청구법인은 1994.5.14.부터 현재까지 OOOO OOO OOO OOOOO번지에서 ‘OOOO주식회사’라는 상호로 제조업(선박건조 및 수리업)을 영위하고 있는 법인으로서, 1997년 2기와 1998년 1기에 자료상인 OOOO OOO(OO OOOOOOO OO)으로부터 공급가액 합계 328,063천원의 세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라한다)를수취하여 그 매입액을 법인소득 계산시 손금으로 산입한데 대하여,처분청은쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 매입액을손금불산입하여 2005.8.12. 청구법인에게 부가가치세 42,648,190원(1997년 2기 5,204,030원, 1998년 1기 37,444,160원)과 법인세172,305,000원(1997사업연도 22,057,900원, 1998사업연도 150,247,400원)을결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.9.5. 이의신청을 거쳐 2006.6.7. 이 건심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세기본법 제85조의 3에 의하면 납세자의 장부 등의 비치 및 보존기한을 5년으로 명시하고 있고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하면, 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있음에도 거래 상대방이 자료상으로 판명되었다 하여 부과제척기간을 10년으로 적용함은 부당하다.

(2) 쟁점세금계산서의 실물거래 증빙자료가 2003년 태풍 ‘매미’로소실되어 제출할 수 없으나, 청구법인은 화학운반선을건조함에 있어 필수적인 Flange,Valve류를 OOOO로부터 실제 매입하고 쟁점세금계산서를수취하였음이 금융증빙과 거래사실확인서 등으로 확인되므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 부과제척기간 10년을 적용함이 국세기본법 제26조 2 제1항 1호와 선결정례 등으로 확인되므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 OOOO로부터 공급가액 853,423천원 상당의 물품을 매입하면서, 쟁점세금계산서(공급가액 328,063천원)에 해당하는일부분에 대해서만 위장세금계산서를수취하였다는 청구법인의주장은이치에 맞지 않고, OOOO의 실질사업자라고 주장하는 주OO은 청구법인과의 거래내역을 인지하지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구법인의주장은 신빙성이 없으므로 이 건 과세는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용한 처분의 당부와

(2) 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제26조의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세ㆍ증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

(2) 부가가치세법제17조【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2.자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. 1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(4) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(5) 법인세법 제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는당해 법인의각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 국세기본법 제26조의 2 제1항을 보면, 국세부과제척기간은

당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간이나, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간임을 알 수 있다.

(나) 쟁점세금계산서를 발행한 1997년 2기분과 1998년 1기분의 경우 당해 국세를 부과할 수 있는 날은 과세표준 확정신고일이 경과한 날인 1998.1.26.과 1998.7.26.이고, 이 건 과세 처분일은 2005.8.12.로서 처분청은 그 부과할 수 있는 날로 부터 약 7년 7개월이 경과한 후에 이 건을 과세하였다.

(다) 이 건의 경우, 처분청이 제출한 심리자료와 청구법인의 주장에 의하면, 청구법인이 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 해당 매입세액을 위법 또는 부당한 방법으로 공제받기 위하여 이 건 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 확인되는바, 이러한 경우는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에 해당한다 할 것이어서 부과제척기간 10년이 적용된다 할 것이므로 처분청의 부과제척기간 적용에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이수취한 가공세금계산서로 보아 이 건을 과세한데 대하여, 청구법인은실물거래 하고 수취하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 청구법인은2003.9.12. 태풍(매미)으로 인하여건물이 붕괴되고 제조시설이 침수되는 등 8,112,000천원 상당의 피해를입은 사실이 당시 청구법인이 OO시 재난안전대책본부에 보고한 자료로 확인되는 것 등으로 보아 쟁점세금계산서와 관련된 서류 등이2003년 9월에 분실되었다는 청구법인의 주장을 신뢰할 수 있어 보인다.

2)처분청은 OOOO의 실사업자인 주OO이 청구법인과의 거래를 인지하지 못하는 것으로 보아 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보았으나, 주OO이 2005년 7월에작성한 사실확인서를 보면, 주OO은 쟁점세금계산서를 실물거래 하고교부한 것으로 확인하고 있고, 청구법인이 증빙으로 제출한 선박건조설계도면에 의하면, 쟁점세금계산서상 품목인 Flange,Valve류가 청구법인이 운영하는 화학운반선건조에 필수품목인 것으로나타난다.

3) 청구법인이 실물거래 증빙으로 제시한 쟁점세금계산서와대금으로 지급한 어음은 아래표와 같고, 청구법인이 실물거래 증빙을제시한 약속어음 전지·할인어음계산서·청구법인 계좌 거래내역등에의하면, 청구법인은 쟁점세금계산서의 거래대금으로 OOOO에게1997.12.29.부터 1998.5.30.까지 6회에 걸쳐 약속어음 6매360,862천원을발행·지급하였고, OOOO는 청구법인으로부터 받은약속어음 6매를OOOO OO지점에서할인받은 사실이확인되며, 청구법인은 OOOO에게 지급한 동 약속어음액에 대하여OOOO에 결제한 것으로 나타난다.

- 아 래 -

(천원)

(나) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인이 2003.9.12. 태풍(매미)으로 건물이 붕괴·침수되어 Flange, Valve류의 매입대장 등이분실되어 제시하지 못하나, 쟁점세금계산서 품목인 Flange, Valve 류는 청구법인이 화학운반선을 건조하는데 필수적인 품목이고, 청구법인은 쟁점세금계산서의 결제대금으로 OOOO에게 약속어음 6매(360,862천원)을 지급하였으며, OOOO는 동 약속어음을OOOO OO지점에서 할인받았음이 구체적으로 확인될 뿐만 아니라, 세영 산기의 실사업자인 주OO의 사실확인서 등으로 보아쟁점세금계산서상의 실물거래는 OOOO와 하였으나, 세금계산서는 태양배관 으로부터 수취하였다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있다고 할 것인바, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 23.

주심국세심판관 주 영 섭

배석국세심판관 이 광 호

배석국세심판관 남궁 훈

배석국세심판관 김 재 구