 회로도 등을 손쉽게 작성할 수 있게 하는 도구로서 사람이 자와 연필 및 제도판을 사용하여 많은 시간과 노력을 기울여 해오던 제품의 설계·수정·편집등을 빠르고 정확하게 작성·예측·분석·검증이 가능하게 해주는 소프트웨어이고, CAM용 소프트웨어는 기계장치나 생산자동화설비등 하드웨어의 기능적 특성(계측, 시험, 분석, 공정제어, 생산자동화등)을 수행하도록 지시·명령·제어하는 기능이 프로그램된 공장자동화 설비용 소프트웨어이다.

(나) 국세청장이 미국의 권한있는 당국(미국 국세청)과의 상호합의시 OOOOOOOO(주)와 OO정보통신(주)가 도입한 소프트웨어와 청구법인의 자(子)회사로부터 도입한 소프트웨어가 동일하거나 유사한 것이라는 자문을 한 대한OOOO회 전문교수 2인(OOOOOOO OOOO과 OOO 교수, OOOO대학 OOOOO과 OOO 교수)이 이 건 심판청구대상인 별첨 소프트웨어 도입내역중 17번부터 41번까지의 소프트웨어 또한 OOOOOOOO(주)와 OO정보통신(주)가 도입한 소프트웨어와 동일하거나 유사한 소프트웨어라고 확인한 사실확인서를 제시하고 있어, 우리심판소에서 위 교수(2인)에게 재차 확인한 바, 이미 확인한 내용과 동일한 내용의 사실확인서를 제출하고 있고, 위 교수 2인은 국세청에서 상호합의 진행시 청구법인이 도입한 쟁점소프트웨어는 반도체 관련 OOOO분야의 소프트웨어로서, 대한OOOO회가 취급하는 소프트웨어와 일치하며, 동 학회는 권위있는 학술단체로서 판정의 객관성을 확보할 수 있을 것으로 기대하여 동 학회로부터 소개받아 선정한 교수임이 국세청의 교수 선정 관련자료에 의하여 확인된다.

(다) 법인세법 제55조 제1항 제9호 (나)목 소정의 사용료라 함은 통상 노하우라고 일컫는 발명, 기술, 제조방법등에 관한 비공개 기술정보를 사용하는 대가를 말하므로, 내국법인이 외국법인으로부터 도입한 소프트웨어의 기능과 도입가격, 특약내용등에 비추어 그 소프트웨어의 도입이 단순히 상품을 수입한 것이 아니라 노하우 또는 기술을 도입한 것이라면, 그 기술도입대가를 그 외국법인의 국내원천소득인 사용료소득으로 보고 법인세법 제59조에서 정한 원천징수의무자인 내국법인에 대하여 법인세를 부과할 수 있다 할 것이고,

소프트웨어일 경우, 그것이 상품으로 수입한 것이냐, 노하우 또는 그 기술로 도입한 것이냐를 판단함에 있어서 특별한 사정이 없는 한, 외국의 소프트웨어 공급자로부터 복제판매권등을 수여받지 아니한 채 외국의 소프트웨어 공급업자가 스스로 소프트웨어를 복제하여 작성한 복제물을 그대로 수입하여 사용하거나 판매하는 경우에는 소프트웨어를 상품으로 수입하는 것으로 볼 것이고, 해당 소프트웨어의 비공개 원시코드(Source Code)가 제공되는 경우, 원시코드가 제공되지 아니하는 경우에도 국내도입자의 개별적인 주문에 의하여 제작·개작된 소프트웨어가 제공된 경우, 소프트웨어의 지급대가가 당해 소프트웨어의 사용형태 또는 재생산량의 규모등 소프트웨어의 사용과 관련된 일정기준에 기초하여 결정되는 경우에는 노하우 또는 기술을 도입하는 것으로 일응 볼 수 있을 것이며(같은뜻: 대법원 97누 4005, 97.1 　 　정 해당누 40 누8697.1 　2