가.청구법인은 2008.11.20.부터 2011.5.9. 기간 중 OOO동 7-2 외 3필지에 군인 또는 군인가족 등이 사용하는 관사 등을 신축하여 국가에 기부채납하고 그 대가로 해당시설에 대한 관리운영권을 일정기간 인정받아 임대형 민자사업(Built-Transfer-Lease, 이하 “BTL사업”이라 한다)을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 군 관사 신축과정에서 발생한 공통매입세액에 대한 예정사용면적(국민주택규모 이하는 면세사업, 초과는 과세사업과 관련)을 기준으로 안분계산하여 2008년 제2기～2011년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다가 국민주택규모 미만과 초과분에 대하여도 면세사업과 관련된 것으로 보아 수정신고를 하였으나, 불공제세액으로 수정신고 납부한 전 세액이 과세사업(건설용역 제공)과 관련한 것이라 하여 부가가치세 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원, 2011년 제1기 OOO원(합계 OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 환급을 요구하는 경정청구를 2011.6.30. 제기하였으나, 처분청은 2011.8.31. 거부통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

BTL사업은 건설하는 단계, 기부채납하는 단계, 임차하는 단계, 수익사업에 사용하는 단계 등을 별도의 거래로 보아 단계별로 과세하여야 하는데, 청구법인이 OOO로부터 리스료로 대금을 지급받는 거래는 건설용역 대금을 분할로 지급받는 것이고, 청구법인이 OOO에 공급한 용역은 건설용역에 해당되어 용역 전체가 면세거래에 해당되지 아니므로 국민주택규모 이하 부분의 건설용역에 한정하여 면세로 처리하여야 하며, 나머지 과세사업과 관련된 국민주택규모 초과분에 해당하는 쟁점매입세액은 공제하여 환급하여 주어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 BTL사업과 관련된 건설단계의 매입세액은 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액으로서 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업의 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 BTL사업과 관련한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

3의2.「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (단서 생략)

4.대통령령으로 정하는 국민주택및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2) 부가가치세법 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제17조(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것)【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(3) 사회기반에 대한 민간투자법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “사업시행자”란 공공부문 외의 자로서 이 법에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.

제4조【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 동 법인이 영위하고 있는 사업이 부가가치세가 면세되는 주택의 임대용역사업이 아니라 건설용역사업으로 용역 전체가 면세거래에 해당되지 아니므로 국민주택규모 이하 부분의 건설용역에 한정하여 면세로 처리하여야 하나, 국민주택규모 초과분에 해당하는 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받는 것이 정당하다고 주장하고 있다.

(2) 청구법인은「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 및 「조세특례제한법」제105조 제1항 제3의2호의 규정에 따라 병영시설과 육군관사(공통주택)를 신축하여 OOO에 기부채납하고, 그 대가로 해당 시설물에 대한 20년 동안의 관리운영권을 인정받은 후 OOO로부터 해당 시설물을 20년 동안 임차하여 수입사업(부동산 임대업)을 영위하는 법인임이 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인이 영위하게 될 군관사의 임대업은 「부가가치세법」제12조 제1항 12호에 따른 임대사업으로 부가가치세를 면제하도록 하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제4호에는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(4) 부가가치세의 면세제도는 면세사업자가 공급하는 재화·용역 중에서 면세사업자가 창출한 부가가치에 대해서만 부가가치세를 면제하여 주는 불완전면세제도로서 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고·납부, 사업자의 등록·세금계산서의 교부 등이 배제되나 과세사업자로부터 부가가치세 거래징수가 배제되는 것은 아니며 따라서, 면세사업자가 거래상대방에 의하여 거래징수당한 부가가치세인 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급받지 못하는 것으로서, 면세사업자가 매입시 부담한 부가가치세는 당해 거래의 원가에 가산되는 것이다.

(5) 청구법인은 건설하는 단계, 기부채납하는 단계, 임차하는 단계, 수익사업에 사용하는 단계 등을 별도의 거래로 보아 단계별로 과세에 해당되는지 여부를 검토하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 사업내용은 위와 같이 거래 단계별로 진행되는 것이 아니라 계약 체결시부터 연속되는 일련의 사업으로 진행되는 것이므로 하나의 사업으로 보여진다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때, 군인 또는 군인가족이 사용하는 군관사는 상시 주거용으로 사용하는 건물(주택)에 해당되고, 청구법인이 영위하게 될 군관사의 임대업은 「부가가치세법」제12조 제1항 제12호에 따른 주택의 임대사업으로 부가가치세가 면제되는 것이므로, 청구법인이 OOO에 군관사를 기부채납하기 위하여 해당 시설물의 건설단계에서 부담한 매입세액은 면세사업과 관련된 매입세액으로 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2012서532, 2012.3.21. 참조).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.