청구인은 인천광역시 서구 OO동 OOOOOOO, 공장용지 1,495㎡ 및 공장건물 915.565㎡(청구인 지분 1/5로써 이하 “구 공장”이라 한다)를 ’87.11.6 청구외 OOO, OOO과 함께 취득하여 이를 부동산임대업 등에 사용하다가 인천광역시 OO구 OO동 OOOOO(OO공단 내) 공장용지 1,714.4㎡ 및 공장건물 1,469.93㎡(청구인 지분 1/5로써 이하 “신 공장”이라 한다)로 이전하기 위해 구 공장을 ’93.1.30 양도한 후 ’93.2월 조세감면규제법 제42조(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제)의 규정에 의한 양도소득세 감면신청을 하였다.

처분청은 청구인이 양도한 구 공장의 경우 임대사업에 공하다가 양도한 경우로서 조세감면규제법 제42조에서 정한 감면요건이 충족되지 아니하였다 하여 ’97.11.12 청구인에게 ’93년도 귀속분 양도소득세 37,361,730원을 부과처분 하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’97.12.31 심사청구를 거쳐 ’98.4.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 청구외 OOO 등과 함께 구 공장을 ’87.11.6 공동으로 매입하여 주식회사 OOOO에 임대를 하였으나 ’92.10.23 주식회사 OOOO이 다른 사업장으로 공장을 이전완료하여 청구인은 ’92.11.1부터 구 공장에서 특수합판 제조업을 개시하였으나 주변환경이 좋지 아니하였던 관계로 구 공장을 ’93.1.30 양도하고 인천광역시 OO구 OO동 OOOOO OO공단내의 공장용지를 새로 매입하여 ’93.12.17 공장을 준공하고 동 제조업을 계속 영위하였으므로 이는 조세감면규제법 제42조의 규정에 의한 양도소득세 감면요건에 해당한다.

나. 국세청장 의견

청구인은 구 공장을 ’92.11.1부터 제조업(특수합판)에 사용하였다는 주장이나, 청구인이 구 공장을 ’87.11.6 매입한 후 계속하여 주식회사 OOOO에 임대하다가 ’93.1.4 부동산임대업을 폐업한 사실 등으로 미루어 볼 때 동 폐업일 이후 ’93.1.30 구 공장을 양도할 때까지 제조업을 영위하였다고는 인정되지 아니하므로 처분청이 구 공장양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 양도한 구 공장의 경우 제조업을 영위하다가 양도한 경우로서 조세감면규제법 제42조의 규정에 의한 양도소득세 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

구 공장 양도당시 시행되던 조세감면규제법 제42조 제2항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제36조 제1항 본문에서 『법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(이하 “신 공장”이라 한다)의 가액이 이전의 공장(이하 “구 공장”이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 『제3항 제2호의 경우에 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구 공장의 양도일부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구 공장의 양도일로부터 1년 이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 구 공장을 취득하여 영위한 사업내용을 보면, 청구인은 ’87.11.6 청구외 OOO, OOO과 공동으로 구 공장을 취득한 후 동 공장을 임대사업에 공하기 위해 ’88.1.1 사업자등록(OOOOOOOOOOO)을 하였고, 한편 청구외 주식회사 OOOO은 ’88.1월 구 공장을 청구인으로부터 임차하여 ’92.10.23 공장을 인천광역시 OO구 OO동 OOOOO로 이전할 때까지 4년 9개월간 가구제조업을 영위하였으며, 청구인은 ’93.1.4 구 공장에 대한 부동산임대업 폐업신고를 한 후 ’93.1.30 구 공장을 청구외 OOO에게 양도하였음이 처분청이 제출한 이 건 심리자료에 의해 알 수 있는 바, 이와 같이 청구인은 구 공장을 취득하여 양도할 때까지 공장시설을 갖추고 제조업 등의 사업을 영위한 것이 아니고 공장건물을 타인에게 임대하다가 양도하였음이 확인된다.

(2) 청구인은 위와 같이 ’93.1.30 구 공장을 양도하고 ’93.7.30 신 공장용지를 청구외 OOOOOO공사로부터 취득하여 ’93.12.17 신 공장을 신축한 후 ’94.5월부터 신 공장에서 제조업(특수합판)을 영위하는 것으로 사업자등록(OOOOOOOOOOOO)을 하였다.

(3) 청구인은 구 공장을 양도하기 직전인 ’92.11월부터 ’92.12월까지 약 2개월동안 구 공장에서 제조업(특수합판)을 영위하였다는 주장이나, 청구인이 구 공장에 대한 부동산임대업의 폐업신고를 ’93.1.4에 하였을 뿐만 아니라 실제로 공장시설을 갖추고 인원을 고용하여 제품을 생산하는 등 공장운영을 하였던 것으로 인정될 만한 실체적인 증빙자료(제품생산 및 공장운영일지 등)를 제시하지 못하고 있어 청구주장을 신빙성 있는 것으로 볼 수 없다.

위 사실을 종합하여 보면, 청구인은 구 공장을 취득하여 공장시설을 갖추고 제조업 등의 사업을 영위하지 아니하고 타인에게 임대하다가 양도한 것으로 확인되므로 처분청이 구 공장 양도에 대하여 조세감면규제법 제42조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(국심 96전 1102, ’97.1.15 같은 뜻임)

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.